피고는 정당한 사유 없이 제척기간에 임박하여 이 사건 처분을 하며 원고의 과세전적부심사를 받을 권리를 박탈하였으므로, 이 사건 처분은 위법함

사 건 2024누13046 양도소득세부과처분취소 원 고 임AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 26. 판 결 선 고

2025. 11. 21.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2022. 5. 9. 원고에게 한 양도소득세 249,048,418원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 이유 중 해당 부분과 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

• 가. 원고의 주장 피고는 2015. 7.경 ▲▲세무서장으로부터 이 사건 쟁점 부동산의 과세자료를 통보받고서도 아무런 이유 없이 7년이라는 기간 동안 방치하다가 제척기간의 만료시점인 2022. 5. 31.이 다가오자 만료일 20일을 앞둔 시점에서 이 사건 처분을 하였다. 위와 같은 처분으로 원고는 과세전적부심사청구 기회를 박탈당하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단

1. 관련 규정과 법리 국세기본법 제81조의15 제1항 본문은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다.”라고 규정하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 본문) 등을 과세예고통지를 하여야 할 사유로 들고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 그 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.”라고 하면서, ‘ 국세징수법 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’(제1호), ‘｢조세범 처벌법｣위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2호 본문), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호), ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’(제4호)를 들고 있다. 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사․심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법․부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다. 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12.

27. 선고 2016두49228 판결 등 참조). 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 등 참조).

2. 판단 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정하는 아래 사실 및 사정을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 증명되었다고 보기는 어렵다. 이 사건 처분은 원고의 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.

① 이 사건 쟁점 부동산 중 원고 지분의 양도가 이루어진 시점은 2014. 11. 20.이고, 원고는 2014년 과세연도 양도소득세에 대하여 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않았으므로, 위 양도소득세 부과제척기간 만료일은 위 양도소득세를 부과할 수 있는 날인 2015. 6. 1.부터 7년인 2022. 5. 31.이다. 그런데 피고는 원고에게 2022. 4. 7. 과세예고통지를 하고 2022. 5. 9. 이 사건 처분을 하여 원고는 과세전적부심사를 청구할 수 없게 되었다.

② 피고는, 원고가 이 사건 쟁점 부동산의 양도 사실을 알고도 양도소득세 신고·납부의무를 이행하지 않았다고 주장한다. 그러나 이 사건 쟁점 부동산의 소유 명의자로서 2015. 2. 5. ▲▲세무서에 이 사건 쟁점 부동산의 양도에 관하여 양도소득세 신고를 하였던 임BB가 2015. 6. 1. 이 사건 쟁점 부동산이 임석호와 그 형제들인 임CC, 임DD, 임EE, 원고의 공동 소유임을 이유로 양도소득세 경정청구를 하였고, ▲▲세무서장은 2015. 7. 13. 이 사건 쟁점 부동산에 관한 임BB의 실질 소유지분(40%)에 따라 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하고, 원고 등 관련자들의 관할 세무서로 관련 과세자료를 통보하였다(이하 ‘이 사건 과세자료 통보’라고 한다). 그에 따라 피고도 2015.7.경 ▲▲세무서장으로부터 원고가 이 사건 쟁점 부동산의 15% 지분소유권자로서 양도소득세 과세자료 612,195,000원이 존재한다는 사실을 통보받았다. 따라서 피고는 원고의 양도소득세 신고 여부와 상관없이 2015. 7.경에는 원고에 대한 양도소득세 과세 여부를 판단할 수 있는 자료를 확보하였다.

③ 그 밖에 피고가 2015. 7.경 이 사건 과세자료를 통보받고 2022. 4. 7. 과세예고통지를 하기까지 약 6년 9개월 동안 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하기 위해 추가 조사를 하였다거나 그러한 필요성이 있었다고 볼만한 다른 사정을 찾을 수 없다.

이 사건 처분의 취소를 구하는 원고 청구는 이유 있어 인용되어야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다.