구매확인서가 첨부되지 않았다는 이유로 영세율 적용을 배제한 처분은 부당함

1. 피고가 2008. 1. 2. 원고에 대하여 한 2006년도 2기 귀속분 부가가치세 91,743,540원(가산세 포함), 2007년도 1기 귀속분 부가가치세 74,747,120원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다(소장에 기재된 부과처분일 ‘2008. 1. 14.’은 오기로 보인다).

• 가. 원고는 ‘삼진메디칼’이라는 상호로 의료용구 제조업을 영위하는 사업자인바, 2006년 2기 및 2007년 1기 부가가치세 과세기간(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다)에 프리시천니들매뉴펙춰링 주식회사 한국지점(이하 ‘이 사건 거래처’라 한다)에게 아래 도표 기재와 같은 금액 상당의 의료용 특수주사바늘(이하 ‘이 사건 물품’이라 한다)을 공급하고, 부가가치세 신고시 영세율을 적용하여 신고하였다.
• 나. 피고는 원고에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시한 결과, 원고와 이 사 건 거래처 사이의 거래는 원고가 수출품인 이 사건 물품을 제조하여 수출업자인 이 사 건 거래처에 공급하는 국내거래인바 원고가 이 사건 물품의 공급에 대하여 영세율을 적용받기 위해서는 내국신용장이나 구매확인서를 부가가치세 신고서에 첨부서류로 제 출하여야 함에도 위 서류를 제출하지 아니하였다는 이유로 이 사건 물품의 공급에 대 하여 영세율 적용을 배제하고 2008. 1. 2. 원고에 대하여 2006년도 271 귀속분 부가가 치세 91,743,540원(가산세 포함), 2007년도 1기 귀속분 부가가치세 74,747,120원(가산 세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 3. 28. 조세심판원장에게 심판청구를 제 기하였으나, 2009. 8. 20. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 조세법률주의 위반 구매확인서가 첨부되지 않았다는 이유만으로, 영세율의 배제를 위한 명시적인 규정이 없음에도 영세율의 적용을 배제한 이 사건 처분은 법률상 근거 없는 것으로 조세법률주의에 위반된다.

(2) 실질과세원칙 위반 원고가 제조ㆍ공급한 이 사건 물품이 영세율의 적용대상인 수출되는 재화임은 수출신고필증 등에 의하여 확인되는바, 구매확인서의 미제출이라는 형식적인 요건만으로 영세율의 적용을 배제한 이 사건 처분은 실질과세원칙에도 반한다.

• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 사업자가 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시에 영세율 적용대상 과세표준을 신고하면서 부가가치세 관련 법령이 정하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영세율을 적용할 수 있다(대 법 원 2005. 2. 18. 선고 2004두8224 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 과세기간 전ㆍ후로도 이 사건 거래처에 의료용 특수주사바늘을 공급하여 이 사건 거래처를 통하여 이를 전량 외국으로 수출하고 있으며, 이 사건 과세기간을 제외하고는 위와 같이 수출된 물품에 대하여 구매확인서를 발급받아 부가가치세 신고시 함께 제출하여 영세율을 적용받아온 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 물품이 이 사건 거래처를 통하여 전량 외국으로 수출된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 사실관계가 이러하다면, 이 사건 물품의 공급은 영세율의 적용을 받기 위한 실체적인 요건을 충족하고 있다고 할 것이고, 부가가치세법 시행령 제64조 제3항 에서 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세 예정신고서에 영세율 적용대상임을 증명하는 서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 한 규정은 그 문언의 형식으로 볼 때도 단순히 납세자에게 정부에 대한 협력의무를 부과한 임의규정으로 볼 수 있는 점 등의 사정과 수출 등 재화나 용역을 외국에 공급하는 거래에 부가가치세의 부담을 지지 않게 하고 수출을 촉진한다는 영세율 규정의 입법취지 및 목적과 앞서 본 법리에 비추어보면, 구매확인서 등이 첨부되지 않았다는 형식적인 이유만으로 영세율의 적용을 배제한 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다고 할 것이다.

(3) 피고가 주장하는 대법원 2009. 4. 9. 선고 2007두22863 판결은 허위나 하자있는 구매승인서를 이용하여 수출을 가장함으로써 부가가치세를 포탈한 금지금업자에 관한 판결이라는 점에서 실제 정상적으로 수출이 이루어졌으나, 구매확인서만을 발급받지 못한 이 사건과는 사안이 다르므로, 이 사건에서 원용하기에 적절하지 않다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같다.