라부안 법인으로부터 주식을 양수한데 대해 실지귀속자를 달리보아 원천징수의무를 부과한 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 8. 5. 원고에게 한 2000년 귀속 법인세 23,113,688,210원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 7. 25. 말레이시아 법인인 ☆☆-★★ Ltd., ☆☆-◎◎ Ltd., ☆☆-◎◎ II Ltd.(이하 ‘☆☆ □□□법인’이라 한다)로부터 ○○엠닷컴 주식회사의 주식 21,911,622주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 매수하기로 하는 계약을 체결하였는데, 위 계약에 의하여 정해진 양도인별 이 사건 주식 및 원고로부터 지급받는 원화, 달러 화, 약속어음(어음이자 포함), ●●●●●●●(이하 ‘♠♠♠’라 한다) 주식 수의 내역은 다음과 같다.
• 나. 피고는 2005. 8. 2. 이 사건 주식의 실질적인 양도인을 ☆☆ □□□법인이 아니라 ☆☆ Asian Infrastructure Fund ♣.♣., ☆☆-Asian Infrastructure Fund II ♣.♣. 및 ☆☆ Asian Opportunity Fund ♣.♣.(모두 합하여 ’☆☆ 모펀드’라한다)의 출자자들이므로, 원 고에게는 이 사건 주식의 양도대금 중 ☆☆ 모펀드 출자자들 중 대한민국과 조세협약 을 체결하지 아니한 국가의 거주자인 출자자들에 대한 양도소득세를 법인세로서 원천징수할 의무가 있다고 보아 2000 사업연도 귀속 법인세 23,949,000,507원을 부과하였다(환율은 1,112.4원/$로, ♠♠♠ 주식의 1주당 가격은 390,000원으로 산정하였다).
• 다. 원고는 위 처분에 불복하여 2005. 11. 2. 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2007. 9. 13.경 주식회사 ●●●●●●●의 주식 1주당 가액 390,000원은 매매계약이 최종적으로 확정된 2000. 7. 25. 증권거래소 종가인 346,000원으로 변경하여 그 세액을 경정하여야 한다는 취지의 결정을 하였다.
• 라. 피고는 위 심사결정에 따라 당초 처분에 의하여 부과된 세액 중 835,312,290원 을 감액경정하였다(이하 2005. 8. 5.자 처분 중 감액경정되지 않은 부분을 이 사건 부 과처분이라 한다). [인정근거] 갑 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다음과 같은 점에 비추어 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. ☆☆ □□□법인은 대한민국에 대한 투자를 목적으로 말레이시아 법률에 의하여 설립된 실체가 있는 법인이므로 이 사건 주식거래의 당사자는 ☆☆ 모펀드의 출자자로 볼 것이 아니라, 위 법인으로 보아야 하고, 위 법인의 법인격을 부인할 수 있는 구체적인 규정도 없으므로, ☆☆ □□□법인과 원고사이에 체결된 이 사건 주식거래에 대하여는 한국ㆍ말레이시아 조세협약(이하 ‘이 사건 조세협약’이라 한다) 제13조 제4항 에 따라 말레이시아에서만 과세될 수 있을 뿐, 원고에게 그 원천징수의무가 있다고 할 수 없다.
• 나. 이 사건 주식양도소득이 ☆☆ 모펀드의 출자자들에게 최종적으로 귀속된 것으로 본다고 하더라도 이는 이 사건 주식의 양도소득이 ☆☆ □□□법인에 일단 귀속된 이 후 ☆☆ □□□법인이 국외에서 배당 등의 형태로 ☆☆ 모펀드 출자자에게 지급한 것에 불과하여, 원고는 ☆☆ 모펀드의 출자자들에게 직접 소득을 지급한 것이 라고 할 수 없으므로, 법인세법 제98조 제1항 에서 정한 ’외국법인에 대하여... 국내원천소득...을 지급 하는자’에 해당하지 아니하고, 양도인인 ☆☆ □□□법인은 국내에 고정사업장을 둔 적이 없고 원고로부터 송금 받은 양도대금을 국외에서 ☆☆ 모펀드에게 지급하였으므로, ☆☆ □□□법인 또한 법인세법 제98조 제8항 기한 원천징수의무를 부담하지 아니한다.
• 다. 원고는 이 사건 주식의 양도대금을 ☆☆ □□□법인에 지급할 당시 위 양도대금의 사용처 및 ☆☆ □□□법인의 주주 및 ☆☆ 모펀드의 출자자들에 관한 자료를 요구할 권리가 없어 원천징수가 사실상 불가능하였던 점, 피고 역시 이 사건 부과처분을 함에 있어 가산세를 부과하지 아니한 점에 비추어 보면 원고에게는 이 사건 주식양도 대금의 원천징수의무를 이행하지 못할 특별한 사정이 있었다고 볼 수밖에 없으므로 원천징수의무가 배제되어야 한다.
• 라. 이 사건 부과처분은 피고가 원천징수할 세액이 없음을 확인하여 준 ‘납부할 세액 확인신청’ 및 말레이시아 □□□에 소재하는 법인이 이 사건 조세협약의 적용을 받는 다는 예규(국총 46017-535), 미국법상 파트너쉽과세에 있어서는 그 구성원인 조합원 의 거주지국이 아니라 파트너쉽 자체의 거주지국과 체결한 조세협약의 규정에 따라 과세여부를 판단한다는 예규(국일 46107-471) 등에 반하여 납세의무성립 후 약 5년이 지난 시점에서야 이루어진 것으로 선의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.
• 마. ☆☆ 모펀드의 출자자들은 금융업에 종사하는 투자기관에 해당하므로 이 사건 주식양도소득은 유가증권양도소득이 아닌 사업소득에 해당한다.
• 바. 피고는 현금 등 외에 지급된 ♠♠♠주식의 1주당 가액을 346,000원으로 평가하여 이 사건 주식의 양도가액을 산정하였으나, 이 사건 주식양도는 정산절차를 수반하지 아니하는 단순한 교환으로서 실지거래가액이 확인되지 아니한 경우로 보아야 하므로, 주식교환일 당시의 이 사건 주식의 기준시가인 16,800원을 기준으로 하여 이 사건 주 식 양도가액을 산정하여야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 첫째 주장에 대하여

(1) 인정사실 (가) 버뮤다에 소재한 ☆☆ Asian Infrastructure Fund ♣.♣.(이하 ☆☆-◎◎ ♣.♣.라 한다) 및 ☆☆-Asian Infrastructure Fund II ♣.♣. (이하 ☆☆-◎◎ II ♣.♣.라 한다)와 케이만 아일랜드에 소재한 ☆☆ Asian Opportunity Fund ♣.♣.(이하 ☆☆-★★ ♣.♣.라 한다)는 1998. 7. 31. 말레이시아의 □□□에 각각 ☆☆-◎◎ Ltd., ☆☆-◎◎ II Ltd., ☆☆- ★★ Ltd.를 설립한 후, 1998. 8. 18. 주식회사 ○○엠닷컴의 주식(이하 ’이 사건 주식’이라 한다)을 취득하였다. (나) ☆☆ □□□법인은 이 사건 주식양수계약서 작성일인 1998. 8. 18. 이전에 ☆☆ 모펀드의 투자위원회로부터 승인을 받았으며, 이 사건 주식양수계약서에는 ☆☆ □□□법인 이외에 ☆☆ 모펀드도 계약당사자로 참가하고, ☆☆ □□□법인의 이사ㆍ대리인은 ☆☆ 모펀드 및 ☆☆ 투자펀드의 아시아지역에서의 의사결정을 맡고 있는 홍콩 소재 ☆☆ Investment Corporation Ltd(이하 ☆☆IC라 한다)의 주요 임원을 겸하고 있으며, ○○엠닷컴 주식회사의 이사회, 감사위원회 및 집행위원회 등의 구성원 중 일부를 ☆☆ 모펀드에서 지명하도록 규정되어 있고, 통지 등 각종 연락사항은 ☆☆ 모펀드에게 하도록 하되, 그 사본을 홍콩에 있는 ☆☆IC으로도 송부하여야 하는 것으로 기재되어 있다. (다) ☆☆ □□□법인의 외국인투자등록신청서에 의하면 각 대표자는 모두 홍콩의 ☆☆IC의 대표자인 Cesar Zalamea, 각 연락처는 모두 852-2143-1398(말레이시아 국번이 아닌 홍콩국번이다)이며, 자산총액은 1999. 12. 31.기준 각 4천만 불을 상회하나 모두 이 사건 주식으로만 구성되어 있고, 그 소재지는 모두 말레이시아 □□□의 Trusteo Labuan Ltd.라는 위탁관리회사로 되어 있으며, 별도의 ☆☆ □□□법인의 사무실과 직원은 없고 위탁관리회사 직원 3명이 ☆☆ □□□법인을 포함한 다수의 회사서류 등을 관리ㆍ기장하며 각종 신고업무와 연락업무만을 대행하고 있다. [인정사실] 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 1 내지 4, 을 제7호증의 1 내지 3, 을 제8, 9호증, 을 제10호증의 1 내지 3, 을 제11호증의 1 내지 4, 을 제12호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 판단 이 사건 조세협약과 같은 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약을 체결하는 근본목적은 국제적 이중과세를 방지함으로써 재화와 용역, 자본과 인적교류를 촉진함과 동시에 조세의 회피 및 탈세를 방지하기 위한 것인바, 이러한 조세협약의 목적과 국세기본법 제14조 의 실질과세의 원칙 등에 비추어 보면, 법인세법 제98조, 제93조 등에 따른 외국법인의 국내원천소득에 대한 법인세의 부과는 그 국내원천소득이 사실상 귀속되는 자를 기준으로 하여 그 사실상 귀속자의 거주지국과 체결한 조세협약을 적용하여야 할 것이다. 이 사건에 관하여 보건대, ① ☆☆ 모펀드는 이 사건 주식을 취득하기 직전인 1998. 7. 31.경 ☆☆ □□□법인을 설립하였고, ☆☆ □□□법인의 대표자 및 그 임원들도 ☆☆ 모펀드 등의 임원을 겸하고 있으며, 이 사건 주식의 양수계약서 작성시 ☆☆ □□□펀드 뿐 아니라 ☆☆ 모펀드 등도 계약당사자로 참여한 점 등에 비추어보면 ☆☆ □□□ 법인은 ☆☆모펀드가 이 사건 주식의 취득을 위하여 설립한 것으로 보이는 점, ② ☆☆ □□□법인의 자산이 이 사건 주식으로만 구성되어 있고, 그에 속해있는 직원의 숫자 및 그들이 수행한 업무 등에 비추어 보면, 위 법인이 이 사건 주식거래 관련 업무 외에 다른 독자적인 영업활동을 하지는 않은 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 주식양수계약서 의 내용 및 ☆☆ □□□법인의 소재지 및 관리형태 등에 비추어, 이 사건 주식을 취득 한 이후에도 ☆☆ 모펀드 등이 이 사건 주식취득에 따른 권리 및 의사결정을 해 온 것으로 보이는 점, ④ 한국과 ☆☆ 모펀드의 설립지인 버뮤다 내지 케이먼아일랜드 간에는 조세협약이 체결되어 있지 아니하여 우리나라에서 주식양도차익에 대하여 과세할 우려가 있음에 반하여 한국과 ☆☆ □□□법인의 설립지인 말레이시아 간에 체결된 조세합약에 의하면 주식양도소득에 대하여 거주지국 과세로 규정되어 있고, 특히 말레이시아 현지 세법에 의하면 자국 법인의 해외원천소득에 대하여는 저율과세 또는 비과세 하도록 되어 있는 점 등을 종합하여 보면, ☆☆ □□□법인은 정상적인 투자목적으로 말레이시아에서 설립되어 사업활동을 하고 있는 회사가 아니라 이 사건 주식거래와 관련하여 소득발생지국의 조세징수를 회피하기 위하여 만들어진 형식적인 회사에 불과하므로, 이 사건 주식거래로 인한 그 이익의 사실상 귀속자는 ☆☆ 모펀드의 출자자들로 봄이 상당하다.

• 나. 둘째 주장에 대하여 앞서 살펴 본 바와 같이 이 사건 주식 매매계약의 양도인 및 양도대금의 사실상 귀속자를 ☆☆ □□□법인이 아니라 ☆☆ 모펀드의 출자자로 보는 이상, 이 사건 주식 양도대금의 지급이 이 사건 주식매매계약상의 형식상 양도인인 ☆☆ □□□법인을 거쳐 ☆☆ 모펀드로의 배당이라는 형식을 취하였다고 하더라도, 실질적으로는 원고가 ☆☆ 모펀드 출자자들에게 직접 지급한 것과 다를 바 없으므로, 이는 국내에 본점을 둔 원고가 국내사업장이 없는 ☆☆ 모펀드 출자자들에게 국내원천소득인 이 사건 양도대금을 지급한 경우에 해당한다고 할 것이어서 원고는 법인세법 제98조 제1항 에 기한 원천징수의무가 있다고 할 것이고, ☆☆ □□□법인이 국내에 고정사업장을 둔 바 없다고 하여 원고가 위 의무를 면하게 되는 것도 아니다.
• 다. 셋째 주장에 대하여 외국법인에 대하여 국내원천소득을 지급하는 자가 관련법령에 의하여 원천징수의무를 부담하는 이상, 그러한 원천징수가 사실상 곤란하였다는 등의 사정이 있다고 하여 그 의무를 면할 수는 없다고 할 것이고, 피고가 그와 같은 사정을 고려하여 가산세를 부과하지 않았다고 하여 달리 볼 것도 아니므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
• 라. 넷째 주장에 대하여 갑 1호증의 기재에 의하면, 피고는 2000. 7. 7.원고가 이 사건 주식거래와 관련하여 ☆☆ □□□법인에게 지급할 외화금액과 원천징수율에 대하여 ‘원천징수율 0%, 원천 세액 0원’으로 작성해 온 납부(할)세액확인서를 그대로 확인하여 준 사실은 인정되나, 이는 □□□법인이 정상적으로 사업을 영위하는 법인으로서 이 사건 주식의 실질적인 양도인인 경우를 전제로 한 것이지 앞서 본 바와 같이 조세회피를 위한 형식적인 회사인 경우까지 그 세액이 없다는 취지의 확인을 해 준 것이라고 볼 수는 없고, 원고가 내세우는 예규가 있다는 사정만으로는 과세관청이 이 사건과 같은 경우에도 과세를 해오지 않았다거나 과세하지 않는다는 의사를 가지고 있었다고 보기 어려우므로, 피고가 위와 같은 납부세액이 없다는 취지의 납부세액확인서를 작성해 준 후 5년여가 지난 시점에서 이 사건 주식에 대한 양도소득이 과세대상에 해당된다고 보아 이 사건 부과처분을 하였다고 하여 이를 두고 신뢰보호의 원칙 내지 소급과세의 원칙에 반한다고 할 것은 아니다.
• 마. 다섯째 주장에 대하여 법인세법 제93조 는 제5호에서 ’외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득으로서 대통령령이 정하는 것’을 국내원천소득으로 규정하는 한편, 제10호에서 ’내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 내국법인 또는 외국법인의 국내사엽장이 발행한 기타의 유가증권의 양도로 인하여 발생하는 소득 중 대통령령이 정하는 소득’도 국내원천소득의 하나로 규정하고 있고, 동법 시행령 제132조 제1항 제9호는 법인세법 제93조 제5호 에서 대통령령이 정하는 것 중 하나로 외국법인이 국내 및 국외에 제1호 내지 제8호 외의 사업을 영위하는 경우에는 당해 사업에서 발생하는 소득 중 당해 사업에 관련된 업무를 국내업무와 국외업무로 구분하여 이들 업무를 각각 다른 독립사업자가 행하고 또한 이들 독립사업자간에 통상의 거래조건에 의한 거래가격에 따라 거래가 이루어졌다고 가정할 경우 그 국내업무와 관련하여 발생하는 소득을 들고 있고, 시행령 제132조 제7항 제2호는 법인세법 제93조 제10호 에서 대통령령이 정하는 소득의 하나로 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 당해 주식 또는 출자증권을 양도함으로써 발생하는 소득을 들고 있다. 그런데, 앞서 본 바와 같이 ☆☆ 모펀드의 출자자들이 금융자산 등에 투자하여 투자 수익을 거두는 것을 목적으로 하여 설립된 기관 등이라 하더라도 그들이 국내에 지점이나 사업장을 두고 이러한 금융투자업무를 행하고 있다거나, 이러한 업무를 국내업무와 국외엽무로 구분하여 각각 다른 독립사업자로 하여금 행하게 하고 있다고 볼 자료는 없으며, 달리 이 사건 주식양도소득이 법인세법 제93조 제5호 의 사업소득에 해당한다고 볼 근거도 없으므로 이 사건 주식양도소득은 법인세법 제93조 제5호 의 사업소득이 아니라, 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 내국법인 주식을 양도함으로써 발생한 소득으로서 법인세볍 제93조 제10호, 시행령 제132조 제7항 제2호의 주식양도소득에 해당한다고 할 것이고, 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.
• 바. 여섯째 주장에 대하여 앞서 든 증거 및 갑 제15호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2000. 6. 6.경 이 사건 주식의 양도대가로 현금 30%와 ♠♠♠주식 70%를 지급받는 조건을 선택한 양도인들(☆☆ □□□법인)에 대하여는 이 사건 주식을 1주당 40,000원으로, ♠♠♠주식은 1주당 390,000원(♠♠♠ 주식의 2000. 6. 5. 증권거래소 종가가 394,000원임)으로 평가하여 주식교환비율을 1: 9.75로 하고, 이 사건 주식의 양도대가로 현금 20%와 약속어음 80%를 지급받는 조건을 선택한 양도인에 대하여는 이 사건 주식을 1주당 37,000원으로 명가하여 양도하기로 협상이 되었다가, 2000. 7. 25. ○○엠닷컴의 018 pcs 가입자 수 등에 관한 자산실사결과에 따라 위 양도대금 중 280,875,517,412원 상당을 감액하기로 하여(이중 31,500,300,000원은 ♠♠♠주식을 1주당 390,000원으로 계산하여 80,700주를 차감), 양도인들이 원고로부터 지급받을 원화, 달러화, 약속어음금 및 ♠♠♠주식 수 등의 내역을 앞서 본 1. 가.항 기재와 같이 최종적으로 정한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 주식대금은 결국 현금, 약속어음과 함께 ♠♠♠ 주식의 증권거래소 시세를 기준으로 하여 산정된 것이라고 봄이 상당하고, 이와 달리 이 사건 주식양도가 정산절차를 수반하지 아니한 단순한 교환에 해당하여 실지거래가액을 알 수 없는 경우에 해당한다고 볼 것은 아니므로, 위 금액 상당을 실지거래 가액으로 보아 그 양도대금을 정한 이 사건 처분에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다. 이에 대하여 원고는 ☆☆ 모펀드의 출자자틀 중 형식적인 회사가 존재한다면 이들의 원출자자들(나아가 원출자자들의 상위 원출자자들)의 각 거주지국까지 파악하여야함에도 ☆☆ 모펀드의 출자자들 단계까지만 파악하여 위와 같이 과세한 것은 위법하다고 주장하나, 을 제13호증의 기재에 의하면 피고는 2005. 8. 1.자 ☆☆- ◎◎ Ltd.의 출자자인 ☆☆-◎◎ ♣.♣.와 ☆☆-◎◎ II Ltd.의 출자자인 ☆☆-◎◎ II ♣.♣.의 2000년 사업연도 감사보고서 및 파트너별 국적자료 및 2005. 7. 30.자 ☆☆- ★★ Ltd.의 출자자인 ☆☆-★★ ♣.♣.의 파트너쉽 계약서와 투자자명단 등을 통하여 확정한 ☆☆ 모펀드의 과세가능 파트너 및 투자비율 등에 대한 자료를 기초로 이 사건 부과처분에 이런 사실을 인정할 수 있고, 나아가 위 과세가능 파트너가 형식적인 회사에 불과하다고 볼 만한 자료는 없으므로, 이 사건 주식양도대금의 실질귀속자의 비율이 잘못 산정되었다고 볼 수 없고, 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.