‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 실지거래가액이 아니라 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액’을 공급가액으로 함

사 건 2024구합89429 부가가치세부과처분취소 원 고 BBBB 주식회사 피 고 EE세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 20. 판 결 선 고

2025. 8. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피 고 가 2024. 5. 1. 원고에게 한 2020년 제2기분 부가가치세 ,244,320원(가산세 포함)의 부과처분 중 ,351원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’라 한다)에 2019. 8. 6. 서울 ee구 bb동 -35 외 9필지 토지 및 지상 건물(이하 통틀어 ‘제1 부동산’이라 하고, 건물만을 ‘제1 건물’이라 한다)을 억 원(잔금지급일 10일 전까지 감정평가를 근거로 토지분과 건물분으로 안분하기로 정함)에 매도하는 내용의, 2020. 2. 8. 같은 동 -21 토지 및 그 지상 건물(이하 통틀어 ‘제2 부동산’이라 하고, 건물만을 ‘제2 건물’이라 한다)을 억 원(건물분을 0원으로 정함)에 매도하는 내용의 각 매매계약을 체결하였다.
• 나. 원고, AAA, 주식회사 hh파트너스(이하 ‘hh’라 한다)는 2020. 8. 3. 위 각 매매계약의 매수인을 hh로 변경하는 한편, 2019. 8. 6. 자 매매계약의 매매대금 억 원 중 토지분을 억 원으로, 건물분을 0원으로 안분하는 각 변경 매매계약(이하 변경된 각 매매계약을 통틀어 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 원고는 2020년 제2기분 부가가치세 과세기간 중 hh에 제1 부동산과 제2 부동산을 각 인도하고, 이후 제1 건물, 제2 건물(이하 각 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 건물’이라한다)의 각 공급가액을 0원으로 하여 2020년 제2기분 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 라. 피고는 2024. 5. 1. 원고에게, 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제2항 제2호를 적용하여 제1 부동산의 매매대금 억 원 중 ,283,871,494원을 제1 건물의 공급가액으로 보고, 제2 부동산의 매매대금 억 원 중 ,058,842원을 제2 건물의 공급가액으로 보는 등으로 2020년 제2기분 부가가치세 ,244,320원(가산세 포함)을 부과(그중 이 사건 각 건물 부분의 공급가액으로 인한 ,351원 초과 부분만을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 이 사건 각 건물은 철거가 예정된 건물이었고 실제 철거되었다. 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액(이 사건에서 각 0원)으로 하여야 한다.

2. 원고가 이 사건 각 건물의 공급가액을 0원으로 본 것 등에 정당한 사유가 있으므로 적어도 가산세를 부과할 수는 없다.

• 나. 공급가액 관련 주장에 대한 판단

1. 구 부가가치세법 제29조 제9항 은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서, 제2호는 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’를 규정하고 있다. 한편 부가가치세법이 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되면서 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어 제2호가 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다’는 내용으로 변경되었으며, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호 는 위 제2호 단서 조항에 따른 사유 중 하나로 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’를 들고 있다. 그러나 부가가치세법 부칙(2021. 12. 8.) 제7조는 위 개정 부가가치세법의 시행(2022. 1. 1.) 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 종전의 규정에 따르도록 정하고 있고, 부가가치세법 시행령 부칙(2022. 2. 15.) 제1조, 제2호에 따르면 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 은 그 시행일인 2022. 2. 15. 이후 재화나 용역을 공급하는 경우 등에 적용되는 규정이다. 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따르면, 원고가 위 각 개정 부가가치세법령의 시행 전인 2020년 제2기분 부가가치세 과세기간 중 hh에 제1 부동산, 제2 부동산을 공급한 사실을 인정할 수 있으므로, 제1 부동산, 제2 부동산의 각 공급에는 위 개정 부가가치세법령이 아니라 구 부가가치세법 제29조 제2항 제2호 가 적용된다. 그렇다면 이 사건 각 건물이 토지와 함께 공급받은 후 철거되는 것이라고 하더라도, 그 실지거래가액(0원)이 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로(이 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다), 피고가 구 부가가치세법 제29조 제2항 제2호 를 적용하여 이 사건 각 건물의 공급가액을 0원이 아닌 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액으로 하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

2. 이에 대하여 원고는, 관련 규정의 개정 취지, 실질과세의 원칙, 헌법상 재산권 보장에 따른 합헌적 법률해석의 필요성 등을 종합하면, 구 부가가치세법 제29조 제2항 제2호 를 해석함에 있어서도 개정 조항과 같이 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에는 건물의 실지거래가액을 건물의 공급가액으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다(대법원 2024. 10. 8. 선고 2024다254820 판결 등 참조). 또한 법률을 해석할 때 입법 취지와 목적, 제정·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 사용할 수 있으나, 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 이러한 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결 참조). 구 부가가치세법 제29조 제2항 제2호 는 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 실지거래가액이 아니라 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 명시하고 있을 뿐, 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물의 실지거래가액을 건물의 공급가액으로 보도록 하는 예외를 인정하고 있지 않다. 여기에다가 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 의 입법취지는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위한 것인 점, 건물을 철거할 계획이라고 하더라도 토지 위에 새로운 건물등을 신축하기 위해서는 우선 건물의 처분권을 취득할 필요가 있는 점, 이에 이 사건 각 매매계약의 매수인 역시 이 사건 각 건물까지 매매의 대상으로 한 점 등까지 더하여 보면, 구 부가가치세법 제29조 제2항 제2호 를 그 문언과 달리 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에는 건물의 실지거래가액을 건물의 공급가액으로 보아야 한다고 해석할 수는 없다.

3. 원고는 또한, 앞서 본 부가가치세법령의 개정은 반성적 고려에 따른 것이고, 2022. 1. 1. 이후 토지와 건물을 함께 양도한 납세자에 대하여는 개정된 부가가치세법령이 적용되어 건물의 실지거래가액이 그 공급가액이 됨에도 2022. 1. 1. 이전에 토지와 건물을 함께 양도한 납세자에 대하여는 구 부가가치세법 제29조 제2항 제2호 를 적용하는 것은 합리적 이유 없는 차별로서 조세평등주의에도 위반되므로, 원고에 대하여도 개정된 부가가치세법령을 적용하여야 한다고도 주장한다. 앞서 본 바와 같은 부가가치세법령 개정은 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우로서 토지와 건물 등의 가액구분이 당사자의 진정한 합의에 기한 것으로 인정되는 예외적인 상황의 경우 관련 법령에 따라 안분계산한 금액을 기준으로 과세하는 것은 불합리하다는 인식에서 이를 수정하여 과세기준을 합리화하기 위한 것으로 보이기는 한다. 그러나 개정 규정이 적용되는 시점을 언제부터로 할지는 광범위한 입법재량의 영역에 놓여있다고 할 것인데, 입법자는 위 예외규정을 그 시행 이전으로 소급하여 적용하는 것을 허용하게 되면 조세행정의 원활한 운영이 어려워질 수 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 그 개정 규정의 적용시기를 위 개정 법률 규정 시행 이후 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우부터 적용하도록 규정한 것이므로, 이를 두고 합리적인 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수는 없다.

4. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 다. 가산세 관련 주장에 대한 판단 국세기본법 제48조 제1항 제2호 는 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다. 관련 법령의 내용과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 의 문언이 일의적으로 규정되어 있는 점, ② 부가가치세법 부칙(2021. 12. 8.) 제7조가 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 의 적용 시점을 분명하게 밝히고 있는 점, ③ 원고가 과세관청에 문의하는 등으로 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 의 해석에 관해 진지한 검토를 하였다고 볼 만한 사정이 엿보이지 않는 점 등에 비추어 보면 원고가 이 사건 각 건물의 공급가액을 0원으로 본 것 등에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.