이 사건 종전주택의 양도는 실질적인 1세대 1주택 양도로 볼 수 없으며, 일시적 2주택 비과세 특례 요건(신규주택 취득일로부터 1년 이내 세대전원이 이사 및 전입신고)도 충족하지 못함

사 건 2025구단53063 양도소득세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 24. 판 결 선 고

2025. 11. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2024. 7. 1. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2010. 3. 30. 서울 은평구 ○○동 106, □□□타운○○○ 000동 0000호(이하 ‘종전주택’이라 한다)을 취득하였다. 원고는 2021. 5. 5. AAA에게 종전주택을 12억 7,500만 원에 매도하되 계약금 1억 2,750만 원은 계약시, 중도금 4억 원은 2021. 5.31., 잔금 7억 4,750만 원은 2021. 6. 30. 지급받기로 정하여 매매계약을 체결하였고, 원고는 2021. 6. 30. AAA에게 종전주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
• 나. 원고, ㅁㅁㅁ는 2021. 5. 22. BBB, CCC로부터 서울 송파구 ○○로 00, 000동 0000호(이하 ‘대체주택’이라 한다)을 22억 원에 매수하면서 계약금 2억 원은 계약시에, 잔금 20억 원을 2021. 5. 31.에 지급하기로 하는 매매계약을 체결하면서, 매도인인 BBB, CCC가 전세보증금을 13억 원으로 정하여 2021. 5. 31.부터 2021. 12. 20.까지 일시사용을 위한 임대차계약을 하기로 한다는 취지의 특약을 추가하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).
• 다. 원고, ㅁㅁㅁ는 2021. 5. 31. 대체주택의 1/2 지분에 대하여 소유권이전등기를 마쳤다.
• 라. 원고는 조정대상지역 내에 있는 고가주택인 종전주택의 양도에 대해 1세대 1주택으로 일시적 2주택이 되었다가 종전 주택을 양도한 경우에 해당한다고 보고[구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제155조 제1항] 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 35% 일반세율을 적용하여(과세표준 88,235,407원) 2021. 8. 21. 2021년 귀속 양도소득세 15,962,392원을 신고·납부하였다.
• 마. 피고는 ‘원고가 대체주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대 전원이 이사하고 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우’에 해당하지 않으므로 과세표준을 460,250,573원(세율 40%)로 하여 2024. 7. 1. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 190,134,400원(가산세 47,416,573원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 불복하여 심판청구를 제기하였으나 조세심판원으로부터 2025. 2. 19. 기각 결정을 받았다. [인정근거] 갑 제1 내지 21호증, 을 제1, 2, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목은 1세대 1주택 비과세를 규정한 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 위임 범위를 일탈하였고, 헌법 제75조에 위배된다.

2. 원고는 종전주택을 팔고 대체주택을 취득하는 과정에서 대체주택의 매도인의 요구로 2021. 5. 31. 소유권이전등기를 하였으나, 실제로는 대체주택 매도인과 임대차계약(전세)을 체결하여 2021. 12. 20.까지 거주하고 위 인도일에 대체주택의 잔금 중 13억 원 상당을 지급하기로 약정하였고, 실제로 2021. 12. 20. 13억 원을 대체주택 매도인에게 지급하였다. 따라서 원고의 대체주택 취득일은 2021. 12. 20.이므로, 원고에게 1세대 1주택 비과세 적용이 이루어져야 한다.

3. 대체주택 취득일을 2021. 5. 31.로 보더라도, 원고는 대체주택 취득일로부터 1년 내인 2021. 12. 21. 대체주택으로 전입신고를 하였고, 대체주택에 대한 인테리어 공사기간 동안 주로 대체주택에서 재택근무를 하는 등 거주하였으며, 2022. 1. 4. 입주민 등록도 마쳤다. 그러나 원고는 기존 질병인 디스크 탈출증으로 인하여 혼자 거주할 수 없는 상태인데 원고의 배우자 ㅁㅁㅁ가 2022. 1.경 해외 조기 파견을 요청받게 되면서 원고의 자녀 ㄹㄹㄹ이 거주 중인 서울 서대문구 ○○동 주택(이하 ‘임차주택’이라 한다)으로 이사하여야 할 상황이 발생하였고, 국세청 국세상담센터에 전화 문의 후 최소 30일 이상이 지날 경우 전출이 가능하다는 답변을 들은 후 2022. 2. 14. 임차주택으로 전출한 것에 불과하다. 결국 원고는 30일 이상 기간 동안 대체주택에 전입신고를 마치고 재택근무를 하는 등 거주하였고, 피고가 원고의 거주요건이 충족되지 아니하였다고 판단한 것은 신뢰보호 원칙에 위반하거나 원고의 책임 없는 사유로 인한 사후적인 사정에 대한 과세로서 위법하다.

• 나. 관련 법령: 별지 기재와 같다.
• 다. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목이 위법한지 여부

1. 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 1세대 1주택에 대하여 양도소득세 비과세를 규정한 취지는 국민의 주거생활 안정 및 거주이전의 자유를 보장하기 위한 것이고, 주택 투기는 경제사정, 국민심리, 부동산정책 등 여러 사정에 영향을 받으므로 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 법률로 모두 규율하기 어려우며, 대통령령으로 정하여질 사항은 주택의 보유기간이나 일시적 다주택소유 등 투기적 목적의 인정 여부와 관련된 사항이 될 것임을 예측할 수 있어, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 포괄적 위임에 해당하여 조세법률주의에 반한다고 할 수 없다(헌법재판소 1997. 2. 20. 95헌바27 결정 참조).

2. 구 소득세법 제89조 제1항 각호는 양도소득세를 과세하지 아니하는 경우에 관하여 규정하고 있고, 그 중 제3호 나목은 “1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택”이라고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 2호 가목(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되어 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것)은 ’신규주택 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대 전원이 이사하고 전입신고‘까지 마칠 것을 요구하여, 조정대상지역 내 일시적 2주택자 비과세 요건을 강화하였다. 위 위임 법률조항의 규정형식과 내용 및 규제대상의 성질을 유기적·체계적으로 검토하여 볼 때, “다른 주택을 대체취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택”은 기존주택을 양도하기 전에 신규주택을 취득한 사람들 중 양도소득세 비과세 혜택을 부여할 만한 사람들의 범위를 시대적·경제적 상황을 반영하여 구체적·탄력적으로 정하기 위한 것으로서, 그 법규명령에 규정될 내용은 기존주택의 보유기간 및 거주기간, 양도시기, 기존주택과 신규주택을 동시에 보유한 기간 뿐 아니라 일정기한 내에 신규주택으로 실제 전입하였는지 여부에 관한 요건도 당연히 포함될 수 있다고 예상되므로, 이 사건 시행령 조항에서 ‘일정기간 내 신규주택으로의 전입요건’에 관하여 규정한 것은 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목의 위임범위 내에서 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정될 수 있다. 이에 더하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 입법취지, 실제 주택 수요를 확인하기 위해 거주 여부를 확인하는 것은 정책 목적을 달성하기 위한 합리적인 수단인 점 등을 고려하면, 이 사건 시행령 조항이 법률의 위임 범위를 벗어나 명확성의 원칙이나 조세법률주의에 위배되었다고 볼 수 없다.

• 라. 이 사건 양도 당시 원고가 1세대 1주택에 해당하였는지 여부

1. 구 소득세법(2012. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 기재하고, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 은 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”를 분류하면서 제2호에서 “대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일”을 규정하고 있다.

2. 원고는 대체주택에 대하여 매도인과 임대차계약을 체결하고 잔금 중 일부를 임대차보증금으로 수령 후, 2021. 12. 20. 임대차보증금 13억 원을 매도인에게 지급함으로써 대체주택의 취득시기를 2021. 12. 20.로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 소득세법 제98조 의 위임에 의한 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 규정에 비추어 볼 때, 대체주택의 취득시기는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우’에 대항하여, 등기부에 기재된 등기접수일인 2021. 5. 31.로 봄이 합당하다. 따라서 이 사건 양도 당시 원고는 1세대 2주택자로 보아야 한다.

• 마. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목이 적용되는지 여부

1. 앞서 본 증거들, 갑 제22 내지 37호증, 을 제5, 6호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들을 종합하면 원고가 주장하는 바와 같은 사정만으로는 ‘신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대 전원이 이사’한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목의 1세대 1주택의 특례 규정을 적용할 수 없다고 판단된다.

① 원고는 2021. 12. 21. 대체주택에 전입신고를 마치고, 원고와 배우자 ㅁㅁㅁ가 2022. 1. 4. 대체주택의 입주자명부에 등록한 사실은 인정된다. 그러나 해당 기간 동안 대체주택에 대하여 인테리어 공사가 진행된 사실은 다툼이 없으며, 원고 역시 인테리어 공사 경과를 확인하기 위하여 재택근무가 가능한 날에 재택근무를 하는 형식으로 대체주택에 머물렀다고만 주장하고 있다.

② 전입신고의 요건인 ‘거주지를 이동한 때’라 함은 30일 이상 생활의 근거로서 거주할 목적으로 거주지를 실질적으로 옮기는 것을 의미하고, 공사업체와의 문자메시지 내역에 첨부된 사진들에 비추어 보면 원고가 전입신고를 마친 때로부터 1개월 후까지도 신규주택 내부에는 벽돌 등이 드러나 있는 등 사람이 거주할 수 없는 상태였던 것으로 보이고, 원고가 전입신고를 마친 후 2022년 1월, 2월의 가스 및 난방사용량이 0으로 측정되기도 하였다.

2. 원고는 대체주택에 2021. 12. 21. 전입신고를 마친 후 국세청 조세법령운용과의 해석(갑 제19호증)을 신뢰하여 30일 이상 주민등록을 유지한 후 55일 후 임차주택으로 전출하였음에도 거주요건을 충족하지 못하였다고 본 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반하거나, 원고에게 책임 없는 사후적인 사정에 따른 과세로서 위법하다는 취지로도 주장한다. 그러나 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목에서 1세대 1주택의 특례 적용요건으로 명백히 ‘신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우’라고 규정하고 있고, 주민등록법 제16조 제1항 은 “하나의 세대에 속하는 자의 전원 또는 그 일부가 거주지를 이동하면 (중략) 전입신고를 하여야 한다”고 정하고 있어, 주민등록법 제16조 제1항 에 정한 전입신고는 ‘거주지 이동’을 전제로 하고 있다. ‘이사’의 사전적 의미가 ‘사는 곳을 다른 곳으로 옮기는 것’을 의미한다는 점을 원고가 알지 못하였을 것으로 보이지도 않는다. 설령 원고가 거주가 불가능한 상태인 특정 장소에 55일 동안 부정기적으로 머무르는 것이 주민등록법 제16조 제1항 에 말하는 ‘거주지를 이동’하는 것으로 착오하였더라도, 그러한 착오에 정당한 이유가 있다고 보기도 어렵다.

• 바. 소결론 이 사건 처분은 적법하고 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.