원고는 ’15.5.6. 총회 결의에 따라 현물출자를 완료하면서 조합원 지위를 획득하였는바, ’15.5.6.이 양도일이므로 부과제척기간 7년을 경과한 이 사건 처분은 위법함
원고는 ’15.5.6. 총회 결의에 따라 현물출자를 완료하면서 조합원 지위를 획득하였는바, ’15.5.6.이 양도일이므로 부과제척기간 7년을 경과한 이 사건 처분은 위법함
서 울 행 정 법 원 제4부 사 건 2024구합86048 양도소득세부과처분취소 원 고 OOO 외 7명 원고들 소송대리인 법무법인(유한) OO 담당변호사 강OO, 이OO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2025. 10. 24. 판 결 선 고 2025. 12. 19.
1. 피고가 원고들에게 한 별지1 기재 각 양도소득세 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.
별지2 기재와 같다.
1. 원고들이 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 이를 양도한 시기는 이 사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의가 이루어진 2015. 5. 6.이므로, 이 사건 토지에 대한 양도소득세의 부과제척기간(7년)은 늦어도 2023. 5. 31. 만료되는데, 이 사건 처분은 위 부과제척기간을 도과하여 이루어졌다.
2. 이 사건 조합원들 중 일부는 이 사건 토지 지분의 양도 시기가 2015년임을 이유로 양도소득세를 부과받지 않았음에도, 원고들에게만 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 조세평등의 원칙에 위반된다.
3. 피고는 원고들에게 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 이 사건 처분을 하였다.
1. 이 사건 사업의 시행 및 이 사건 조합의 설립 경위
2. 이 사건 조합의 2015. 5. 6.자 제2차 총회 개최 및 결의
○ 제1호 안건: 조합(비법인사단) 정관 개정의 건 구분 내용 의결주문 OOOO도시 환지공동주택의 조합정관 개정의 건을 상정합니다. OOOO도시 환지공동주택조합은 2014. 1. 시행된 환지처분에 따라 블록 및 사업시행구역의 변경, 공동주택 건립 규모의 조정과 사업시행 제안사유 방법 중 주택법, 신탁법 및 관계법령 등에 의거하여 부동산신탁회사의 신탁 개발방식을 추가하고자 정관을 붙임3의 내용과 같이 변경하고자 합니다.
○ 제2호 안건: A15블럭 공동주택개발사업 결의 및 신탁결의의 건 구분 내용 의결주문 OOOOOO 환지공동주택의 A15블록의 공동주택개발사업의 사업계획 승인과 공동주택 및 부대복리시설 건축을 위한 사업결의 및 신탁결의의 건을 상정합니다. 제안사유 OO광역시 O구 OO동 A15블록(35,104㎡) 공동주택개발사업의 사업시행을 위하여 정관 제1조, 제3조, 제5조, 제23조, 제40조에 의거 신탁법 및 주택법 제16조 의 사업계획승인과 동법 제38조의 공동주택 및 부대복리시설의 건축을 위한 사업결의 및 신탁결의를 구합니다.
• OOOO도시 A15블록 개발사업 개요 첨부자료
• 사업결의 및 신탁결의서 개인정보유출주의 등록자:김영민, 등록일시:2025.12.19 23:59, 출력자:이대건, 다운로드일시:2025.12.28 13:35
○ 제3호 안건: 조합수행업무 추인의 건 (생략)
- 나) 2차 총회의 제1호 안건 결의에 따라 개정된 이 사건 조합의 정관은 환지처분 공고를 반영하여 이 사건 토지만을 사업시행구역으로 정하고, 이 사건 사업의 시행방법을 신탁개발 방식으로 정하며, 조합원은 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁법에 의한 신탁등기를 이행할 의무가 있다는 등의 내용을 정하고 있다. 위 정관의 주요 내용은 아래와 같다. 제3조(사업시행구역 및 공동주택건설 규모)
① 본 조합의 사업시행구역은 OOOOOO공사와 OO도시개발공사가 공동으로 시행하는OOOO도시 개발사업중 OO광역시 O구 OO동 일대의 A블록(35,104㎡)으로 한다. 다만 관계법령 및 이 정관이 정하는 바에 따라 추가로 편입 또는 제외되는 토지 등이 있을 경우에는 그 변경 승인된 사업구역과 면적으로 한다.
② 공동주택의 건축규모는 60㎡ 이하, 60㎡ ~ 85㎡, 85㎡ 초과의 569세대 및 부대복리 시설을 관계법령에 의거하여 건립함을 원칙으로 한다(이하 생략). 제5조(시행방법)
① 조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁(부동산신탁회사로의 차입형 토지신탁 또는 관리형 토지신탁)하고, 조합은 주택법 제10조 에 의거하여 건설산업기본법 제9조 에 의한 건설업 등록을 한 자와 공동으로 사업을 시행하거나, 선정된 등록사업자(부동산신탁회사 포함)로 하여금 단독으로 사업을 시행하도록 하여, 주택법 제16조 에 따라 사업계획승인을 받은 후 주택법 제38조 에 의거하여 공동주택 및 부대복리시설을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분한다.
③ 조합은 사업시행을 위하여 필요한 경우 업무대행사, 시행대행사, 시공사, 부동산신탁회사 또는 금융기관 등으로부터 신용의 제공 및 자금을 대여받아 사업을 시행할 수 있다.
④ 조합은 인·허가 등 행정업무 지원, 사업성 검토, 설계자·시공자 등의 선정·계약에 관한 업무의 지원, 사업계획의 수립 및 분양업무 등을 지원하는 업무대행사 또는 시행대행사를 선정 또는 변경할 수 있다
⑤ 조합은 총회에서 등록사업자를 선정하여 공동으로 사업을 시행하거나 선정된 등록사업자(부동산신탁회사 포함)로 하여금 단독으로 사업을 시행하게 할 수 있다. 제40조(신탁등기 등)
① 본 사업의 원활한 추진을 위하여 필요한 경우 조합원은 조합이 정한 기간 내에 조합원의 소유로 되어 있는 사업시행 지구안의 토지에 대하여 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁법에 의한 필요한 제 신탁등기를 이행하여야 하며, 기간 내에 신탁등기를 이행하지 않을 경우 조합은 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있다.
② 선정된 부동산신탁회사가 단독명의로 사업승인을 득할 경우 조합원은 개별적으로 또는 조합이 선정된 부동산신탁회사와 차입형토지신탁 또는 관리형토지신탁계약을 체결한 후 신탁법에 의거한 필요한 제 신탁등기를 이행하여야 한다.
③ 조합 또는 선정된 부동산신탁회사는 신탁된 조합원의 재산권을 본 사업의 시행 목적에 맞게 적합하게 운용 및 관리·처분하여야 하며 권리이전 등 필요한 경우에는 조합장은 직권으로 신탁을 해지하여 신탁 재산을 당해 조합원에게 반환하여 주어야 한다.
- 다) 이 사건 조합은 2차 총회의 제2호 안건 결의에 따라 이 사건 조합의 조합원들에게 아래와 같은 ‘사업결의 및 신탁결의서’(이하 ‘이 사건 신탁결의서’라 한다)를 제출하도록 하였고, 원고들도 2015. 5. 이 사건 조합에 이 사건 신탁결의서를 각 제출하였다. 사업결의 및 신탁결의서 OOOO도시 A15블럭의 “OOOO도시 환지공동주택조합(이하 ‘본 조합’)은 2012. 9. 18.자 신탁계약증서에 의거한 본 조합의 위탁자 및 사업시행자겸 수탁자 모두 2015. 5. 6.자 총회의 결의에 따라 본 조합 및 본 조합의 조합원 전원의 동의로써 아래 결의사항을 결의한다.
• 결의사항-
1. 본 조합은 OOOO도시 A15블록의 공동주택 등의 신축 및 개발사업 등을 위하여 주택법과 신탁법 및 관계법 등에 의거하여 관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁으로 사업을 시행한다.
2. 본 결의서 위 1항에서 언급한 사업의 시행을 위하여 본 조합은 위탁자로서 본 조합(2012년 월 일자 신탁계약서상의 사업시행자겸 수탁자)이 정하는 부동산 신탁회사를 수탁자로 하는 관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁을 신탁법에 의거하여 부동산신탁회사와 체결함에 조합원 전원이 동의한다.
3. 본 결의서 위 1항과 2항에 의거하여 OOOO도시 A15블록에 공동주택 등의 신축 및 개발사업을 위하여 본 조합은 PM 용역대행사와의 적절한 절차를 거쳐 본 조합의 요청에 근거 부동산 신탁회사 단독의 명의로 사업승인(건축허가) 등을 신청할 수 있으며, 이를 위하여 부동산신탁회사가 관리신탁 또는 처분신탁 또는 담보신탁계약 체결 등을 본 조합에 요청할 경우 본 조합과 본 조항의 조합원 전원은 동의하고 아울러 사업승인의 진행과 결과에 대하여 부동산 신탁회사에 이의를 제기하지 아니한다. 위 결의사항 등의 동의 및 결의사실을 증명하기 위하여 각 조합원의 서명과 인감을 날인하고 인감증명서를 첨부하다.
2015. 5. OOOO도시 환지공동주택조합 조합원
3. 신탁계약의 체결 및 신탁등기의 경료 등
- 가) 이 사건 조합은 2015. 8. 27. 신탁사 주식회사 OO자산신탁(이하 ‘OO자산신탁’이라 하고, 이하 법인명에서 ‘주식회사’ 기재는 생략한다), 시공사 OO산업, 시행업무대행사 OOO홀딩스와 이 사건 사업 시행을 위한 사업협약을 체결하였다. OO자산신탁은 2015. 10. 13. OO광역시경제자유구역청에 이 사건 사업 시행을 위한 주택건설사업계획 승인신청서 및 토지사용승낙서를 제출하였고, 2015. 12. 21. OO광역시경제자유구역청으로부터 위 주택건설사업계획을 승인받았다.
- 나) 한편 이 사건 조합은 2015. 11. 20. 제3차 총회에서 시공사의 선정, 환지등기 및 신탁등기 실행의 건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로의 신탁등기, 신탁사 명의로의 신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용) 등을 결의하였다.
- 다) 그런데 OO자산신탁이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하고 2016. 2.경 재심의 후 결정하겠다고 통보하자, 이 사건 조합은 임시총회를 개최하여 신탁사의 변경(OO자산신탁) 및 담보신탁을 통한 경비조달 등을 결의하였고, 위 결의에 따라 이 사건 조합은 2016. 3. 24. OO자산신탁과 담보신탁계약을 체결하였다.
- 라) 이후 OOOOOO공사의 환지촉탁에 따라 2016. 3. 25. 이 사건 조합의 조합원들이 도시개발사업에 따른 환지처분으로 인하여 종전 토지 대신에 이 사건 토지의 공유 지분을 취득하는 것으로 하는 소유권 변경등기가 이루어졌고, 같은 날 그 지분에 관하여 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기, OO자산신탁을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기(이하 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁등기와 OOOO신탁을 수탁자로 하는 신탁등기를 통틀어 ‘이 사건 신탁등기’라 한다)가 이루어졌다.
4. 이 사건 사업의 완료 OO자산신탁에 의하여 이 사건 사업이 진행되어 2018. 8. 20. 이 사건 토지 위에 공동주택이 준공되었고, 이 사건 조합은 일반분양에 따른 분양수익금을 2019. 6.경부터 2023.경까지 각 조합원들의 지분비율대로 정산하여 지급하였다.
- 다. 구체적 판단
1. 소득세법은 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 정함으로써(제88조 제1호), 양도인이 자산의 유상 이전으로 양도소득을 얻는 경우에 그 자산의 이전에 관하여 등기 또는 등록 절차를 마쳤는지 여부를 불문하고 양도소득에 관하여 납세의무를 진다는 점을 명시하고 있다. 한편 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때(대법원 1985. 11. 12. 선고 85누339 판결, 대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 참조)라는 것이 확립된 판례이다. 나아가 소득세법 제88조 제1항 에서는 ‘법인에 대한 현물출자’로 인하여 그 자산이 사실상 유상으로 이전되는 경우를 양도소득세 과세원인이 되는 ‘양도’라고 명시적으로 규정하고 있고, 위와 같은 소득세법의 규정 및 민법상 조합에 대한 현물출자도 양도소득세 과세원인이 되는 양도시기는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하게 되는 조합에 현물출자를 이행한 때인 점 등을 종합하면, 비법인사단의 경우에도 그 사원이 자산을 비법인사단에 현물출자하면서 그 구성원으로서 구체적인 사업의 수익권을 배분받을 권리 등 사원으로서의 지위를 취득하였다면 그 현물출자를 이행한 때를 자산의 양도시기로 봄이 타당하다.
2. 위 인정사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고들이 이 사건 조합에 이 사건 토지지분을 양도한 시기는 2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.로, 2015년 과세기간중이라고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 처분은 부과제척기간 7년이 도과한 시점에 이루어진 것으로서 위법하다.
- 가) 이 사건 토지에 관한 2014. 1. 27. 환지처분 및 2015. 5. 6.자 2차 총회 결의를 통해 이 사건 조합은 이 사건 토지를 사업시행구역으로 정하면서, 이 사건 사업을 신탁 방식으로 시행하고 사업시행에 따른 수익금을 조합원들에게 출자 비율에 따라 배분한다는 점, 이 사건 조합의 조합원은 그 소유로 되어 있는 이 사건 토지 지분에 대하여 이 사건 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기를 이행할 의무가 있다는 점 등을 결의하였다. 또한 2차 총회 결의에 따라 원고들을 비롯한 이 사건 조합원들은 ‘이 사건 사업을 신탁 개발방식으로 진행하기 위하여 이 사건 조합을 위탁자로, 부동산신탁회사를 수탁자로 하는 신탁계약을 체결함에 동의한다’는 취지의 이 사건 신탁계약서를 제출하였는바, 이는 곧 이 사건 사업 시행을 위하여 자신의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 출자하고, 이 사건 조합이 이를 부동산 신탁회사에 신탁함을 동의한 것이다. 따라서 2차 총회 결의와 이 사건 신탁결의서의 제출로 원고들의 이 사건 토지지분에 대한 소유권은 그 등기 여부와 상관없이 사실상 이 사건 조합에 이전되었다고 봄이 타당하다. 비록 2차 총회 결의 이후에 신탁사가 변경되고 이 사건 신탁등기가 이루어지기는 하였으나, 이러한 사정만으로 이 사건 신탁등기가 이루어진 때를 자산의 양도시기로 볼 수는 없다.
- 나) 피고는 이 사건 조합과 같은 비법인사단의 소유형태는 총유이고 구성원 개인의 총유재산에 대한 지분권이 인정되지 않으며, 비법인사단에 현물출자를 함으로써 ’사원의 지위‘를 취득한다고 하여 어떠한 소득이 발생하거나 과세처분의 원인이 되는 권리․의무관계가 형성되는 것이 아니므로 이를 자산의 유상이전이라고 볼 수 없다고 주장한다. 민법상의 조합과 비법인사단은 일반적으로 그 단체성의 강약을 기준으로 구분되는 것으로, 조합은 어느 정도 단체성에서 오는 제약을 받기는 하나 조합원의 개인성이 강하게 드러나는 인적 결합체인 데 비하여, 비법인사단은 조합원의 개인성과는 별개로 개인성과는 별개로 권리·의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 단체적 조직을 가진다는 점에서 차이가 있기는 하다. 그러나 조합에 대한 현물출자를 하는 경우 ’조합원의 지위‘를 얻는 것과 마찬가지로, 비법인사단에 대한 현물출자를 하는 경우 관계법령, 정관 등의 정함에 따라 사업수행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 권리 등을 포함하는 ’사원의 지위‘를 얻을 수 있는바, 비법인사단에 대한 현물출자 역시 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당한다고 보지 않을 수 없다. 2차 총회에서 결의된 이 사건 조합의 정관을 보더라도 사업시행의 방법에 관하여 정하면서 ’공동주택 및 부대복리시설을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분한다‘고 정하고 있는바(정관 제5조 제1항), 원고들은 이 사건 조합의 조합원으로써 이 사건 조합에 자신의 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 위와 같이 사업시행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 지위를 얻게 된 것으로, 이는 자산의 유상이전에 해당한다. 따라서 조합과 비법인사단이 그 단체성의 강약에 차이가 난다는 이유로 조합에 대한 현물출자와 비법인사단에 대한 현물출자가 소득세법상 ’양도‘에 해당하는지 여부를 달리 판단하여야 한다고 볼 근거가 없다(단체성이 더 강한 법인에 대한 출자의 경우 주식 또는 출자지분의 취득이 유상의 대가로 인정되어 소득세법상 양도가 있었다고 볼 것이라는 점, 부과제척기간은 납세의무자와 과세관청의 법률관계에 중대한 영향을 미치므로 그 기산일은 일률적으로 정하여야 할 필요성이 크다는 점 등을 고려하면 더욱 그러하다).
- 다) 한편, 피고는 2차 총회 결의에서는 ‘부동산 신탁회사를 통한 신탁 개발’이라는 추상적인 개발 방향만을 밝히고 있을 뿐, 조합원의 개별적 출자내용 및 그 대가의 지급방법 등에 대하여 구체적으로 정한 바가 없는 점, 위와 같은 결의만으로는 사업이 좌초될 가능성이 여전히 존재하였고 이후 실제로 신탁사가 변경되는 등 사업의 구체적 내용까지 변경되었던 점 등에 비추어 볼 때 2차 총회 결의 시를 이 사건 토지 지분의 양도시기로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 2차 총회에서 이루어진 정관 변경 및 이 사건 신탁결의서의 제출로써 2015. 5. 6. 당시 이 사건 사업시행의 범위 및 방식, 조합원의 범위, 조합원이 각 현물출자하는 재산의 종류 및 수량, 현물출자의 대가로 사업시행의 수익을 배분받을 것이라는 점, 이 사건 조합이 정한 바에 따라 이 사건 토지 지분을 신탁등기하여야 한다는 점 등이 확정되었다. 이 사건 조합 정관에서 정한 바에 따라 조합원은 조합이 정한 기간 내에 조합 또는 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기를 하여야 하고, 기간 내에 신탁등기를 이행하지 않으면 조합은 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있다. 이처럼 원고들을 비롯한 이 사건 조합원들은 2차 총회 결의를 통해 자신의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 출자하여 더 이상 각자 소유한 자신의 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합의 사업 시행 외 목적으로는 사용할 수 없게 됨으로써 그 소유권을 사실상 이 사건 조합에 양도하는 대신 이 사건 사업을 통해 얻을 수익금을 배분받을 지위를 얻었다고 보아야 한다. 또한 2차 총회 결의에 따라 이 사건 조합은 신탁사 등과 사업협약서를 체결하였고, 2015. 11. 20.자 3차 총회에서 이 사건 토지 지분의 신탁등기 절차 등을 결의하였으며, 이후 신탁사가 변경되기는 하였으나 위와 같은 방식으로 이 사건 토지 지분에 대한 신탁등기가 경료되어 사업이 진행되었다. 따라서 이러한 사정에 비추어 보면, 신탁등기의 경료 여부와 상관없이 2015년에는 이 사건 조합원으로서의 권리·의무가 구체적으로 확정되었고, 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 인정할 수 있다. 이 사건 사업의 좌초 위험성, 이 사건 사업 시행에 따른 수익금액의 미확정 및 미실현의 문제는 2차 총회 결의일 뿐 아니라 피고가 주장하는 양도일인 신탁등기 경료일에도 여전히 남아있는 것으로, 이러한 사정을 들어 2차 총회 결의일이 아닌 신탁등기 경료일을 양도일로 보아야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.
- 라. 소결 따라서 원고들의 나머지 주장에 대하여 판단할 필요 없이 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과하여 이루어진 것으로서 위법하다. 한편, 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효라 할 것이지만(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 등 참조), 원고들은 이 사건 처분의 취소를 구하고 있고 위 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미에서 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다 할 것이므로, 원고들의 청구에 따라 이 사건 처분을 취소한다.
그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.