피고에 대한 제2차 납세의무 지정 및 납부통지가 당연무효가 된다고 볼 수 없음

사 건 2025구합53385 부가가치세부과처분무효확인 원고, 상고인 BBBB 피고, 피상고인 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2026. 2. 12. 판 결 선 고

2026. 3. 26.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2021. 1. 8. 원고를 주식회사 CCCCCC(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 2019년 1기 부가가치세 22,364,150원, 2019년 2기 부가가치세 23,178,700원, 2019년 2기 부가가치세 14,523,310원, 2020년 1기 부가가치세 17,467,630원, 2020년 1기 부가가치세 18,149,820원, 2019년 법인세 5,149,760원, 2020년 법인세 1,902,860원의 각 부과 처분은 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 이 사건 회사가 2020. 11. 20. 피고에게 제출한 2016년 귀속 법인세 수정신고서 및 주식등변동상황명세서에, ‘원고가 2016. 3. 10.경 이 사건 회사가 발행한 신주 20만 주를 취득하여 그 무렵부터 이 사건 회사의 지분 66.67%를 보유한 것’으로 기재되어 있는 사람이다(이하 위 법인세 수정신고서를 ‘이 사건 수정신고서’, 위 주식등변동상황명세서를 ‘이 사건 변동상황명세서’라 한다).
• 나. 피고는 이 사건 회사가 2019년경부터 부가가치세와 법인세를 체납하자, 각각의 부가가치세 및 법인세 납세의무 성립일 기준 이 사건 회사의 지분 66.67%를 보유한 원고를 과점주주로 보아 2차 납세의무자로 지정하고, 2021. 1. 8. 원고에게 이 사건 회사의 2019년 1기 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다), 2019년 2기 부가가치세, 2020년 1기 부가가치세, 2019 사업연도 귀속 법인세, 2020 사업연도 귀속 법인세의 각 66.7%를 부과하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 구체적인 내역은 다음 표 기재와 같다. [표] 이 사건 각 처분 내역 < 표 생략> [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제4 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다), 변론 전체의 취지

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

• 가. 원고 주장 요지 원고는 이 사건 회사의 신주를 인수한 적이 없다. 그럼에도 원고의 사촌누나이자 이 사건 회사의 대표이사 및 주주인 AA이 자신의 2차 납세의무를 회피하고자 원고 명의의 신주발행서류를 위조하여 피고에게 이 사건 수정신고서와 이 사건 변동상황명세서를 제출해 마치 원고가 과점주주인 것처럼 허위 신고한 것이다. 그렇다면 원고가 이 사건 회사의 과점주주라고 할 수 없으므로 이와 다른 전제에선 이 사건 각 처분(가산세 제외)은 하자가 중대하고 명백하여 무효이다.
• 나. 관련 법리 1) 국세기본법 제39조 제1항 제2호 소정의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고2003두1615 판결).

2. 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고 볼 수 없다(대법원 1996. 12. 20. 선고 95다20379 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

• 다. 구체적 판단 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 회사가 2019년 1기 부가가치세, 2019년 2기 부가가치세, 2020년 1기 부가가치세, 2019 사업연도 귀속 법인세, 2020 사업연도 귀속 법인세를 체납한 사실, 이 사건 회사가 2020. 9. 1. 사업부진을 이유로 폐업한 사실, 이 사건 회사가 2020. 11. 20. 피고에게 이 사건 수정신고서와 이 사건 변동상황명세서를 제출하였는데 위 변동상황명세서에는 원고가 2016. 3.경부터 이 사건 회사의 주식 66.67%를, AA이 나머지 33.33%를 각 보유한 것으로 기재되어 있는 사실, 이 사건 회사의 등기사항전부증명서에는 원고가 2016. 1. 10.경부터 2019. 3. 31.까지, 2019. 10. 11.부터 이 사건 각 처분 당시까지 이 사건 회사의 사내이사로 재직하였거나 재직하는 것으로 등기된 사실, 피고가 이 사건 변동상황명세서에 기재된 원고의 지분비율을 기초로 하여 이 사건 각 처분을 한 사실이 인정된다. 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고에게는 원고가 이 사건 회사의 과점주주에 해당한다고 볼 만한 객관적인 사정이 있었다고 봄이 상당하고, 원고의 주장과 같이 AA이 원고 명의의 신주발행서류를 위조하여 신주를 발행하는 등으로 주주명의를 도용하였는지 여부는 그 사실관계를 정확히 조사하여야만 비로소 밝혀질 수 있는 것이므로, 그러한 사정들만으로 이 사건 각 처분의 하자가 외관상 명백하여 당연무효가 된다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다(이 사건 각 처분에는 본세뿐만 아니라 가산세도 각 포함되어 있는데, 이 사건 각 처분을 무효라고 볼 수 없는 이상 원고가 무효 확인을 구하는 본세 부분 역시 무효로 볼 수 없다).

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.