이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3이 규정한 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될 수 없으므로, 구 소득세법 제95조 제3항과 구 소득세법 시행령 제156조의 내용 중 장기보유 특별공제에 대한 부분은 적용될 여지가 없다.
이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3이 규정한 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될 수 없으므로, 구 소득세법 제95조 제3항과 구 소득세법 시행령 제156조의 내용 중 장기보유 특별공제에 대한 부분은 적용될 여지가 없다.
사 건 2025구단52363 양도소득세 경정청구거분취소 원 고 유ㅇㅇ외1 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2025. 7. 11. 판 결 선 고
2025. 8. 29.
1. 원고들의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 4. 30. 원고 유에게 한 2018년 귀속 양도소득세 68,549,726원(가산세 포함) 및 2024. 5. 2. 원고 소에게 한 2018년 귀속 양도소득세 68,549,726원(가산세 포함)의 각 경정거부처분을 취소한다.
1. 부부인 원고들은 2010. 6. 10. 서울 구 동 - 아파트 제1동 1*호(이하 “이 사건 주택”이라 한다)의 각 1/2 지분을 합계 825,000,000원에 취득하였고, 2018. 9. 18. 이 사건 주택을 이에게 1,795,000,000원에 양도(이하 “이 사건 양도”라고 한다)하였다.
2. 원고들은 2018. 11. 30.경 이 사건 주택은 고가주택인 1세대 1주택에 해당한다고 보아 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제(8년 보유에 따른 64%)와 일반 양도소득세율을 적용하여 각 양도소득세액 14,495,831원을 신고·납부하였다.
3. 이 사건 주택의 양도 당시 원고들 소유의 주택은 다음과 같다. 순번 주택내역 취득일 양도일 비고 1 서울 ○○구 ○○동 “이 사건 주택”
2010. 06. 10.
2018. 09. 18. 거주기간
2013. 01. 18.∼
2016. 11. 28. 2 서울 ○○구 ○○○로 “이 사건 대체주택”
2017. 01. 25.
• 거주기간
2016. 11. 28.∼ 현재 3 **시 ○○○구 “이 사건 임대주택”
2009. 03. 16.
2023. 04. 13.
1. 원고들은 2020. 7. 20. 이 사건 양도 당시 9억 원을 초과하는 양도차익 부분에 대하여 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제7항에 따른 중과세율(기본세율에 20%를 가산)을 적용하는 방식으로 1세대 3주택에 따른 양도소득세를 산정한 다음, 양도소득세액(가산세 포함)을 각 140,095,738원으로 수정하여 신고하고 그 차액을 납부하였다.
2. 원고들은 2023. 9. 4. 피고에 대하여 ‘이 사건 양도에 대하여도 장기보유 특별공제가 적용되어야 하고 중과세율이 배제되고 일반 양도소득세율이 적용되어야 한다’고 주장하면서 최초 신고·납부한 14,495,831원으로 양도소득세액의 경정을 청구하였다.
3. 피고는 원고 유에 대하여는 2024. 4. 30., 원고 소에 대하여는 2024. 5. 2., ‘이 사건 양도에 대하여는 장기보유 특별공제는 적용될 수 없고, 다만 세율은 구 소득세법 제104조 제7항 에 따른 중과세율이 아니라 제55조 제1항에 따른 일반 양도소득세율이 적용되어야 한다’고 판단하면서, 정당한 양도소득세액(가산세 포함)을 각 83,045,557원으로 경정하였다(이하 피고가 원고들에 대하여 각 양도소득세액 54,506,204원, 가산세 14,043,522원 합계 68,549,726원의 경정을 거부한 처분을 “이 사건 거부처분”이라고 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 거부처분의 위법 여부
1. 이 사건 양도에 따른 양도차익은 구 소득세법 제95조 제3항 에 따라 결정되어야 하고, 구 소득세법 제95조 제3항 은 ‘1세대 1주택으로 보는’ 고가주택에 대하여는 장기보유 특별공제를 적용한다는 취지로 해석하여야 한다.
2. 구 소득세법 제95조 제2항 은 “제104조 제7항 각호에 따른 자산”을 장기보유 특별공제 적용대상에서 제외하고 있는바, 제104조 제7항에 따른 중과세율이 적용되는 주택만이 “제104조 제7항 각호에 따른 자산”에 해당한다고 보아야 한다. 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조(이하 “이 사건 부칙규정”이라고 한다)는 제1항에서 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택에 대하여는 다주택자라고 하더라도 중과세율을 적용하지 않고 일반 양도소득세율을 적용하도록 정하였으므로, 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 제104조 제7항 에 따른 중과세율이 적용되지 않고 그 결과 구 소득세법 제95조 제2항 에 따라 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다.
3. 이 사건 부칙규정 제2항에서는 해당 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제를 적용하지 않는다고 규정하고 있었다. 그러나 위 부칙이 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유 특별공제를 배제하는 제14조 제2항 규정이 삭제된 이상 이 사건 부칙규정의 내용이 이 사건 주택에 대한 장기보유 특별공제의 적용을 배제하는 근거가 될 수는 없다.
4. 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항의 일시적 2주택자의 특례, 제155조 제20항의 거주주택 특례가 중복적으로 인정될 수 있어 이 사건 양도는 구 소득세법 제89조, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 따라 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하는바, 그렇다면 이 사건 주택은 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의3 이 규정하고 있는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라고 볼 수 없다.
5. 2018년도 이전까지는 장기임대주택을 보유한 임대사업자의 거주주택과 관련하여 대체주택 취득 과정에서 일시적 2주택(장기임대주택을 제외할 경우)이 된 경우에도 비과세가 적용된다는 행정해석이 다수 존재하였는바, 이와 다른 새로운 해석을 소급하여 적용한 이 사건 거부처분은 국세기본법 제18조 제3항 에 위반되어 위법하다.
6. 구 소득세법 제95조 제2항 은 1세대 3주택에 해당하는 주택에 대하여는 장기보유 특별공제의 적용을 제외하도록 규정하고 있는바, 이는 입법목적을 달성하기 위한 부적절한 수단에 해당하고 침해의 최소성이나 법익 균형성도 갖추지 못하여 납세자의 재산권을 과하게 침해하므로 위헌에 해당한다.
1. 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 제95조 제3항 에 따라 장기보유 특별공제가 적용되어야 하는지 살피건대 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 따라 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하지만 양도가액이 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’에 대하여 장기보유 특별공제를 적용할 것인지의 여부는 구 소득세법 제95조 제2항 에 따라 결정되어야 하고, 장기보유 특별공제가 인정되는 경우든 인정되지 않는 경우든 그 양도차익과 장기보유 특별공제액의 산정은 구 소득세법 제95조 제3항 의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제160조 에 의하여 이루어져야 한다고 해석함이 상당하다. 그 근거는 아래 기재와 같다. 그렇다면 이 사건 양도는 아래 4)항에서 살피는 것과 같이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 이 규정한 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항 에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될수 없으므로, 구 소득세법 제95조 제3항 과 구 소득세법 시행령 제156조 의 내용 중 장기보유 특별공제에 대한 부분은 적용될 여지가 없다고 보아야 한다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
① 구 소득세법 제95조, 제89조 제1항, 구 소득세법 시행령 제159조의3, 제160조의 문언과 체계를 종합해 보면, 구 소득세법 제95조 제1항 은 양도소득금액을 계산하는 방식(= 양도가액 –필요경비 –장기보유 특별공제액)을 규정하고, 제95조 제2항은 장기보유 특별공제의 적용요건과 보유기간별 인정되는 특별공제액(공제율)을 규정한 것으로 볼 수 있다. 보다 구체적으로는 제2항 본문에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것’에 대하여 표1에 기재된 보유기간별 공제율을 정하고 있다고 보아야 하고, 제2항 단서에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다) 중 대통령령으로 정하는 1세대 1주택으로서 보유기간이 3년 이상인 것’에 대하여 표2에 기재된 보유기간별 공제율을 정하고 있다고 해석함이 상당하다.
② ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하지만 양도가액이 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’의 양도는 비과세대상에 해당하지 않으므로, 이에 대하여도 원칙적으로 구 소득세법 제95조 제1항 과 제2항에 따라 양도차익과 장기보유 특별공제액을 산정하여야 한다. 다만 구 소득세법 제95조 제3항 은 이런 경우에는 대통령령이 정하는 방식으로 양도차익과 장기보유 특별공제를 “계산”한다고 규정하고 있는바, 구 소득세법 제95조 제3항 은 ‘고가주택’에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항 과 독자적으로 장기보유 특별공제를 인정하는 근거규정에 해당하지 않고, 구 소득세법 제95조 제2항 에 의하여 장기보유 특별공제가 인정될 경우 장기보유 특별공제액을 계산하는 구체적인 계산식을 규율한 것으로 봄이 타당하다. 소득세법은 ‘1세대 1주택으로 보는’ 주택 중 양도가액이 9억 원 이하인 주택이 비과세 대상인 점을 고려하여 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’에 대하여는 실제 발생한 전체 양도차익 중 일정한 비율만을 양도차익으로 인정하고 있고, 그 당연한 귀결로서 해당 ‘고가주택’에 대한 장기보유 특별공제액을 계산하기 위한 계산식이 필요하다고 할 것인바, 구 소득세법 제95조 제3항 은 이를 규율한 것으로 보아야 한다.
③ 구 소득세법 제95조 제3항 의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 은 고가주택의 양도차익은 ‘법 제95조 제1항에 따른 양도차익’에 일정한 비율(전체 양도가액 중 9억 원 초과분의 비율)을 곱하여 계산하도록 하였고, 고가주택의 장기보유 특별공제액은 ‘법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액’에 동일한 비율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있다. 이는 구 소득세법 제95조 제1항 이 규정한 대로의 양도차익에 일정한 비율을 적용하여 양도차익을 구하고, 구 소득세법 제95조 제2항 이 규정한 대로의 장기보유 특별공제액에 일정한 비율을 적용하여 장기보유 특별공제액을 구하도록 명시한 것으로 볼 수 있다. 제95조 제2항은 “장기보유 특별공제액”을 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산을 제외한다)의 양도에 대한 것으로 규정하고 있는바, 위 조항의 해석에 의할 때 구 소득세법 제104조 제7항 에 해당하는 자산에 대하여는 ‘ 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유 특별공제액’이 존재할 수 없다고 보아야 한다.
2. 구 소득세법 제95조 제2항 의 해석에 의할 때 제104조 제7항에 따른 중과세율을 적용받는 경우에만 장기보유 특별공제 대상에서 제외되는 것으로 보아야 하는지 원고는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호에서 장기보유 특별공제 대상에서 제외되어 있는 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”은 “제104조 제7항에 따른 중과세율을 적용받는 자산”을 의미하는 것으로 해석하여야 한다고 주장한다. 살피건대 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없는바(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 1세대 다주택인 주택이 양도소득세 중과세율 대상에서 제외된다고 하여 장기보유 특별공제를 적용해야 하는 필연적인 연관성이 있다고 인정하기 어렵고, 원고의 위 주장은 “구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산”을 명확한 근거 없이 한정적으로 축소하여 해석하는 것으로서 규정의 문언에 명백히 반하여 받아들일 수 없다.
3. 이 사건 부칙규정 제2항이 삭제되었음을 고려할 때, 이 사건 양도에 장기보유 특별공제가 적용되는 것으로 보아야 하는지 이 사건 부칙규정 제1항은 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 삭제되거나 적용범위가 제한되는 등의 조치가 없었으므로 ‘2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 적용한다’는 조항은 계속 그 효력을 유지한다. 반면 해당 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제를 적용하지 않는다고 규정한 부칙규정 제2항은 삭제되었으므로 부칙규정 제1항의 기간 동안 취득한 주택의 장기보유 특별공제와 관련하여서는 이 사건 부칙규정에 아무런 규율이 없는 상태가 되었다(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙규정 제2항이 삭제된 것은 위 개정 당시 소득세법 제95조 제2항 에서 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유 특별공제를 적용하도록 하였기 때문에 그 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보인다). 따라서 이 사건 부칙규정의 내용이 이 사건 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하는 논거가 될 수 없다는 원고의 주장은 기본적으로 타당성이 인정된다. 다만 소득세법이 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유 특별공제와 관련하여 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 그 적용대상에서 제외되게 되었다. 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다’라고 규정하였을 뿐 그 적용대상을 달리 정한 바가 없다. 그렇다면 이 사건 양도에 대하여는 양도시의 법률인 구 소득세법 제95조 제2항 이 적용되고 그 결과 장기보유 특별공제가 적용될 수 없다고 해석되어야 한다.
4. 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 의해 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하는 이상 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에서 제외되는지 여부
6. 구 소득세법 제95조 제2항 의 괄호부분의 위헌 여부에 대한 판단 다음과 같은 이유에서 구 소득세법 제95조 제2항 의 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다” 부분이 과잉금지의 원칙 등에 위배되어 원고들의 재산권을 침해한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다(구체적인 판단내용은 이 법원 2025아11119호 결정의 내용과 같다).
① 해당 조항은 투기 목적이 있는 주택 소유를 억제하여 국민 다수의 주거생활 안정과 주택 가격안정을 이룩하려는 공익을 위한 것이므로 입법목적의 정당성이 인정된다.
② 해당 조항은 시행일이 2018. 4. 1.로 3개월 이상의 유예기간이 부과되었을 뿐만 아니라, 1세대 2주택 이상의 다주택자의 주택양도에 관하여 예외 없이 일률적으로 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 아니고 오히려 대통령령으로 여러 예외를 규정할 수 있는 여지를 두고 있다. 이 사건 법률조항이 앞서 본 입법목적을 달성하는 데 부절적한 수단을 채택하였다고 하기 어렵고, 침해 최소성 원칙을 벗어났다고 보기도 어렵다. 또한 이 사건 법률조항으로 인해 1세대 2주택 이상에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 이 사건 법률조항이 추구하는 공익에 비해 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수도 없으므로 이 사건 법률조항은 법익의 균형성도 충족한다.
③ 헌법재판소는 이미 ’소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유 특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조제2항 본문 중 “제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다” 부분이 과잉금지원칙에 위배되어 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다‘고 결정하였는바(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 결정 참조), 위 헌법재판소 결정과 달리 판단할 만한 사정이 확인되지 않는다.
원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.