1.처분 경위
- 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 934-1 ○○시 농수산물도매시장 내에서 수산물 도․소매업을 하는 법인이고, 2004년 사업연도 중 ☆☆수산(대표자 홍AA) 발행의 매입 계산서 3장(2004. 1. 30.자 공급가액 63,780,000원, 2004. 4. 30.자 공급가액 70,360,000 원, 2004. 6. 30.자 공급가액 53,480,000원, 이하 ‘이 사건 매입계산서’라고 한다)을 교부받아 위 매입금액 합계 187,620,000원을 손금에 산입하여 2004 사업연도 법인세를 신고하였다.
- 나. 피고는, 2007. 9.경 ☆☆수산이 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행하는 이른바 ‘자료상’ 행위로 고발되자, 이 사건 매입계산서를 가공거래에 의한 것으로 보아 위 187,620,000원을 손금불산입하고 대표자에게 상여처분하여 2008. 4. 1. 원고에게 2004 사업연도 법인세 73,351,260원의 경정․고지 및 187,620,000원의 소득금액변동통 지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
- 다. 원고는 이의신청을 거쳐 2008. 10. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2009. 1. 21. 기각결정을 받았다. [인정근거] 갑 제1, 2, 3호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2, 3, 을 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단
- 가. 주장 피고는, 이 사건 매입계산서는 자료상으로부터 실물거래 없이 수취한 가공계산서이므로 매입금액을 손금불산입하여 법인세 등을 과세한 것은 적법하다고 주장하고, 원고는 실제 수산물을 매입한 후 이 사건 매입계산서를 수취한 것이므로 매입금액은 손금산입되어야 하고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 매입계산서에 상응하는 매입액에 대해 추계조사에 의한 방법에 의해서라도 그 금액이 인정되어야 한다고 주장한다.
- 나. 판단 1)손금산입 주장에 관하여 본다. 을 제7, 8, 9호증, 을 제15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, □□세무서장은 2007. 9.경 ☆☆수산의 2002년부터 2005년까지 거래를 대상으로 자료상 혐의 조사를 하였고 수협과의 거래 외에는 모두 가공거래로 보되, 이에 대한 조세범처벌법 관련규정이 2004. 12. 31. 개정된 것을 고려하여 2005년 부분에 대해 고발조치한 사실, ☆☆수산의 대표자 홍AA은 2009. 9. 16. ◇◇지방법원 2009고단589, 781, 1119 사건에서 2005년에 매출․매입처별계산서 합계표를 허위기재하여 정부에 제출하였다는 내용의 조세범처별법위반죄로 유죄판결을 받은 사실을 각 인정할 수 있고, 원고는 중간상인들로부터 수십 차례 걸쳐 수산물을 매입하고 월말을 기준으로 ☆☆수산 발행의 이 사건 매입계산서를 교부받았다고 주장하고 있을 뿐, 이 사건매입계산서에 2004년 상반기 중 3회에 걸쳐 합계 187,620,000원(2004. 1. 30.자 63,780,000원,2004. 4. 30.자 70,360,000원,2004. 6. 30.자 53,480,000원)을 거래한 것으로 나타나 단기간에 상당히 고액거래를 하였음에도, 위 계산서에 관련된 거래명세표 및 입금표 등 객관적인 증빙은 물론이고 누구와 어떤 품목을 거래하였는지에 관한 최소한의 장부 등 증빙 서류조차 전혀 제시하지 못하고 있는 점을 종합하면, 피고가 이 사건 매입계산서를 실물거래 없이 수취한 가공계산서로 보아 그 공급가액을 손금불산입하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다. 그리고 원고 주장과 같이 수산물 거래를 현금결제에 의하는 상관행상 매입에 상응하는 계산서를 제때 받지 못하여 증빙자료를 제대로 갖추기 어렵다는 현실, 이 사건 매입계산서 매입금액을 손금불산입할 경우 원고 소득률이 17%가 되어 원고의 2002 사업연도부터 2007 사업연도 법인세 평균 소득률 2% 내지 소득세법상 표준소득률 2.7%보다 상당히 높아진다는 점 등의 사정만으로는, 이 사건 매입계산서 매입금액에 상응하는 실지거래가 있었음이 증명되었다고 보기 어렵고, 이 사건처분이 실질과세, 근거과세 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2. 추계결정 주장에 관하여 본다. 납세자가 비치․기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사 방법에 의해서는 아니 되고, 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계과세 요건이 갖추어진 것이라고 볼 수 없으며(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조), 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정할 수 없다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결, 대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조). 갑 제7호증의3, 을 제13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 신고한 2004년 당기 상품 매입액은 1,353,543,200원이고, 거래 업체는 ☆☆수산 외 6개인 사실을 인정할 수 있는바(위 상품매입액에서 이 사건매입계산서의 187,620,000원이 차지하는 비율은 13.86%임), 이에 의하면 이 사건 매입계산서를 제외한 나머지 부분을 근거로 과세표준을 계산할 수 있으므로, 추계조사 방법에 의하여 할 수 있는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분주장도 이유 없다. 3.결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각한다.