상증세법 제41조의3의 적용 대상 특정에 있어 별도 규정이 없는 경우 소득세법령의 ‘양도한 자산의 취득시기’에 관한 규정을 준용하여 취득시기 불분명 시, 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 봄이 타당함

사 건 2025구합54657 증여세부과처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2026. 03. 20. 판 결 선 고

2026. 05. 08.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. x. 1. 원고에 대하여 한 증여세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 이BB는 주식회사 CC(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 대표이사로서 구 상속세및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제41조의3 제1항에 규정된 ‘최대주주 등’이다.
• 나. 이BB의 배우자인 박DD은 2014. 12. 6. 자녀인 원고에게 이 사건 회사의 주식 12,000주를 증여하였고, 원고는 2016. 8. 19. 위 주식 중 1,000주를 오EE에게 양도하였다.
• 다. 한편 이 사건 회사는 주금의 납입기일을 2016. 12. 12. 및 2016. 12. 14.로 정하는 각 유상증자(이하 ‘이 사건 유상증자’라 한다)를 통해 총 80,000주의 신주를 발행하여 주식 수의 비율에 따라 주주들에게 배정하였고, 그에 따라 원고는 이 사건 회사의 주식 7,336주를 추가로 취득하였다.
• 라. 원고는 2017. 8. 18. 이 사건 회사에게 자신이 보유하던 이 사건 회사의 주식 중 10,000주를 318,160,000원(1주당 양도가액 31,816원)에 양도하였고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 이후 이 사건 회사의 무상증자 및 액면분할을 통해 합계 250,080주를 보유하고 있었는데, 이 사건 회사는 2020. 12. 2. 코스닥시장에 상장되었다.
• 마. 피고는 2022. 12. 12.부터 2023. 3. 22.까지 원고에 대한 증여세 세무조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 유상증자를 통해 이 사건 회사의 주식 7,336주를 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2020. 12. 2. 이 사건 회사가 코스닥시장에 상장되었으므로 원고의 위 주식 취득이 구 상증세법 제41조의3 제1항에 규정된 요건을 충족하였다고 보아 2023. 7. 1. 원고에게 증여세 2,433,741,400원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 4.22. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 8, 11호증, 을 제1, 7호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다) 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고가 이 사건 유상증자를 통해 이 사건 회사의 주식을 취득한 것에 관하여, 구 상증세법 제41조의3 제1항에 따른 증여세를 결정·고지하기 위해서는 위 취득일로부터 5년 이내에 이 사건 회사가 코스닥시장에 상장되어야 한다. 그런데 원고가 이 사건 양도를 통해 이 사건 회사에 양도한 주식 10,000주 중 7,336주는 원고가 이 사건 유상증자로 취득한 것이므로 결국 원고가 이 사건 회사의 코스닥시장 상장일인 2020. 12. 2.부터 5년 이내에 취득한 이 사건 회사의 주식은 존재하지 않는다. 또한 원고가 이 사건 유상증자를 통해 이 사건 회사의 주식을 취득한 것은 이BB가 오EE에게 위 주식을 양도하는 과정의 중간단계에 불과하므로 구 상증세법 제41조의3 제1항을 적용할 수 없다. 따라서 구 상증세법 제41조의3 제1항에 따른 증여세를 결정·고지한 이 사건처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 상증세법 제41조의3 제1항은, 기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 최대주주 등이 그 특수관계인에게 해당 법인의 주식을 증여하거나 유상으로 취득하도록 한 경우 그 증여받거나 취득한 날부터 5년 이내에 그 주식 등이 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장에 상장됨에 따라 그 가액이 증가하고 그 주식 등을 증여받거나 유상으로 취득한 자가 당초 증여세 과세가액 또는 취득가액을 초과하여 대통령령으로 정하는 기준 이상의 이익을 얻은 경우 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산으로 한다고 규정하고 있다.
• 나) 이는 기업의 내부정부를 이용하여 한국증권거래소 상장 또는 한국증권업협회 등록에 따른 거액의 시세차익을 얻게 할 목적으로 최대주주등이 자녀 등 특수관계에 있는 자에게 비상장주식을 증여하거나 유상으로 양도함으로써 변칙적인 부의 세습을 가능하게 하거나 또는 수증자 내지 취득자가 이를 양도하지 아니하고 계속 보유하면서사실상 세금부담 없이 계열사를 지배하는 문제를 규율하기 위해 그 차익에 대하여 과세하기 위해서 마련된 규정으로(대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11559 판결 등 참조), 최대주주 등의 특수관계인이 얻은 비상장주식의 상장이익에 대하여 증여세를 부과하여 증여나 취득 당시 실현이 예견되는 부의 무상이전까지 과세함으로써 조세평등을 도모하려는 데에 입법취지가 있다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두55926 판결 참조).

2. 인정 사실 앞서 든 증거들과 갑 제10, 12, 14, 20호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

• 가) 원고는 2014. 12. 6. 모친인 박DD으로부터 이 사건 회사의 주식 12,000주를 증여받은 것과 관련하여, 1주당 평가액을 1,923원, 총 증여재산가액을 23,076,000원으로 하여 증여세 과세표준신고를 하였다.
• 나) 원고는 이 사건 양도와 관련하여, 2017. 11. 30. 양도소득세 과세표준신고를 하였고 위 신고서는 이 사건 회사의 직원인 이GG가 작성하였는데, 위 이GG는 양도인을 ‘박DD’으로, 양도소득금액을 268,160,000원(= 양도가액 318,160,000원 –취득가액 50,000,000원)으로, 취득일자 및 주당 취득가액을 2014. 12. 6. 및 5,000원으로 각 기재하였다. 또한 이 사건 회사의 2017 사업연도 주식·출자지분 양도명세서에는 원고의 2017. 8. 18. 자 주식 양도에 관하여 그 대상주식의 취득일이 ‘2014. 12. 6.’으로 기재되어 있다.
• 다) 이 사건 양도와 관련하여 그 양도대금 318,160,000원은 2017. 11. 10. 원고의 **은행 계좌에 입금되었고, 2017. 11. 14. 그중 158,003,000원이 이BB의 계좌로 대체출금 되었으며, 2017. 11. 29. 60,036,000원이 양도소득세 등의 명목으로 대체출금 되었다.
• 라) 한편 이 사건 유상증자 후인 2016년 말을 기준으로 이BB와 원고를 비롯한 특수관계인의 주식보유 현황은 아래 표 기재와 같은데, 이후 이 사건 회사는 2017. 3. 31. 박DD으로부터 그 보유주식 20,000주를 양수한 다음, 이를 직원들인 손FF 등 8인에게 상여금 명목으로 양도하였고, 2017. 8. 18. 앞서 본 바와 같이 원고로부터 그 보유주식 10,000주를 양수한 후 이를 오EE에게 무상으로 양도함으로써 이 사건 회사의 주식은 이BB와 원고를 비롯한 특수관계인들이 45%, 오EE이 45%, 손FF 등 8인의 직원이 10%를 각 보유하게 되었다.

3. 구체적 판단

• 가) 구 상증세법 제41조의3 제1항을 적용하기 위해서는 특수관계인이 최대주주 등으로부터 해당 법인의 주식을 증여받거나 취득한 후, 그 주식 등을 증여받거나 취득한 날부터 5년 이내에 그 주식 등이 유가증권시장 등에 상장되어야 한다. 즉, ‘증여받거나 취득한 해당 주식이 상장될 것’을 과세요건으로 들고 있다. 따라서 이 사건 처분이 적법하기 위해서는, 원고가 이 사건 유상증자를 통해 취득한 이 사건 회사의 주식을 이사건 회사의 코스닥시장 상장시까지 보유하고 있어야 한다. 그런데 앞서 본 바와 같이원고는 이 사건 양도를 통해 이 사건 회사에 그 주식 10,000주를 양도하였으므로 양도목적물인 위 10,000주에 원고가 이 사건 유상증자로 취득한 7,663주가 포함되어 있는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.
• 나) 살피건대, 앞서 든 증거들과 갑 제13, 18, 19호증, 을 제5 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 양도의 목적물에 이 사건 유상증자로 취득한 주식이 포함되지 않았으므로 원고는 이 사건 유상증자로 취득한 주식을 이 사건 회사가 코스닥시장에 상장될 때까지 보유하고 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고에 대하여 구 상증세법 제41조의3 제1항을 적용하여 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 소득세법 제98조 전단, 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항은 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기를 ‘대금을 청산한 날’ 또는 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일’로 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제162조 제5항 은 ‘ 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.’고 규정하고 있다. 따라서 위 규정에 따라 이 사건 양도의 목적물인 주식을 특정할 경우, 그 주식의 취득시기는 원칙적으로 당사자의 의사를 고려하되 양도소득세 신고시 원고가 제출한 객관적인 서류에 기재된 내용을 기초로 판단하고, 그 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 봄이 타당하다.

② 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도와 관련하여 양도소득세 과세표준 신고시 제출한 ‘주식등 양도소득금액 계산명세서’, ‘주식·출자지분 양도명세서’에 양도대상 주식의 취득일자는 이 사건 유상증자로 인한 주식취득일이 아닌 박DD이 원고에게 이 사건 회사의 주식을 증여한 ‘2024. 12. 6.’로 기재되어있는 반면, 위 ‘주식등 양도소득금액 계산명세서’상 대상주식의 주당 취득가액은 이 사건 유상증자 시 발행가액인 5,000원으로 기재되어 있다. 이처럼 위 각 서류에 의하더라도 이 사건 양도의 목적물에 관하여 원고가 박DD으로부터 증여받은 기존 주식에 관한 내용과 이 사건 유상증자로 취득한 주식에 관한 내용이 혼재되어 있고, 양도대상 주식에 관한 매매계약서에 의하더라도 원고의 위와 같은 보유주식 중 어떤 것을 대상으로 삼았는지 특정할 수 없다. 그렇다면, 이 사건 양도의 목적물인 주식의 취득시기가 분명하지 않으므로 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제5항 에 따라 먼저 취득한 주식을 양도한 것으로 보아야 한다.

③ 원고는 이 사건 양도의 목적물은 이 사건 유상증자로 취득한 주식이고 양도소득세 신고를 담당한 이 사건 회사의 직원 이GG가 양도대상 주식의 취득일자를 잘못 기재하였을 뿐이라고 주장하나, 원고와 이 사건 회사의 대주주이자 대표이사인 이BB와의 관계, 위 이GG의 진술서 작성시기 등에 비추어 위 이GG의 진술을 그대로 믿을수 없고, 원고의 2016. 8. 19. 자 주식 양도에 관하여 작성된 ‘주식등 양도소득금액 계산명세서’에도 주당 취득가액이 5,000원으로 기재된 사실에 비추어 이 사건 양도와 관련한 양도소득세 신고과정에서 기재된 주당 취득가액 역시 액면가액을 기재한 오기로써 이 사건 유상증자와 무관한 것으로도 볼 수 있는 점 등을 고려하여 보면, 위와 같은 원고의 주장을 그대로 받아들일 수 없다.

④ 나아가, 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도에 따른 매매대금에서 양도소득세 등을제외한 나머지 금액 중 158,003,000원은 이BB가 가져가고 나머지 100,121,000원은 원고에게 귀속되었는데, 원고의 주장대로라면 이 사건 양도의 목적물은 이 사건 유상증자로 취득한 7,336주와 원고가 기존에 보유한 2,664주이고, 이 사건 유상증자에 따른 납입금을 원고가 아닌 이BB가 부담한 사정을 고려할 경우, 그 매매대금 중 원고에게 귀속될 금액은 약 6,800만 원 상당이지만, 원고에게 그보다 많은 금액이 귀속되었고 이를 설명할 합리적인 사유도 존재하지 않는다. 더구나 위와 같이 이BB가 이 사건 유상증자에 따른 납입금을 부담하는 등 원고 명의 주식을 사실상 관리해온 사정 등에 비추어 보면, 이BB가 이 사건 양도대금 중 일부를 가져간 것과 이 사건 양도의 목적물인 주식의 특정 사이에 유의미한 관련성이 있다고 볼 수 없다.

⑤ 한편 이와 같은 판단은 소득세법령에 따른 양도소득세에 관한 것인데, 명시적인준용규정이 없음에도 이러한 판단에 따라 특정된 이 사건 양도의 목적물을 구 상증세법 제41조의3 제1항을 적용할 때에도 동일하게 보아야 하는지 여부가 문제될 수 있다. 그러나 이 사건 양도에 관하여 소득세법령에 따라 그 목적물을 먼저 정한 후, 이를 제외한 남은 주식에 관하여 구 상증세법 제41조의3 제1항을 적용하는 것은 구 상증세법 제41조의3 제1항의 적용에 관하여 직접적으로 소득세법령을 준용하는 것으로 볼 수 없고, 설령 이와 달리 소득세법령을 준용하는 것으로 보더라도 법규 상호 간의 해석을통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하므로 구 상증세법 제41조의3을 적용하기 위한 대상을특정함에 있어 별도의 규정이 없는 경우 소득세법령의 ‘양도한 자산의 취득시기’에 관한 규정이 준용된다고 해석하는 것이 세법의 전체적 체계에 부합한다고 볼 수 있다.

⑥ 또한 이 사건 양도 이전에 원고와 이 사건 회사, 이BB 및 오EE 등 사이에 주식매매계약이 체결된 사실이 없는 점, 위 양도 전 이BB가 오EE에게 자신 또는 원고 등 자신의 가족이 보유하고 있는 주식을 양도하기로 정하였다고 하더라도, 반드시 원고가 이 사건 유상증자로 취득한 주식을 그 목적물로 삼았다고 인정할만한 별다른 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건에 관하여 하나의 약정 하에 밀접하게 연결된 일련의 주식매매과정에서 해당 거래의 일시 단면만을 분리·포착하여 주식을 취득하였다고 단정한 후, 구 상증세법 제41조의3 제1항을 적용한 것으로 볼 수는 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.