종합소득세 경정 시에 처분취소에 해당하는 양도소득세를 기납부세액공제로 적용한 처분은 소의 이익이 없어 부적법

사 건 2025구합53288 양도소득세경정거부처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고

2025. 12. 12.

1. 이 사건 소 중 2018년 귀속 양도소득세 ***원의 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 6. 24. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 ***원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2009. 9. 30. aaaa 주식회사(이하 ‘aaaa’이라 한다)의 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 117,870주를 1주당 10,000원에 취득하였다. 이후 원고는 2018. 10. 10. 특수관계에 있는 bbbb 주식회사(이하 ‘bbbb’이라 한다)에 이 사건 주식 117,870주를 1주당 37,200원으로 하여 총 4,384,764,000원에 양도하였다. 원고는 위 양도거래에 관하여 2018년 귀속 양도소득세 636,328,020원(이하 ‘이 사건 양도소득세’라 한다)을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 한다).
• 나. 한편 bbbb은 aaaa에 2018. 10. 31. 이 사건 주식 60,000주를, 2018. 11. 30. 이 사건 주식 40,000주를 양도하였고, aaaa은 2018. 12. 12. 이 사건 주식 중 60,000주를, 2019. 11. 10. 나머지 40,000주를 소각하였다.
• 다. 피고는 위와 같은 일련의 거래 중 이 사건 주식 100,000주에 관한 부분(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)의 실질은 의제배당에 해당한다는 전제에서 2021. 7. 16. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 40,639,203원, 2019년 귀속 종합소득세 447,270,318원을 각 결정·고지(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다)하면서 이 사건 신고·납부 과정에서 원고가 과다 납부한 세액(이 사건 주식 중 100,000주 부분에 해당하는 539,855,790원)을 기납부세액으로 공제하였다.
• 라. 원고는 2024. 5. 28.경 피고에게 이 사건 신고·납부액 636,328,020원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2024. 6. 24. ‘위 금액 중 539,855,790원은 이 사건 종합소득세 부과처분 과정에서 종합소득세 기납부세액으로 공제되었고, 나머지 세액 96,472,230원은 적정하게 납부된 양도소득세이므로 환급할 세액이 없다’는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 2018년 귀속 양도소득세 539,855,790원 부분의 적법 여부

• 가. 관련 법리 과세관청이 양도로 인한 소득에 대하여 양도소득세 부과처분을 하였다가 다시 종합소득세 부과처분을 하면서 기납부 양도소득세액을 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 통지한 경우에 양도소득세 부과처분이 취소된 것으로 볼 수 있고(대법원 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결 등 참조), 위와 같은 법리는 납세의무자가 양도소득세를 신고·납부하였으나, 과세관청이 해당 양도 거래에 관하여 종합소득세 부과처분을 하면서 기납부 양도소득세액을 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 통지한 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다.
• 나. 판단 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 피고는 이 사건 거래의 실질이 의제배당에 해당한다는 전제에서 이에 관하여 종합소득세 부과처분을 하면서 원고가 이 사건 주식 100,000주에 관하여 기납부한 양도소득세액 539,855,790원을 기납부세액으로 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 원고에게 통지하였다. 이에 비추어보면, 이 사건 양도소득세 중 이 사건 주식 100,000주에 관한 539,855,790원 부분은 피고가 직권으로 감액경정하였다고 보는 것이 타당하다. 그러므로 이미 감액경정된 부분에 대한 경정거부의 취소를 구하는 이 부분 소는 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 처분 중 나머지 부분의 위법 여부 원고는 원고가 이 사건 양도소득세를 신고·납부하였음에도 이를 그대로 둔 채 이 사건 종합소득세 부과처분을 한 것은 중복 과세로 위법하다거나, 이 사건 종합소득세 부과처분을 통해 원고가 납부의무가 없는 이 사건 양도소득세를 납부한 것이 확인되었으므로, 이 사건 양도소득세 전부에 대한 경정청구가 인용되어야 한다는 등의 취지로 주장한다. 그러나 피고는 원고의 이 사건 주식 양도에 관한 일련의 거래 중 이 사건 거래에 해당하는 부분에 한정하여 그 실질이 의제배당에 해당한다는 전제에서 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였고, 이는 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도소득세 중 이 사건 주식 100,000주에 해당하는 부분에 대한 감액경정과 결부하여 이루어진 것이다. 반면 피고는 원고가 양도한 이 사건 주식 중 나머지 17,870주(= 117,870주 –100,000주)에 관한 양도소득세에 관하여는 별도로 경정 등을 한 바 없고, 이에 관한 세액이 잘못 계산되었다고 볼 만한 사정도 찾아볼 수 없으므로 이에 관하여 중복 과세가 있다거나, 환급되어야 할 세액이 있다고 볼 수 없다. 원고가 이 사건 주식 117,870주를 양도한 거래 중 이 사건 거래 부분을 분리하여 이 사건 종합소득세 부과처분을 한 것이 적법한지 여부는 이 사건 종합소득세 부과처분에 대한 항고소송 등을 통해 다툴 수 있는 것일 뿐, 이 부분 처분의 위법 여부와는 특별한 관련이 없다. 그러므로 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 이 사건 소 중 2018년 귀속 양도소득세 ***원 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.