공익사업 시행으로 받은 상가 보수비의 사업소득 여부

사 건 2024구합85960 종합소득세부과처분취소 원 고 P◎H 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2025. 9. 26. 판 결 선 고 2025. 11. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 10. 31. 원고에 대하여 2021년도 귀속 종합소득세 46,742,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 7. 1.부터 BB CC구 DD동 소재 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 통해 부동산임대업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하였다.
• 나. BB시 CC구청장이 시행한 도시계획시설사업(이하 ‘이 사건 공익사업’이라한다)으로 이 사건 건물 중 일부가 수용(이하 ‘이 사건 수용’이라 한다)됨에 따라 원고는 2021. 12. 28. 건물 편입(수용) 부분 보상비 88,560,600원, 건물 미편입 잔여 부분 보수비 257,890,000원, 잔여 건축물에 대한 보수공사 기간 중 일실 임대수입액(4개월분) 22,320,000원을 지급받았다.
• 다. 원고는 2021년도 귀속 종합소득세를 신고·납부하면서 위 257,890,000원은 수입금액으로 신고하지 않았다. 피고는 위 257,890,000원 중 이 사건 건물의 상가 부분에 상응하는 60%에 해당하는 154,734,000원(이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다)이 원고의 2021년도 귀속 종합소득세에 관한 수입금액에 산입되어야 한다는 전제에서 2023. 10. 31. 원고에 대하여 2021년도 귀속 종합소득세 46,742,000원(가산세 포함)을 경정·고지 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관련 법리 사업자가 사업을 영위하다가 그 사업장이 수용 또는 양도됨으로 인하여 그와 관련하여 사업시행자로부터 지급받는 보상금은, 그 내용이 양도소득세 과세대상이 되는 자산 등에 대한 대가보상금인 경우는 양도소득으로, 그 이외의 자산의 손실에 대한 보상이나 영업보상, 휴ㆍ폐업보상, 이전보상 등 당해 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 손실보상금인 경우는 그 사업의 태양에 따른 사업소득으로 보아 그 총수입금액에 산입함이 상당하다(대법원 2008. 1. 31. 선고 2006두9535 판결 등 참조).
• 나. 판단

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다) 제75조의2 제1항 본문은 ‘사업시행자는 동일한 소유자에게 속하는 일단의 건축물의 일부가 취득되거나 사용됨으로 인하여 잔여 건축물의 가격이 감소하거나 그 밖의 손실이 있을 때에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 그 손실을 보상하여야 한다’ 고 규정하고, 토지보상법 시행규칙 제35조 제2항 은 ‘동일한 건축물소유자에 속하는 일단의 건축물의 일부가 취득 또는 사용됨으로 인하여 잔여 건축물에 보수가 필요한 경우의 보수비는 건축물의 잔여부분을 종래의 목적대로 사용할 수 있도록 그 유용성을 동일하게 유지하는데 통상 필요하다고 볼 수 있는 공사에 사용되는 비용(건축법 등 관계법령에 의하여 요구되는 시설의 개선에 필요한 비용은 포함하지 아니한다)으로 평가한다’고 규정하고 있다. 이 사건 보상금은 이 사건 수용으로 인한 이 사건 사업과 관련한 손실 등을 보상하기 위한 목적으로 위와 같은 법령에 따라 지급된 것인데, 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이는 소득세법 시행령 제51조 제3항 제5호 가 규정하는 ‘사업과 관련된 수입금액으로 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액’에 해당한다. 그러므로 이 사건 보상금은 이 사건 사업에 따른 사업소득으로 총수입금액에 산입하여야 한다.

2. 이에 대하여 원고는 이 사건 보상금은 이 사건 건물 중 일부에 대한 보수비에 해당하므로 수입금액에 산입될 수 없다고 주장한다. 그러나 이 사건 보상금이 수입금액에 해당함은 앞서 본 바와 같고, 다만 원고가 이 보상금을 보수비로 지출한 경우 해당 금액을 필요경비로 인정받을 여지가 있을 뿐이다. 원고가 이 사건 보상금을 실제 보수비로 지출하였는지 여부, 원고가 이 사건 수용 이후 이 사건 건물을 철거하고 새로운 건물을 건설하였는지 여부 등은 이 사건 보상금을 수입금액으로 산입하는 것과 특별한 관련이 없다. 1) 그러므로 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 주석1)_을 제6호증의 기재에 의하면, 서울지방국세청장은 이 사건 공익사업과 관련하여 수용 등으로 원고가 지급받은 이 사건 보상금과 같은 성격의 보상금을 지급받은 사업자에 대한 과세자료를 관할 세무서장에게 통보한 것으로 보이므로, 원고에게만 차별적으로 과세처분이 이루어졌다고 보기도 어렵다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.