손익의 귀속시기로 인한 경정에 있어 부과제척기간이 경과되었을 경우 과세처분

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 2006. 7. 18. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 법인세 369,910,590원의 부과처분 중 220,999,460원을 초과하는 부분과 2002년 귀속 법인세 264,728,310원의 부과처분 중 254,606,650원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 1998. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 동안 확정된 자기주식처분손실 등의 손금 569,3131078원(이하 ‘이 사건 손금’이라 한다)을 해당 사업연도의 손금으로 계상하지 아니하고, 이 중 531,825,458원을 2001 사업연도에 37,487,620원을 2002 사업연도에 각 손금으로 계상하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 원고에 대한 법인세 조사과정에서 위와 같은 사실을 발견하고 피고에게 원고의 2001 및 2002 사업연도와 관련하여 이 사건 손금 및 기타 손금을 불산입하고 이에 따라 그 법인세를 경정 ․ 고지할 것을 지시하였고, 이에 따라 피고는 2006. 7. 18. 원고에게, 2001 사업연도 법인세의 미납부 가산세 및 2002 사업연도 결손금 소급공제에 의한 환급 법인세에 대한 이자상당액을 포함한 2001 사업연도 법인세 485,465,630원 및 2002 사업연도 법인세 268,469,279원을 부과하는 내용의 법인세증액경정결정을 하고 이를 고지하면서, 1998 사업연도부터 2000 사업연도까지의 법인세에 대하여는 부과제척기간이 만료되어 이 사건 손금을 추가로 산입하여 이를 경정할 수 없다는 이유로 감액경정결정을 하지 않았다.
• 다. 원고는 위 2006. 7. 18.자 각 부과처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2007. 6. 27. 위 2006. 7. 18.자 각 부과처분 중 위 가산세 및 이자상당액에 해당하는 부분을 부과하지 않는 것으로 위 각 부과처분을 경정한다는 내용의 결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 2007. 7. 25. 원고에게 위 2006. 7. 18.자 각 부과처분을 2001년 귀속 법인세 369,910,590원 및 2002년 귀속 법인세 264,728,310원으로 감액하여 부과하는 것으로 경정하였다(이하 위 2006. 7. 18. 자 각 부과처분 중 위와 같은 감이 감액경정되어 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 12, 을 제2호증의 1 내지 10, 을 제3호증의 1 내지 11, 을 제4호증, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제6호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 원고가 고의가 아닌 착오로 이 사건 손금을 해당 사업연도에 산입하지 못하고 차회 사업연도에 산입하게 된 것이고, 부과제척기간의 경과로 인하여 위 손금을 해당 사업연도에 산입하여 법인세 경정을 할 수도 없게 되었으므로, 이 사건 손금은 원고가 신고한 대로 2001 및 2002 사업연도의 손금으로 산입되어야 함이 타당함에도, 이 사건 처분은 이 사건 손금을 2001 및 2002 사업연도의 손금으로 산입하지 아니함으로써, 위 손금 상당의 소득에 대하여 이중과세를 한 것이거나, 이 사건 처분 사건 부과처분 이후에 국세기본법 제26조의2 제2항 에서 부과제척기간이 만료되었더라도 경정결정을 할 수 있는 경우로서 제3호(같은 법 제45조의2 제2항에 의하여, 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한때 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구하는 경우 등)를 신설한 취지에 반하는 것이거나, 과잉금지의 원칙에 반하여 원고의 재산권을 과도하게 침해하는 것으로서 위법하다.

(2) 이 사건 손금을 해당 사업연도의 손금에 산입함으로써 위 해당 사업연도에 결손금이 발생하게 되고 위 결손금은 2001 및 2002 사업연도에 이월되어 그 소득금액에서 공제되어야 하는 것임에도 불구하고, 이 사건 처분은 위와 같이 이월되는 결손금을 2001 및 2002 사업연도의 소득금액에서 공제하지 아니한 것으로서 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여 살피건대, ① 법인세법 제14조 제1항 및 제40조 제1항에서는, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하고, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 손금의 귀속사업연도는 1998 내지 2000 사업연도라고 할 것이어서 이를 2001 및 2002 사업연도의 손금에 산입할 수는 없다 할 것이고, ② 이 사건 처분은 2001 및 2002 사업연도의 소득(각 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액)에서 법인세법 제13조 소정의 금액을 공제한 과세표준에 대한 것이고 이 사건 소금은 1998 내지 2000 사업연도의 과세표준을 같은 방법으로 산정함에 있어서 당해 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 공제되어야 할 금원일 뿐이므로, 부과제척기간의 경과로 이 사건 손금을 해당 사업연도에 산입하여 법인세를 경정할 수 없는 상태에서 피고가 위 손금을 원고가 신고 한 대로 2001 및 2002 사업연도의 손금으로 산입하지 아니한 채 그 법인세를 산정한 것을 두고 이중과세라고 할 수도 없으며, ③ 이 사건 부과처분 이후에 시행된 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호 (2007. 12. 31. 신설되어 2008. 1. 1.부터 시행됨)에서 부과제척기간이 만료되었더라도 경정으로 인하여 당해 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 이내에 경정청구할 수 있는 것으로 규정하고 있기는 하나, 위 규정은 이 사건 처분 이후에 신설된 규정으로서 위 처분을 함에 있어 적용된다고 할 수 없을 뿐만 아니라 이를 근거로 이 사건 손금을 2001 및 2002 사업연도에 산입하여야 한다고 할 수 있게 되는 것도 아니고, ④달리 원고의 착오로 이 사건 손금을 해당 사업연도에 산입하지 못하게 된 이 사건에 있어서, 그 부과 제척기간의 경과로 이 사건 손금을 해당 사업연도로 산입하여 법인세 경정을 할 수 도 없게 되었다는 이유만으로, 피고가 위 손금을 원고가 신고한 사업연도에 산입하여야 의무가 있다거나 위 손금을 원고의 신고대로 산입하지 아니한 채 행해진 이 사건 처분이 과잉금지의 원칙에 반하여 원고의 재산권을 침해하는 것이라고 볼 자료가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여 살피건대, 각 사업연도의 결손금이라 함은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과 하는 금액을 일컫는 것으로서, 을 제 12 내지 14호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 손금을 해당 사업연도인 1998 내지 2000사업연도에 산입하더라도 위 각 사업연도의 결손금은 발생하지 않는 사실을 인정할 수 있으므로, 위 각 사업연도에 결손금이 발생하였음을 전제로 하는 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기고 하여 주문과 같이 판결 한다. <관계법령>

○ 법인세법 제13조【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세 소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 제14조【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제40조【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국세조세조정에관한법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과 후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간】

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날 부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정․판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

3. 제45조의2 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우(2007. 12. 31. 신설) 부칙<제8330호, 2007.12.31> 제1조【시행일】 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제46조의2의 개정규정은 2008년 10월 1일부터 시행하며, 제85조의6의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.