수수료 필요경비 불산입 및 추계결정 적정 여부

사 건 2024구합92579 종합소득세부과처분취소 원 고 이○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 11. 14. 판 결 선 고

2026. 1. 16.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 및 항소취지 피고가 2023. 12. 1. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 종합소득세 25,491,320원, 2016년 귀속 종합소득세 79,150,530원, 2017년 귀속 종합소득세 35,864,940원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2009. 12. 21. ‘××기업’이라는 상호로 개업하여 화물운수업 사업을 하다가 2018. 9. 30. 폐업한 사람이다(이하 위 사업장을 ‘이 사건 사업장’이라 한다).
• 나. 원고는 2015년 귀속 종합소득세는 간편장부로, 2016년 및 2017년 귀속 종합소득세는 외부조정으로 각 신고·납부하였다.
• 다. △△세무서장은 원고가 2015년 1기부터 2017년 2기까지 자료상으로 고발된 주식회사 aaa물류 외 3곳으로부터 공급가액 535,074,431원의 가공세금계산서를 수취한 것을 확인하여 부가가치세를 경정·고지하였고, 종합소득세 과소신고 혐의에 관한 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 라. 피고는 2015년부터 2017년 과세기간까지 이 사건 사업장에서 수취한 가공세금계산서의 공급가액 합계가 783,226,872원임을 확인하고, 원고의 매출원가 등 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 보아 사업소득금액을 추계조사 방법으로 산정하여 2023. 12. 1. 원고에게 2015년 귀속 종합소득세 xx,xxx,xxx원, 2016년 귀속 종합소득세 xx,xxx,xxx원, 2017년 귀속 종합소득세 xx,xxx,xxx원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

가. 원고의 주장 요지 원고로부터 경리 업무를 위탁받은 이○○이 택배기사들에게 수수료를 지급한 증빙서류가 존재함에도 불구하고, 택배기사들에게 지급한 수수료를 필요경비에 산입하지 않은 이 사건 처분은 위법하다. 피고가 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 함에도 추계조사방법에 의해 사업소득금액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관련 규정 납세지 관할 세무서장은 과세표준확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하고(소득세법 제80조 제2항), 이 경우 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정함에 있어 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하나, 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사 할 수 있다(소득세법 제80조 제3항). 이와 관련 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제143조 제1항은 소득세법 제80조 제3항 이 정하고 있는 추계조사를 할 수 있는 경우로서, 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우(제1호), 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우(제2호), 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우(제3호)를 열거하고 있다.
• 다. 구체적 판단 위에서 본 사실과 증거, 을 제3, 4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 자료들을 토대로 실지조사를 하지 않고 추계조사 방법을 통해 과세표준을 산정하여 이루어진 이 사건 처분에 원고가 주장하는 위법이 있다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

1. 피고는 2023. 3.경 원고에게 ‘종합소득세 과소신고 혐의에 관한 과세자료가 발생하였으므로, 2023. 4. 14.까지 종합소득세 수정신고서 및 관련 해명자료를 제출하라’는 취지의 종합소득세 해명자료 제출 안내를 보냈으나, 원고는 2023. 10.경까지 해명자료를 제출하지 않았다. 이에 피고는 이 사건 사업장에서 수취한 가공세금계산서의 공급가액 합계가 xxx,xxx,xxx원임을 확인하고, 주요 필요경비 부분이 허위인 경우에 해당한다고 보아 사업소득금액을 추계조사 방법으로 산정하여 2023. 10. 11. 과세예고통지를 하였다.

2. 원고는 과세예고통지를 받은 후 2023. 11.경 택배기사들에게 지급한 수수료를 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하며, 이에 대한 증빙으로 2015년부터 2017년까지 택배기사들에게 지급한 수수료 이체내역이라고 주장하는 엑셀파일을 제출하였다. 그러나 원고가 제출한 엑셀파일에는 거래일시, 받는 자 이름, 송금 메모, 출금액만이 기재되어 있고, 출금계좌번호나 출금계좌의 명의 등이 기재되어 있지 않아 거래상대방이나 지출목적을 확인할 수 없다.

3. 원고는 이 사건 소송에서 원고 명의의 예금거래실적증명서, 이○○ 명의의 계좌에서 택배기사들에게 수수료를 이체한 이체확인증을 각 제출하였다. 그러나 원고 명의의 예금거래실적증명서에는 원고 명의의 계좌에서 이○○의 계좌로 돈을 이체한 내역만이 확인될 뿐이고, 이○○에게 이체된 금액이 전부 이 사건 사업장의 필요경비에 해당한다고 볼 만한 자료는 확인되지 않는다. 이에 대하여 원고는 원고 명의의 계좌에서 원고로부터 경리 업무를 위탁받은 이○○ 명의의 계좌로 택배기사들에게 지급할 수수료를 포함한 필요경비를 이체한 다음, 이○○ 명의의 계좌에서 택배기사들에게 수수료를 지급하였다는 취지로 주장한다. 그러나 이○○ 명의의 계좌에서 택배기사들에게 수수료를 지급하였다며 제출한 이체확인증에 따르면, 입금통장 표시내용에 이○○이 운영하였던 화물운수업 사업장인 ‘□□물류’가 기재되어 있고, □□물류의 필요경비 대부분이 운송비였는바, 이○○ 명의의 계좌에서 이체된 돈이 □□물류의 운송비인지 이 사건 사업장의 운송비인지 구분하기 어렵다. 또한, 위 이체내역과 대조할 수 있는 이 사건 사업장의 장부, 계약서 등 기본적인 증빙서류도 확인되지 않는다. 이와 같은 자료만으로는 원고가 주장하는 필요경비가 실제 발생하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

4. 피고는 이러한 상황에서 원고가 제출한 자료들의 신빙성을 인정하기 어렵다고 판단하여, 원고가 사후에 제출한 자료에 기반한 실지조사를 하지 않고 추계조사방법을 통해 원고가 주장하는 수수료를 필요경비로 인정하지 아니한 채 과세표준을 산정하여 이 사건 처분을 하였다. 그렇다면 원고에게 새로운 자료를 제출하게 하여 실지조사를 하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없음이 명백하므로, 피고가 취한 추계조사방법은 소득세법 제80조 제3항, 구 소득세법 시행령 제143조 제1항 에 따른 적법한 조사방법이라 할 것이고, 원고가 택배기사들에게 지급한 수수료에 대한 구체적인 입증을 하지 못하고 있는 이상 이를 필요경비로 인정하지 않은 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.