현물출자 계약을 체결하고 법인에 현물출자하여 주식을 취득하였으므로 제3자에게 대토보상권이 이전되었다고 봄이 타당함

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 수원고법-2024-누-14001 (2025.04.18) [직전소송사건번호 ] 수원지방법원-2023-구단-11713 [심판청구 사건번호 ] [ 제 목 ] 현물출자 계약을 체결하고 법인에 현물출자하여 주식을 취득하였으므로 제3자에게 대토보상권이 이전되었다고 봄이 타당함 [ 요 지 ] 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니할 경우, 감면받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 구 조세특례제한법 제77조의2 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】 사 건 2024누14001 양도소득세부과처분취소 원 고 나〇열 피 고 〇〇〇세무서장 변 론 종 결 2025.03.14 판 결 선 고 2025.04.18

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2022. 4. 1. 원고에게 한 2020년 양도소득세47,043,940원(농어촌특별세 포함)의 부과처분 중 8,573,710원을 초과하는 부분을 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 법원의 판결 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 이 법원에서 한 새로운 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결문 제4쪽 5행의 ‘구 조세특례제한법’ 『 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 』

○ 제1심 판결문 제4쪽 11행의 ‘구 조세특례제한법 시행령’ 『 구 조세특례제한법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것)』

○ 제1심 판결문 제6쪽 아래에서 2행의 ‘제26조의31은’ 『 제26조의3은 』

○ 제1심 판결문 제8쪽 6행의 ‘새액’ 『 세액 』

○ 제1심 판결문의 별지를 이 판결의 별지로 교체한다.

• 가. 원고 주장의 요지 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 의 개정 연혁 등에 비추어 보면, 그 조문의 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’토지보상법‘이라 한다) 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하기로 하는 경우’는 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’의 대표적인 예시의 취지로 병립의 취지가 아니므로 그 조항의 의미를 ‘부동산투자회사에 현물출자 하여 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’라고 해석하여야 하고, ‘부동산투자회사에 현물출자만 한 경우’에도 위 추징사유에 해당한다고 해석하는 것은 확장해석이나 유추해석으로 허용되지 않는다. 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 를 같은 항 제1호와 병립적으로 규정한 것으로 해석하게 되면 제4호는 조세특례제한법 제77조의2 제3항 에 반하는 규정으로서 위임입법의 한계를 일탈하여 위법하게 되므로, ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’ 중 ‘부동산투자회사에 현물출자 하는 경우’에는 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 가, 그 밖의 경우에는 같은 항 제1호가 적용된다고 해석하여야 한다. 피고의 이 사건 부과처분은 ‘부동산투자회사에 현물출자만 한 경우’에도 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호, 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 의 추징사유에 해당한다는 위법한 법령해석에 근거한 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 판단 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여 종래 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제77조의2 제1항은 거주자가 토지보상법에 따른 공익사업의 시행으로 대토보상 받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다고 규정하면서, 같은 조 제3항에서 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 ‘대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우’(제1호)와 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’(제2호) 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있었다. 또한 종래 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것) 제73조 제5항은 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자는 ‘해당 대토에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니한 경우’(제1호)와 ‘제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우’(제2호) 및 ‘해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우’(제3호)의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고․납 부하여야 한다고 규정하고 있었다. 그런데 종래 구 조세특례제한법이 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되면서, 대토보상받은 부분에 대한 양도소득세 감면율을 100분의 15에서 100분의 40으로 상향 조정하였고(제77조의2 제1항), 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하여야 하는 경우로 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등’이 종래 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 앞부분에 추가되었다. 또한 종래 구 조세특례제한법 시행령이 2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되면서 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하여야 하는 경우로 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’가 제73조 제5항 제4호로 신설되었고, 종래 같은 항 제1호 뒷부분에 ‘(제4호를 적용받는 경우는 제외한다)’는 문구가 추가되었다. 앞서 살펴본 관련 규정의 문언이나 개정 경과 등과 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제77조의2제3항 제2호에서 ‘대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등‘에 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 규정하고, 같은 조 제5항은 ‘제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 규정하고 있는 점, 구 조세특례제한법 제77조의2 제5항 의 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제73조 제5항 제4호는 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’에 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연받은 양도소득세 감면세액 차액이나 과세이연금액 상당 세액을 신고․납부하도록 규정하고 있는 점, 토지에 관한 등기를 신청하는 경우에는 부동산등기법 제34조 제5호 의 ‘등기원인’ 등의 사항을 등기소에 제공하여야 하는데(부동산등기규칙 제43조 제1항), 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 신청하는 경우에는 등기원인을 증명하는 정보를 적은 서면은 ‘현물출자계약서’이고, 원인일자는 ‘그 계약의 성립일’이 되므로(부동산 등기선례 제9-81호 ‘현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 신청하는 경우 등기원인을 증명하는 정보 및 등기원인일자 기재방법’ 참조) 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자 하는 경우에는 해당 대토에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 ‘현물출자계약’으로 기재되게 되고 ‘대토보상’으로 기재되지는 않는 점, 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정된 구 조세특례제한법의 의안원문에는 제77조의2 제3항 제2호의 개정 이유에 관하여 ‘대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등에 대해 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 대통령령으로 위임할 수 있는 근거를 명확히 함’이라고 설명하고 있는 점 등을 종합하면, 입법자의 의사는 ‘대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’도 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연 받은 양도소득세 감면세액의 차액이나 과세이연금액 상당세액 등을 납부하도록 명시적으로 규정한 것이고, 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 를 원고의 주장처럼 해석하지 않는다고 하여 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 가 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 에 반한다거나 위임입법의 한계를 일탈하여 위법하다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.