이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것이어서 부적법함

사 건 2025구합53208 종합부동산세경정거부처분 취소 등 원 고 ㅇㅇㅇ지역주택조합 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 8. 13. 판 결 선 고

2025. 9. 10.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2019. 6. 1. 원고에게 한 2019년 귀속 종합부동산세 16,536,000원, 농어촌특별세 3,307,200원의 각 부과처분, 2025. 1. 16. 원고에게 한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 서울 ○○구 ○○동 일대에 아파트를 건설하기 위하여, 조합원 수를 *** 명으로 하여 조합설립인가를 받은 주택법상 지역주택조합이다.
• 나. 원고는 조합원들이 납부한 금전으로 서울 ○○구 ○○동 -×× 외 7필지 주택 (이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하였고, 이 사건 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마침과 동시에 조합원 *명을 위탁자로 하는 신탁등기를 마쳤다. 피고는 2019. 6. 1. 이 사건 부동산을 소유한 원고에게 2019년 귀속 종합부동산세 16,536,000원, 농어촌특별세 3,307,200원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2024. 11. 27. 피고에게 ‘이 사건 부동산은 신탁주택에 해당하므로, 과세 대상이 아니다’라고 주장하면서 이 사건 부과처분에 따른 세액 합계 19,843,200원(= 16,536,000원 + 3,307,200원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고가 2025.

1. 16. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 9, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취 지

• 가. 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두26852 판결에 따르면, 위탁자별로 구분된 신탁법상 신탁재산인 토지나 주택의 종합부동산세 과세표준은 수탁자가 보유한 모든 토지나 주택의 재산세 과세표준을 합산할 것이 아니라, 위탁자별로 구분하여 그 신탁재산의 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 각각 일정한 과세기준금액을 공제하는 방법으로 산정하여야 한다.
• 나. 그럼에도 피고는 원고에게 2019년 귀속 종합부동산세를 부과하면서 원고가 보유 한 이 사건 부동산의 재산세 과세표준을 모두 합산하였으므로, 이 사건 부과처분과 이 사건 경정거부처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 국세기본법 제56조 제2항 본문은 ‘ 국세기본법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법한 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다’고 정하고 있고, 같은 법 제61조 제1항, 제68 조 제1항, 감사원법 제44조 제1항 은 ‘심사청구 또는 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 정하고 있다.
• 나. 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2025. 1. 20. 이 사건 경정거부처분의 통지서를 등기우편으로 송달받은 사실, 그로부터 90일이 지난 현재까지 원고가 이 사건 경정거부처분 또는 이 사건 부과처분에 대하여 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기하지 않고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것이어서 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안전항변은 이유 있다.

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.