주거지역 편입 3년 지난 농지는 감면대상에서 제외되며 단계적 사업시행, 보상지연 등 외에는 감면제외에 대한 예외사유가 아님

1. 피고가 2008.4.1. 원고에게 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 132,472,100원의 부과처분 중 121,324,493원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 10분하여 그 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2008.4.1. (소장 청구취지의 2008.4.7.은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 132,472,100원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 환지 전 ○○시 ○○구 ○○동 176-○ 답 1,398㎡(이하 이 사건 종전 토지라고 한다)는 원래 망 손○기의 소유였다가 망 손○기가 1995.12.11. 사망함에 라 원고가 유증을 원인으로 이를 취득한 다음 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 한편, 경기도지사는 폐지된 구 도시계획법에 기하여 1995.2.13. 경기고도 제1995-37호로 수원도시계획변경결정을 고시하였는데, 이에 의하면, 이 사건 종전 토지를 포함한 ○○시 ○○구 ○○○동 및 ○○구 ○○동 일원 436,719㎡가 일월지구로서 토지구획정리사업이 실시될 도시계획지구로 결정되었다.
• 다. 이후 경기도지사는 위 구 도시계획법에 기하여 1995. 6.12. 경기도고시 제1995-190호로 수원도시계획변경결정을 고시하였는데, 이에 의하면, 이 사건 종전 토지를 포함한 수원시 권선구 구운동 및 장안구 정자동 일원 436,719㎡ 가 일월지구로서 토지구획정리사업이 실시될 도시계획지구로 결정되었다.
• 라. 이 사건 종전 토지는 2002.2.20.경 ○○시 ○○구 ○○동 953-○ 대 214.4㎡ 및 같은 동 953-○ 대 210.9㎡ 등으로 환지처분이 이루어졌고, (이하 위 953-○ 대 179.7㎡ 및 위 953-○ 대 210.9㎡ 이 사건 토지라고 한다)
• 마. 원고는 2006.12.15.경 김○기, 최○오에게 이 사건 토지를 대금 536,900,000원에 양도하고, 피고에게 이 사건 토지의 양도가액을 569,000,000원으로, 취득가액을 39,841,200원으로 하여 양도소득금액을 344,654,496원으로, 산출세액을 111,475,618원으로 산정한 다음, 이 사건 토지가 조세특례제한법(2005.12.29. 법률 제7775호로 개정되기 전의 것, 이하 조특법이라고 한다) 제69조에 의하여 양도소득세가 감면되는 자경농지에 해당한다는 이유로 별지 세액 계산표의 신고액란 기재와 같이 감면세액 100,000,000원을 산출세액에서 공제한 11,475,618원을 결정세액으로 하여 양도소득세 확정신고를 하였으나, 위 세액을 납부하지는 않았다.
• 바. 이에 피고는, 이 사건 토지가 양도당시 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 해당하므로 조특법 제69조 제1항 본문, 조특법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 제1호 본문에 의하여 양도소득세가 감면되는 농지에 해당되지 않는다고 보아, 이 사건 토지의 양도가액을 당초 원고가 신고한 양도가액인 569,000,000원으로, 취득가액을 39,841,000원(원고가 당초 신고한 취득가액 111,475,668원으로 산정한 다음, 여기에다가 신고불성실 가산세 11,147,566원, 납부불성실 가산세 9,848,875원을 가산하여 위 계산표의 경정세액란 기재와 같이 세액을 경정한 다음, 2008.4.1. 대하여 2006년 귀속 양도소득세 132,472,100원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 내지 4, 을 제7호증의 1, 2,의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지는 토지구획정리사업으로 인하여 사실상 양도가 불가능하였고, 이후 환지처분이 이루어져 양도가 가능하게 되었으나, 곧바로 가압류가 됨으로써 다시 양도가 불가능하게 되는 등, 원고가 주거지역에 편입된 후 3년이 지난 후에 이 사건 토지를 양도하게 된 데에는 불가피한 사정이 있었다고 할 것이므로, 이 사건 토지의 양도에 대하여 양도소득세를 감면하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
• 다. 판단

(1) 조특법 제69조 제1항 본문 및 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문의 각 규정 등 관계법령에 비추어 보면, 조특법 제69조 제1항 본문의 양도소득세의 감면대상이 되는 자경농지의 경우에는 양도일 현재 특별시∙광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 안에 이는 농지로서 그 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 그 감면대상에서 제외하고 있으며, 이러한 감면제외에 대한 예외로는 일정한 개발사업의 단계적 사업시행 또는 보상지연을 들고 있을 뿐, 도시개발법상의 환지처분, 가압류 등 원고가 주장하는 위와 같은 사유는 감면제외에 대한 예외사유에 해당하지 아니하므로, 이 사건 토지의 양도에 대하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다.

(2) 다만, 소득세법 (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제115조 제1항에 의하면, 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에 신고불성실 가산세를 부과하도록 되어 이는데, 이 사건의 경우는 원고가 확정신고를 하였을 뿐만 아니라 감면세액을 산출세액에서 공제하였을 뿐 양도소득금액을 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고하지도 않았으므로, 원고에 대하여는 신고불성실 가산세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건 토지의 양도에 대한 정당한 양도소득세의 세액은 별지 세액 계산표 기재와 같이 취득가액을 당초 신고한 바와 같이 39,841,200원으로 하여 산정한 결정세액에서 신고불성실 가산세 11,147,566원을 제외한 나머지 세액인 121,324,493원이 된다.

그렇다면, 이 사건 처분 중 121,324,493원을 초과하는 부분은 위법하므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.