대법원 판례 법인세

법인 과점주주 2차납세의무

사건번호 수원고등법원-2024-누-15479 선고일 2025.09.03

2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법 제39조 제2호는 과점주주 요건을 주주로서 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’로 변경되었고, 원고는 비록 주주명부에 100%주식을 보유한 것으로 확인되나, 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 것으로 볼 수 없어 2021년 이후 성립된 국세 2차납세의무 지정은 위법함

사 건 2024누15479 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 16. 판 결 선 고

2025. 9. 3.

주 문

1. 피고의 항소와 원고의 부대항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고가, 부대항소비용은 원고가 각 부담한다. 청 구 취 지

1. 청구취지

피고가 2022. 5. 4. 원고에 대하여 한 2020년 8월분1 근로소득세(갑) 511,880원, 2020년 제2기분 부가가치세 13,783,730원, 2021년 제1기분 부가가치세 43,006,780원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

3. 부대항소취지

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 피고가 2022. 5. 4. 원고에 대하여 한 2020년 8월분 근로소득세(갑) 511,880원, 2020년 제2기분 부가가치세 13,783,730원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 원고와 피고가 이 법원에서 주장하는 내용은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심 및 이 법원에 제출된 증거에 이 법원에서의 변론 내용을 종합하여 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결 중 일부를 다음과 같이 고쳐 쓰고, 원고와 피고가 이 법원에서 강조하는 주장에 대하여 제2항과 같이 추가로 판단하는 외에는 제1심판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 인용한다. [고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심판결 제2쪽 6행 “161-494”를 “161-492”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제6쪽 9~10행 “증인 AAA”을 “제1심 증인 AAA(이하 ‘증인 AAA’이라 한다)”로 고쳐 쓴다.

2. 추가 판단
  • 가. 원고의 주장에 대한 판단 원고는 이 법원에서 거듭하여, 원고가 이 사건 회사 설립 당시 자본금 및 예치금을 조달한 사실이 없고, 주주명부에 형식적으로 등재된 주주 명의 대여자에 불과하므로 구법조항이 정한 과점주주에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나 제1심판결이 적절히 설시한 바와 같이, AAA은 제1심법원에 증인으로 출석하여 ‘이 사건 회사 설립 시 자신의 이름으로 자본금이나 돈을 지급한 것이 없었다.사업자등록 시 예탁금은 누구의 돈인지 모르며, 원고의 돈일 것이다’라고 증언하였고, BBB은 ‘이 사건 회사의 설립에 필요한 자금을 누가 조달하였는지 기억이 나지 않지만, AAA과 BBB은 신용불량이라 은행 거래를 할 수 없어서 원고를 대표로 할 수밖에 없었다‘는 것인바(갑 제15호증), 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 아닌 AAA 또는 BBB의 자금이 회사 설립에 투입되었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 나아가 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 특별한 사정이 없는 한 회사에 대한 관계에서 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있고, 회사 역시 주주명부상 주주 외에 실제 주식을 인수하거나 양수하고자 하였던 자가 따로 존재한다는 사실을 알았든 몰랐든 간에 주주명부상 주주의 주주권 행사를 부인할 수 없으며, 주주명부에 기재를 마치지 아니한 자의 주주권 행사를 인정할 수도 없는바(대법원 2017. 3.23. 선고 2015다248342 판결 참조), 원고가 이 사건 회사의 주주로서 권리를 행사하는데 제약이 있었다고 보이지 않고, 원고 명의 주식에 대하여 AAA이나 BBB이 주주로서의 권리를 행사하였다고 볼만한 자료도 없다. 그 밖에 원고가 주장하는 것과 같은 사정이나 그 제출의 증거만으로는 원고가 AAA이나 BBB에게 이 사건 회사의 주주 명의만을 대여한 자로서 구법조항이 정한 과점주주에 해당하지 않는다고 인정할 수 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
  • 나. 피고의 주장에 대한 판단 피고는, ① AAA과 BBB은 ‘원고가 아닌 자신들이 이 사건 회사의 경영에 관여하였다고 하면서도 회사 설립 당시 누가 자본금을 출자하였는지 알지 못한다’고 하는등 그 진술을 그대로 믿기 어렵고, ② 제1심판결이 원고를 이 사건 회사의 실질 주주로 보면서도 원고가 회사 경영에 지배적인 영향력을 행사하지는 않았다고 판단한 것은 납득하기 어려운바, 원고는 이 사건 회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자로서 개정법조항에 따라서도 제2차 납세의무를 부담하여야 한다고 주장한다. 개정법조항은, 주주로서 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하나 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하지 않는 자까지 제2차 납세의무를 부담하게 하는 것은 법인격 남용 방지 목적을 넘어서 납세의무를 과도하게 부여하는 측면이 있음을 고려하여, 상법상 유한책임의 원칙에 보다 부합하도록 구법조항에 비하여 과점주주의 범위를 축소하는 방향으로 개정된 것이다. 피고의 위 주장은 결국, 원고는 이 사건 회사의 주식을 모두 보유한 1인 주주이고,1인 주주 등 최대 지분권자가 회사 운영에 지배적인 영향력을 행사하는 것이 통상적이므로, 원고가 이 사건 회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보아야 한다는 취지로 해석된다. 그러나 앞서 살펴 본 개정법조항의 개정 취지 및 과점주주의 제2차납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 하는 점(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 등 참조), 제2차납세의무를 부담하는 과점주주에 해당한다는 사실은 과세관청이 주장·입증하여야 하는점(대법원 1995. 1. 20. 선고 94누7997 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 원고의 ‘소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의50을 초과한다’는 사실로부터 곧바로 원고가 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’라는 개정법조항의 과점주주 요건을 충족하였다는 일응의 추정이 이루어진다고 볼 수는 없다. 과세요건사실의 존재를 비롯한 처분의 적법성에 대한 증명책임을 지는 피고는, 원고가 ‘법인의 경영에 대한 지배적인 영향력을 행사’하였다는 점,즉 원고가 이 사건 회사에 관하여 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 법인 경영에 사실상 영향력을 행사하였음을 구체적으로 주장 및 입증하여 과점주주 요건을 증명하여야 한다. 따라서 원고가 1인 주주이므로 그 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였을 것이라는 가능성만으로 원고가 개정법조항의 과점주주 요건에 해당한다고 단정할 수 없다. 제1심판결이 적절히 설시한 바와 같이, 원고가 2020. 12. 1.까지 이 사건 회사의 대표이사로 등재된 사실은 인정되나(갑 제1호증), 원고가 대표이사직에 있었던 것은 이 사건 회사의 2021년 제1기분 부가가치세 납세의무가 성립하기 이전의 기간에 불과하고, 원고가 이 사건 회사의 대표이사로 재직하는 동안 회사 경영을 주도하며 사업 이익을 분배받거나 일정한 보수를 수령하였다고 볼만한 자료도 없으며, 원고가 대표이사직에서 사임한 이후에 실질적으로 법인 경영을 주도하였다고 볼만한 자료도 없다. 그 밖에 피고가 주장하는 사정이나 그 제출의 증거만으로는 원고가 이 사건 회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 자라고 인정할 수 없다. 피고의 주장은 받아들이지 않는다.
3. 결 론

제1심판결은 정당하므로, 피고의 항소와 원고의 부대항소는 각 이유 없어 이를 모두 기각한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)