법인세법 시행령 제92조의2 제4항을 적용할 때도 법인세법 시행령 제92조의2 제2항의 2분의 1 의무임대기간을 준수하여야함

사 건 2025누720 법인세경정거부처분취소 원고(피항소인) 주식회사 AAA 피고(항소인)

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 24. 판 결 선 고

2025. 12. 10.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 피고가 2023. 1. 13. 원고에게 한 2021 사업연도 법인세 865,585,000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심 판결 중 일부를 아래와 같이 고쳐쓰는 것 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결 제8면 제18행과 제19행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『⑤ 한편 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정된 이래 ‘주택을 신축하여 판매(임대 주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택 등을 동법에 따라 분양하는 경우를 포함)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’에 대해서는 이 사건 조항에 따른 법인 양도소득 중과 대상에서 제외된다고 정하고 있는 반면, 임대 주택법 개정에 따른 단기민간임대주택의 폐지와 함께 법인세법 시행령이 2020. 10. 7. 대통령령 제31084호로 개정되면서 ‘민간건설임대주택의 임대의무기간 2분의 1 이상을 임대한 후 임대사업자 등록의 말소 및 양도가 이루어졌을 경우’ 과세중과가 배제되도록 하는 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의14호가 신설되었는바, 결국 민간건설임대주택이 양도되기만 하면 이 사건 조항에 따른 과세중과가 배제되는 것이 아니라, 나아가 임대의무기간 중 적어도 절반 이상은 임대가 이루어진 경우에 해당되어야만 이 사건 조항에 따른 과세중과가 배제되도록 법인세법 시행령이 개정되었다고 봄이 합리적이다.』

○ 제1심 판결 제8면 제19행의 “⑤”를 “⑥”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심 판결 제9면 제8행과 제9행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다. 『⑦ 한편 원고는, 이전에는 이 사건 조항에 따른 과세중과가 배제되는 등 세제 혜택을 누릴 수 있었는데, 임대 주택법 개정으로 단기민간임대주택이 폐지되고 기존의 세제 혜택이 불리하게 변경됨에 따라 이 사건 임대주택을 양도한 것이므로, 원고가 누리던 기존의 세제 혜택은 유지되어야 하는바, 이 사건 임대주택의 양도소득에 대해서는 종전과 같이 이 사건 조항에 따른 과세중과가 배제되어야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 원고가 단기민간임대주택으로 등록한 이 사건 임대주택을 임대하기 시작한 2020. 7. 3. 무렵은 앞서 본 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의14호가 신설되기 전이었으므로, 당시 원고가 이 사건 임대주택을 양도했었더라면, 그 임대기간이 2분의1 이상이 아니었다고 하더라도, 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의2호의 요건을 갖추었기 때문에 이 사건 조항에 따른 과세 중과대상이 아니었을 것으로 보이긴 한다. 그러나 원고로서는 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의14호가 신설된 이후에도 이 사건 임대주택을 그 임대의무기간의 2분의 1 이상 만큼을 임대한 이후에 양도하여 그 양도소득에 대해 이 사건 조항에 따른 과세중과가 되지 않게 할 수 있었다. 그럼에도 원고는 스스로의 선택에 따라 임대의무기간의 2분의 1 이상 만큼을 임대하지 않은채 이 사건 임대주택을 양도한 것이므로, 이러한 경우에 대해서까지 종전과 같이 이 사건 조항에 따른 과세중과가 배제된다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

⑧ 또한 원고는, 법인세법 제55조 의 제1항 제2호의 요건을 ❶ 대통령령으로 정하는 주택 및 주거용 건축물이면서, ❷ 상시 주거용으로 사용하지 아니하고, ❸ 휴양⋅피서⋅위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 ‘별장’이라고 한다)로 나누어 볼 수 있는데, 이 사건 임대주택은 상시 주거용으로 사용하고, 휴양⋅피서⋅위락 등의 용도로 사용하는 건축물이 아니기 때문에 이 사건 임대주택의 양도소득에 대해선 이 사건 조항에 따른 과세중과가 배제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 소득세법 제88조 제7호 는 ‘허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물’을 주택이라고 정하고 있는바, 주택은 주거용 건축물에 해당하므로, 주택과 주거용 건축물을 나누어 정할 필요가 없다. 그렇다면 법인세법 제55조 의 제1항 제2호는 ❶ 대통령령으로 정하는 주택과 ❷ 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양⋅피서⋅위락 등의 용도로 사용하는 건축물을 구분하여 별개의 과세대상으로 정하고 있다고 봄이 합리적이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.』

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.