이 사건 추가공사비용이 취득가액 내지 필요경비에 해당하는지 여부

사 건 2024누16816 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2025. 12. 24. 판 결 선 고

2026. 1. 21.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 20xx. x. x. 원고에 대하여 한 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 이 사건 토지 및 2, 3층 건물의 취득

1. 원고는 20xx. xx. xx. 부친인 BBB으로부터 □□시 △△구 ○○동 xxx-xx 대 x,xxx.x㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 증여받고, 같은 날 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 위 토지에 3층 유치원 건물(1층 xxx.xx㎡, 2층 xxx.xx㎡, 3층 xxx.xx㎡, 옥탑 xx.x㎡, 이하 ‘이 사건 3층 건물’이라 한다)을 신축하고, 20xx. xx. xx. 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

2. 원고는 20xx. x. xx. BBB으로부터 이 사건 토지 지상 2층 유치원 건물 xx평(1층 xx.xxx㎡, 2층 xxx.xxx㎡, 이하 ‘이 사건 2층 건물’이라 한다)을 평당 xx만 원으로 계산하여 x,xxx만 원에 매수하고, 20xx. x. xx. 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

• 나. 이 사건 처분의 경위

1. 원고는 20xx. x. xx. 이 사건 토지 및 2층, 3층 건물을 20xx. xx. x.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 EE아파트주변지구주택재개발정비사업조합에 x,xxx,xxx,xxx원에 양도하였다.

2. 원고는 이 사건 3층 건물의 양도가액을 xxx,xxx,xxx원, 취득가액을 x억 x,xxx만원, 기타 필요경비를 xx,xxx,xxx원으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다.

3. 피고는 이 사건 3층 건물의 취득가액에 관한 원고의 주장을 부인하고, 시공사로부터 수취한 세금계산서의 공급가액 x억 x,xxx만 원을 취득가액으로 보고 기타 필요경비 중 x,xxx,xxx원을 부인하여 20xx. x. x. 원고에게 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

4. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20xx. xx. x. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 20xx. x. xx. 원고의 청구를 기각하였다.

원고는 이 사건 토지 지상에 이 사건 3층 건물을 신축하였을 뿐 아니라 같은 시기에 이 사건 2층 건물에 대한 리모델링 공사 및 이 사건 토지에 관한 도시가스, 상수도 공사도 시행하고 CCC(DD건설)에게 공사대금으로 합계 x억 x,xxx만 원을 지급하였다. 그럼에도 위 공사대금 상당을 이 사건 토지 및 이 사건 2층 건물에 대한 필요경비로 양도가액에서 공제하지 아니한 채 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

• 가. 관련 법리 양도소득세 과세처분 취소소송에서도 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 양도가액으로부터 취득가액 등 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 필요경비에 대해서 납세의무자로 하여금 입증하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 오히려 공평의 관념에 부합한다(종합소득세의 과세표준에 관한 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결, 법인세의 과세표준에 관한 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).
• 나. 판단

1. 갑 제5호증, 을 제4호증, 을 제6호증의 1, 을 제8호증의 각 기재에 의하면, BBB이 CCC에게 20xx. x. x. x,xxx만 원, 같은 달 xx. x,xxx만 원, 20xx. x. x. x,xxx만 원, 같은 달 xx. x,xxx만 원, 20xx. x. x. x,xxx만 원, 20xx. xx. x. x,xxx만 원, 같은 달 xx. x,xxx만 원 합계 x억 x,xxx만 원을, 원고가 CCC에게 20xx. x. xx. x,xxx만 원을 각 송금한 사실, CCC은 공급하는 자를 DD건설, 공급받는 자를 당시 부동산임대업을 운영하고 있던 BBB으로 하여 공급가액 합계 x,xxx만 원에 대한 세금계산서를 발급한 사실을 인정할 수 있기는 하다.

2. 그러나 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 원고와 BBB이 CCC에게 송금한 위 돈의 구체적인 명목을 확인할 수 있는 객관적인 증거가 제출되어 있지 않고, 달리 원고와 BBB이 CCC에게 송금한 돈이 이 사건 2층 건물에 관한 리모델링 공사비용이라거나 위 비용이 자본적 지출액에 해당한다고 인정할 만한 자료도 없는 점, ② 원고의 주장 자체에 의하더라도 CCC은 늦어도 20xx. x. x.에는 이 사건 2층 건물 리모델링 공사를 완료하였다는 것인바, 이는 원고가 이 사건 2층 건물을 취득하기 이전에 지출된 비용인 점 등에 비추어 보면, 앞서 인정한 사실이나 원고가 주장하는 것과 같은 사정 및 그 제출의 증거만으로는 원고와 BBB이 CCC에게 지급한 위 x억 x,xxx만 원을 원고에 대한 양도소득세 산정에 있어 양도가액에서 공제하여야 하는 취득가액 또는 필요경비라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.