사용수익기부자산에 대한 임세투자세액공제대상 여부

1. 피고가 2006.1.2. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 법인세 1,829,318,150원의 부과처분 중 28,522,770원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 건설업, 폐기물처리업 및 대체에너지 개발사업 관련 투자 등을 목적으로 하는 회사로, 2003. 7. 25. ○○광역시와 사이에 원고가 ○○ ○○구 ○○동 416 일원에 음식물쓰레기 처리시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다)을 설치하고, 그 준공과 동시에 소유권을 ○○광역시에 귀속시키는 대신 이 사건 시설 및 그 부지를 운경개시일로부터 20년간 무상사용하면서 유지․보수․관리하는 권한을 부여받는 한편, 원고 자신의 위험과 비용으로 음식물쓰레기 자원화(발전) 민간토자사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하기로 하는 내용의 협약을 체결하였다.
• 나. 이에 따라 원고는 2004.12.29. 이 사건 시설을 완공한 후, 2005.1.경 준공검사를 마쳤으며, 2005.3.5. 원고 명의로 소유권보존등기를 경료한 다음, 같은 달 25. 기부체납을 원인으로 하여 ○○광역시 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.
• 다. 원고는 이 사건 시설에 대한 투자금액 12,068,138,631원이 조세특례제한법(2004.12.31.법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제26조 소정의 임시투자세액공제대상에 해당하는 것으로 보고 당기 임시투자세액 1,662,630,754원을 공제하여 2004 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 라. 피고는 2006.1.2. 이 사건 시설이 법인세법 시행령 제24조 제2호 소정의 사용수익기부자산에 해당하여 조세특례제한법 시행규칙 제14조 소정의 임시투자세액 공제대상 사업용 자산이 아닌 것으로 보고 위 공제를 배제한 채 2004사업연도 법인세 1,829,318,150원을 경정․고지하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거]: 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 2, 갑 제3,6,7호증, 갑 제8호증의 1,2, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 1,2, 을 제9호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분에는 아래와 같은 위법사유가 있다.

(1) 원고는 일단 사업용 자산인 이 사건 시설을 원시취득하였고, 그 후 ○○광역시에 이를 기부체납하였다 하더라도, 이는 ○○광역시와 사이에 체결된 음식물쓰레기 자원화(발전) 민간투자사업 실시협약에 따른 것으로 원고가 이를 20년간 무상사용한다는 점에서 경제적 실질에 있어서는 원고가 소유권을 갖고 있는 것과 다를 바 없어 사회기반시설에 대한 민간투자법(2005.1.27. 법률 제7386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘민간투자법’이라 한다) 소정의 여타 투자방식과도 다를 바 없으므로, 조세특례제한법 제26조 소정의 임시투자세액 공제대상에 해당한다.

(2) 가사 그렇치 않다 하더라도, 이는 조세특례제한법 제25조 제2항 소정의 에너지 절약시설 투자세액 공제대상에 해당한다.

• 나. 관계법령 ■ 사회기반시설에 대한 민간투자법 (2005.1.27. 법률 제7386호로 개정되기 전의 것) 제4조 【민간투자사업의 추진방식】 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식 ■ 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제25조의2【에너지절약시설투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2005년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 7에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항의 규정을 준용한다. 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 제146조 【감면세액의 추징】제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자완료일부터 2년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. ■ 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제1804호로 개정되기 전의 것) 제23조 【임시투자세액공제】①법 제26조제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 영화관 운영업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 하수도법에 따른 분뇨수집·운반업 및 개인하수처리시설 관리업, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 따른 가축분뇨 관련영업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다), 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2007년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다. ■ 조세특례제한법 시행규칙 3조 【사업용자산의 범위】

① 영 제3조제2항에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다) 제14조 【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】 영 제23조제1항에서 "재정경제부령이 정하는 사업용자산"이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 건설업을 영위하는 자가 당해사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 지방세법 시행규칙 제40조의2 의 규정에 의한 자산

• 다. 판단 원고의 이 사건 시설에 대한 투자가 조세특례제한법 제26조 소정의 임시투자세액 공제대상에 해당하는지 여부에 대하여 보기로 한다. (1) 조세특례제한법 제26조 제1항, 제146조, 같은 법 시행령(2005.2.19.대통령령 제1804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제1항, 같은 법 시행규칙 제3조 제1항 제1호, 제14조의 규정에 의하면 폐기물처리업 등을 영위하는 내국인이 2004.12.31.까지 법인세법 시행규칙 [별표6] 소정의 ‘업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산’인 사업용 자산을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액 중 일정비율(2003.7.1.부터 2004.12.31.까지 투자한 금액에 대하여는 100분의 15, 나머지 기간에 대하여는 100분의 10)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 법인세에서 공제하되, 위와 같은 공제를 받은 자가 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일로부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 당해 자산에 대한 세액공제액 상당액에 이자 상당액을 가산하여 법인세로 납부하여야 하는 바, 결국 임시투자세액 공제의 효과를 계속 누리기 위해서는 사업용 자산을 새로이 취득한 후 3년간 이를 처분하여서는 아니된다.

(2) 먼저, 원고가 사업용 자산을 새로이 취득하였는지 여부에 대하여 살피건대, 일반적으로 자기의 노력과 재료를 들어 건물을 건축한 사람은 그 건물의 소유권을 원시취득 하는바(대법원 1992.3.27. 선고 91다 34790 판결 등 참조), 원고는 자신의 자금을 투자하여 이 사건 시설을 완공한 후 이에 대하여 소유권보존등기까지 경료하였는바, 이 사건 시설이 법인세법 시행규칙 [별표6] 소정의 ‘업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산’에 해당하지 않는다 볼 만한 사정이 없는 이상, 원고는 사업용 자산을 새로이 취득하였다 할 것이다. 민간투자법 제4조 에서 ‘사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되고, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식’(제1호)에 대하여 규정하고 있으나, 이는 어디까지나 민간투자사업의 추진방식의 하나로 규정된 것에 불과하고, 민간투자사업의 추진방식으로는 반대로 ‘사회간접자본시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되고, 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식’(제2호)이나 ‘사회간접자본시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되는 방식’(제3호)도 있는 점에 비추어 볼 때, 민간투자법이 민간투자사업에 의하여 설치된 사회간접자본시설의 소유권이 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되어야 할 것을 요구하고 있는 것은 아니라는 점에서 이 사건과 같은 방식의 민간투자사업의 경우에 있어서 민간투자법 제4조 제1호 에 의하여 준공ㅇ과 동시에 당연히 국가 또는 지방자치단체가 사회간접자본시설의 소유권을 취득하게 되는 것으로 볼 수는 없다.

(3) 다음으로, 원고가 피고에게 이 사건 시설을 기부체납한 것을 감면세액의 추징사유인 조세특례제한법 제146조 소정의 ‘처분’으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살피건대, ①임시투자세액공제제도는 경기부양을 위하여 필요한 경우 기업의 설비투자에 대하여 투자세액을 공제하 줌으로써 그 투자를 유인하는 제도로서 일정기간 내에 자산을 처분하는 경우에 공제세액을 추징하는 것은 세액공제의 대상인 투자자산을 단기간 내에 처분하여 버리는 경우에는 위 제도의 목적을 달성할 수 없으므로 이를 방지하기 위함인데(대법원 1997.12.9. 선고 97누4494 판결 등 참조), ②민간투자법이 규정하고 있는 사업방식, 특히 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식과 사회간접자본시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식 사이에는 그 경제적 실질에 있어서 아무런 차이가 없을 뿐 아니라, 오히려 전자의 방식이 국가 또는 지방자치단체에 소유권을 귀속시킴으로써 사업시행자의 단기간 내 처분의 가능성을 배제하여 위와 같이 공제세액 추징제도를 두는 목적에 보다 부합하는 점, ③원고는 이 사건 시설에 대하여 소유명의와 처분권만을 상실하였을 뿐 20년이라는 장기간에 걸쳐 배타적이고도 전면적인 관리사용권을 가지고 그 위험을 부담하는 등 경제적 실질에 있어서는 원고가 소유권을 가지고 있는 경우와 다를 바 없을 뿐 아니라, ○○광역시와의 협약에 따라 이 사건 시설을 협약에 따른 용도 외의 목적으로 사용할 수 없는 점, ④민간투자사업의 형식은 국가 또는 지방자치단체의 의사에 따라 결정될 가능성이 높은데, 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식이 국가 또는 지방자치단체에 상대적으로 유리하여 채택될 가능성이 높은 반면, 사업시행자는 자신의 투자에 따른 공제를 받지 못하는 불합리한 결과가 발생하는 점, ⑤ 민간투자사업의 형식에 따라 과세상 차별을 하여야 할 합리적 이유가 달리 인정되지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 시설을 ○○광역시에 기부체납한 것을 두고 감면세액의 추징사유인 ‘처분’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

• 라. 2004사업연도 법인세 부과처분에 대한 정당한 세액을 계산하면 별지 세액계산표 기재와 같다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 세액계산표 (단위:원) 구분 정당세액 과세표준 12,620,544,919 산출세액 3,395,547,128 공제 감면세액 2,133,888,689 가산세액 8,933,469 총부담세액 1,270,591,908 기납부액 1,242,069,138 차감고지액 28,522,770.