한·미 조세조약상 국내 미등록 특허사용료의 국내원천소득 해당 여부

사 건 2021누10282 법인세 부과처분취소 등 원 고

○○주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 10. 22. 판 결 선 고

2021. 12. 3.

1. 피고의 항소와 원고의 부대항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용과 부대항소비용은 각자 부담한다. 청 구 취 지

피고가 2014. 5. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 17,112,485,030원의 징수처분 및 가산세 1,711,248,500원의 부과처분, 2015. 11. 2. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 20,305,765,100원에 관한 경정거부처분을 각 취소한다.

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 피고가 2014. 5. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 17,112,485,030원의 징수처분 중 241,141,188원 부분 및 가산세 1,711,248,500원의 부과처분 중 24,114,118원 부분, 2015. 11. 2. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 20,305,765,100원에 관한 경정거부처분 중 286,139,399원 부분을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 항소이유, 부대항소이유 및 당사자들이 제출한 증거에 의하여 제1심 판결의 당부를 살펴본 결과, 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래 제2항과 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 각주를 포함하여 이를 인용한다.

2. 제1심 판결 중 고치거나 추가하는 부분

• 가. 판결문 제2쪽 8행 ‘(다툼 없는 사실)’을 삭제한다.
• 나. 판결문 제3쪽 15~16행 ‘(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다)’를 『(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 하고, 아래 다.항의 2013 사업연도 법인세 경정거부처분의 근거가 된 2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 법인세법도 이 사건에 관련된 조항이 개정 전 법률과 실질적으로 다르지 않으므로 마찬가지로 ‘법’이라고 표시한다)』로 고친다.
• 다. 판결문 제5쪽 3행과 4행 사이 『【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 6 내지 9, 23, 33호증(가지번호 모두 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지』를 추가한다.
• 라. 판결문 제6쪽 11행부터 제7쪽 13행까지 아래와 같이 바꾼다. 『나. 판단 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제11, 19, 20, 22, 36호증(가지번호 모두 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, ☆☆은 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하면서 이 사건 사용료 소득의 대부분을 계약상 미리 정한 비율에 따라 ●●에 이전해야 할 의무를 부담할 뿐이고, 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없었으며, ☆☆을 실질적으로 지배하는 미국 법인인 ●●가 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배․관리하였다고 인정되고, 그러한 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었다고 할 것이며, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하고, 달리 반증이 없다. 따라서 실질과세원칙상 미국 법인인 ●●가 이 사건 사용료 소득의 실질적 귀속자이므로, 이 사건 사용료에 대하여는 한․미 협약이 적용되어야 하고, 원고의 주장과 같이 한․아일랜드 협약에 따라 이 사건 면제 조항을 적용할 수는 없다.』
• 마. 판결문 제10쪽 7행과 8행 사이 아래 내용을 추가한다. 『(4) 이에 대하여 원고는, ☆☆이 △△와 특허권 재허여 계약을 체결하고 받은 특허사용료에 대하여 일본 과세당국에 법인세를 납부하였는데, 만약 ●●가 △△와 직접 계약을 체결하였다면 일본국에 법인세를 납부할 의무가 없을 것이라는 사정을 들어 조세회피 목적으로 ☆☆을 설립한 것으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 ☆☆의 특허 사용료 관련 계약금액은 원고 등을 비롯한 우리나라 회사들과 체결된 계약의 계약금액이 대부분이고, 일본 회사인 △△로부터 지급받는 사용료 관련 계약금액은 극히 일부에 불과해 보이는 점, ●●가 우리나라 기업들과 직접 거래를 하고 그 거래가 한․미 협약에 따라 사용료 소득에 대하여 15%의 세율로 원천징수 되는 경우에 해당한다면, IV 그룹이 부담할 세액이 상당히 증가하게 될 것이 예상되었던 점을 고려하면, IV나 ●●로서는 일본국에서 사용료 소득이 원천징수 되는 것을 감수하고서라도 한․아일랜드 협약을 통하여 대한민국에서 사용료 소득의 원천징수가 면제되는 이익을 누리고자 아일랜드에 ☆☆을 설립하여 조세를 회피할 동기가 있었다고 판단된다. 또한 원고는 IV 그룹이 조세회피를 할 목적이 있었다면 일본 기업과 거래시에는 ●●가 직접 거래하여 모든 국가에서 원천징수를 면제받았을 것이라고 주장하나, ●●가 일본 기업과 직접 거래하였다면 ☆☆의 대한민국 조세에 대한 회피 목적이 더 분명하게 드러날 것이므로, ●●는 일본국에 지급해야 할 소액의 세금을 면제받기 위하여 대한민국에 막대한 세금을 원천징수 당하는 위험을 감수할 이유가 없었을 것으로 보인다. 결국 ☆☆이 일본 과세당국에 법인세를 납부하였다는 사정만으로는 ☆☆이 대한민국 조세의 회피 목적이 없는 실체를 가진 법인이라고 보기 어렵다.』
• 바. 판결문 제16쪽 10~11행 ‘명백하므로 (차)목에 해당하는지 여부를 살필 필요 없이 피고의 위 주장은 이유 없 다.’를 아래와 같이 고친다. 『명백하다. 만약, 이 사건 미등록 사용료와 같이 한․미 협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 따라 국내원천소득으로 볼 수 없는 경우를 법인세법 제93조 제10호 에서 규정한 ’제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득‘에 해당한다고 보아 법인세를 부과할 수 있다고 보면, 앞서 본 바와 같이 국내에 미등록된 해외 특허 사용료 소득에 대하여 국내에서 원천지국 과세를 허용하지 않은 한․미 협약의 취지에 반하게 되어 부당하다. 따라서 피고의 이 주장은 받아들일 수 없다.』
• 사. 판결문 제17쪽 16행 ’자인하는 부분‘ 바로 뒤에 아래 내용을 추가한다. 『(이 사건 특허 45,941개 중 국내에 특허 등록된 것이 2,612개이고, 이 사건 사용 료 총액 190,061,275달러 중 이 사건 등록 사용료는 2,678,255달러임)』
• 아. 판결문 제17쪽 18행과 19행 사이 아래 내용을 추가한다. 『이에 대하여 피고는 예비적 주장으로서, 앞서 본 법리에 따라 국내 등록 특허의 사용 대가로 받은 소득만을 국내원천소득으로 보아야 한다면 이 사건 계약에 따른 이 사건 사용료도 각 국가별로 등록된 특허에 대한 사용 대가를 의미한다고 보아야 하므로, 이 사건 사용료 중 국내외를 막론하고 등록된 특허와 그 중 국내 등록 특허를 명확히 구분한 다음 이를 토대로 정당세액을 계산하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 피고의 이러한 주장은 아래와 같은 이유로 받아들일 수 없다. 즉, 갑 제3호증의 1, 제23호증의 1의 각 기재에 의하면 이 사건 계약서의 ’계약 사항[AGREEMENT]‘ 중 ’1. 용어 정의[DEFINITIONS]‘에서 특허권(Patent Rights)을 ’특허와 특허출원 그리고 특허 권을 의미하고 또한 이 같은 특허와 특허출원 그리고 특허권에 대해 우선권을 주장할 수 있는 모든 가출원, 대체 출원, 갱신, 계속 출원, 일부 계속 출원, 분할 출원, 외국 및 파생 특허, 재발행, 이의 신청(즉, 특허 이의 신청), 계속 심사, 재심사, 연장출원을 의미한다[patents, patent applications and patent rights, and all provisionals, substitutes, renewals, continuation, continuations-in-part, divisionals, foreign and other counterparts, reissues, oppositions(i.e, patents in opposition), continued examinations, reexaminations and extensions that claim priority to such patents, patent applications and patent rights].‘라고 정의한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 따르면 이 사건 사용료에는 국내외에 등록된 특허권 외에 국내외에 특허출원 중인 미등록 특허에 대한 사용대가도 포함되어 있다고 할 것이므로 피고 주장의 전제가 성립되지 않는다. 게다가, 이 사건 등록 사용료의 액수는 과세표준이 되는 국내원천소득이 얼마인지에 관한 사실인정의 문제로서 증거 또는 재판상 자백 등에 의하여 인정되어야 하는 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 등록 사용료가 원고가 자인하는 금액을 넘는 다는 사실을 인정할만한 아무런 증거가 없다.

6. 원고의 가산세 감면에 관한 주장에 대한 판단

• 가. 주장의 요지 원고는, ☆☆이 이 사건 사용료의 수익적 소유자이고, 한ㆍ아일랜드 협약 제12조 제1항에 따라 이 사건 사용료에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 없다고 믿었고, 이와 같이 믿은 데 정당한 사유가 있었다. 따라서 이 사건 처분 중 2012 사업연도 법인세 가산세에 대한 부분은 가산세를 부과하지 아니하여야 하는 경우에 해당하므로 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관련 법리 실질과세의 원칙은 법인세법 제98조 제1항 이 규정하는 국내원천소득에 대한 원천징수에도 그대로 적용되므로, 국내원천소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다. 다만 국내원천소득을 지급하는 자는 조세수입의 조기확보와 조세징수의 효율성 도모 등의 공익적 요청에 따라 원천징수의무를 부담하는 반면, 질문검사권 등 세법이 과세관청에 부여한 각종 조사권한은 가지고 있지 아니한 점 등을 고려하면, 국내원천소득을 지급하는 자가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었던 경우까지 실 질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 볼 수 는 없다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결, 대법원 2016. 11. 9. 선고 2013두23317 판결 등 참조).
• 다. 판단 그러나 앞서 본 증거 및 사실들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, ① 이 사건 사용료의 대상인 특허의 상당 부분이 미국에서 등록된 특허이고 위 각 특허의 권리자인 ◇◇, ◆◆로부터 관리를 위임받은 ●●는 미국에 소재한 법인임에도 우리나라에서 법인세 관련 원천징수를 하지 않는 아일랜드에 ☆☆이 설립된 점, ② ☆☆의 감사보고서만 보더라도 설립 당시 ☆☆의 실제 자본이 20유로에 불과하고 그 발행주식의 99.9%를 ●●가 실질적으로 소유하고 있으며, 3명 이외에는 직원이 없었던 사정이 보이는데, 그 이후에도 ●●가 동일한 비율로 ☆☆의 발행주식을 계속 소유하고 있었던 점, ③ 원고는 ●●가 원고를 상대로 특허권 침해소송을 제기하여 막대한 배상책임을 부담할 위험이 발생한 상황에서 그 위험에서 벗어나고자 이 사건 계약을 체결하였으나 그 계약의 상대방이 ●●가 아니라 ☆☆이었던 점, ④ 이 사건 선행소송의 항소심은 ○○가 사용료를 지급하는 과정에서 성실하게 조사를 하였음에도 불구하고 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 ☆☆이 아니라는 사실을 알 수 없었다고 인정되지 않는다는 취지의 판결(서울고등법원 2015누47043호)을 선고하였고, 위 항소심 판결은 대법원에서 상고 기각되어 그대로 확정된 점(■■ 사용료나 ▲▲ 사용료와 관련된 소송에서도 동일한 취지의 판결이 확정되었다) 등을 고려해 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 국내원천소득을 지급하는 원고가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사를 하였음에도 불구하고 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 아일랜드 법인인 ☆☆이 아니라 ●● 등 미국 법인이라는 사실을 알 수 없었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 2012 사업연도 법인세에 대한 원천징수의무를 해태하여 그 납부를 지체한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 이에 관한 원고의 주장은 이유가 없다.』

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다. 피고의 항소와 원고의 부대항소를 모두 기각한다.