가공매입세금계산서 경정시 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실에 대한 입증책임

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 2. 8. 원고에 대하여 한 2002년 1기분 부가가치세 31,387,520원 및 2002사업연도 법인세 53,563,720원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 주소지에서 자동제어기기, 폐쇄회로 및 텔레비전 주변기기, 유·무선 원격 제어 시스템, 계량기 시스템 제조 및 판매업, 소프트웨어 연구개발 및 판매업 등을 영위하는 회사로서, ○○ 주식회사(이하 ‘○○’라고 한다)로부터 2002. 4. 30.자 공급가액 75,000,000원, 2002. 6. 30.자 공급가액 86,500,000원 합계 161,500,000원을 손금산입하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 피고는 2006. 2. 9. 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수취된 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 원고에게 2002년 1기분 부가가치세 31,387,520원을 경정·고지하였고, 같은 이유로 위 161,500,000원을 손금불산입하여 2002사업연도 법인세 53,563,720원을 경정·고지하였다(위 부가가치세 및 법인세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재, 변론의 전취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 2002. 4. 19.부터 같은 해 7. 25.까지 ○○의 실제 경영자인 이○○ 또는 이○○이 대표이사로 재직한 주식회사 □□(이하 ‘□□’이라 한다)에 이 사건 세금계산서 상의 부품대금 명목으로 합계 101,500,000원을 송금하였고, 이 사건 세금계산서상의 공급가액 및 부가가치세액 합계 177,650,000원(공급가액 161,500,000원 × 110/100)에서 위 101,500,000원을 공제한 나머지 76,150,000원에 대하여는 ① 2002. 6. 30. □□에 대하여 가지고 있던 68,500,000원의 약속어음금채권, ②2002. 6. 30. □□에 부스바 가공기 등의 기계를 대여한 대가로 지급받을 7,650,000원의 장비사용료채권 등 합계 76,150,000원의 채권을 자동채권으로 하여 상계처리하는 등 결제가 완료되었는바, 이 사건 세금계산서는 소외 회사와의 정상적인 물품거래를 통하여 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이므로, 이 사건 세금계산서가 위장가공거래에 의한 허위의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 4.제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 인정사실 아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증, 을 제7호증의 2, 3, 을 제8호증의 각 기재, 증인 이○○의 일부 증언, 이 법원의 ○○은행장 및 ○○은행장에 대한 각 금융거래정보 제출명령 결과에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) ○○는 2002. 4. 8.경 ○○시 ○○면 ○○리 ○○-○○을 본점으로 하여 폐수처리용 기기, 공장자동화 부품 및 제어반, 전기제품, 수·배전반, 계층제어기반, 계량기기 등의 제조·판매업 등을 영위하기 위하여 이○○에 의하여 설립되었다가, 2003. 3.경 폐업한 후, 2007. 12. 3. 해산간주된 법인이다. 한편, □□은 1997. 7. 30.경 ○○시 ○○면 ○○리 ○○-○○을 본점으로 하여 전기제품, 수·배전반, 계측제어기반, 계량기기 등의 제조·판매업 등을 영위하기 위하여 설립되었으며, 이○○이 대표이사로 있다가, 2006. 12. 18. 해산간주된 법인이다.

(2) ○○는 원고에게, 2002. 4. 30.경 유량계 외의 품목을 공급가액 75,000,000원에 공급하였다는 청구용 매출세금계산서 1매를 작성·교부하였고, 2002. 6. 30.경 △△소프트웨어 외의 품목을 공급가액 86,500,000원에 공급하였다는 내용의 청구용 매출세금계산서 1매를 작성·교부하였다.

(3) 원고의 대표이사인 이△△은 2002. 4. 19. 이○○에게 동인의 ○○은행 계좌로 40,000,000원을 송금하였는데, 같은 날 그 중 39,000,000원이 이○○의 ○○은행 계좌로 이체되었다. 이△△은 2002. 7. 25. 이○○의 ○○은행 계좌로 42,000,000원을 송금하였는데, 같은 날 위 계좌에서 47,000,000원이 인출되었다. 한편, 이△△은 2002. 7. 15. □□의 ○○은행 계좌로 19,500,000원을 송금하였는다, 같은 날 그 중 14,850,000원이 인출되었다.

(4) ○○세무서장은 2004. 10. 12.부터 2005. 1. 31.까지 사이에 ○○를 자료상 혐의자로보고 추적조사를 하였는데, 그 결과 ○○가 사업장 부지를 매수하기로 계약을 체결하였다가 대금을 완납하지 못하여 계약이 해제되었고, ○○ 또는 그 대표자 명의로 전기공급계약을 체결하거나 전기요금을 납부한 바도 없는 사실 등이 확인되었다. 이에 ○○세무서장은 ○○가 2002년 1기 및 2기 과세기간 동안 실제 거래관계 없이 가공의 매출세금계산서를 발행하는 등의 방법으로 자료상 행위를 한 것으로 보아 이 사건 세금계산서 등과 관련하여 ○○의 실제 사주인 이○○과 그 대표이사 이△△를 형사고발하는 한편, 거래상대방 관할세무서에 과세자료를 통보하였다.

(5) ○○ 및 이○○은 2002. 6.말경부터 2002. 7.초순경까지 사이에 가공의 매출세금계산서 5장 공급가액 합계 251,071,700원 상당을 교부하였다는 등의 조세범처벌법위반 범죄사실로 기소되어 2005. 9. 30. ○○지방법원 ○○지원 2005고약○○호로 이○○은 벌금 10,000,000원, ○○는 벌금 5,000,000원의 약식명령을 받았고, 위 약식명령은 그 무렵 확정되었다. 그러나 이 사건 세금계산서 부분은 그 범죄사실에 포함되어 있지는 않다.

(6) 한편, □□도 2005. 8.경 조세포탈 혐의로 조사를 받던 중, 자료상 혐의자로 판명되어 형사고발되었다.

• 라. 판단 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이다. 다만, 납부의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관하여 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 참조). 앞서 인정한 바와 같은 사정에, ①원고는 국세심판절차를 거쳐 이 사건 소송에 이르기까지 이 사건 세금계산서에 기재된 거래관계에 부합하는 원고의 매입장부 또는 ○○의 매출장부 등의 기초적인 자료조차 전혀 제출하지 못하고 있는 점, ②원고는 그 주장의 □□에 대한 약속어음금채권 및 장비사용료채권 등에 대하여 어떠한 입증자료도 제출하고 있지 못한 점, ③실물거래 없이 가공세금계산서만을 발행·교부하는 소위 자료상들이 그 범칙행위를 은폐하기 위하여 금융기관에 해당 금액을 일시 송금한 후 곧바로 인출하는 등의 방식을 이용하는 것이 실태인 점 등의 사정을 보태어 보면, 이 사건 세금계산서는 ○○와의 정상적인 물품거래를 통하여 실제의 거래내용에 따라 진정하게 발행된 것이라고 보기 어렵다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.