원고가 토지를 취득한 날은 토지거래허가구역 지정 해제일이 아니라 이 사건 토지의 매매대금 잔금 지급일로 보아야 함

사 건 2025누948 종합부동산세등부과처분취소 원 고 주식회사 일○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고 2025.11.21.

1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2017. 11. 2. 및 2018. 9. 10. 원고에 대하여 한 별지1 기재 각 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

주문과 같다.

원고는 제1심에서 피고가 한 청구취지 기재 각 부과처분의 취소를 구하였다. 제1심 법원은 ‘피고가 원고에 대하여 한 2017. 11. 2.자 별지1 표 기재 2014년 내지 2016년도 각 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분, 2018. 9. 10.자 같은 표 기재 2017년도 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분 중 종합부동산세 204,703,660원 부분 및 농어촌특별세 40,946,130원 부분’을 취소하고, 나머지 원고의 청구를 기각하는 제1심판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고가 제1심판결의 피고 패소 부분에 대하여 불복하여 항소한 항소심에서 환송 전 이 법원은 피고의 항소를 기각하는 환송 전 판결을 선고하였다. 이에 피고가 상고한 상고심에서 대법원은 환송 전 판결을 파기하여 이 법원으로 환송하였다. 제1심판결 중 원고 패소 부분은 분리, 확정되었다. 환송 후 이 법원의 심판범위는 제1심판결 중 피고 패소 부분에 한정된다.

• 가. 원고는 주택건설사업자로 ○○ ○○구 ○○동 일대에서 도시개발사업을 추진하기 위하여 토지거래허가구역 내에 있는 위 ○○동 000-000 외 00필지 000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하는 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2006. 12.경부터 2010. 6.경 사이에 아래와 같이 매매대금의 잔금을 지급하였다.
• 나. 이 사건 토지에 관하여 2014. 2. 6. 토지거래허가구역 지정이 해제되었다.
• 다. 원고는 2014. 9.경 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의19 제1항(이하 ‘이 사건 특례 조항’ 이라 한다)의 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다는 이유로 같은 조 제2항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.
• 라. 피고는 원고의 이 사건 토지 취득일을 잔금 지급일로 보고 원고가 그로부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못하였다는 이유로, 2017. 11. 2. 원고에 대하여 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항 (이하 ‘이 사건 추징 조항’이라 한다)에 따라 별지1 표 기재 2014년 내지 2016년 귀속 각 종합부동산세(이자상당가산액 포함) 및 농어촌특별세 추징금 부과처분을 하였고, 2018. 9. 10. 원고에 대하여 이 사건 특례 조항을 적용하지 아니한 채 같은 표 기재 2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분을 하였는데, 위 2017. 11. 2.자 부과처분은 원고가 이 사건 토지의 합산배제를 신청하여 감면받은 세액에 대한 추징금이고, 위 2018. 9. 10.자 부과처분 중 원고가 이 사건 토지의 합산배제를 신청하여 감면받은 세액에 대한 추징금은 종합부동산세 204,703,660원과 농어촌특별세 40,946,130원인데, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다(이하 위 2017. 11. 2.자 추징금 부과처분 및 위 2018. 9. 10.자 부과처분 중 이 사건 특례 조항이 적용되는 경우 감면되는 세액에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2018. 1. 31.경 2017. 11. 2.자 추징금 부과처분에 대한 조세심판을, 2018. 11. 9.경 2018. 9. 10.자 부과처분에 대한 조세심판을 각 청구하였고, 조세심판원은 2019. 7. 8. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고가 ‘농지’인 이 사건 토지의 소유권을 취득하기 위해서는 농지법상 농지전용허가를 받아야 한다. 원고는 현재까지 농지전용허가를 받지 못하였으므로, 토지거래허가구역 지정 해제에도 불구하고 이 사건 매매계약은 아직 효력이 발생하지 않은 유동적 무효의 상태에 있다. 결국 원고는 농지법에 따라 소유가 엄격히 제한되는 이 사건 토지를 업무상 목적인 도시개발사업에 사용할 수 없으므로, 위 토지를 사실상․법률상 취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 취득하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 원고가 이 사건 토지를 취득한 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 그 취득일은 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014. 2. 6.이라고 보아야 한다. 이와 같이 본다면, 이 사건 처분 당시 원고가 취득일로부터 5년 내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 것이 아니므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 다. 원고가 이 사건 토지를 잔금지급일에 취득한 것으로 보더라도, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 것에는 이해관계자와의 협상, 대립, 소송 등 외부의 부득이한 사정 내지 정당한 사유가 있으므로, 피고는 원고로부터 합산배제를 통하여 감면받은 종합부동산세 등을 추징할 수 없다.
• 라. 농어촌특별세법 제5조 제1항 8호 는 ‘종합부동산세법에 따라 납부하여야 할 종합부동산세액’을 과세표준으로 하고 그 세율을 20%로 하여 농어촌특별세액을 산정하도록 하고 있고, 이 사건 추징 조항은 ‘종합부동산세액’과 ‘이자상당가산액’을 추징한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행령 제104조의18 제2항 과 제3항은 각 ‘종합부동산세액’과 ‘이자상당가산액’을 계산하는 방법을 별도로 규정하여 양자를 명확하게 구분하고 있다. 그런데 이 사건 처분의 농어촌특별세액은 위 규정에 반하여 총결정세액(= 종합부동산세 결정세액 + 이자상당가산액)의 20%로 산정되어 위법하다.

별지2 기재와 같다.

• 가. 농지전용허가 관련 갑 제3, 7 내지 19호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정에 비추어 보면, 원고가 농지법상 농지전용허가를 받지 못하였다는 사정만으로는 이 사건 계약이 유동적 무효라거나 원고가 이 사건 토지의 소유자가 아니라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

1. 이 사건 매매계약서의 내용상 이 사건 매매계약은 토지거래허가를 득하는 것을 전제로 하고 있을 뿐 농지전용허가를 득하는 것을 전제로 하고 있지는 않다. 2) 농지법 제6조 제2항 은 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 인가․허가․승인 등을 포함한다)를 받거나 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우(제7호) 및 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우(제8호)에는 농지를 소유할 수 있다고 정하고 있다. 주택법 제19조 제1항 제7호 에 따르면 사업계획의 승인을 받는 경우 농지전용허가가 의제되는 점에 비추어, 사업계획의 승인을 예정하고 있던 원고로서는 농지전용허가를 특별히 문제 삼지 않고 이 사건 매매계약을 체결한 것으로 봄이 타당하고, 달리 농지전용허가를 받아야 이 사건 매매계약의 효력이 발생한다고 볼 만한 사정이나 자료는 보이지 않는다.

3. 이 사건 매매계약은 토지거래허가구역 지정이 해제됨에 따라 소급적으로 유효하게 되었고, 원고는 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금을 모두 지급하였다. 이 사건 토지가 농지라고 하더라도 매매대금을 모두 지급한 원고로서는 토지거래허가구역 지정이 해제되어 이 사건 매매계약이 유효한 것으로 확정된 이후부터는 이 사건 토지에 관한 실질적인 소유권을 행사할 수 있게 되었다. 원고가 이 사건 토지를 당초 취득목적인 도시개발사업에 사용할 수 없다는 사정은 주관적인 사정에 불과하고, 농지전용허가 발급을 정지조건으로 하는 별도의 약정도 없는 이상, 원고의 위와 같은 주관적 사정을 이유로 이 사건 매매계약이 무효라고 볼 수 없다.

• 나. 이 사건 토지의 취득시기 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항에 의하면, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 그런데 구 조세특례제한법은 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항에서의 ‘취득일’을 구체적으로 정의하는 규정을 두고 있는바, 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우 위 각 조항에서의 ‘취득일’이 언제인지가 문제된다. 살피건대 앞서 본 사실과 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 날은 토지거래허가구역 지정 해제일이 아니라 이 사건 토지의 매매대금 잔금 지급일로 보아야 하고, 이 사건 처분 당시 원고는 잔금 지급일로부터 5년 내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로, 이 사건 처분 사유가 인정된다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두26678 판결 등 참조). 해당 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인 범위가 명확히 규정되어 있지 않은 경우에, 그 용어의 해석은 해당 법령의 전반적인 체계와 취지․목적, 해당 조항의 규정 형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석할 수밖에 없다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두59624 판결 참조).

2. 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항은 토지에 대한 종합부동산세에 관한 것이다. 종합부동산세법 제12조 제1항 은 토지에 대한 종합부동산세 납세의무자를 해당 토지분 재산세 납세의무자로 규정하고 있고, 지방세법 제107조 제1항 은 재산세의 납세의무자를 과세기준일 현재 토지를 사실상 소유하고 있는 자로 규정하고 있다. 종합부동산세법 및 지방세법의 입법 목적과 성격 등에 비추어 보면, 위 규정에서 ‘토지를 사실상 소유하고 있는 자’라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 토지에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2010두9105 판결, 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두26852 판결 참조). 종합부동산세나 재산세의 경우 토지에 대한 실질적인 소유권을 취득하게 되는 시기에 대하여 별도의 규정이 마련되어 있지 아니하다. 그런데 취득세에 관하여 지방세법 제7조 제2항 은 부동산은 관계 법령에 따른 등기를 하지 않아도 사실상 취득하면 취득한 것으로 보고 있고, 구 지방세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제2항 제1호 및 제2호는 유상승계취득의 경우 잔금 지급일을 취득일로 보도록 정하고 있다. 그러므로 매매 등 유상승계취득이 이루어진 부동산에 관한 재산세 및 종합부동산세의 경우에도 특별한 사정이 없는 한 잔금 지급일을 실질적인 소유권을 취득한 시기로 보는 것이 타당하다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누13831 판결 참조).

3. 한편 구 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣(2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것)에 의한 토지거래계약허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 지급한 경우, 비록 그 매매계약이 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만, 그 후 허가를 받거나 그 토지가 토지거래계약허가구역에서 해제되었다면 그 매매계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 이러한 경우에도 종합부동산세 부과와 관련된 토지의 취득시기는 잔금 지급일로 보아야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19229 판결 참조).

4. 앞서 본 사실관계를 위 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 토지에 관하여 토지거래허가구역 지정이 해제된 이상 이 사건 매매계약은 소급하여 유효하게 되므로 원고는 이 사건 토지의 잔금 지급일에 실질적인 소유권을 취득한 것으로 보아야 한다.

• 다. 정당한 사유의 존부

1. 이 사건 추징 조항에 의하면, 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징한다. 이 사건 추징 조항의 입법 취지는, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하려는 것이므로(환송판결 참조), 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 1994. 9. 13. 선고 94누4141 판결, 대법원 2016. 9. 8. 선고 2016두37867 판결 등 참조).

2. 면제된 세금을 추징할 수 없는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유, 사업자가 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유, 감면 규정을 둔 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다. 그런데 앞서 든 증거에 갑 제5, 7부터 46호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 주장하는 토지소유자 내지 조합원들과의 분쟁, 경쟁업체의 이중계약 체결, 이로 인한 소송 진행 등의 사정은 주택건설사업의 특성상 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시에도 예측할 수 있었던 사유로 보이고, 이에 대한 원고의 귀책이 없다고 볼 수 없는 점, ② 이 사건 추징 조항에서 정한 5년의 유예기간은 주택건설사업자가 주택수요 등 여러 경제 상황에 맞추어 사업계획을 세우고 사업진행시기를 선택할 수 있도록 한 것으로 보이고, 위 기간이 부당히 짧다고 보기는 어려운 점, ③ 원고가 사업계획의 승인을 받지 못한 데에 별다른 행정관청의 귀책사유가 있다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정이나 제출한 자료를 모두 고려하더라도, 원고가 사업계획의 승인을 받지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

• 라. 농어촌특별세액 산정 위법 여부

1. 이 사건 추징 조항에 규정된 ‘이자상당가산액’이란 감면 요건을 충족하지 못한 경우 납세자가 당초 납부하였어야 하는 종합부동산세에 대하여 붙는 이자 성격의 돈을 의미하고, 그 액수는 종합부동산세액에 ‘토지 보유현황을 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음날부터 추징할 세액의 고지일까지의 기간’과 1일당 1만분의 3의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다[구 조세특례제한법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29241호로 개정되기 전의 것) 제104조의18 제3항]. 농어촌특별세법 제5조 제1항 8호 는 ‘종합부동산세법에 따라 납부하여야 할 종합부동산세액’을 과세표준으로 하고, 그 세율을 20%로 하여 농어촌특별세액을 산정하도록 되어 있고, 농어촌특별세법 시행령 제5조 제4항 은 ‘본세를 납부하지 아니함으로써 본세에 가산세가 가산된 때에 그 가산세액은 농어촌특별세의 과세표준에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 한편, 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 농어촌특별세법에 우선하는바(제2조, 제3조), 구 국세기본법은 납부불성실․환급불성실가산세를 규정하여 납세의무자가 당초 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액에 이자상당가산액을 더하여 세액을 산출하도록 하고 있다(제47조의4). 구 국세기본법 제47조의4 제1항 제1호 및 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호 로 개정되기 전의 것) 제27조의4는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액에 납부기한 다음날부터 납세 고지일까지의 기간에 1일당 1만분의 3의 비율을 곱하여 계산한 금액을 가산세로 정하고 있다.

2. 원고는 이 사건 처분 중 농어촌특별세와 관련하여 이자상당가산액을 종합부동산세액에 포함하여 원고에 대한 농어촌특별세 추징금액을 산정한 잘못이 있다고 주장한다. 그러나 갑 제2호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체위 취지를 종합하면, 이 사건 처분 중 농어촌특별세는 ‘종합부동산세액’을 과세표준으로 하여 산출하고, 원고가 과소납부한 농어촌특별세에 대하여 납부기한 다음날부터 납세 고지일까지의 기간에 1일당 1만분의 3의 비율(구 조세제한특례법 시행령과 동일한 비율)을 곱하여 계산한 이자상당액을 가산한 것으로 보이고, 이에 원고가 주장하는 바와 같은 위법은 보이지 않는다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.