양도소득세경정거부처분취소

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2021. 6. 4. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 경정 거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분과 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제2쪽 제4행의 “2004. 6. 22.”을 “2004. 7. 7.”로 고친다.

○ 제1심판결문 제2쪽 제6행의 “삼원디건설”을 “삼원건설디”로 모두 고친다.

별지 기재와 같다.

• 가. 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항, 같은 법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호에 의하면, 농지로서 중과세율이 적용되는 비사업용 토지의 기간기준은 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ① 양도일 적전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지의 소유기간의100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두 비사업용 토지에 해당해야 한다.
• 나. 이 사건에서는 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 비사업용 토지에 해당하는지 문제되는데, 이 사건 각 토지의 양도일 직전 3년 동안에 관한 당사자의 주요 주장은 아래 표 기재와 같다. <표 생략>
• 다. 피고는 문화재 발굴조사 안내에 따라 원고가 경작을 하지 않은 2018. 11. 22.부터 제2종 일반주거지역 편입일 전날인 2020. 6. 19.까지 이 사건 각 토지는 비사업용 토지에 해당하므로 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 비사업용 토지에 해당한다고 주장한다. 하지만, 원고는 위 기간 중 문화재 발굴조사절차가 진행되어 국가**청장이 2018. 12. 31. 문화재보존조치를 하였고, 2019. 9. 23.부터 2020. 5. 15.까지 시굴조사가 진행된 점, 2019. 9. 2. 도시개발구역이 지정되고 개발계획이 고시된 점 등을 고려하면, 구 소득세법 제104조의3 제1, 2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1, 4호, 같은 법 시행규칙(2021. 3. 16. 기획재정부령 제848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제1항 제12호에 따라 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는 기간은 1년을 초과하지 않는다고 주장한다.

4. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 관련 규정과 법리 구 소득세법 제104조의3 제1항 은 농지, 임야, 목장용지, 기타 토지 등 각 용도별로 구분하여 비사업용 토지의 범위를 규정하고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제168조의6은 보유기간별 사용실태에 따른 비사업용 토지의 기간기준을 규정하고 있다. 같은법 제104조 제1항 제8호는 비사업용 토지에 대한 양도소득세의 세율에 관하여 과세표준에 따라 기본세율에 10%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는데, 이러한 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법 목적이 있다. 그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 구 소득세법 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 이러한 관련 규정의 입법 취지와 문언 내용 및 체계 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 제104조의3 제1항, 같은 법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것인데, 그와 같은 제외 사유에 해당하는지는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도의 입법 취지에 비추어 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것인 바, 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 등참조).
• 나. 판단 갑 제5 내지 7호증의 기재, 이 법원의 국가유산청장, (재)한국****연구소장에 대한 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정하는 아래 사실 및 사정을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 문화재 발굴조사로 인하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에서 정한 비사업용 토지의 기간기준(특히 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간)이 충족되었다고 보기는 어렵다. 이 사건 각 토지에 관하여 양도소득세 산정시 비사업용 토지에 대한 중과세율이 적용되어야 한다고 본 이 사건 거부처분은 위법하다.

① 이 사건 각 토지를 포함한 시 **2지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다)에 대한 문화재 발굴조사는 아래 표 기재와 같이 진행되었다.

② 국제신탁 주식회사는 2019. 2. 1. 국가청장으로부터 아래와 같은 내용으로 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률(2019. 11. 26. 법률 제16592호로 개정되기 전의 것) 제11조에 따른 매장문화재 발굴허가를 받았다. 다만, 조사지역 중 논 경작지가 많아 가을까지 기다려 경작물을 수확한 후 2019. 9. 23.부터 시굴조사를 시작하였다.

③ 시굴조사 방법은 유구의 잔존여부를 체계적으로 파악할 수 있는 도랑파기법(Trench method)을 사용하였다. 전체 면적과 지형을 고려하여 폭 1.5 ~ 2.0m 내외의 트렌치를 약 10m 간격으로 등고선과 직교하도록 설치하였고, 유적의 존재 가능성이 높은 지형은 추가적인 트렌치를 설치하였다. 굴삭기를 이용해 유구 확인층까지 1차 굴착한 뒤, 명확한 층위 양상을 파악하기 위하여 수작업으로 벽면과 바닥면을 정리하면서 문화층의 존재 여부와 유구․유물의 흔적을 확인하였다. 이 사건 사업지구의 경우 북쪽은 구릉의 하단부에 속하고 남쪽은 논 경작지인 저습지로 2가지 다른 형태로 트렌치를 설치하였다. 이 사건 각 토지가 있는 남쪽 논 경작지는 대부분 깊이가 2m 이상 되기 때문에 표면 굴착 너비가 넓어져 트렌치 간격을 더 멀리 조정하여 조사를 진행하였다.

④ 이 사건 각 토지에는 아래 사진과 같이 28, 29, 31번 트렌치가 설치되었다. 원고는 이 사건 각 토지에서 논농사를 지었는데, 이와 같은 트렌치로 인하여 논농사를 짓는 것은 사실상 불가능하였다. 트렌치는 시굴조사 후 학술자문회의를 거쳐 국가**청이 공사를 시행하여도 좋다는 통보를 할 때까지는 유지된 것으로 보인다.

⑤ 시굴조사를 할 때 민간인이 출입하면 매장유산 조사결과를 훼손할 수 있고, 굴착으로 인한 안전상 문제가 발생할 수 있기 때문에 (재)한국****연구소는 민간인이 출입할 수 있는 곳에 안전띠를 두르고 현수막으로 매장유산 조사 중임을 알려 민간인 출입을 통제하였다.

⑥ 피고는, 최초 시굴조사에 따라 이 사건 각 토지에 대한 사용제한을 인정한다고 하더라도 사용제한 기간은 허가기간인 40일로 보아야 한다고 주장한다. 하지만 최초 시굴조사기간이 2019. 9. 23.부터 2020. 5. 16.까지 길어진 이유는 시굴조사 대상지역 중 민가가 건설되어 있는 곳이 있어 민가를 철거한 후 다시 조사를 진행하였고, (재)한국**연구소가 조사를 진행하기 어려운 상황이 되어 발굴기관이 (재)**학연구소로 변경되었기 때문이다. 그 기간 동안 이 사건 각 토지에 설치된 트렌치는 그대로 유지된 것으로 보이고 발굴허가가 정지 또는 중지되거나 취소되지 않은 점 등을 고려하면 피고의 주장은 받아들이지 않는다.

⑦ 피고는, 양도일 직전 3년 중 2018. 11. 22.부터 2020. 6. 19.까지 575일은 비사업용 토지에 해당한다고 하나, 그 중 최초 시굴조사가 시작된 2019. 9. 23.부터 학술자문회의가 개최되고 국가**청장이 시굴조사 완료조치 통보를 한 2020. 7. 29.까지는 법령에 따라 사용이 제한되거나 부득이한 사유로 경작할 수 없었으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다. 따라서 비사업용 토지에 해당하는 기간은 2018. 11. 22.부터 2019. 9. 22.까지 305일로 1년을 초과하지 않는다.

이 사건 처분의 취소를 구하는 원고 청구는 이유 있어 인용되어야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다.