교부받은 면세유류구입권을 타인에게 양도하였더라도 위와 같은 행위가 2002. 1. 1. 전에 이루어진 경우에는 감면세액 등을 추징할 수 있는 근거규정이 없으므로 각 부과처분 중 2001년도 부과처분은 법률의 근거없이 이루어진 것이어서 위법함
교부받은 면세유류구입권을 타인에게 양도하였더라도 위와 같은 행위가 2002. 1. 1. 전에 이루어진 경우에는 감면세액 등을 추징할 수 있는 근거규정이 없으므로 각 부과처분 중 2001년도 부과처분은 법률의 근거없이 이루어진 것이어서 위법함
1. 피고가 2005.2.4. 원고에게 한 별지 기재 부가가치세표 부가가치세 합계 25,097,890원, 별지 교통세표 기재 교통세 합계 96,329,100원, 별지 교육세표 기재 교육세 합계 12,780,690원의 각 부과처분중 별지 부가가치세표 제1, 2항 기재 각 부가가치세 합계 2,406,760원의, 별지 교통세표 제1 내 6항 기재 교통세 합계 7,600,000원의, 별지 교육세표 제1 내지 6항 기재 합계 1,140,000원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2005.2.4. 원고에게 한 별지 부가가치세표 부가가치세 합계 25,097,890원, 별지 교통세표 기재 교통세 합계 96,329,100원, 별지 교육세표 기재 교육세 합계 12,780,690원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
(1) 원고의 주장 자신의 경유 70,000리터에 대한 면세유류권을 이용하여 ○○주유소의 원고에 대한 10,500,000원의 물품대금채권과 상계하고, 나머지 경유 324,600리터에 대한 면세유류구입권을 이용하여 등유 324,600리터를 구입함으로써, 위 면세유류구입권을 전부 농·임·어업용 유류대금의 지급에 사용하였는데, ① 이는 조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호 의 ‘교부받은 면세유류구입권 등과 그 면세유류구입권 등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·어업용 외의 용도로 사용한 경우’에 해당하지 아니하고, ② 설령 이에 해당한다고 하더라도 면세유류구입권 등의 감면세액을 추징하는 규정은 2002. 1. 1.부터 시행되었으므로 2001년의 면세유류구입권 등의 부정사용을 이유로 부과한 별지 부가가치세표 제1,2항 기재의 각 부가가치세 합계 2,406,760원, 별지 교통세표 제1 내지 6항 기재 각 교통세 합계 7,600,000원, 별지 교육세표 제1 내지 6항 기재 각 교육세 합계 1,140,000원의 각 부과처분(‘2001년도 각 부과처분’이라 한다)은 법률의 근거가 없는 것이며, ③ 이 사건 각 부과처분 중 2001년도 각 부과처분을 제외한 나머지 각 부고처분(‘나머지 각 부과처분’이라 한다)도, 경유 324,600리터에 대한 면세유류구입권으로 등유 324,600리터를 공급받은 부분의 추징세액을 경유의 감면세액에서 등유의 감면세액을 공제한 차액이 아닌 경유의 감면세액 전체를 기준으로 하여 산정된 것이므로, 이 사건 각 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
(2) 피고의 주장 원고가 경우에 대한 면세유류구입권을 이용하여 등유를 구입하고, 나머지 면세유류구입권으로 미지급 유류대금을 지급한 것은 조세특례제한법 제106조 의 2 제5항의 ‘교부받은 면세유류구입권 등과 그 면세유류구입권 등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·어업용 외의 용도로 사용한 경우’에 해당하므로, 이 사건 각 부과처분은 적법하다.
(1) 이 사건 각 부과처분 중 2001년도 각 부과처분에 관한 판단 (가) 구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되어 2000.12.29. 법률 제6299호로 개정되기 전의 것. ‘개정 전 법’이라 한다.) 제106조의 2 제1, 2항, 제111조, 부칙 제1조 단서, 부칙 제30조는, 대통령령이 정하는 농업용 또는 어업용 석유로서 2003.6.30.까지 공급하거나 공급받는 분, 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대하여는 부가가치세, 특별소비세 및 교통세를 면제하고, 2003.7.1.부터는 2003.12.31.까지 공급하는 분, 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 부가가치세, 특별소비세 또는 교통세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있었고, 농·어민이 위와 같은 석유류를 용도 외로 사용하는 경우 그 감면세액을 추징하는 규정을 두고 있지 아니하였다. 그런데 개정된 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되어 2002.4.20. 법률 제6689호로 개정되기 전의 것. ‘개정 후 법’이라 한다.) 제106조의 2는, 대통령령이 정하는 농·어민(‘농·어민’이라 한다)이 농업 또는 어업에 사용하기 위한 대통령령이 정하는 석유류에 대하여는 2003년 6월 30일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대한 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세를 대통령령이 정하는 바에 다라 면제하고, 2003년 7월 1일부터 2003년12월 31일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제종장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대하여는 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세의 100분의 75에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 감면하며, 농·어민이 위 석유류를 공급받기 위하여는 농업협동조합법에 의한 조합 등으로부터 대통령령이 정하는 면세유류구입권 또는 출고지시서(‘면세유류구입권 등’이라 한다.)를 교부받아야 하고, 농·어민이 교부받은 면세유류구입권 등과 그 면세유류구입권 등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도 하거나 농·어업용 외의 용도로 사용한 경우에는 감면세액 상당액 및 위 금액의 10/100 에 해당하는 가산세 합계액(면세유류구입권 등을 타인에게 양도한 경우에는 양도 당시 면세유류구입권 등에 의하여 석유류를 공급받을 경우의 부가가치세·특별소비세·교통세·교육세 및 주행세의 감면세액 상당액 및 위 금액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세 합계액)을 추징하는 것으로 개정되었고, 위 규정은 부칙 제1조에 따라 2002.1.1부터 시행되었다. 위 규정들을 종합하면, 농·어민이 교부받은 면세유류구입권 등과 그 면세유류구입권 등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·어업용 외의 용도로 사용하였다고 하다라도, 위와 같은 행위가 2002.1.1.전에 이루어진 경우에는 이를 추징할 수 있는 규정이 없으므로, 그 감면세액 및 가산세를 추징할 수 없다. (나) 그런데, 피고는, 원고가 교부받은 면세유류구입권 등과 그 면세유류구입권 등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·어업용 외의 용도로 사용하였다는 이유로 원고에게 2001년도 제1기분 부가가치세 1,086,040원, 2001년도 제2기분 부가가치세 1,320,720원, 2001년 1월분 교통세 775,000원, 2001년 2월분 교통세 775,000원, 2001년 4월분 교통세 1,240,000원, 2001년 7월분 교통세 555,000원, 2001년 11월분 교통세 1,480,000원, 2001년 12월분 교통세 2,775,000원, 2001년도 1월분 교육세 116,250원, 2001년도 2월분 교육세 116,250원, 2001년도 4월분 교육세 186,000원, 2001년도 7월분 교육세 83,250원, 2001년도 11월분 교육세 222,000원, 2001년도 12월분 교육세 416,250원을 각 경정·고지한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 각 부과처분은 2001년도분에 감면된 세액에 대하여는 추징규정이 없음에도 불구하고 법률의 근거 없이 이루어진 것이어서, 원고의 위와 같은 행위가 조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호 에 해당하는지와 관계없이 2001년도 각 부과처분은 위법하다.
(2) 이 사건 각 부과처분 중 나머지 각 부과처분에 관한 판단 (가) 위 1의 가.항의 인정사실에 의하면, 원고가 2002.부터 2004.까지 사이에 남사농협으로부터 경유 350,600리터에 대한 면세유류구입권을 받아, 그 중 경유 10,000리터에 대한 면세유류구입권으로 경유 10,000리터를 구입하고, 경유 270,600리터에 대한 면세유류구입권으로는 등유 270,600리터를 구입하며, 나머지 경유 70,000리터에 대한 면세유류구입권으로는 원고의 동남주유소에 대한 물품대금채무 10,500,000원을 변제한 것을 알 수 있다. 위와 같이, 원고가 경유에 대한 면세유류구입권을 동남주유소에 양도하여 그 대가로 등유를 공급받고, 경유에 대한 면세유류구입권으로 자신의 동남주유소에 대한 물품대금채무를 변제한 행위는, 조세특례제한법 제106조 의 제1항 제1호의 ‘교부받은 면세유류구입권을 타인에게 양도한 경우’에 해당한다. (나) 조세특례제한법 제106조 의 2 제5항 제1호에 의하면, 위와 같이 면세유류구입권을 양도한 경우에는 양도 당시 면세유류구입권 등에 의하여 석유류를 공급받을 경우의 부가가치세·특별소비세·교통세·교육세 및 주행세의 감면세액 상당액 및 위 금액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세 합계액을 추징하도록 규정되어 있다. 따라서 경유 270,600리터에 대한 면세유류구입권으로 같은 양의 등유를 공급받았다고 하다라도, 그 부분의 추징세액은 경유 270,600리터의 감면세액 상당액을 기준으로 사정하여야 하고, 경유의 감면세액에서 등유의 감면세액을 뺀 나머지 차액 상당액을 기준으로 산정할 것은 아니다. (다) 나머지 각 부과처분은 적법하다.
피고의 2001년도 각 부과처분은 위법하고, 이를 제외한 나머지 각 부과처분은 적법하므로, 원고의 청구는 그 인정범위 내에서만 이유 있다. 부가가치세표 번호 세목 과세연도 과세기간 세액(원) 1 부가가치세 2001 제1기 1,086,040 2 〃 〃 제2기 1,320,720 3 〃 2002 제1기 3,327,590 4 〃 〃 제2기 4,021,650 5 〃 2003 제1기 5,335,390 6 〃 〃 제2기 4,079,180 7 〃 2004 제1기 5,927,320 합계 25,097,890 교통세표 번호 세목 과세연도 과세기간 세액(원) 1 교통세 2001 1월 775,000 2 〃 〃 2월 775,000 3 〃 〃 4월 1,240,000 4 〃 〃 7월 555,000 5 〃 〃 11월 1,480,000 6 〃 〃 12월 2,775,000 7 〃 2002 1월 3,924,740 8 〃 〃 2월 3,183,690 9 〃 〃 3월 2,618,650 10 〃 〃 4월 1,310,940 11 〃 〃 5월 1,313,160 12 〃 〃 6월 1,313,160 13 〃 〃 8월 1,589,430 14 〃 〃 9월 1,589,430 15 〃 〃 10월 3,182,110 16 〃 〃 11월 3,979,590 17 〃 〃 12월 6,099,730 18 〃 2003 1월 6,899,000 19 〃 〃 2월 5,843,780 20 〃 〃 3월 2,658,660 21 〃 〃 4월 2,654,560 22 〃 〃 5월 2,654,560 23 〃 〃 7월 2,980,060 24 〃 〃 9월 2,979,160 25 〃 〃 11월 2,980,660 26 〃 〃 12월 5,367,720 27 〃 2004 1월 8,948,900 28 〃 〃 2월 2,982,960 29 〃 〃 3월 5,835,370 30 〃 〃 4월 3,502,870 31 〃 〃 5월 2,336,210 합계 96,329,100 교육세표 번호 세목 과세연도 과세기간 세액(원) 1 교육세 2001 1월 116,250 2 〃 〃 2월 116,250 3 〃 〃 4월 186,000 4 〃 〃 7월 83,250 5 〃 〃 11월 222,000 6 〃 〃 12월 416,250 7 〃 2002 1월 515,700 8 〃 〃 2월 418,290 9 〃 〃 3월 343,800 10 〃 〃 4월 171,900 11 〃 〃 5월 171,900 12 〃 〃 6월 171,900 13 〃 〃 8월 208,800 14 〃 〃 9월 208,800 15 〃 〃 10월 417,600 16 〃 〃 11월 522,000 17 〃 〃 12월 800,400 18 〃 2003 1월 904,800 19 〃 〃 2월 765,600 20 〃 〃 3월 348,000 21 〃 〃 4월 348,000 22 〃 〃 5월 348,000 23 〃 〃 7월 391,500 24 〃 〃 9월 391,500 25 〃 〃 11월 3915,500 26 〃 〃 12월 704,700 27 〃 2004 1월 1,174,500 28 〃 〃 2월 391,500 29 〃 〃 3월 765,000 30 〃 〃 4월 459,000 31 〃 〃 5월 306,000 합계 12,780,690 관계법령 ■ 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되고 2000.12.29. 법률 제6299호로 개정되기의 것) 제106조의 2【농·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면】
① 다음 각 호의 1에 해당하는 석유류에 대하여는 2003년 12월 31일까지 공급하는 분에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 부가가치세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 농업용 또는 어업용 석유류로서 대통령령이 정하는 것
② 제1항 각호의 1에 해당하는 석유류에 대하여는 2003년 12월 31일까지 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 특별소비세 또는 교통세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 〔본조신설 2000.12.29〕 부칙 <제6297호, 2000. 12. 29.> 제1조 【시행일】이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제6조·제72조의2 제2항 및 제88조의6의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제72조 제1항 및 제4항의 개정규정 중 기부금에 관한 부분은 2003년 1월 1일부터 시행하며, 제106조의2의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하고 제121조의2 제9항·제121조의5 제1항 제1호·제2항 제1호 및 제3항 제3호의 개정규정은 2001년 2월 1일부터 시행한다. 제22조 【석유류에 대한 부가가치세 등의 감면에 관한 적용례】제106조의2의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분, 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분부터 적용한다. ■ 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제106조의2【농·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면】
① 다음 각 호의 1에 해당하는 석유류에 대하여는 2003년 6월 30일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대한 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세를 대통령령이 정하는 바에 따라 면제하고, 2003년 7월 1일부터 2003년 12월 31일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대하여는 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세의 100분의 75에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 감면한다.
1. 대통령령이 정하는 농·어민(이하 이 조에서 “농·어민”이라 한다)이 농업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령이 정하는 것
② 농·어민이 제1항 제1호에서 규정하는 석유류를 공급받기 위하여는 농업협동조합법에 의한 조합 및 수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합으로부터 대통령령이 정하는 면세유류구입권 또는 출고지지서(이하 이 조에서 “면세유류구입권등”이라 한다)를 교부받아야 한다.
⑤ 관할세무서장은 농·어민이 제2항의 규정에 의하여 교부받은 면세유류구입권등과 그 면세유류구입권등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·어업용 외의 용도로 사용한 경우에는 다음 각 호의 규정에 따라 계산한 금액을 추징한다.
1. 면세유류구입권등을 타인에게 양도한 경우에는 다음 각 목의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액
2. 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·어업용 외의 용도로 사용한 경우에는 다음 각 목의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액
⑩ 제1항 내지 제9항의 규정에 의한 석유류의 공급 및 관리절차, 면세유류구입권등의 교부방법 및 절차, 감면세액·감면세액상당액 및 가산세 추징절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.〔전문개정 2001.12.29〕 부칙 <제6538호, 2001. 12. 29.> 제1조 【시행일】이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조의2, 제15조 제1항·제2항, 제16조 제3항, 제23조 제1항, 제38조 제3항 내지 제5항, 제28조의3, 제45조의2, 제72조의2 제2항, 제73조의 제1항 제15호, 제74조 제1항 제12호, 제86조의2 제10항, 제88조의5 제2항, 제89조 제1항, 제117조 제1항 제4호 내지 제6호·제10호 및 제18호, 제119조 제1항 제18호 및 제144조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터, 제106조의2 제3항 및 제4항의 개정규정은 2002년 7월 1일부터, 제106조 제2항 제2호, 제121조의 2(제2항 전단 중 외국인투자비율에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의5의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 각각 시행한다. ■ 조세특례제한법(2004. 3. 22. 법률 제7210호로 개정되기 전의 것) 제106조의2【농·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면(개정 2002.12.11)】
① 다음 각 호의 1에 해당하는 석유류에 대하여는 2005년 6월 30일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대한 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세를 대통령령이 정하는 바에 따라 면제하고, 2005년 7월 1일부터 2005년 12월 31일까지 공급하는 분에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역으로부터 반출되는 분에 대하여는 특별소비세·교통세·교육세 및 주행세의 100분의 75에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 감면한다.<개정 2002.12.11>
1. 대통령령이 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 “농·어민등”이라 한다)이 농업·임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령이 정하는 것
② 농·어민이 제1항 제1호에서 규정하는 석유류를 공급받기 위하여는 농업협동조합법에 의한 조합, 산림조합법에 의한 조합 및 수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합으로부터 대통령령이 정하는 면세유류구입권 또는 출고지지서(이하 이 조에서 “면세유류구입권등”이라 한다)를 교부받아야 한다.<개정2002.12.11>
③ 제1항제1호의 규정에 의한 농민 및 어민이 동항제1호에서 규정하는 석유류를 농업기계·선박 및 농·어업용 시설에 사용하고자 하는 경우에는 다음 각호의 사항을 준수하여야 한다. <개정 2002.12.11>
1. 대통령령이 정하는 농업기계 및 선박의 경우에는 사용실적 등을 확인할 수 있는 대통령령이 정하는 장치를 부착하고, 사용실적 등을 확인할 수 있는 대통령령이 정하는 서류를 제출할 것
2. 대통령령이 정하는 농업기계 및 농·어업용 시설의 경우에는 생산실적 등을 확인할 수 있는 대통령령이 정하는 서류를 제출할 것
⑤ 관할세무서장은 농·어민등이 제2항의 규정에 의하여 교부받은 면세유류구입권등과 그 면세유류구입권등에 의하여 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·임·어업용외의 용도로 사용한 경우에는 다음 각호의 규정에 따라 계산한 금액을 추징한다. <개정 2002.12.11>
1. 면세유류구입권등을 타인에게 양도한 경우에는 다음 각목의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액
2. 공급받은 석유류를 타인에게 양도하거나 농·임·어업용외의 용도로 사용한 경우에는 다음 각목의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액
⑪ 제1항 내지 제10항의 규정에 의한 석유류의 공급 및 관리절차, 면세유류구입권등의 교부방법 및 절차, 감면세액·감면세액상당액 및 가산세 추징절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2002.12.11> 〔전문개정 2001.12.29〕 부칙 <제6538호, 2001. 12. 29.> 제1조 【시행일】이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조의2, 제15조 제1항·제2항, 제16조 제3항, 제23조 제1항, 제38조 제3항 내지 제5항, 제28조의3, 제45조의2, 제72조의2 제2항, 제73조의 제1항 제15호, 제74조 제1항 제12호, 제86조의2 제10항, 제88조의5 제2항, 제89조 제1항, 제117조 제1항 제4호 내지 제6호·제10호 및 제18호, 제119조 제1항 제18호 및 제144조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터, 제106조의2 제3항 및 제4항의 개정규정은 2002년 7월 1일부터, 제106조 제2항 제2호, 제121조의 2(제2항 전단 중 외국인투자비율에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의5의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 각각 시행한다. 끝.
결정 내용은 붙임과 같습니다.