실물거래 없는 가공세금계산서에 대한 가산세 처분의 적법 여부

사 건 2024구합93572 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 〇〇세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 19. 판 결 선 고

2025. 8. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 6. 15. 원고에 대하여 한 2023년 1기분 부가가치세 가산세 51,000,000원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 응용소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하는 법인이다.
• 나. 도 XX시장은 2021. 9.경 2023년까지 *억 원의 예산 투입을 통한 지능형교통체계 구축사업[Intelligent Transport Systems(ITS), 이하 ‘이 사건 사업’이라 한다]계획을 발표하였다.
• 다. 원고는 이 사건 사업에 참여하기 위하여 주식회사 BBBBB(이하 ‘BBBBB’라한다) 및 주식회사 CCCCC(이하 ‘CCCCC’라 하고, BBBBB와 통틀어 지칭할 때에는 ‘관련 법인’이라 한다)와 사이에 아래와 같이 용역계약을 체결하는 한편 매출세금계산서를 발행하고 매입세금계산서를 수취하였다(원고가 수수한 매출매입세금계산서를 통틀어 ‘쟁점 세금계산서’라 한다). 그 구체적 내용은 다음과 같다.

1. 지능형 CCTV 관리시스템 구축 개발용역계약 체결 및 세금계산서 수수 원고는 2022. 12. 1. BBBBB와의 사이에 발주처를 BBBBB, 계약상대자를 원고, 계약금액 4억 원(부가가치세 별도), 계약기간 2022. 12. 1.~ 2023. 2. 28.로 하는 지능형 CCTV 관리시스템 구축 개발용역계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 제1계약’이라 한다). 원고는 같은 날 CCCCC와의 사이에 발주처를 원고, 계약상대자를 CCCCC, 계약금액 4억 원(부가가치세 별도), 계약기간 2022. 12. 1.~ 2023. 2. 28.로 하는 지능형 CCTV 관리시스템 구축 개발용역계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 제2계약’이라 한다). 원고는 2023. 3. 2. 지능형 CCTV 관리시스템 구축과 관련하여, BBBBB에 공급가액 4억 원, 부가가치세 4,000만 원의 매출세금계산서를 발행하고, 같은 날 CCCCC로부터 같은 금액의 매입세금계산서를 수취하였다.

2. ITS시스템 SW 개발용역계약 체결 및 세금계산서 수수 원고는 2022. 12. 1. BBBBB와의 사이에 발주처를 BBBBB, 계약상대자를 원고, 계약금액 4억 5천만 원(부가가치세 별도), 계약기간 2022. 12. 1.~ 2023. 3. 31.로 하는 ITS시스템 SW 개발용역계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 제3계약’이라 한다). 원고는 같은 날 CCCCC와의 사이에 발주처를 원고, 계약상대자를 CCCCC, 계약금액 4억 5천만 원(부가가치세 별도), 계약기간 2022. 12. 1.~ 2023. 3. 31.로 하는 ITS시스템 SW 개발용역계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 제4계약’이라 한다). 원고는 2023. 3. 31. ITS 시스템 SW 개발과 관련하여, BBBBB에 공급가액 4억5,000만 원, 부가가치세 4,500만 원의 매출세금계산서를 발행하고, 같은 날 CCCCC로부터 같은 금액의 매입세금계산서를 수취하였다.

• 라. 1) 원고는 2023. 4. 19. 피고에게 매출 9억 5,000만 원, 매입세액을 102,425,114원으로 하고, 납부(환급세액)을 –7,425,114원으로 하는 2023년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였다.

2. 원고는 2023. 8. 30. ‘쟁점 세금계산서 취소’를 사유로 수정매출세금계산서 2매(공급가액 △8억 5,000만 원, 이하 ‘쟁점 수정매출세금계산서’라 한다)를 발행하고, 매입세액 공급가액 △8억 5,000만 원을 차감하여 2023. 8. 30. 2023년 제1기 부가가치세 수정신고를 하였다(이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다).

• 마. 피고는 2024. 3. 18.부터 2024. 5. 15.까지 원고에 대한 2023년 제1기 부가가치세조사를 실시한 결과 원고가 관련 법인과 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급·수취하였다고 보고, 2024. 6. 24. 원고에게 2023년 제1기 부가가치세 세금계산서불성실가산세 5,100만 원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2024. 8. 8. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 12.10. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3, 11 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 원고 주장 요지 원고가 부가가치세를 탈루하기 위하여 허위로 쟁점 세금계산서를 수수한 것이 아니라, 성남시 및 S 〇〇〇〇 이 시행하는 이 사건 사업을 시행하기 위하여 관련 법인들과 사업을 사전 준비하는 과정에서 세금계산서를 미리 수수하였다가 이후 사업이 취소된 것에 불과하다. 그럼에도 피고가 위 사정을 고려하지 않고 원고에게 가산세를 부과한 것은 실질과세의 원칙 등에 반하여 위법하고, 원고가 얻은 이득에 비하여 과도한 조세부담을 지우는 것이어서 형평성에도 어긋나 위법하다.
• 나. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).
• 다. 구체적 판단 살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제4 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 쟁점 세금계산서는 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성된 것이라고 봄이 타당하고, 원고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1. 원고가 BBBBB, CCCCC에게 이 사건 제1, 2 계약에 따른 용역을 제공하거나 제공받지 않고 쟁점 세금계산서를 발급하고 수취한 것에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 부가가치세법에 따르면, 사업자가 공급하는 용역은 부가가치세 과세대상이고(제4조), 세금계산서는 원칙적으로 역무의 제공이 완료되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 시기에 발급하여야 하며(제34조). 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 등을 발행하거나 이를 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우에는 가산세가 부과된다(제60조 제3항).

3. 그렇다면, 원고는 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 등을 발행하거나 이를 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 것이므로, 부가가치세법 제60조 제3항 에 따른 가산세 부과대상에 해당한다.

4. 원고는 실제 용역계약이 이행될 것을 대비하여 미리 세금계산서를 수취한 것에 불과하므로 쟁점 세금계산서가 허위로 수수된 것으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 ① 이 사건 제1, 2 계약과 이 사건 제3, 4 계약의 체결일자 및 계약 내용에 따르면, 원고가 BBBBB로부터 발주 받은 용역계약을 아무런 이윤을 남기지 않고 같은 날 다시 CCCCC에 발주하였는데 이는 통상적인 거래관행에 비추어 이례적인 점, ② 쟁점 세금계산서가 수수될 당시 XX시가 S 〇〇〇〇 을 이 사건 사업의 사업자로 선정한 것도 아니고 원고를 비롯한 관련 법인들이 S 〇〇〇〇 과 외주용역계약을 체결하였거나 이를 예정하고 있던 것도 아니어서 이 사건 제1 내지 4 계약은 그 계약내용에 따라 이행될 가능성이 거의 없었다고 보이는 점, ③ 그렇다면 위 계약들이 실제 이행될 예정이었으나 해제 또는 취소로 인하여 이행되지 못한 것에 불과하다고 평가할 수는 없고, 용역의 제공 없이 세금계산서가 수수된 이상 그것이 사업을 사전에 준비하는 과정에서 수수된 것이라고 하여 가공의 세금계산서에 해당되지 않는다고 할 수 없는 점, ④ 원고를 비롯한 관련 법인들이 모두 동일한 날짜에 동일한 금액의 세금계산서를 수수하였고, 그 거래형태도 주식회사 DDDDDD, CCCCC, 주식회사 EEE, BBBBB, 주식회사 FFFF 등으로 이어지는 자전거래 형태를 띠고 있는 점, ⑤ 원고의 대표 HHH이 원고에 대한 2023년 제1기 부가가치세 조사에서 BBBBB의 전 영업부장 III의 지시에 따라 용역을 제공하거나 제공받지 않고 쟁점 세금계산서를 수수한 사실을 인정한 점, ⑥ CCCCC에 대한 세무조사 개시되자 원고가 쟁점 수정매출세금계산서를 발급하고 이 사건 수정신고를 한 점 등을 종합하면, 원고의 위와 같은 주장만으로는 쟁점 세금계산서가 허위로 수수된 것에 해당하지 않는다고 볼 수 없다.

5. 또한, 원고는 부가가치세에도 전단계거래액공제법 방식의 신고납부를 허용하는 등 실질과세의 원칙을 적용하여야 한다고 주장하나 이는 입법론적으로 도입을 고려할 수 있어도 현행 부가가치세법의 규정상 받아들이기 어렵고, 원고가 이 사건 처분을 받은 것은 허위의 세금계산서를 수수하였기 때문이며, 피고가 부가가치세법이 정한 바에 따라 가산세를 부과한 이상 원고가 위 계약에 따라 얻은 이익이 가산세에 비하여 적다 고 하여 이 사건 처분이 위법하게 되는 것도 아니다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.