1세대3주택자가 쟁점주택을 양도한 것에 대한 중과세율 및 장기보유특별공제 배제가 적법한지의 여부

사 건 2024누16786 양도소득세경정거부처분취소 원 고 신AA, 김BB 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 17. 판 결 선 고

2025. 12. 12.

1. 이 법원에서 감축된 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용은 각자 부담한다. 청 구 취 지

피고가 원고들에 대하여 한 별지1 목록 기재 양도소득세 경정거부처분을 모두 취소한다(원고들은 이 법원에서 피고가 일반세율을 적용하여 경정청구 거부처분을 일부취소하자 청구취지를 감축하였고, 제1심판결 중 감축된 청구취지 부분은 실효되었다).

제1심판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제3면 제8 내지 12행을 아래와 같이 고친다. 『청구에 대해 거부처분을 하였다(이하 ‘당초 거부처분’이라 한다).

• 바. 원고들은 당초 거부처분에 불복하여 행정심판을 제기하였는데, 조세심판원은 2023. 6. 28. 원고들의 청구를 기각하였다.
• 사. 원고들은 이 사건 양도에 장기보유특별공제와 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하며 당초 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 제1심은 일반세율이 아닌 중과세율을 적용한 당초 거부처분은 위법하다는 이유로 이를 전부 취소하는 판결을 선고하였다.
• 아. 피고는 항소심 계속 중에 이 사건 양도에 대해서 일반세율이 적용되어야 한다고 보고 원고들의 경정청구를 일부 인용하여 2025. 6. 4. 원고들에게 각 96,771,240원(환급가산금 포함)을 환급하는 결정을 하였다(이하 당초 거부처분 중 일부 인용 후 남아 있는 부분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 15호증, 을 제1, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지』

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고들 주장 요지 이 사건 양도는 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다. 이 사건 양도를 1세대 3주택자의 양도로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 않은 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단 갑 제1, 5 내지 13호증, 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정하는 아래 사실 및 사정을 고려하면, 원고들이 제출한 증거만으로는 이 사건 양도를 1세대 3주택 양도로 보지 아니할 특별한 사정이 있다고 보기에 부족하다. 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.

① 원고들이 자녀의 고등학교 입학을 앞두고 진학이 예상되는 학교와 가까운 곳을 알아보다가 2020. 4. 29. 이 사건 대체주택을 취득하게 된 사실은 인정된다. 그런데 원고들은 그로부터 약 8개월이 지난 2020. 12. 30. 이 사건 주택을 포천시에 주소를 둔 원고 신AA의 부 신BB에게 양도하였다.

② 정부가 2019. 12. 16. 부동산 대출규제를 하여 부동산 거래가 어려웠다고 하더라도, 이 사건 대체주택을 취득한 때로부터 약 8개월이 지난 시점에 이 사건 주택을 양도한 것이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 보기는 어렵다. 또한 당시 원고 신AA의 부는 OO 시에 주소를 두고 있었는데, 전유부분이 140.53㎡인 이 사건 주택을 23억 원에 매수하게 된 경위도 다소 불분명하다.

③ 원고들이 이 사건 대체주택의 매수 및 이 사건 주택의 매도를 의뢰한 공인중개사 정영희가 작성한 사실확인서에 의하더라도, 이 사건 대체주택을 매수한 후 이 사건 주택을 매도하기 위하여 매물광고를 올리고 홍보에 나섰는데 정부의 2019. 12. 16. 부동산 대책으로 매수 문의가 끊기었고, 한참 뒤에 원고 신AA로부터 매매가 이루어졌다는 얘기를 들었다는 것으로, 원고들이 정부정책에도 불구하고 이 사건 주택을 매도하기 위하여 어떠한 노력을 하였는지 구체적으로 기재되어 있지 않다.

원고들의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여, 이 법원에서 감축된 청구를 포함하여 제1심판결을 주문과 같이 변경한다. 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조, 제105조에 따라 소송총비용은 각자 부담하기로 한다.