가공세금계산서를 수취하였지만 실제 매입원가는 손금인정되어야 한다는 주장의 당부

1. 피고가 2007.3.15. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 32,258,220원의 부과처분 중 30,510,788원, 2004 사업연도 법인세 43,411,200원의 부과처분 중 39,483,917원을 각 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 95%는 원고가, 나머지는 피고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 3. 15. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 32, 258, 220원의 부과처분 중 32, 104, 760원 부분, 2004 사업연도 법인세 43, 411, 200원의 부과처분 중 42, 916, 310 부분을 각 취소한다(소장 청구취지 기재 36, 165, 630원과 56, 011, 550원은 모두 오기로 보인다.).

• 가. 원고는 2003년 271부터 2004년 2기 과세기간 중 이른바 자료상인 XX머시닝 대표 양○로부터 가공의 매입세금계산서(공급가액 합계 230, 683, 000원 = 2003년 2기 90.110.000원 + 2004년 l기 97, 745, 000원 + 2004년 271 42, 783, 000원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다.)를 교부받아 그 대금 상당액을 손금에 산입하여 2003 사업연도와 2004 사업연도의 법인세를 각 신고·납부하였다.
• 나. 피고는 2007. 3. 15. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 매입액을 손금불산입하여 원고에게 2003 사업연도 법인세 36, 165, 630원, 2004 사업 연도 법인세 56, 011, 550원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘당초 처분’이라고 한다.)
• 다. 원고는 이에 불복하여 2007. 5. 4. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판 원은 2008. 1. 23. 이 사건 세금계산서의 매입액 중 2003년도분 11, 168, 000원, 2004년 도분 38, 493, 700원을 손금으로 각 산입하여 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였다.
• 라. 피고는 위 결정에 따라 2008. 2. 13. 당초 처분 중 2003 사업연도 법인세 36.165.630원을 32, 258, 220원으로, 2004 사업연도 법인세 56, 011, 550원을 43, 411, 200원 으로 각 감액·경정하였다(이하 감액되고 남은 당초 처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제2 내지 4호증, 을 제11, 12호증(가지번 호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 거래처인 박○○이 사업자등록이 되어 있지 않아 가공의 세금계산서를 교부받았으나, 박○○로부터 이 사건 세금계산서상 매입액 상당의 원자재(SUS판)를 공급 받고 실제 그 대금을 모두 지급하였으므로 이를 손금으로 인정하지 않은 이 사건 처분 은 위법하다.
• 나. 관계법령 법인세법 제19조 (손금의 범위) 법인세법 제55조 (세율)
• 다. 판단

(1) 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 경우 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 납세의무자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결, 대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결, 대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조).

(2) 위 인정과 같이 원고가 양○로부터 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 교부받아 그 대금 상당액을 손금산입하여 법인세를 신고·납부한 이 사건에서, 이 법원의 주식회사 ■■은행 ◇◇지점장, 같은 은행 ◇◇◇지점장에 대한 각 금융거래정보 제출명령결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 처분 당시 손금으로 인정된 금액 외에도 원고가 박○○에게 원자재 대금으로 2003. 12. 30. 5, 000, 000원, 2004. 3. 31. 8, 000, 000원, 2004. 7. 30. 4, 000, 000원을 각 지급한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 갑 제4호증, 갑 제6 내지 32호증, 을 제10, 14, 39호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 박○○의 증언, 이 법원의 주식회사 YY은행 신월동지점장, 같은 은행 호계동기업금융지점장, 같은 은행 호계동지점장, 같은 은행 의왕지점장에 대한 각 금융 거래정보 제출명령결과만으로는 원고가 2003, 2004 양 사업연도에 박○○에게 위에서 인정한 금액을 넘는 원자재 대금을 지급하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서 2003 사업연도의 경우 5, 000, 000원, 2004 사업연도의 경우 12, 000, 000 원(= 8, 000, 000원 + 4, 000, 000원)에 한하여 손금으로 추가 산입되어야 하고, 이 경우 정당한 세액은 별지 목록 각 ‘정당한 세액’란 기재와 같다. 결국 이 사건 처분은 2003 사업연도 법인세 32, 258, 220원의 부과처분 중 30, 510, 788원, 2004 사업연도 법인세 43, 411, 200원의 부과처분 중 39, 483, 917원을 각 초과하는 부분에 한하여 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.