영세율 적용 재화가 아닌 재화를 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우

1. 피고가 2008. 1. 4. 원고에게 한 2007년 1기 부가가치세 450,093,847원에 대한 경정 청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2007. 5. 30. 주식회사 ☆☆☆전자(이하 ‘☆☆☆전자’라 한다)가 발행한 공급가액 4,951,032,320원의 영세율 세금계산서(이하 ‘이 사건 당초세금계산서’라 한다)를 교부받아 2007년 1기분 부가가치세를 신고하였다가, 2007. 8. 20. ☆☆☆전자로부터 작성일이 당초 발행일인 2007. 5. 30., 공급가액이 4,500,938,4 73원, 세액이 450,093,847 원으로 기재된 수정세금계산서(이하 ’이 사건 수정세금계산서’라 한다)를 교부받고, 2007. 12. 12. 이 사건 수정세금계산서를 첨부하여 부가가치세 450,093,847원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 이에 피고는 2008. 1. 4. 영세율 적용대상이 아닌 재화를 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에는 그 공급시기 이후에는 10%세율을 적용하여 수정세금계산 서를 교부할 수 없다는 이유를 들어 위 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였다.
• 다. 원고는 2008. 3. 31. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 7. 29. 기각되었다. [인정근거] 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 원고는, ☆☆☆전자가 원고에게 연료펌프 생산설비를 공급하며 교부한 이 사건 당초세금계산서는 당시 ☆☆☆전자의 회계담당자가 위 설비가 수출하는 재화로 영세율 적용대상에 해당한다고 착오를 일으켜 작성된 것이라고 주장함에 대하여, 피고는, 이 사건 당초세금계산서를 작성할 당시 ☆☆☆전자가 위 설비가 영세율 적용대상에 해당한다고 착오를 일으킬 아무런 사정이 없으며, 이 사건과 같이 과세기간을 달리하는 경우에는 수정세금계산서를 발행할 수 없다고 주장한다.
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 원고는 2006. 7. 8. ☆☆☆전자와 대금 4,500,938,473원(부가가치세 450,093,847 원 별도)으로 정하여 연료펌프생산설비를 공급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이 라 한다)을 체결하였는데, 이후 ☆☆☆전자는 2007. 5. 30. 위 설비를 이 사건 계약 내용에 따라 이 란 소재 원고의 공장에 운송함으로써 그 공급을 완료하고 원고로부터 설비공급대금으로 합계 4,951,032,320원을 지급받으며 이 사건 당초세금계산서를 교부하였다.

(2) 그런데 ☆☆☆전자는 서대구세무서장의 부가가치세 현지확인조사(2007. 8. 13. - 2007. 8. 14.) 과정에서 이 사건 당초세금계산서와 관련하여 이 사건 계약상의 설비는 영세율 세금계산서 발행대상에 해당하지 않는다는 사실을 알게 되고, 이에 2007. 8. 20. 원고에게 이 사건 수정세금계산서를 교부하였다.

(3) ☆☆☆전자는 위 부가가치세 현지확인조사결과에 따라 서대구세무서장으로부 터 부가가치세 과세예고통지를 받으며 세금계산서불성실가산세를 함께 부과받았으나, 이에 과세전적부심사를 거쳐 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 사실과 다른 때에 해당한다고 보아 세금계산서 불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 직권시정되었다. [인정근거] 갑 제7 내지 12호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호 증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 부가가치세법 제16조 제1항 후단은 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고, 부가가치세법 시행령 제59조 제5항 은 위 규정에 따른 수정세금계 산서 교부사유 및 교부절차에 관하여 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 발행할 수 있다고 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서의 인정사실을 종합하면, 당시 ☆☆☆전자의 세무담당 자로서는 원고로부터 설비공급대금으로 4,951,032,320원을 지급받고 이 사건 계약상의 설비를 원고의 이란 소재 공장으로 운송하여 위 설비가 수출하는 재화로 영세율 적용 대상에 해당하는 것으로 착오를 일으켜 이 사건 당초세금계산서를 발행한 것으로 보이고, ☆☆☆전자의 경우에 이 사건 당초세금계산서가 착오로 잘못 작성되었다고 인정되어 세금계산서불성실가산세 등이 부과되지 않은 채 단순한 부가가치세 부과결정만을 받은 점, 또한 이 사건 당초세금계산서가 조세포탈 등 다른 이유로 위와 같이 실제와 달리 작성된 것이라고 볼 만한 정황도 없는 점 등을 알 수 있고, 이 사건과 같이 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우도 부가가치세법 제16조 제1항 제3호 의 ‘공급가액과 부가가치세액’에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이며, 이러한 착오가 발생한 이유에 관하여는 아무런 제한을 두고 있지 않으므로, 이 사건 당초 세금계산서는 부가가치세법 제16조 제1항 각호의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에 해당한다고 할 것이고, 이 사건 수정세금계산서가 세무서장이 경정하여 통지하기 전 발행된 이상 이 사건 당초세금계산서와 과세기간을 달리하여 발행되었다고 하여 부적법하게 된다고 할 수도 없다.

그렇다면, 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.