미환소득계산시 공제한 결손금은 실제 공제한 결손금이 아니라 누적결손금인지

사 건 2024구합90078 법인세경정거부처분취소 등 원 고 @@@ 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 11. 판 결 선 고 2025.12. 18.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 피고 @@세무서장이 2023. 3. 14. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 28,182,810원의 부과처분 및 2023. 3. 15. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 150,095,417원, 2017 사업연도 법인세 1,107,165,342원, 2018 사업연도 법인세 187,660,537원의 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 1) 원고는 2011년경 &&&&&& 주식회사로부터 물적분할을 통해 설립되어, 게임개발 자회사의 주식 보유 및 게임개발 자회사 관리사업 등을 영위하는 내국법인이다. 원고 설립 당시의 상호는 @@@게임즈 주식회사였는데 2014. 8. 26. ##, 2018. 3. 30. ### 주식회사로 상호가 순차 변경되었다.

2. 원고는 2012년 1월경 게임개발 사업을 영위하는 &&&&&게임즈 주식회사(이하‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하고, 같은 해 6월경 게임개발 사업부문을 물적분할하여 주식회사 **게임즈를 신설하였다.

• 나. 원고는 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지 아래 <표1>과 같이 발생한 결손금을 소득금액에서 공제하지 않고 이월결손금으로 보유하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 이월결손금’이라 한다). 원고의 2011 사업연도 이월결손금에는 이 사건 합병에 따라 원고가 승계한 피합병법인의 이월결손금 5,003,180,549원(이하, ‘이 사건 승계결손금’이라 한다)이 포함되어 있다. <표1> 이 사건 이월결손금 보유현황(2011사업연도~2015 사업연도)
• 다. 1) 원고는 2016 내지 2020 사업연도 법인세 신고시 각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 미환류소득에 대한 법인세를 계산하면서 이 사건 이월결손금을 공제하지 않았다.

2. 원고는 2022. 3. 31. 이 사건 이월결손금 중 이 사건 승계결손금을 제외한 부분을 법인세법 제13조 제1호 에 따라 법인세 과세표준 계산시 각 사업연도의 소득금액에서공제하는 한편, 이 사건 승계결손금이 포함된 이 사건 이월결손금을 미환류소득 계산시 기업소득에서 차감하여 아래 <표2>와 같이 2016 내지 2020 사업연도 법인세 합계 7,250,151,108원에 대한 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다). <표2> 2016사업연도~2020사업연도에 대한 원고의 경정청구 세액 및 거부세액

• 라. 1) 피고는 2023. 3. 15. ① 이 사건 경정청구 중 ‘이월결손금 공제에 따른 법인세 경정청구’ 부분(사업연도별 경정청구세액은 <표2> ‘이월결손금공제에 따른 법인세경정 청구세액’란 기재와 같다)은 받아들이고, ② ‘미환류소득에 대한 법인세경정청구’ 부분 (사업연도별 경정청구세액은 <표2> ‘미환류소득에 대한 법인세경정청구세액’란 기재와 같다)은 과거에 차감하지 아니한 이월결손금을 순차적으로 한차례씩 차감하는 등 일부 만 받아들여, 2016 내지 2020 사업연도 법인세 합계 3,588,379,130원에 대한 환급 결 정을 하였다.

2. 그러나 피고는 ‘미환류소득에 대한 법인세경정청구’ 부분과 관련하여, ① 기업소득에서 차감할 수 있는 이월결손금은 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 실제 공제한 결손금’에 한정되고, ② 이 사건 승계결손금은 법인세법 제45조 제2항 에따라 원고의 사업부문에서 발생한 소득에서는 차감할 수 없다고 보아 세액을 다시 계산하여 원고에 대하여 2023. 3. 14. 2017 사업연도 법인세 28,182,820원의 증액경정처분을, 2023. 3. 15. 이 사건 경정청구에 대한 일부 거부처분을 하였다(이하 위 증액경정처분 및 일부 거부처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)

• 마. 원고가 이에 불복하여 2023. 6. 12. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024.9. 5. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계 규정 기재와 같다.

3. 미환류소득에 대한 법인세 과세제도와 세액 계산방식

• 가. 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는, 기업의 소득이 투자, 배당 또는 임금 등을통하여 가계의 소득으로 흘러들어가는 선순환 구조를 정착하기 위하여, 위 과세제도 적용대상 법인이 해당 사업연도의 소득 중 일정액 이상을 투자, 배당, 임금 등으로 사용하지 않는 경우 그 미환류소득에 대하여 일정 비율의 법인세를 추가 과세하는 제도이다. 미환류소득에 대한 과세제도는 2015. 1. 1. 최초로 한시적으로 도입된 것으로, 당초 법인세법 제56조 에서 규정하고 있었으나 2017. 12. 31. 그 적용기한이 만료되어,

2018. 1. 1.부터는 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 것, 이하‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제100조의32에서 ‘투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례제도’로 시행되었다. 이후 2022. 12. 31. 조세특례제한법이 개정되면서 2023. 1. 1.부터는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인에만 위 과세제도가 적용되고 나머지 기업들에 대하여는 위 과세제도가 적용되지 않게 되었다.

• 나. 1) 미환류소득 법인세액 계산방법은 다음과 같다. 먼저 ① 각 사업연도 소득에 ②가산항목 합계액을 더하고 차감항목 합계액을 뺀 ‘기업소득’을 산정한 후 ③ 여기에 법 이 정하는 일정 비율을 곱한 금액에서 ④ 기계장치 등에 대한 투자의 합계액, 임금증가액, 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등을 법이 정하는 방식에 따라 공제하여 ⑤미환류소득(관련 법령에서 정한 차기환류적립금과 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)을 산정하고 ⑥ 여기에 법정 세율을 곱하여 계산한다.

2. 기업소득 산정시 차감항목 중 하나인 결손금에 대하여, 구 법인세법 시행령(2018.2. 3. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이후 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제93조 제4항 제2호 라목 및 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제100조의32 제4항 제2호 라목에서는 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조ㆍ제46조의 4에 따라 계산한 금액을 말한다)’이라고 규정하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 쟁점규정’이라 한다).

3. 이후 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목은 2022. 2. 15.대통령령 제32413호로 ‘ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다’라고 개정되었다(이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다).

4. 한편, 구 법인세법 제13조 제1호 는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 산정시 공제되는 이월결손금에 대하여 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다’고 규정하였다.

5. 또한, 구 법인세법 제45조 제2항 은 ‘제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다’고 규정하였고, 제44조의3 제2항에서는 적격 합병시 ‘합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등 을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다’고 규정하였다.

• 가. 이 사건 쟁점규정의 결손금이 ‘당해 사업연도까지 공제되지 않고 누적된 이월결손금’을 의미하는지에 대한 판단

1. 원고의 주장 요지 기업소득 산정시 차감하는 이월결손금은 기업의 환류여력을 판단하는 지표이므로, 이 사건 쟁점규정이 정한 결손금은 법인세 과세표준 계산시 실제로 공제한 결손금이 아니라 당해 사업연도까지 공제되지 않고 누적된 이월결손금을 의미하는 것으로 해석하는 것이 합목적적이다. 그렇다면 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2. 판단 살피건대, 앞서 본 이 사건 쟁점규정의 문언 및 이 사건 개정규정의 개정취지와 내용에 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 더하여 보면, 이 사건 쟁점규정의 결손금은 법인세 과세표준 계산시 실제로 공제한 결손금을 의미한다고 보아야 하고 당해 사업연도 까지 공제되지 않고 누적된 이월결손금을 의미한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 이 사건 쟁점규정은 기업소득 차감항목 중 하나로 결손금에 관하여 규정하면서,‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조ㆍ제46조의 4에 따라 계산한 금액을 말한다)’이라고 규정하고 있다. 위 규정에 따르면, 합병법인 등이 아닌 경우 기업소득에서 차감하는 결손금은 ① 법인세법 제13조 제1호 에 따라 ② 해당 사업연도에 공제한 결손금이고, 여기서 ‘해당 사업연도에공제한 결손금’이란 그 문언상 ‘해당 사업연도에 이미 공제한 결손금’을 뜻하는 것이 분명하다. 나)이와 같이 이 사건 쟁점규정에서 정한 차감대상 이월결손금의 의미가 법문상 명확하고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 그 법문과 다른 의미로 해석하는 것은 허용되지 않는다.
• 다) 다만 이 사건 쟁점규정의 결손금을 위와 같이 문언 그대로 해석할 경우 구 법인세법 제13조 단서가 해당 사업연도에 공제할 수 있는 이월결손금의 한도를 각 사업연도 소득의 일부로 제한하고 있어, 해당 법인이 법인세법 제13조 에 따라 공제할 수 있는 이월결손금의 한도를 넘는 결손금을 보유하고 있더라도 미환류소득 법인세를 납부하게 되는 불합리가 발생할 수 있으므로, 이를 지적하는 원고의 주장은 일응 타당한 면이 있다. 기획재정부와 국세청도 그와 같은 문제를 인식하고 기업소득 산정시 차감하는 이월결손금에 대하여 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따른 이월결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액을 의미한다’고 유권해석한 바 있고(기획재정부 법인세제과-312. 2016. 3. 30., 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020. 12. 7., 기획재정부 법인세제과-374, 2021. 8. 19., 서면-2021-법령해석법인-0107, 2021. 8.19. 등), 2022. 2. 15. 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목이 ‘ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며(이하 생략)’라고 개정되기도 하였다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 쟁점조항은 법문상 그 의미가 명확하므로, 위와 같은 유권해석이 있었다거나 이후 조세특례제한법 시행령이 이 사건 개정규정과 같이 개정되었다는 것만으로 이 사건 쟁점규정의 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’을 ‘해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’으로 해석할 수 없고, 그러한 해석은 이 사건 쟁점규정의 문언의 해석 가능한 범위를 현저히 넘어서는 자의적인 해석으로 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치는 것이며, 이는 피고 스스로 ‘미환류소득 산정을 위해 차감하는 이월결손금은 당기 실제 공제한 이월결손금이 아닌 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 누적결손금을 의미한다’고 보아 이 사건 경정청구의 일부를 인용(갑 제2호증의1)하였더라도 마찬가지이다.
• 라) 그렇다면, 원고가 주장하는 다른 사정들을 모두 고려하더라도 이 사건 쟁점규정이 정한 이월결손금을 법인세 과세표준 계산시 실제로 공제한 결손금이 아니라 당해 사업연도까지 공제되지 않고 누적된 이월결손금을 의미하는 것으로 해석하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
• 나. 이 사건 승계결손금을 원고의 사업부문에서 발생한 소득에서 차감할 수 있는지 여부에 대한 판단

1. 원고의 주장 요지 기업소득 산정시 합병볍인과 피합병법인의 각 이월결손금을 각 법인의 사업부문 소득에서만 차감하는 것으로 해석한다면 환류 여력이 없는 법인에 대해서도 미환류소득에 대한 법인세를 부과하게 되는 불합리가 발생하므로, 이 사건 쟁점규정을 적용함에 있어 원고가 피합병법인으로부터 승계한 이 사건 승계결손금을 원고의 사업부문에서 발생한 소득에서도 차감할 수 있는 것으로 해석하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에선 이 사건 처분은 위법하다.

2. 판단 살피건대, 앞서 본 이 사건 쟁점규정, 적격 합병시 합병법인에 관한 과세특례 규정내용 및 이 사건 개정규정의 개정취지와 내용에 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 더하여 보면, 이 사건 쟁점규정을 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 피합병법인의 결손금을 합병법인의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제할 수 있는 것으로 해석할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

• 가) 이 사건 쟁점규정은 기업소득 차감항목 중 하나로 이월결손금에 대하여 규정하면서, ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조ㆍ제46조의 4에 따라 계산한 금액을 말한다)’이라고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제45조 제2항 은 ‘제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다’고 규정하고 있다.
• 나) 위 규정들에 의하면, 적격 합병의 요건을 충족한 합병법인의 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위내에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제할 수 있고, 피합병법인으로부터 승계받은 사업이 아닌 사업에서 발생한 소득금액에 대하여는 공제할수 없음이 명백하다.
• 다) 이 사건 쟁점규정에서 정한 합병법인 등의 결손금의 공제 범위가 법문상 명확하고, 앞서 본 바와 같이 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 그 법문과 다른 의미로 해석하는 것은 허용되지 않는다.
• 라) 위와 같이 이 사건 쟁점규정의 의미가 명확한 이상 원고가 주장하는 것과 같은 합리가 발생할 우려가 있다거나, 같은 이유로 위 규정이 이 사건 개정규정과 같이 ‘(전략) 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다’고 개정되었더라도, 그러한 사정들만으로 이 사건 쟁점규정을 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 피합병법인의 결손금을 합병법인의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제할 수 있는 것으로 해석할 수는 없고, 그러한 해석은 이 사건 쟁점규정의 문언의 해석 가능한 범위를 현저히 넘어서는 자의적인 해석으로 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치는 것이 된다. 따라서 원고가 주장하는 다른 사정들을 모두 고려하더라도 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다