법령 개정시 기존 법령의 부칙 경과규정이 실효되었는지 여부

사 건 2022누13943 양도소득세경정거부처분취소 원 고 전AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 3. 29. 판 결 선 고

2023. 6. 21.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지

피고가 2021. 1. 14. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 ,*,***원의 경정거부처분을 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 2009. 4. 24. ☆☆시 ◇◇동 ○(도로명주소 □□로 ◎◎) △△△△아파트 ○○○동 ○○○호 59㎡(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2019. 7. 22. 위 주택을 *억 ***만 원에 양도하였다.
• 나. 원고는 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에서 정한 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지’임을 이유로, 2019. 9. 30. 위 부칙조항에 따른 특례에 따라 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제1호에서 정한 일반세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 ,,***원을 신고·납부하였다.
• 다. 원고는 2020. 8. 27. 원고가 이 사건 주택 양도 당시 위 주택을 포함하여 3개의 주택을 보유하고 있는 다주택자였고, 이 사건 주택이 소재한 ☆☆시가 2017. 9. 6. ‘국토교통부 공고 제2017-1305호’에 의하여 지정된 조정대상지역이라는 이유로 1세대 3주택자에 대한 중과세율(일반세율에 20/100 가산)을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 ,,***원으로 수정신고·납부하였다.
• 라. 원고는 2021. 1. 11. 피고에게, 이 사건 주택의 양도에 따른 정당한 세액은 이 사건 부칙조항에 따른 특례를 적용한 ,,원이라고 주장하면서 이미 납부한 ,,원과의 차액 ,*,***원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2021. 1. 14. 원고가 1세대 3주택자이고 이 사건 주택이 조정대상지역 내에 있으므로 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율을 적용하여야 한다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 4. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 7. 15. 이를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 부칙조항은 소득세법 본조 규정과는 독립하여 양도소득의 대상과 세율을 정한 특례규정으로, 주택취득시를 기준으로 위 부칙조항에서 정한 특정 기간동안 취득한 주택에 대하여는 그 양도시기와 관계없이 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용한다는 취지이다. 이 사건 부칙조항은 2009. 1. 1. 시행된 후 현재까지 폐지되지 않은 채 존속하고 있으므로, 위 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 위 부칙조항에 따라 일반세율을 적용하여야 한다.
• 나. 피고의 주장 이 사건 부칙조항은 부동산 침체기인 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 부동산에 대하여 ‘ 소득세법 제104조 제1항 제4호 부터 제9호까지의 규정에도 불구하고’일반세율을 적용하기 위한 것으로서, 2008. 12. 26. 신설되고 이후 소득세법의 개정에 맞추어 그 내용이 변경되어 왔다. 그런데 소득세법이 2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되면서 종전의 소득세법 제104조 제1항 제4호 부터 7호를 삭제하여 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도를 폐지하고, 같은 조 제4항에서 지정지역에 있는 부동산으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해 양도소득세를 중과하는 규정(제1호)을 신설하였다. 이로써 이 사건 부칙조항 중 ‘ 소득세법 제104조 제1항 제4호 부터 제7호까지의 규정에도 불구하고’ 부분은 실효되었다고 보아야 한다. 가사 이 사건 부칙조항이 실효되지 않았다고 하더라도 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법은 제104조 제7항 제3호(이하 ‘이 사건 신설규정’이라 한다)로 조정대상지역에 대한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세 조항을 신설하면서 그 부칙 제2조 제2항에서 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.’고 규정하였을 뿐 종전 규정 적용과 관련하여 별도의 경과규정을 두지 않았으므로, 신법우선의 원칙에 따라 위와 같이 개정된 소득세법 조항을 적용하는 것이 타당하다.
• 다. 관계법령 별지와 같다.
• 라. 판단

1. 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니고(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조), 이는 경과규정뿐 아니라 다른 부칙조항에서도 마찬가지라 할 것이다.

2. 다음의 각 사정을 종합하면, 이 사건 부칙조항은 여전히 유효하고, 이 사건 신설규정에 우선하여 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 이 사건 부칙조항은 그 자체에서 효력이 유지되는 기간 내지 적용기한을 정하고 있지 않고, 위 부칙조항이 신설된 후 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 위 부칙조항을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었던바, 위 부칙조항은 현재까지 그대로 존속하고 있다고 보아야 한다. (2) 이 사건 부칙조항은 그 문언이 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득’에 대하여는 ‘제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정’에도 불구하고 ‘같은 항 제1호에 따른 세율’을 적용한다고 되어 있다. 당시 소득세법 제104조 제1항 제1호 는 양도소득세에 관한 일반세율을, 같은 항 제4호는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율을 정하는 규정이므로, 결국 위 부칙조항의 의미는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 하더라도, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용한다.’는 것이다. 즉, 당시 소득세법 제104조 제4항 이나 제6항이 ‘2012년 12월 31일까지 양도’한 자산에 대한 세율의 특례를 정한 반면, 이 사건 부칙조항은 그 취득 시기를 기준으로 특정 기간 취득한 자산(주택)에 대한 세율의 특례를 정한 것으로서 위 기간동안 취득한 자산은 그 양도 시기에 관계없이 특례규정의 적용을 받는다고 볼 것이다. (3) 이 사건 부칙조항이 ‘제104조 제1항 제4호’를 인용하여 규정하고 있다고 하여, 그 효력까지 위 규정의 존속을 전제로 한다고 볼 수 없다. 즉, ‘ 소득세법 제104조 제1항 제4호 ’가 이후 개정으로 삭제되었다고 하여 이 사건 부칙조항도 그와 운명을 같이하여 당연히 실효된다고 볼 수 없다. (4) 피고는, 이 사건 부칙조항이 실효되지 않았다 하더라도 신법우선의 원칙에 따라 이 사건 신설규정이 우선하여 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율 적용을 정한 소득세법 규정의 주요 개정연혁, 즉 ① 당초 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여는 모두 중과세율이 적용되도록 하였다가1), ② 부동산 시장 정상화를 위하여 ‘특정 기간 양도분’ 자산에 대한 특례규정2) 및 ‘특정 기간 취득분’ 자산에 대한 특례규정3)을 각 도입하였고, ③ 그 후 2014. 1. 1. 소득세법 개정(법률 제12169호)으로 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세 규정이 삭제되면서 종전에 ‘특정기간 양도분’ 자산에 대한 특례규정의 일부 수정 규정이던 ‘지정지역 안의 부동산’에 대한 규정4)만 양도기간 제한 부분이 삭제된 채 유지되다가, ④ 2017. 12. 19. 소득세법 개정(법률 제15225호)시 이 사건 신설규정으로 위치를 옮겨 규정되게 된 것인바, 이와 같이 다주택자에 대한 중과제도가 원칙적 적용에서 특례 규정 도입을 통한 예외 인정을 거쳐 조정대상지역에 있는 경우에 한정한 예외적 적용으로 순차 변경된 과정을 고려하면, 이 사건 신설규정이 이 사건 부칙조항에 따라 세율의 특례가 적용되는 ‘특정 기간 취득분’ 자산(주택)에 대하여도 적용되는 것으로서 신법우선의 원칙에 따라 이 사건 부칙조항에 우선한다고 볼 수 없다. 오히려 피고의 주장과 같이 이 사건 부칙조항에서 중과세율 적용의 예외를 인정한 ‘특정기간 취득분’ 자산에 대하여도 이 사건 신설규정을 이유로 중과세율을 적용하기 위해서는 위 부칙조항을 개정 또는 폐지하거나 위 신설규정의 적용을 위한 별도의 경과조치를 두는 것이 필요하다고 보는 것이 타당하다.

3. 이 사건 부칙조항이 적용되는 취득기간은 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지이고, 원고는 그 기간 내인 2009. 4. 24. 이 사건 주택을 취득하여 2년 이상 보유하다 양도하였으므로, 이에 대하여는 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율이 적용되어야 한다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.