하도급 공사를 한 사실만으로 실제 거래로 비용인정할 수 있는 지 여부

1. 피고가 2006. 6. 1. 원고에 대하여 한 2001년 1기분 부가가치세 16,291,150원 부과 처분 중 15,393,129원을 초과하는 부분, 2001 사업연도 법인세 37,654,730원 부과처분 중 35,430,883원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2006. 6. 1. 원고에 대하여 한 부가가치세 25,740,990원(1999년 2기 3,442,600원, 2000년 2기 2,642,200원, 2001년 1기 16,291,150원, 2002년 1기 3,365,040원), 법인세 49,640,430원(1999 사업연도 1,887,420원, 2000 사업연도 6,877,930원, 2001 사업연도 37,654,730원, 2002 사업연도 3,220,350원)의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 조경공사업 등을 영위하는 법인으로, 이른바 자료상인 ◇◇건기 등 4개 업체가 1999. 11. 10.부터 2002. 4. 30.까지 사이에 발행한 별지 세금계산서 내역 순번 1 내지 9 기재 매입세금계산서 9매(합계 금액 112,842,000원, 이하 '이 사건 세금계산서' 라 한다)를 교부받아 그 세금계산서 상당의 금액을 1999년 2기, 2000년 2기, 2001년 1기, 2002년 1기분 각 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고, 1999 사업연도부터 2002 사업연도까지의 법인세 신고시 손금에 산입하였다.
• 나. 그런데 피고는 2006. 6. 1. 별지 세금계산서 내역 순번 1 내지 10 기재 세금계산서 전부가 허위의 세금계산서라는 이유로 위 세금계산서상의 거래금액을 매입세액으로 불공제하고, 손금에 불산입하여 원고에게 청구취지 기재의 부가가치세 및 법인세를 부과 ․ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 다. 원고는 이의신청을 거쳐 2006. 11. 23. 국세심판청구를 하였는데, 국세심판원은 별지 세금계산서 내역 순번 10 기재 세금계산서는 부가가치세 및 법인세 신고시 실제로 제출되지 않았다는 이유로 위 세금계산서를 제외하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구에 대하여는 기각하는 결정을 하였다 [인정근거] 갑 제1호증, 을 제1, 2, 3호증의 1 내지 4, 을 제4호증의 1, 2, 변론 전체 의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 부가가치세 부분 원고는 □□□□□공사 등을 하면서 모작시공자들에게 공사를 하도급하고 그들에게 공사대금을 지급하였고, 위 모작시공자들은 원고로부터 하도급받은 공사의 일부를 다시 다른 공사업자들에게 하도급하였는바, 이 사건 세금계산서는 위 모작시공자들이 다른 공사업자들에게 공사대금을 지급하고 그들로부터 교부받은 것을 원고가 위 모작시공자들로부터 다시 교부받은 것이어서 원고로서는 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서임을 알지 못하였으므로, 이 사건 세금계산서 상당의 금액은 부가가치세의 매입세액으로 공제되어야 한다.

(2) 법인세 부분 설령 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서이어서 부가가치세의 매입세액으로는 공제받지 못한다고 하더라도, 원고가 □□□□□공사와 관련하여 374,871,000원, ○○○○공항시설기반조성공사와 관련하여 110,169,000원, △△△△철도비탈면보호공사와 관련하여 21,723,000원의 공사대금을 실제로 지출하고 이 사건 세금계산서를 교부받은 이상, 이 사건 세금계산서 상당의 금액은 법인세를 계산함에 있어서 손금에 산입되어야 한다.

• 나. 관계법령 ■ 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 (세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

제17조 (납부세액)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ■ 법인세법 제19조 (손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 인정사실 ()) 원고는 모작시공자들에게 공사를 하도급하는 방식으로 공사를 시공하는데, 2000년경부터 2001년경까지 사이에 박♤♤에게는 □□□□□공사를, 양♧♧에게는 ○○○○공항시설기반조성공사를, 홍◉◉에게는 △△△△철도비탈면보호공사를 각 하도급하였다.

(2) 원고는 □□□□□공사와 관련하여 박♤♤에게 2000. 10. 28.부터 같은 해 5. 12.까지 사이에 12회에 걸쳐 합계 156,200,000원을, ○○○○공항시설기반조성공사와 관련하여 양♧♧에게 2001. 4. 30.부터 같은 해 7. 28.까지 사이에 3회에 걸쳐 합계 110,169,000원을, △△△△철도비탈면보호공사와 관련하여 홍◉◉에게 2001. 5 7.과 2001. 7. 31. 2회에 걸쳐 합계 21,723,000원을 각 공사대금 등으로 지급하였다. (인정근거) 갑 제2 내지 12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 부가가치세 부분 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호, 제16조 제1항 제1호의 각 규정을 종합하면, ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’이 사실과 다른 세금계산서는 허위의 세금계산서로서 매입세액으로 공제하지 아니 하는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서는 ◇◇건기 등의 업체가 발행한 것이고, 실제 거래 상대방들은 모작시공자들인 위 박♤♤, 양♧♧, 홍◉◉이므로, 이 사건 세금계산서는 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급하는 사업자가 다른 허위의 세금계산서라고 할 것이고 앞서 든 각 증거에 비추어 보면, 원고 또한 이 사건세금계산서가 그 발행명의인들로부터 그 기재와 같은 재화나 용역을 공급받지 않고 발행된 것임을 잘 알고 있었다고 볼 수밖에 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 법인세 부분 (가) 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야할 것이다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 참조). (나) 그런데, 이 사건 세금계산서가 허위로 판명된 이상 그에 상응하는 비용도 허위임이 상당한 정도 입증되었다고 할 것이고, 따라서 원고로서는 같은 금액만큼의 비용지출이 있었다는 점을 입증하여야 할 것인데, 원고가 박♤♤에게 2000. 10. 28.부터 같은 해 5. 12.까지 사이에 12회에 걸쳐 합계 155,200,000원을, 양♧♧에게 2001. 4. 30.부터 같은 해 7. 28.까지 사이에 3회에 걸쳐 합계 110,169,000원을, 홍◉◉에게 2001. 5. 7.과 2001 7. 31. 2회에 걸쳐 합계 21,723,000원을 각 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위 인정사실만으로는 원고가 위 박♤♤ 등에게 공사대금을 지급하고 이 사건 세금계산서를 수취하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 원고가 비용을 지출하고 이 사건 세금계산서를 발급받았다고 볼 만한 증거도 없으므로, 위 세금계산서의 공급가액과 같은 금액의 비용지출이 있었다고 할 수 없어, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 직권 판단(미제출된 세금계산서 관련) 별지 세금계산서 내역 순번 10 기재 세금계산서(공급가액 4,109,000원)가 피고에게 제출되지 아니하였음에도 불구하고, 피고가 착오로 위 세금계산서도 제출된 것으로 보고 2001년 1기 부가가치세 경정시 위 공급가액을 매입세액에서 불공제하고 2001 사업년도 법인세 경정시 위 공급금액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 계산한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 세금계산서의 공급가액만큼은 매입세액에서 불공제하고, 손금 블산입하여서는 안된다고 할 것이다. 위와 같이 계산하면, 2001년 1기 부가가치세는 15,393,129원(기존 부과처분에서의 세액보다 898,021원이 줄어들었다)이고, 2001 사업년도 법인세는 35,430,883원(기존 부과처분에서의 세액보다 2,223,847원이 줄어들었다)이 된다고 할 것이므로(계산내역은 별지 부가가치세 계산 내역 및 법인세 계산 내역과 같다), 피고의 2001년 1기분 부가가치세 부과처분 중 15,393,129원을 초과하는 부분과 2001 귀속연도 법인세 부과처분 중 35,430,883원을 초과하는 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 하종대 판사 정선미 판사 도훈태 순번 발행 일자 공급가액 발행업체 1 1999.11.10. 14,000,000원 ☆☆중기 2 2000.11.30. 5,572,000원 ◇◇건기 3 2000.12.31. 6,037,000원 ◇◇건기 4

2001. 3.30. 20,372,000원 ▽▽건기 5

2001. 3.30. 20,372,000원 ▽▽건기 6

2001. 5.31. 7,500,000원 ▽▽건기 8

2001. 5.31. 6,919,000원 ▽▽건기 9

2001. 5.31. 15,270,000원 ▽▽건기 10

2002. 4.30 16,800,000원

□□물류(주) 11 2001 5.31. 4,109,000원 ▽▽건기 합계 116,951,000원