이 사건 특허권의 실질적인 귀속자

사 건 2023누17003 법인세 등 부과처분 취소청구 원 고 aaa 주식회사 피 고

○○지방국세청장, ○○세무서장 변 론 종 결

2025. 5. 14. 판 결 선 고

2025. 6. 18.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고 ○○지방국세청장이 2019. 11. 29. 원고에게 한 소득자를 bbb로, 소득종류를 상여로 하는 2015년 귀속 소득금액 2,830,000,000원, 2017년 귀속 소득금액 2,242,906,008원의 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2019. 12. 4. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 294,164,550원의 부과처분 중 150,842,040원을 초과하는 부분, 2017 사업연도 법인세 422,443,120원의 부과처분 중 289,879,020원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위, 2. 원고 주장의 요지 및 3. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 제7면 8행 이하에 다음과 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 각 해당 부분(제1심판결 제2면 9행부터 제7면 17행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다. 『설령 bbb가 전적으로 이 사건 각 발명을 한 것으로 보기는 어렵더라도, 그 발명 과정에서 실질적·구체적 기여를 한 것은 분명하므로 공동발명자로서 이 사건 특허권에 대한 지분권이 인정되어야 한다. 그럼에도 이 사건 특허권에 대하여 bbb의 지분이 전혀 없다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.』

4. 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당하는지 여부에 대한 판단 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 중 제4의 나.항 부분(제1심판결 제15면 1행부터 제17면 5행) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

5. 이 사건 양도대금 지급이 법인 자금의 부당한 유출에 해당하는지 여부에 대한 판단

• 가. 인정사실 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들 및 을 제12 내지 17호증, 을 제19, 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

1. 이 사건 선행 특허 및 F1 모델의 개발

• 가) bbb는 1994년부터 2001년까지 반도체 장비를 취급하는 미국 법인의 한국 자회사인 ccc 코리아에서 ○○전자 담당 엔지니어로 근무하는 등 반도체 제조공정 중 식각(Etching) 공정과 관련한 지식과 경험을 가지고 있는 사람이다.
• 나) bbb는 2003. 12. 2. ‘aaa’라는 상호로 사업자등록을 하고 반도체 관련 사업을 시작하여 식각 공정과 관련된 제품을 제조·판매하는 등의 영업을 수행하는 한편, 2007. 10. 8.경 ‘aaa 부설연구소’를 설립하여 한국산업기술진흥협회에 신고하였다.
• 다) bbb는 반도체 제조공정 중 식각 공정을 마친 웨이퍼의 표면에 남아있는 잔류가스인 ’퓸(fume, 충분히 세척되지 않을 경우 반도체의 오작동 등 고장의 원인이 되기도 한다)‘을 제거하는 기술에 대한 연구를 진행하였다. bbb는 웨이퍼 홀딩·세척, 퓸 제거 등과 관련한 아래와 같은 특허(이하 ‘이 사건 선행 특허’라 한다)를 취득하였고, 이를 활용하여 2009년경부터 퓸을 제거하는 기계인 F1 모델(이하 ’F1’이라 한다)의 개발을 시작하였으며, 2011년경 시제품을 출시하였다.

2. 원고의 설립 및 사업양수도

• 가) bbb는 2011. 7. 25. 원고를 설립하였고, 2011. 8. 1. 원고에게 ‘aaa’ 의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 내용의 사업양도양수계약을 체결하였다.
• 나) 원고는 2011. 8.경 사업양수를 이유로 종전의 ‘aaa 부설연구소’를 ‘aaa 주식회사 R&D Center’로 명칭을 변경하여 한국산업기술진흥협회에 신고하였다.
• 다) 한편, 원고는 2012년경부터 F1을 양산하여 시중에 판매하였고, 2012. 12. 13. bbb로부터 이 사건 선행 특허를 1,015,000,000원에 양수하였다.

3. 이 사건 각 특허권의 활용

• 가) 원고는 2012년경부터 기본적인 기기의 작동원리 및 목적은 F1과 동일하지만 퓸 제거 성능 등이 개선된 F20 모델(이하 ‘F20’이라 한다)을 개발하여 2013년경 시제품을 생산하였고, 2014년경부터 이를 양산하여 시중에 판매하였다.
• 나) 이 사건 각 특허권 중 제1 특허권은 대부분 F20에 활용되었고, 제2 특허권은 F20 또는 그 후속 모델인 F30 모델 등에 활용되었다.

4. 원고의 연구·인력개발비 지출 원고가 2011년부터 2021년까지 기업부설연구소 연구·인력개발비로 세액공제를 받은 내역 및 연구원의 구성은 아래와 같다.

• 나. bbb가 이 사건 각 발명의 발명자에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있고, 특허법 제2조 제1호 는 ‘발명’을 ‘자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것’으로 정의하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 사람’은 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 12. 17. 선고 2011다67705, 67712 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거 및 갑 제6, 7호증, 을 제20, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 각 발명은 원고가 bbb로부터 취득한 이 사건 선행 특허를 기초로 원고의 인적·물적 시설을 이용하여 이루어진 것으로서, 위 과정에서 bbb가 최초 아이디어를 제시하는 등 일부 기여를 한 사실이 있다 하더라도 원고가 제출한 증거만으로는 bbb가 독자적으로 이 사건 각 발명을 하였다고 인정할 수 없다.

(1) 원고는 2011. 7. 25. 설립된 직후 bbb가 운영하던 ‘aaa’의 사업을 포괄적으로 양수하면서 개인사업체의 부설연구소 역시 양수하였고, 원고의 설립 초기주력 제품인 F1에 활용된 이 사건 선행 특허를 2012. 12. 13. bbb로부터 1,015,000,000원에 양수하였다.

(2) 원고는 그 산하 기업부설연구소 ‘aaa 주식회사 R&D Center’ 소속으로 2012년 6명, 2013년 9명, 2014년 11명, 2015년 15명, 2016년 16명, 2017년 23명의 연구원을 보유하면서 연구원들의 인건비로 연간 2억 2,500만 원 내지 12억 4,100만 원 가량을 지출하는 등 연구·개발에 상당한 인력과 비용을 투입하였다. 이러한 연구원들의 주 업무는 원고의 주력 제품인 F1의 업그레이드 버전인 F20을 개발하는 것이었던 것으로 보이고, 이러한 원고의 연구·개발이 성공적으로 진행되어 원고는 F20으로 상당한 액수의 매출을 달성하였으며, 이후 F30 등의 후속 제품을 연구·개발하게 되었다. (3) 등록특허공보에 기재된 이 사건 각 특허권의 발명자는 아래 표 기재와 같다. bbb는 이 사건 각 특허권 25개 중 11개의 특허권(연번 1 내지 7, 12 내지 14, 19번 특허권)에 대하여는 단독발명자로 기재되어 있고, 나머지 특허권에 대하여는 원고의 임원 또는 직원인 김dd, 한dd, 윤dd, 김ee, 김ff 중 일부와 함께 공동발명자로 기재되어 있다.

(4) 이들 중 김dd, 윤dd, 김ee은 2016년경 F20 개발에 관하여 IR52 장영실상1)을 수상하였는데, bbb 명의로 작성된 장영실상 신청서에 별지로 첨부된 ‘개발참여자 인적사항’에는 아래와 같이 기재되어 있다.

1. 과학기술정보통신부가 주최하고 매일경제신문, 한국산업기술진흥협회가 주관하여 우수 신기술제품 및 연구조직에 시상하는 산업기술상이다.

(5) 이 사건 각 특허권의 출원시기(2011. 11. 19.부터 2015. 9. 15.까지)는 원고가 F20을 개발하여 판매하고, 그 후속제품인 F30을 개발하던 시기이다. 이 사건 각 특허권은 F20 및 F30에 각 활용된 기술로 보이는바, 앞서 본 원고가 당시 보유하던 연구원의 수, 연구원들의 인건비, 연구·개발을 위한 물적 시설, 원고의 매출에서 F20이 차지하던 비율 등에 비추어 볼 때, 원고의 연구원들은 위 기간동안 이 사건 선행 특허를 기반으로 이를 개량하기 위한 아이디어를 구체화하고 도면화하는 등 이 사건 각 특허권과 관련하여 발명의 단계에 이르기 위한 연구·개발업무를 수행하였다고 보는 것이 합리적이다. 실제로 원고의 임직원들은 이 사건 각 발명에 기여하였음을 전제로 장영실상 수상자로 선정되거나, 또는 이 사건 각 특허권 중 일부에 공동발명자로 등재되기도 하였다.

• 나) 다만, 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거, 갑 제12, 14, 19호증, 갑 제21 내지 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 고려하면, 피고가 제출한 증거만으로 bbb가 이 사건 각 발명에 대하여 전혀 실질적으로 기여한 바가 없다고 단정하기는 어렵고, bbb로서도 적어도 이 사건 각 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 제시하거나 연구원들의 개발과정을 총괄하며 조언·지도를 하는 등 이 사건 각 발명에 어느 정도 실질적으로 기여한 바가 있다고 볼 여지는 있다. (1) bbb는 반도체 제조공정 중 식각 공정에 관한 전문적인 지식과 경험을 가진 사람으로, 원고 설립 이전부터 이 사건 선행 특허를 취득하고 퓸 제거 기계 개발을 위한 착상을 제시하는 등, 기술자로서 이 사건 각 발명에 관련된 연구를 진행해 왔다.

(2) bbb는 이 사건 세무조사를 받던 중 ○○지방국세청 세무공무원으로부터 F20 개발과정에서 수행한 역할에 대하여 질문을 받자, ‘기술개발 과정에서 기본적인 방향을 제시하고 연구소 직원들의 개발 활동을 원활하게 하는 역할을 하였다’, ‘기본적으로 대표이사로서 역할을 한 것은 맞으나, 기술개발 경험이 가장 많기 때문에 연구개발 과정에서 방향을 제시하고 난관을 해결하는 등 주도적인 역할을 한 사람 중 한명이라고 생각한다’는 취지로 진술하였다. 한편, 윤dd은 ○○지방국세청 세무공무원이 개발 회의에 bbb가 참석하였는지에 관하여 묻자, ‘bbb는 개발주간 미팅에 주로 참석하지는 않았으나, 가끔 필요할 때 회의에 참석하여 의견을 피력하였다’고 답변하였고, 장영실상 수상 관련 질문에 대해서는 ‘bbb는 회사 대표로 수상을 했고, 한국산업기술진흥협회에서 기술개발에 관여한 엔지니어 3명을 추천하라고 하여 개발 과정에 실제 관여한 팀장 3명이 수상하였다’고 답변하였다. (3) bbb는 원고 설립 이후에도 개인 명의 사업자계좌에서 특허 수수료 등 특허 관련 비용을 지출하였는데, 2013년부터 2016년 사이에 지출한 비용은 합계 64,359,090원이다. 그 외에도 bbb는 특허출원에 대하여 변리사와 상의하고, 외부업체인 제이원시스템에 특허출원을 위한 도면 작업을 의뢰하는 등, 직접 이 사건 특허권출원 관련 업무를 하기도 하였던 것으로 보인다.

• 다) 그러나 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 발명은 원고의 업무 범위 및 bbb의 직무에 속하는 것으로서 발명진흥법 제2조 제2호 에서 정한 ‘직무발명’에 해당하는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 각 발명에 bbb의 실질적인 기여가 일부 인정된다고 하더라도 이 사건 각 발명이 bbb의 개인발명에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 받아들일 수 없다. (1) 발명진흥법 제2조 제2호 는 ‘직무발명’을 ‘종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명’으로 정의하고 있다. 여기서 ‘그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명’이란 종업원 등이 담당하는 직무 내용과 책임 범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 말한다(대법원 1991. 12. 27. 선고 91후1113 판결 등 참조).

(2) bbb가 이 사건 각 발명의 기초가 된 아이디어를 착상한 것이 원고 설립 이전의 시점이라고 볼 여지가 없지는 않다. 그러나 한편, bbb는 원고를 설립하면서 원고에게 이 사건 선행 특허를 포함하여 종전 자신의 개인사업체였던 ‘aaa’의 사업 일체를 포괄적으로 양도하고, 원고의 대표이사로서 원고의 제반 업무를 총괄하고 있다.

(3) 피고 ○○세무서장의 해명자료 제출 및 수정신고 안내에 대하여 원고 스스로도 ‘bbb는 원고의 엔지니어로서 공정에 관여하였다’는 취지로 답한 바 있고, 장영실상 신청서에도 bbb가 ‘개발 총괄’로 기재되어 있는바, 이러한 점에 비추어 보면 bbb는 원고의 대표이사일 뿐 아니라 개발자로서의 업무도 수행해 왔다고 볼 것이다. 따라서 bbb는 특별한 사정이 없는 한 자신의 식각 공정에 대한 경험과 전문지식을 바탕으로 원고의 인적·물적 자원을 동원하여 퓸 제거 기계 개발에 대한 연구, 발명을 하는 것이 당연히 예정되거나 기대되는 자에 해당한다.

(4) 원고는 반도체 제조장비 제조업 등을 목적으로 하는 법인으로, 이 사건 각 발명은 원고의 업무 범위에 포함된다. 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 각 특허권은 선행 특허를 기반으로 기존의 기술을 개량하는 내용으로 이루어져 있고, 이 사건 각 특허권과 관련된 아이디어를 구체화하고 도면화하는 등 발명의 단계에 이르기 위한 연구·개발 업무를 수행한 것은 원고 산하 기업부설연구소 소속 연구원들이므로, 이 사건 각 발명은 원고의 인적·물적 시설이 이용되어 연구·개발된 것이다.

(5) 원고는 이 사건 각 발명을 이용하여 F20, F30을 개발, 양산하고 이를 판매하여 매출을 올리고 있는 등 이 사건 각 발명을 그 업무에 활용하고 있다.

• 다. 이 사건 각 양도계약이 부당행위계산 부인대상에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 가) 법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

• 나) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 같은 법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권, 디자인권 기타 지식재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조 제1호, 구 법인세법 시행령 제43조 의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 대가를 지급하였더라도, 그 대가가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 지식재산권의 가치평가가 적절한지 여부, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 지식재산권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조 제1항 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지식재산권 가치의 일부가 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 양도대금은 이 사건 각 특허권에 대하여 bbb가 지급받을 수 있는 정상적인 대가로 인정할 수 없다. 나아가 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 양도대금 중 bbb에게 지급하여야 할 정상적인 대가가 포함되어 있다고 인정하기 어려우므로, 이 사건 양도대금 전부 를 손금불산입 대상으로 보아야 한다.

• 가) 원고는, 이 사건 각 발명의 전부 또는 일부가 bbb의 개인발명에 해당한다는 전제에서, 이 사건 양도대금 중 bbb가 이 사건 각 특허권의 발명자로서 가지는 지분에 상응하는 부분은 법인 자금의 부당한 유출이 아니라는 취지로 주장하였으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 발명에 bbb의 실질적인 기여가 존재하지 않는다고까지 하기는 어렵다 하더라도 이는 bbb가 원고의 임원으로서 그 직무에 관하여 발명한 것이므로 직무발명에 해당할 뿐이다.
• 나) 발명진흥법은 ‘종업원 등은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.’고 규정하면서(제15조 제1항), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(같은 조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 ‘직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익’과 ‘그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도’를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(같은 조 제6항). 그런데 원고가 발명진흥법에 따라 직무발명자에 대한 정당한 보상금 지급절차 등을 준수하여 이 사건 양도대금을 지급하였다고 볼 만한 자료가 없고, 이 사건 양도대금 산정과정에서 직무발명에 의하여 원고가 얻을 이익과 그 발명의 완성에 bbb가 개별적으로 공헌한 정도를 고려하였다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 양도대금은 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’이라고 할 수 없다.
• 다) 나아가 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 양도대금이 객관적으로 산정된 이 사건 각 특허권의 가치를 반영하고 있다고 볼 수도 없다. 원고는, 이 사건 양도대금이 회계법인 및 특허법률사무소가 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 감정평가결과에 따라 적정하게 산정되었다고 주장하나, 미래회계법인이 작성한 산업재산권 평가보고서(갑 제25호증)나 제우스특허법률사무소에서 작성한 특허가치평가서(갑 제26호증)는 모두 이 사건 각 특허권을 bbb로부터 원고에게 이전하기 위한 기초자료로 활용하기 위해 원고의 의뢰로 이루어졌고, 원고와 bbb의 관계, 평가의뢰 경위, 가치평가 방식 및 내용 등을 고려할 때 이 사건 각 특허권의 정당한 가치를 제대로 반영하고 있는 객관적인 자료로 보기 어렵다.
• 라) 이 사건 제1 특허권이 활용된 F20의 장영실상 신청서에는 위 특허권의 대상이 된 발명에 bbb 외에 원고 소속 다른 임직원들이 공동으로 기여한 것으로 기재되어 있고, 이 사건 각 특허권 중 14건에 대하여는 bbb 외에 원고의 다른 임직원들이 공동발명자로 등재되어 있음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 원고는 이 사건 각 특허권에 대하여 bbb에게만 이 사건 양도대금을 지급하였을 뿐, bbb 외에 다른 공동발명자들에게는 별다른 대가를 지급한 사실이 없다. 직무발명에서 발명자(종업원 등)의 공헌도는 해당 발명을 완성하는 데 발명자가 창조적으로 기여한 정도를 말하므로, 이를 산정할 때에는 사용자의 공헌요소와 종업원 등의 공헌요소를 모두 종합하여 판단하여야 하는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 특허권 발명의 기초가 된 이 사건 선행 특허를 이미 원고가 bbb로부터 상당한 대가를 치르고 매수하여 보유하고 있었고 이 사건 각 발명 과정에서 원고의 인적·물적 자원이 이용되었다는 점을 고려하면, 이 사건 각 발명에 대한 bbb의 공헌도가 원고가 주장하는 것과 같은 정도에 이른다고 보기도 어렵다.
• 라. 소결론 따라서 이 사건 각 양도계약은 부당행위계산부인 대상에 해당하고, 원고가 bbb에게 지급한 이 사건 양도대금은 상여금의 실질을 가져 손금불산입의 대상으로 보아야하므로, 위 각 양도거래를 전제로 이 사건 각 특허권에 관한 감가상각비를 손금에 산입한 것은 유지될 수 없다. 피고가 이 사건 각 처분을 한 것은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.