조합원 입주권을 보유하다가 주택을 양도한 경우 1세대1주택 비과세 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 10. 16. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 39,697,120원(소장 청구취지의 39,697,128원은 위 금액의 오기로 보인다)에 대한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2001. 8.경 ○○시 포○동 518 외 1필지 토지 지상 ○○에코빌아파트 105동 810호(이하 '이 사건 주택'이라고 한다)를 취득하였다.
• 나. 한편, ○○시 내○동 630 지상 ○신빌라 등이 위치하고 있는 주택단지에 아파트 10개동 696세대 및 부대복리시설을 신축하는 내용의 재건축정비사업이 추진되어 ○○내손 주택재건축정비사업조합이 설립되었는데, 원고는 2004. 5.경 위 ○신빌라 102동 206호를 취득하여 위 재건축정비사업조합의 조합원 지위를 승계취득하였다.
• 다. 위 재건축정비사업은 2005. 5. 16. 사업시행계획이 인가ㆍ고시된 다음, 2006. 6. 29. 관리처분계획이 인가ㆍ고시되었고, 원고는 위 관리처분계획에 따라 분양예정의 대지 및 아파트를 분양받을 권리(이하 '이 사건 분양권'이라고 한다)를 취득하였다.
• 라. 원고는 2006. 12.경 이 사건 주택을 양도한 다음, 이를 소득세법 제89조 제2항 소정의 주택과 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도한 경우로 보고 2007. 2. 27. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 이에 따른 양도소득세 39,697,120원을 자진납부하였다.
• 마. 그 후 원고는 이 사건 주택의 양도에 대하여 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 일세대 일주택 비과세 대상에 해당된다고 하면서 2007. 8. 30.경 위 기납부한 양도소득세 39,697,120원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. 10. 18. 이 사건 분양권은 2006. 1. 1. 이후 도시 및 주거환경정비법(이하 '도정법'이라고만 한다)에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권에 해당하므로 이 사건 주택의 양도는 소득세법 제89조 제2항 에 의한 양도소득세의 과세대상이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제155조 제16항 등에 의하면, 주택재건축정비사업에 있어서 도정법 소정의 사업시행인가일 이후부터는 재건축대상주택이 철거되지 않았더라도 이를 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 재건축대상주택 외에 소유하고 있던 다른 주택을 양도하더라도 일세대 일주택 비과세 규정이 적용되었고, 위 규정은 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되어 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되는 시기가 관리처분계획의 인가일로 변경되었으나, 위 개정된 소득세법 시행령 부칙 제4항에 의하여 개정 전에 사업시행인가를 받은 경우에는 개정 전 법령을 적용하도록 하고 있는바, 이러한 각 규정의 취지를 고려하면, 소득세법 제89조 제2항 의 조합원입주권에는 이 사건 분양권과 같이 2005. 5. 31. 전에 사업시행인가를 받아 취득한 분양권은 포함하지 않는다고 보아야 한다. 따라서 원고의 경우에는 일세대 일주택을 보유하다가 이를 양도한 경우에 해당하므로 양도소득세가 비과세되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조는 일정한 요건을 구비한 일세대 일주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하는 한편, 소득세법 제89조 제2항 은 그 예외로서 1세대가 주택과 도정법 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 입주자로 선정된 지위{도정법에 따른 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다}를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 위 양도소득세를 비과세 규정을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 부칙(2005. 12. 31. 법률 제7837호) 제12조 제1항은, 위 제89조 제2항의 규정은 2006. 1. 1. 이후 최초로 도정법에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다고 하고 있다. 그런데, 원고는 이 사건 주택을 보유하고 있던 중 2006. 6. 19. ○○내손 주택재건축정비사업에 대한 관리처분계획의 인가로 인하여 이 사건 분양권을 취득하였고, 이후 이 사건 주택을 양도한 것이므로, 원고는 이 사건 주택과 2006. 1. 1. 이후 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 위 주택을 양도한 경우에 해당하고, 따라서 위 주택의 양도에 대해서는 소득세법 제89조 제2항 이 적용되어 양도소득세의 과세대상이 된다고 할 것이다. 또한, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법은 제89조 제2항 및 부칙 제12조 제1항에 기하여 주택과 2006. 1. 1. 이후 주택재건축정비사업에 대한 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도하는 경우에는 일세대 일주택 비과세규정을 적용하지 않도록 하고 있는 것이 분명한 이상, 이 사건에 적용되지도 않는 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제155조 제16항 의 규정을 들어 위 개정된 소득세법 규정을 명문의 내용과 달리 해석할 것도 아니다.

그렇다면, 이 사건 주택의 양도에 대하여 양도소득세 과세대상에 해당한다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하므로, 그 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.