토지와 건물 소유자가 다른 상태에서 일괄양도한 경우 양도가액을 기준시가로 안분할 수 있는지 여부

1. 피고가 2007. 3. 2. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 양도소득세 104,738,470원의 부과처분 중 102,299,740원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 95%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 3. 2. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 양도소득세 104,738,470원의 부과처분을 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 1. 2의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2002. 3. 5. 피고에게 ○○시 ○동 2 토지, 같은 동 3 토지, 같은 동 4-2 토지, 같은 동 4-4 토지 합계 2,592㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다.)의 양도와 관련하여 양도가액 320,000,000원에서 취득가액 305,700,000원, 장기보유 특별공제액 4,110,990원을 공제한 10,189,010원을 양도소득금액으로 하여 계산한 양도소득세 60,801,418원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 피고는 2007. 3. 2. 원고에게 원고가 이 사건 토지와 그 지상의 ○○개발 주식회사 소유 건물 3동 1,117.8㎡(이하 '이 사건 건물'이라고 한다.) 및 ○○시 ○동 8-6 잡종지 49㎡를 함께 966,450,000원에 양도하였는데 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명하다는 이유로, 양도 당시의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한 517,000,000원을 이 사건 토지의 양도가액으로 보고 양도소득금액을 산정하여 계산한 2002년 귀속 양도소득세 107,971,890원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 원고는 위 부과처분에 불복하여 2007. 6. 7. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 이에 대하여 중부지방국세청장은 2007. 6. 28. 피고가 2007. 2. 26.(2007. 3. 2.의 오기로 보임) 원고에 대하여 한 2002년 귀속 양도소득세 107,971,897원에 대한 부과처분은 ○○시 ○동 8-5 도로 265㎡, 같은 동 8-7 도로 116㎡에 대한 양도가액을 이 사건 토지 및 건물의 양도가액 966,450,000원에서 기준시가에 의하여 안분계산한 후 차감하여 양도소득세를 계산하여 경정하고 나머지 청구를 기각한다는 결정을 하였다.
• 라. 피고는 중부지방국세청장의 결정에 따라 2007. 7. 10 양도소득세 3,233,418원을 감액ㆍ경정하였다(이하 이와 같이 감액ㆍ경정되고 남은 금액에 관한 양도소득세 부과처분을 '이 사건 처분'이라고 한다.).
• 마. 원고가 이 사건 처분에 불복하여 2007. 10. 1. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 12. 11. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 ⑴ 이 사건 토지는 원고의 소유, 이 사건 건물은 ○○개발 주식회사의 소유로서, 원고는 이 사건 토지를 이 사건 건물과 별개로 이○○, 최○○에게 320,000,000원에 양도하였으므로 위 금액을 이 사건 토지의 양도가액으로 보아야 한다. 뿐만 아니라 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제166조 제4항, 구 부가가치세법 시행령 (2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제48조의2 제4항 단서 규정은 토지와 건물 등의 양도자가 동일한 때에 적용하는 규정이므로 토지와 건물의 소유자가 서로 다른 이 사건과 같은 경우에는 적용할 수 없다. ⑵ 원고는 이 사건 토지의 양도 당시 중개수수료 21,000,000원, 제반 경비 54,000,000원 합계 75,000,000원을 지출하였는바, 위 금액이 필요경비로 인정되어야 한다.
• 나. 관계법령 구 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 소득세법 제95조 (양도소득금액) 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)
• 다. 판단 ⑴ 이 사건 토지의 양도가액이 320,000,000원인지 여부 ㈎ 살피건대, 양도차익 산정과 관련하여 소득세법 제100조 제2항 은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하되, 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있고, 제3항은 양도차익을 산정함에 있어 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법 시행령 제166조 제4항 은 소득세법 제100조 제2항 의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명하고 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다. ㈏ 갑 제2, 9호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 4, 을 제4호증의 1 내지 3, 을 제5호증, 을 제7호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 손○○, 이○○, 안○○의 각 증언에 의하면, 원고가 2002. 1. 22. 이○○, 최○○를 대리한 안○○에게 그 소유의 이 사건 토지 및 ○○시 ○동 8-6 잡종지 49㎡와 ○○개발 주식회사 소유의 이 사건 건물을 토지와 건물을 구분하지 않고 일괄하여 매매대금 966,450,000원에 양도한 사실, 원고가 ○○개발 주식회사와 이○○, 최○○가 2002. 3. 5. 이 사건 토지, ○○시 ○동 8-6 잡종지 49㎡ 및 이 사건 건물을 463,000,000원에 매매한다는 내용의 매매계약서를 작성하여 ○○시장으로부터 검인을 받은 사실, 이○○, 최○○가 2002. 3. 6. 위 검인계약서를 이용하여 위 각 토지 및 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 사실, 위 매매계약을 중개한 손○○이 채권자 등 이해관계인들과 협의를 하는 데 필요하니 이 사건 토지만을 매매목적물로 한 매매계약서를 작성해 달라는 원고의 요구에 따라 원고에게 이 사건 토지에 관하여 매매대금을 320,000,000원으로 하는 매매계약서(갑 제2호증)를 작성하여 준 사실을 인정할 수 있다. ㈐ 원고는 이 사건 토지를 이 사건 건물과 별개로 320,000,000원에 양도하였다는 취지로 주장하나, 이에 부합하는 갑 제2호증의 기재는 위 인정사실에 비추어 믿지 아니하고, 갑 제4 내지 7호증, 갑 제10호증의 1 내지 3, 갑 제11호증의 1 내지 6의 각 기재만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 또한 그 규정의 문언과 형식에 비추어 볼 때 부가가치세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제4항, 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호가 토지와 건물 등의 양도자가 동일한 경우에만 적용되는 것이라고 해석할 수도 없다. ⑵ 필요경비 인정 여부 ㈎ 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제하여야 할 필요경비는 취득가액, 자본적 지출액으로서 대통령령이 정하는 것, 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것으로 한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 은 소득세법 제97조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용을 규정하고 있다. ㈏ 원고는 이 사건 토지의 양도와 관련하여 중개수수료 21,000,000원을 지출하였으므로 위 금액이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 갑 제3호증의 2, 을 제2호증의 1의 각 기재 및 증인 손○○, 안○○의 각 증언에 의하면, 원고와 이○○, 최○○를 대리한 안○○ 사이에 위 2002. 1. 22.자 매매계약이 이루어질 당시 원고가 강○○에게 ○○시 ○동 8 외 2필지를, 정○○에게 같은 동 8-1 의 2필지를 각 매도하는 내용의 매매계약도 함께 이루어진 사실, 손○○을 포함한 3인의 중개인이 위 3건의 매매계약을 중개하고 원고로부터 일괄하여 중개료로 21,000,000원을 지급받았는데, 그 중 손○○이 차지할 몫이 1/3인 7,000,000원의 범위 내에서만 이유 있다. ㈐ 한편 원고는 이 사건 토지의 양도 당시 제반 경비 54,000,000원을 지출하였으므로 위 금액도 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 갑 제3호증의 1의 기재만으로는 위 54,000,000원이 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항이 정하는 취득가액, 자본적 지출액으로서 대통령령이 정하는 비용, 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 비용으로 지출되었음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. ⑶ 정당한 세액의 계산 따라서 위 중개수수료 7,000,000원을 필요경비로 추가 인정하여 양도소득세를 재산정하면 102,299,740원이 되므로, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분을 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.