검찰로부터 무혐의 처분을 받은 자로부터 수취한 매입세금계산서가 공제대상인지 여부

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고 성남세무서장이 2006. 5. 9. ○○상사 주식회사에 대하여 한 2004. 2기분 부가가치세 4,295,860원, 피고 시흥세무서장이 2006. 4. 10. 원고 김○○에 대하여 한 부가가치세 2002. 2기분 1,868,720원, 2003. 1기분 1,512,420원, 2003. 2기분 2,398,650원, 2004. 2기분 999,000원, 2006. 7. 10. 원고 임○○에 대하여 한 부가가치세 2003. 1기분 640,840원, 2003. 2기분 1,792,300원, 2004. 2기분 10,522,370원, 2006. 9. 1. 원고 임○○에 대하여 한 부가가치세 2002. 2기분 1,114,500원, 2003. 1기분 10,781,400원, 2003. 2기분 5,436,580원, 2004. 1기분 2,145,600원, 2004. 2기분 5,671,320원, 2006. 7. 10. 원고 송○○에 대하여 한 2003. 2기분 부가가치세 3,410,640원, 피고 수원세무서장이 2006. 7. 19. 원고 안○○에 대하여 한 2003. 1기분 889,710원, 2003. 2기분 7,400,210원의 각 부과처분이 각 무효임을 확인한다.

• 가. 피고 안양세무서장은 그 관내에서 ○○기계라는 상호로 기계부품금형 제조업을 영위하는 이○○에 대한 부가가치세 경정조사를 실시한 결과 이○○이 2002. 2기부터 2004. 2기까지 사이에 자료상 혐의를 받고 있는 업체들로부터 매입세금계산서를 수취한 금액이 전체 매입세액의 99.9%에 이르는 등 위 과세기간 중 ○○기계가 수취하거나 교부한 매입 또는 매출세금계산서 모두가 실물거래 없이 이루어진 가공의 것이라고 판단한 다음 이○○을 조세범처벌법위반으로 고발하는 한편, 위 조사결과를 원고들의 운영하는 사업장 소재지를 관할하는 다른 피고들에게 통보하였다.
• 나. 이에 피고들은 청구취지 기재와 같이 원고들에게 부가가치세를 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)를 하였다. 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제3, 5 내지 7호증, 갑 제4호증의 1 내지 5, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 8, 변론 전체의 취지

피고들은 이 사건 소가 제소기간 내에 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하므로, 각하되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 행정소송법 제38조 는 무효등확인소송에 취소소송에서의 전심절차(제18조), 제소기간(제20조)에 관한 규정을 준용하지 않고 있어 무효등확인의 소에는 전심절차 및 제소기간에 관한 위 규정이 적용되지 아니하므로, 피고들의 위 본안전 항변은 이유 없다.

• 가. 원고들의 주장 원고들은 실제로 이○○과 거래하면서 매입세금계산서를 수취한 것일 뿐 아무런 거래 없이 가공의 세금계산서를 수취한 것이 아니고, 이○○과 검찰에서 혐의없음 처분을 받은 등 이 사건 처분은 합리적이고 타당한 근거 없이 작성된 과세자료에 근거한 것이므로, 이 사건 처분은 무효이다.
• 나. 판단 갑 제9호증, 을 1호증의 1 내지 8, 을 4호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 이○○이 운영하는 ○○기계는 2004. 8. 16. ○○시 ○○동 233-5에 위치한 상가 1층으로 사업장 이전신고를 하였는데, 위 상가 1층은 이○○의 처인 김○○이 ○○○○○○이라는 상호로 건축도료 도소매업을 영위하던 사업장인 점, ○○기계는 2002. 2기부터 2004. 2기까지 1,347,899,000원을 매입하여 1,701,517,000원을 매출하였는데, 위 매입 및 매출액이 비교적 큰 금액임에도 불구하고 그와 관련된 금융거래자료가 거의 없는 점, ○○기계의 매입처인 ○○산업 주식회사는 2002. 2기부터 2003. 2기까지 매입자료 없이 매출자료만 발생하는 등의 이유로 과세관청에 의하여 자료상으로 조사된 업체이고 나머지 매입처 3곳도 과세관청에 의하여 자료상으로 조사된 업체들인 점, 원고들은 이 사건 처분에 의하여 부과된 부가가치세가 적지 않은 금액임에도 불구하고 이에 대하여 별다른 이의를 제기하지 아니한 채 모두 납부한 점, 이○○에 대한 검찰의 무혐의 처분은 일부 허위거래한 점이 의심되지만 이를 증명할 수 있는 증거자료를 발견하지 못하였음을 이유로 한 것일 뿐 이○○이 자료상에 해당하지 않는다고 판단한 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 갑 9호증, 갑 제10 내지 17호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 이○○의 증언만으로는 원고들이 ○○기계와 실질거래를 하였고, 그 과정에서 부가가치세법이 정하는 바에 따라 세금계산서를 교부받은 것으로 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서, 이 사건 처분에 사실오인의 하자가 존재한다거나 그 하자가 중대․명백하여 이 사건 처분이 무효라고 볼 수는 없으므로, 원고들의 각 청구는 모두 이유 없다.

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.