주택부분의 임대사업과 관련된 부가가치세 매입세액 공제 가능 여부

사 건 2020누12465 부당이득금 반환 원 고 유** 피 고 동*양세무서장 변 론 종 결

2020. 10. 21. 판 결 선 고

2020. 12. 23.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 제1심판결을 취소한다. 피고는 원고에게 117,931,369원과 이에 대하여 이 사건 소장 송달 다음날부터 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

1. 제1심판결의 인용 이 법원의 판결이유는 다음과 같이 고치고 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조한 주장에 대하여 2.항과 같이 판단하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 2쪽 3줄의 “2017. 11. 20.”을 “관할 세무서장에게 개업연월일을 ’2017. 11. 20.‘, 사업의 종류를 ’부동산 임대업‘으로 하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 2017. 11. 20.”로 고쳐 쓴다.

○ 5쪽 1, 2줄의 [인정근거]에 “갑 제9호증, 을 제6 내지 8호증의 각 기재”를 추가한다.

○ 7쪽 20줄과 21줄 사이에 아래 내용을 추가한다. 『원고는, 환급은 이미 납부되거나 징수된 세액을 법률의 규정에 의하여 돌려주는 것 이므로 여기에는 매입세액 공제, 불공제 규정이 적용되지 아니한다는 주장도 하나, 부 가가치세법 제29조 제1항은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.”고 규정하 고 있고, 같은 법 제37조 제1항은 “매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하고 제2항은 “납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제38조 제1항은 “매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화나 용역의 공급에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)’을, 제2호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액’을 들고 있고, 제59조 제1항은 “납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.”고 규정하고 있는바, 이와 같이 부가가치세법상 환급세액은 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액이므로 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 환급세액이 있는지 여부는 위 매출세액과 매입세액에 관한 조항에 의하여 확정된다고 할 것이어서 원고의 위 주장은 이유 없다.』

○ 8쪽 6줄과 7줄 사이에 아래 내용을 추가한다. 『[한편, 부가가치세법이 2014. 1. 1. 법률 제12167호로 일부개정되면서 제39조 제1항 제3호가 삭제되었고, 위 개정 전의 부가가치세법 제39조 제1항 제3호 는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.’라고 규정하고 있었던 사실은 인정되나, 국세청이 발간한 ‘2014 개정세법 해설’ 1) 은 위 개정취지를 ‘면세거래에 대해 부가가치세 납부를 허용한모순 해소’로 설명하고 있을 뿐 원고의 주장과 같이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액을 매출세액에서 공제하 는 것을 허용하는 취지로 위와 같은 개정이 이루어졌다고 볼 자료는 없다. 또한 원고 가 들고 있는 국세청의 2017. 4. 25.자 회신(2017-부가-0574)은 ‘면세재화 수입신고 시 부가가치세를 납부한 경우 매입세액 공제 여부’를 질의한 사안에서 ‘면세사업 등과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 따라 매출세액에서 공제되지 않는다’는 회신을 한 것이어서 원고의 주장을 뒷받침하는 사례라고 볼 수는 없다.]』

○ 11쪽부터 14쪽까지의 “관계법령”에 이 판결의 별지 “관계법령”을 추가한다.

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 건물의 준공 전에는 사업의 개시가 없어 담세 주체가 될 수 없으므로 면세사업 등에 관련된 매입세액 불공제 조항을 적용할 수 없다고 주장한다.
• 나. 판단 부가가치세법 제2조 제3호 에 의하면 영리 목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 ‘사업자’라 하며 부가가치세 납세의무자가 되는데, 여기서 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’란 부가가치를 창출하여 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 의미한다(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 참조). 사업자등록의 시기와 관련하여 부가가치세법 제8조 제1항 은 ’사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.‘고 규정하여 사업 개시일 이전의 사업자등록을 허용하고 있으며, 부가가치세법 제5조 제2항 은 ’신규로 사업을 시작하는 자에 대한 최초의 과세 기간은 사업 개시일부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 다만, 제8조 제1항 단서에 따라 사업개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청한 날부터 그 신청일이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다.‘고 규정하고, 부가가치세법 시행령 제6조 는 부가가치세법 제5조 제2항 에 따른 ‘사업 개시일’을 제조업과 광업 이외의 사업에 관하여는 ‘재화나 용역의 공급을 시작하는 날’로 규정하고 있으므로, 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청일이 속하는 과세기간의 종료일까지가 최초의 과세기간이 된다. 그리고 부가가치세법은 제39조 제1항 제8호에서 ’제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.‘고 규정하고 있다. 위와 같이 부가가치세법령은 신규 사업자의 경우 사업개시일 이전에도 사업자등록을 신청할 수 있고, 사업 개시일 이전에 사업자등록을 한 경우에는 사업 개시일 이전에 발생한 사업관련 매입세액도 매출세액에서 공제받을 수 있다고 정하고 있다. 원고는 사업자등록 이후부터 사업 개시일 사이에 거래징수된 세액이 면세사업과 관련된 경우에는 매입세액 불공제를 규정한 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 가 적용되지 않는 다고 주장하나, 위와 같은 매입세액이 공제대상에 해당하지 아니한다면 이에 관한 명문의 규정을 둘 필요가 있다고 할 것인데, 부가가치세법은 이러한 예외조항을 두고 있지 않을 뿐 아니라 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 괄호에서 ’면세사업등을 위한투자에 관련된 매입세액‘도 매출세액에서 공제하지 아니한다는 명문 규정을 두고 있으므로, 위와 같은 경우에는 위 조항이 적용되어 매입세액을 공제받을 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 위 주장도 이유 없다.

제1심판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.