자료상으로부터 수취한 세금계산서에 대한 매입세액 불공제 및 손금불산입의 적정여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구 취지 피고가 2007. 3. 2. (소장에 기재된 "2007. 3. 4.'은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2001년 제2기분 부가가치세 22,310,000원 및 2001년 귀속 법인세 55,224,000원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 토목ㆍ건축공사업 등을 목적으로 2001. 1. 24. 설립된 회사인데(2004. 9. 6. 그 명칭을 주식회사 ○○개발에서 주식회사 ○○으로 변경하였다), 주식회사 ○○자원산업(이하 '소외회사'라 한다)으로부터 2001. 10. 30.자 공급가액 50,000,000원, 2001. 11. 30.자 공급가액 25,000,000원, 2003. 12. 31.자 공급가액 25,000,000원으로 된 세금계산서 3장(모두 공급품목이 'H-beam'으로 기재되어 있다. 이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)을 수취한 후, 위 세금계산서 금액 합계 100,000,000원을 매출세액에서 매입세액으로 공제하여 2001년 제2기분 부가가치세 신고를 하고, 이를 손금에 산입하여 2001년 귀속 법인세 신고를 하였다.
• 나. 피고는 2007. 3. 2. 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 가공의 세금계산서라는 이유로 위 세금계산서 금액을 매입세액으로 불공제하고 손금에 불산입하여 원고에게 2001년 제2기분 부가가치세 22,310,000원 및 2001년 귀속 법인세 55,224,000원을 부과하는 '이 사건 처분'을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 세금계산서는 원고가 홍○조로부터 ○○시 ○○동 및 ○○ ○○○ 아파트 공사현장에 설치할 H-beam'(이하 '이 사건 자재'라 한다)을 공급받으면서 홍○조가 사업자등록이 되어 있지 아니하였던 관계로 소외회사 명의로 발급받은 것으로서(원고는 2002. 8. 7. 이 사건 자재 대금을 홍○조에게 전부 지급하였다) 실물거래에 기한 것이므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 구 부가가치세법 제16조 (세금계산서) 구 부가가치세법 제17조 (납부세액) 법인세법 제19조 (손금의 범위)
• 다. 판단 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명위위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 허위의 세금계산서로서 부가가치세 신고시 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없는 것이고, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 입증되고 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상, 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 세금계산서에 기재된 비용의 지급 상대방이 허위이고 원고가 그와 같은 점을 알고 있었던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서로서 부가가치세 신고시 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것이고, 원고가 제출한 갑 제2호증)○○건설주식회사와 원고 사이의 ○○시 ○○○아파트 토목공사하도급계약 중 공사기간과 공사금액에 변경에 관한 2001. 5. 30.자 하도급변경계약서), 갑 제3호증(원고의 2002. 7. 및 2002. 8.의 출금내역이 기록된 원고 명의의 보통예금통장 기장내역)의 각 기재만으로는 원고가 2001년 귀속 법인세 신고 당시 손금에 산입한 이 사건 세금계산서 금액 상당의 비용이 원고가 홍○조로부터 이 사건 자재를 공급받고 그 대금 명복으로 지출한 비용으로서 실제로 지출된 비용이었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

그렇다면 이 사건 세금계산서 금액을 매입세액으로 불공제하고 손금에 불산입한 피고의 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.