1. 처분의 경위
- 가. 원고는 주식회사 ○○의 발행주식 중 9.1% 상당을 보유 중이던 2000. 10. 16. 주식회사 ○○으로부터 위 회사가 발행주식 전부를 보유한 주식회사 ○○○○의 주식 90,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 대금 405,000,000원에 매수하였다.
- 나. 피고 OO지방국세청장은 2003. 3. 5.부터 같은 해 4. 9.까지 실시된 세무조사에서 주식회사 ○○이 법인세법 시행령 제87조 제1항 소정의 특수관계인인 원고에게 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가격으로 양도하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 이 사건 주식의 평가금액 971,640,000원(주당 10,796원, 주식회사 ○○을 주식회사 ○○○○의 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 소정의 최대주주 등으로 보아 30/100을 가산한 금액)에서 원고가 매수한 대금을 공제한 나머지 566,640,000원 상당을 부당행위계산으로 부인하고 이를 익금에 산입하여 2003. 5. 1. 주식회사 ○○에게 원고를 배당소득자로 한 2001년 귀속 배당소득금액 566,640,000원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라고한다).
- 다. 이에 따라 주식회사 ○○은 2003. 6. 10. 배당소득세 84,996,000원을 원고로부터 원천징수하여 신고ㆍ납부하였고, 원고도 2003. 6. 30. 피고 OO세무서장에게 2001년 귀속 최종 종합소득세액으로 168,369,360원을 수정 신고하고, 같은 날 및 2003. 8. 14. 두 차례에 걸쳐 그 중 기납부세액 94,328,740원을 공제한 나머지 74,040,620원을 납부하였다.
- 라. 그 후 원고는 2003. 9. 4. 피고 OO세무서장에게 위 배당소득금액 566,644,000원에서 법인세 상당액이 비용으로 차감되어야 한다는 이유로 종합소득세 경정청구를 하였으나, 피고 OO세무서장을 2003. 11. 10. 원고의 경정청구를 기각하는 거부처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 8호증, 갑 제9호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 피고의 OO지방국세청장에 대한 소의 적법 여부에 관한 판단 원고는 피고 OO지방국세청장에 대하여 주위적으로는, 주주에 대한 배당이란 이익잉여금을 배당하는 것이므로 부당행위계산 부인으로 인하여 주식회사 ○○이 추가로 지출하게 된 법인세 158,659,200원 및 법인세액의 10%에 상당한 주민세 15,865,920원 합계 174,525,120원 상당이 배당소득 처분금액에서 공제되어야 하고, 따라서 이 사건 소득금액변동통지 중 392,144,880원(566,640,000원 - 174,525,120원, 계산상으로는 392,114,880원이 된다)을 초과하는 부분은 위법하므로 그 취소를 구한다고 주장하고, 예비적으로는, 원고가 주식회사 ○○으로부터 매수한 주식회사 ○○○○의 주식은 총발행주식의 과반수에 달하지 아니하는 반면, 주식회사 ○○이 여전히 나머지 과반수의 주식의 보유자로서 위 회사의 경영을 지배하고 있으므로 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서 100분의 30 상당액을 가산한 조치는 위법하므로 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구한다고 주장한다. 살피건대, 법인과 주주 사이의 거래에 대한 부당행위계산 부인 및 이에 따른 법인에 대한 소득금액변동통지와 관련하여 처분된 소득의 귀속자에 대한 배당소득세나 종합소득세가 문제된다 하더라도, 귀속자로서는 배당소득세와 관련하여 원천징수의무자인 법인에 대한 관계에서 민사소송 등을 통하여 소득의 귀속에 대하여 다투거나 처분청을 상대로 귀속자 본인에 대한 종합소득세부과처분(소득처분에 따라 이미 종합소득세 신고를 한 경우에는 경정청구를 하여 그에 대한 거부처분) 자체를 다툴 수 있고 소득금액변동통지 자체로 인하여 자신의 원천세납세의무의 존부나 범위에 법률상 직접적인 영향을 받는 것은 아니므로 이에 대하여는 사실상의 간접적인 이해관계를 가지는 것에 불과하고, 따라서 귀속자가 법인에 대한 소득금액변동통지의 취소를 구하는 항고소송은 부적법하다. 이와 같은 점에서 윈고의 피고 OO지방국세청장에 대한 주의적 청구 및 예비적 청구의 소는 부적법하다.
3. 피고 OO세무서장에 대한 소의 적법 여부에 대한 판단
- 가. 원고는 피고 OO세무서장에 대하여 주위적으로는, 주주에 대한 배당이란 이익잉여금을 배당하는 것이므로 부당행위계산 부인으로 인하여 주식회사 ○○이 추가로 지출하게 된 법인세 158,659,200원 및 법인세액의 10%에 상당한 주민세 15,865,920원 합계 174,525,120원 상당이 배당소득 처분금액에서 공제되어야 하고, 따라서 피고 OO세무서장의 원고에 대한 2003. 6. 30.자 종합소득세부과처분 중 118,454,170원을 초과하는 부분의 취소를 구한다고 주장하고, 예비적으로는, 원고가 주식회사 ○○으로부터 매수한 주식회사 ○○○○의 주식은 총 발행주식의 과반수에 달하지 아니하는 반면, 주식회사 ○○이 여전히 나머지 과반수의 주식의 보유자로서 위 회사의 경영을 지배하고 있으므로 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서 100분의 30 상당액을 가산한 조치는 위법하고, 따라서 피고 OO세무서장이 원고에 대하여 한 2003. 11. 10.자 종합소득세경정청구 거부처분과 2003. 6. 30.자 종합소득세부과처분 중 117,251,020원을 초과하는 부분의 취소를 구한다고 주장한다.
- 나. 살피건대, 종합소득세와 같은 신고납세방식의 조세의 경우 신고행위에 의하여 조세채무가 확정되고, 설령 신고한 내용과 같은 금액의 세금이 부과ㆍ고지되었다고 하더라도 이는 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분에 불과하여 과세처분이 있다고 할 수 없다. 앞서 인정한 바와 원고는 2003. 6. 30. 이 사건 소득금액변동통지에 따라 피고 OO산세무서장에게 2001년 귀속 최종 종합소득세액으로 168,369,360원을 수정 신고하고, 같은 날 및 2003. 8. 14. 두 차례에 걸쳐 그 중 기납부세액 94,328,740원을 공제한 나머지 74,040,620원을 납부하였는바, 원고가 이 사건 주위적 청구 및 예비적 청구로 일부 취소를 구하는 피고 OO산세무서장의 2003. 6. 30.자 종합소득세부과처분이란 실제로는 존재하지 아니하고, 이는 단지 같은 날 원고가 종합소득세 신고를 한 것을 가리키는 것으로 보인다. 따라서 피고 OO세무서장의 2003. 6. 30.자 종합소득세부과처분이 존재함을 전제로 그 취소를 구하는 주위적 청구 및 해당 예비적 청구의 소는 부적법하다.
- 다. 원고가 2003. 9. 4. 피고 OO세무서장에게 소득처분된 배당소득금액 566,640,000원에서 법인세 상당액이 비용으로 차감되어야 한다는 이유로 종합소득세 경정청구를 하였으나, 피고 OO세무서장은 2003. 11. 10. 원고의 경정청구를 기각하는 거부처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이에 대하여 원고가 2004. 2. 6. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2004. 7. 8. 청구기각의 결정이 있었고, 원고가 2004. 7. 15. 그 재결서 정본을 송달받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 기재에 의하여 인정된다. 한편, 원고가 2004. 9. 20. 피고를 대한민국으로 하여 이 사건 소를 제기할 당시에는 청구취지로 이 사건 소득금액변동통지를 392,144,880원으로 경정하고 이에 따라 과오납된 종합소득세 49,915,190원을 환급할 것을 구하였다가, 2004. 12. 28. 피고를 현재와 같이 OO지방국세청장(소득금액변동통지의 경정 청구에 대하여) 및 OO세무서장(과오납된 종합소득세의 환급 청구에 대하여)으로 경정 청구하면서 피고 OO세무서장에 대한 청구취지로 소득금액변동통지의 경정에 따라 종합소득세를 118,454,170원으로 경정할 것을 추가하였고, 2005. 4. 19. 피고 OO세무서장에 대한 청구취지로 2003. 11. 10.자 종합소득세경정청구 거부처분의 취소를 추가하는 이외에 나머지 청구를 현재와 같이 변경하는 내용으로 청구취지변경신청서를 제출한 사실은 기록상 명백하다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 피고 OO세무서장에 대하여 2003. 11. 10.자 종합소득세경정청구 거부처분의 취소를 구하는 예비적 청구의 소는 위 처분에 대한 행정심판의 재결이 있은 때로부터 행정소송법 제20조 제1항 소정의 제소기간인 90일이 지난 2005. 4. 19.에야 제기되었으므로, 이 부분 소는 부적법하다.