법정신고기한 후 행한 실지거래가액에 의한 수정신고의 적법성

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2007. 9. 4. 원고 ○○○에 대하여 한 1998년 귀속 양도소득세 89,945,355원, 원고 △△△, ◇◇◇에 대하여 한 1998년 귀속 양도소득세 각 89,918,377원 합계 269,782,100원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 소외 권□□은 1998. 10. 28. 그 소유의 □□시 □□동 □□ 대 413m 2 및 그 지상 상가 577.12m 2 와 주택 185.52m 2 (이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)를 소외 이□□에게 매도하고, 같은 해 12. 23. 기준시가에 의하여 별지 양도소득세 내역표의 ‘1998. 12. 23. 신고’란 기재와 같이 양도차익예정신고를 하였으나, 양도소득세를 납부하지 아니한 채 1999. 5. 12. 사망하였다.
• 나. 피고는 2000. 4. 2. 권□□의 상속인들인 원고들에게 같은 내역표 ‘2000. 4. 2. 고지’란 기재와 같이 위 매매에 따른 양도소득세 4,183,004원을 결정 ․ 고지하는 이 사건 당초처분을 하였고, 원고들은 위 양도소득세를 납부하였다.
• 다. 원고들은 2000. 11. 23. 이 사건 각 부동산의 실제 양도가액이 750,000,000원이라고 주장하면서 같은 내역표 ‘2000. 11. 23. 수정신고’란 기재와 같이 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 다시 계산한 과세표준수정신고(이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다)를 하고, 신고세액 8,037,474원 중 이미 납부한 4,183,004원을 공제한 나머지 3,854,470원을 추가로 납부하였다(양도가액 570,705,017원은 원고가 이 사건 각 부동산의 실제 양도가액이라고 주장하는 750,000,000원에서 1세대 1주택으로 비과세되는 부분의 가액을 제외하고 계산한 금액이다).
• 라. 피고는 중부지방국세청장으로부터 이 사건 당초처분 과정에서 합필 토지의 기준시가를 잘못 적용하였다는 지적을 받고 이 사건 각 부동산의 기준시가를 바르게 적용하여 다시 세액을 산출한 결과 위 매매와 간련하여 원고들이 부담하여야 할 양도소득세액을 같은 내역표 ‘2001. 8. 2. 고지’란 기재와 같이 277,819,583원으로 결정하고, 2001. 8. 2. 원고들에게 위 금액에서 이미 납부된 8,037,474원을 공제한 269,782,100원(269,782,109원에서 10원 미만을 버림)을 추가로 부과 ․ 고지하는 이 사건 증액경정처분을 하였다.
• 마. 원고들은 2002. 12. 6. 이 법원 2002구합 4908호로 이 사건 증액경정처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나 2003. 4. 30. 원고들의 청구가 기각되었고, 서울고등법원 2003누8991호로 항소를 제기하였으나 2004. 11. 5. 위 항소 또한 기각되었다. 이에 원고들은 대법원 2004두13837호로 상고를 제기하였고, 2006. 4. 28. ‘양도소득세 총액을 상속인들에게 일괄 부과한 것은 적법한 납세의 고지라고 볼 수 없다’는 이유로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하다는 판결이 선고되었고, 이에 따라 2006. 9. 26. 서울고등법원 2006누11264호로 이 사건 증액경정처분을 취소한다는 내용의 판결이 선고되었다.
• 바. 피고는 위 환송심 판결이 확정된 이후인 2007. 9. 4. 위 대법원 판결과 환송심 판결의 취지에 따라 공동상속인들인 원고들 각자가 납부하여야 할 세액을 특정하여, 같은 내역표 ‘2007. 9. 4. 고지’란 기재와 같이 원고 양유석에 대하여는 89,945,355원, 원고 △△△, ◇◇◇에 대하여는 각 89,918,377원의 양도소득세를 각 부과 ․ 고지하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 3, 갑 제3호증의 1 내지 6, 갑 제4호증, 갑 제21호증, 갑 제31호증의 1 내지 4,을 제1호증의 1 내지 4,을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장

(1) 원고들은 이 사건 증액경정처분 전에 과세표준수정신고를 하였고, 수정신고 전에 있었던 이 사건 당초처분은 이 사건 증애경정처분에 흡수 ․ 소멸되었으므로, 국세기본법(2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1항 제1호에 따라 원고들의 수정신고는 적법하고, 그 수정신고가 적법한 이상 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1항 제1호에 따라 원고들의 수정신고는 적법하고, 그 수정신고가 적법한 이상 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1호, 소득세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제4항 제3호에 따라 실지거래가액으로 양도가액을 산정하여야 하는데, 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고들이 신고한 실지거래가액을 적용하지 않고 기준시가를 적용하여 양도가액을 산정하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과하더라고 실질과세원칙상 그 양도소득세액이 실지거래가액에 의한 양도차익을 초과할 수 없고, 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과할 수 없는바, 이 사건의 경우 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세는 합계 277,819,583원으로 실지거래가액에 의한 양도차익 43,212,345원을 초과하고, 기준시가에 의한 양도차익은 692,595,569원으로 비과세 부분을 제외한 이 사건 각 부동산의 실지양도가액 570,705,017원을 초과하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대하여 (가) 이 사건 수정신고가 국세기본법 제45조 제1항 에 따른 적법한 수정신고인지 여부 국세기본법 제45조 제1항 에 의하면, 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 자는 관할세무서장이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있는바, 원고들은 이 사건 증액경정처분이 있기 전에 이 사건 수정신고를 하였으나 그 전에 이미 이 사건 당초처분이 있었으므로 위 수정신고가 국세기본법 제45조 제1항 에 따른 적법한 수정신고인지 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니라, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이고, 이러한 증액경정처분이 있으면 당초의 처분은 위 처분에 흡수되어 소멸하는 것이므로, 과세관청으로서는 증액경정처분을 함에 있어서 증액경정처분 당시까지 제출된 자료를 모두 조사하여 과세표준과 세액을 확정할 필요가 있을 뿐 아니라, 과세관청으로 하여금 증액경정처분 당시까지 있었던 과세표준수정신고가 그 주장과 같이 실지거래가액에 기초한 것인지 여부를 조사하게 한다고 하여 조세관계를 조기에 확정시키려는 소득세법 관계규정의 취지에 반한다고 보기도 어려우므로, 피고가 이 사건 증액경정처분을 하기 전에 행한 이 사건 수정신고가 부적법한 것이라고 볼 것은 아니다. (나) 이 사건 수정신고가 정당한 실지거래가액에 기한 신고인지 여부 다만, 이 사건 수정신고가 과연 원고들의 주장과 같이 실지거래가액에 기초하여 산정한 세액을 신고한 것인지 여부 즉, 이 사건 수정신고의 취득가액과 양도가액이 실지거래가액에 의한 것인지 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 먼저 소득세법 부칙(1994. 12. 22. 법률 제4803호) 제8조는 같은 법 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984. 12. 31. 이전에 취득한 것은 1985. 1. 1. 에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조 제1항은 위 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 ‘의제취득일’이라 한다) 현재의 취득가액은 의제취득일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 의제취득일 현재의 기준시가)와 취득 당시 실지거래가액이 확인되는 경우로서 당해 자산의 실지거래 된 취득가액에 그 취득일로부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간에 의한 생산자 물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액 중에서 많은 것으로 한다고 규정하고 있으므로, 결국 1984. 12. 31. 이전에 취득한 자산의 1985. 1. 1. 현재의 시가를 알 수 있다면 이 시가(또는 위 제167조 제2호 소정의 합산 가액)가 실지취득가액이 되므로 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 산출할 수 있는 것이지만, 1984. 12. 31. 이전에 취득한 자산의 1985. 1. 1. 현재의 시가(또는 위 제167조 2호 소정의 합산 가액)를 알 수 없는 경우에는 1985. 1. 1. 현재의 기준시가에 의하여 취득가액이 결정되므로 양도가액 역시 기준시가에 의하여 산출되어야 하고, 이를 실지거래가액으로 의제할 수는 없으므로 취득가액과 양도가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 할 것인바, 원고들은 이 사건 수정신고에서 이 사건 각 부동산의 취득가액을 위 부칙 제8조와 같은 법 시행령 제167조에 따라 기준시가로 산출한 것이라고 스스로 주장하고 있으므로 이 사건 수정신고를 실지거래가액에 기한 수정신고라고 할 수 없다. 뿐만 아니라 이 사건 수정신고의 실제 양도가액이 750,000,000원이라는 원고들의 주장에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 증거로는 갑 제2호증의 2, 갑 제3호증의 1, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 갑 제7호증, 갑 제13호증, 갑 제14호증의 1, 갑 제16호증의 1, 갑 제19, 20호증의 각 기재와 증인 임영식의 증언이 있으나, 거액의 부동산을 매매하면서 매매계약서를 작성하지 않고 구두로 계약을 체결하는 것은 상당히 이례에 속하는 점, 원고들이 매매 이후에 작성하였다고 주장하는 각 매매계약서(갑 제5호증의 1, 2)가 계약일자와 계약 내용은 동일하면서도 매도인의 인영이 다르며, 원고들이 주장하는 매매계약일 이전인 1998. 10. 30. 이 사건 각 부동산에 관하여 근저당권자 주식회사 부국상호신용금고, 채권최고액 742,000,000원, 채무자 최제천으로 하는 근저당권이 설정된 점, 위 근저당권에 이어 1998. 12. 9. 이 사건 각 부동산에 관하여 채권최고액 126,000,000원의 근저당권이 추가로 설정되어 채권최고액이 합계 868,000,000원이나 되었으며, 2001. 3. 1. 기준으로 이 사건 각 부동산의 감정평가액이 약 2,000,000,000원이나 되는 등 1998. 11. 초경 이 사건 각 부동산의 시가가 750,000,000원을 훨씬 초과하는 것으로 보이는 점, 원고들은 권□□이 경제적인 어려움을 해소하기 위하여 권□□이 다니던 절의 주지와 신도 엄□□으로부터 매수인을 소개받아 이 사건 각 부동산을 시가보다 저가로 매도하였다고 주장하지만, 매도대금 중 주지에게 10,000,000원, 임dd에게 66,000,000원이 교부되었을 뿐만 아니라, 매수인이 은행신용상태가 좋지 않아 타인 명의로 대출을 받아야 함에도 매매계약서조차 작성하지 않고 매도하였다는 점 등에 비추어 보면 위 각 증거들은 쉽게 믿기 어렵고, 달리 원고들의 위 주장을 인정할 증거가 없다고 할 것이다(한편 원고들은 자신들에 대한 상속세부과처분에 대하여 국세청에 심사청구를 한 결과 국세청이 이 사건 각 부동산의 실지양도가액이 750,000,000원이라고 판단하였으므로 피고는 위 결정에 기속되어야 한다고 주장하나, 양도소득세와 상속세는 그 근거법령 및 과세체계 등이 다를 뿐만 아니라 양도세부과처분인 이 사건 처분은 상속세부과처분과는 다른 별개의 처분이라고 할 것이므로, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 국세청의 심사결과에 기속되지 아니한다고 할 것이다).

(2) 두 번째 주장에 대하여 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세가 그 실지거래가액에 의한 양도차익을 넘는다거나, 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 넘는다는 점에 대한 입증책임이 납세의무자인 원고들에게 있다고 할 것인데, 앞서 배척한 증거 외에는 이 사건 양도소득세가 실지거래가액에 의한 양도차익을 넘는다거나, 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 넘는다고 볼 만한 증거가 없으므로, 원고들의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.