원고법인의 대표자 아들이 원고법인 사업장 내에서 원고법인 사이에 거래한 매입매출은 원고법인의 매입매출 쪼개기 등 조세회피목적으로 끼워넣은 가장거래에 해당하고 원고 법인대표 계좌로 송금된 이 사건 가지급금은 원고 법인의 업무와 무관한 금액이므로 원고 법인대표에 대한 익금산입대상임
원고법인의 대표자 아들이 원고법인 사업장 내에서 원고법인 사이에 거래한 매입매출은 원고법인의 매입매출 쪼개기 등 조세회피목적으로 끼워넣은 가장거래에 해당하고 원고 법인대표 계좌로 송금된 이 사건 가지급금은 원고 법인의 업무와 무관한 금액이므로 원고 법인대표에 대한 익금산입대상임
서 울 행 정 법 원 제 2 부 판 결 사 건 2024구합82473 종합소득세 등 부과처분취소 청구의 소 원 고 1. 주식회사 A社 서울 *구 대표이사 P
2. A社 대표이사 P 인천 *구 원고들 소송대리인 변호사 안 피 고 1. **세무서장
2. 세무서장 피고들 소송수행자 이 변 론 종 결 2025. 8. 21. 판 결 선 고 2025. 9. 11.
1. 원고 P의 피고 세무서장에 대한 소를 각하한다.
2. 원고 주식회사 A社의 피고 **세무서장에 대한 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지
1. 피고 **세무서장이 2023. 7. 3. 원고 주식회사 A社(이하 ‘원고 A社’라 한다)에게 한 2021년 1기분 부가가치세 5,335,940원, 2021 사업연도 법인세 22,839,160원, 2022년 2기분 부가가치세 6,699,280원, 2022 사업연도 법인세 5,361,080원의 각 부과처분을 각 취소한다.
2. 피고 세무서장이 원고 P에게 한, 2024. 5. 1.자 2018년 귀속 종합소득세 247,707,488원의 부과처분, 2024. 7. 1.자 2019년 귀속 종합소득세 52,569,500원의 부과처분, 2024. 8. 15.자 2020년 귀속 종합소득세 108,604,336원의 부과처분, 2024.8. 21.자 2021년 귀속 종합소득세 160,024,345원의 부과처분, 2024. 8. 15.자 2022년 귀속 종합소득세 9,491,907원의 부과처분을 각 취소한다.
2023. 8. 22. 원고 P**에게 귀속 상여 합계 989,127,740원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).
별지 기재와 같다.
3. 원고 P의 피고 세무서장에 대한 소의 적법 여부
4. 원고 A社의 피고 **세무서장에 대한 청구에 관한 판단
1. 원고 A社은 2002. 4. 19.부터 2022. 12. 31.까지 ‘서울 구 로길(동)’을 사업장 소재지로 하여 의약품 도매업 등을 영위하였다. 한편, 원고 A社의 대표이사인 원고 P의 아들 P는 2018. 2. 1. 의약품 도매업 등을 영위하는 약품을 개업하였는데, ‘시 구 길 (동)’를 사업장 소재지로 등록하고, ‘시 구 로(**동)’를 의약품 도매상 영업소로 신고하였다.
2. 그런데 약품은 실제로는 원고 A社의 사업장을 사무실로, 원고 A社의 사업장이 소재한 ‘빌딩’ 1층 및 지하 1층을 의약품 창고로 사용하였다. 또한 원고 A社의 근로자들 중에는 약품의 업무를 함께 담당했던 사람들이 있었고, 원고 A社이 세금계산서를 발급할 때 사용된 IP 주소, 랜카드번호 및 저장매체번호가 약품이 세금계산서를 발급할 때 사용되기도 하였다. 이처럼 원고 A社과 **약품은 서로 밀접한 인적 관계가 있을 뿐만 아니라, 인적ㆍ물적 설비도 상당 부분 공통되었다.
3. 원고 A社은 이 사건 세금계산서에 따라 실제로 의약품 공급거래가 있었음을 확인할 수 있는 약품과의 공급계약서, 운송장, 대금지급내역 등 객관적 증빙자료를 제대로 제출하지 못하고 있다. 원고 A社이 제출한 금융자료는 원고 A社 명의의 계좌에 2019. 2. 22. 36,834,464원 및 2019. 2. 25. 50,000,000원이 각 ‘P(**약품)’ 명의로 입금되었다는 이체확인증(갑 제37호증)이 유일한데, 위 입금 내역에 부합하는 세금계산서 및 거래명세서의 기재는 확인되지 않는다.
4. 원고 A社은 이 사건 세금계산서 중 매출세금계산서와 관련하여 약품에 의약품을 실제로 공급했으나 단축급부 방식으로 약품의 거래처로 직접 배송하였을 뿐이라고 주장한다. 그러나 원고 A社이 약품에 공급한 의약품이 같은 날 또는 가까운 시일에 제3자에게 그대로 공급되는 거래가 반복되었다는 것은 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때 이례적으로 보인다. 또한 원고 A社은 이 사건 세금계산서 중 매입세금계산서에 대하여는 약품으로부터 실제로 의약품을 공급받았다는 점에 관하여 구체적인 주장ㆍ증명을 하고 있지 않다.
5. 원고들 및 P가 2018년경부터 2022년경까지 허위세금계산서를 발급ㆍ수취하였다는 조세범처벌법위반 혐의에 관하여 모두 불송치결정을 받기는 하였으나, 행정재판이나 민사재판은 반드시 무혐의 불기소처분사실에 대하여 구속받는 것이 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조). 또한 원고 A社과 약품이 의약품 일련번호 제도에 따라 건강보험심사평가원 의약품정보센터에 의약품 공급내역을 신고하기는 하였으나, 의약품 일련번호 제도는 의약품의 유통 경로를 추적하는 것으로 그 과정이 실물거래에 기초하였는지 여부와는 무관한 것으로 보인다. 따라서 위와 같은 사정만으로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.
그렇다면, 원고 P의 피고 세무서장에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고 A社의 피고 **세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 고은설 전자서명완료 판사 김나연 전자서명완료 판사 김병일 전자서명완료 [별지] 관계 법령 ▣ 국세기본법 제55조(불복)
① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.
1. 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분
2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분
③ 제1항과 제2항에 따른 처분이 국세청장이 조사ㆍ결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이 장의 규정에 따른 이의신청을 할 수 있다. 제56조(다른 법률과의 관계)
② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 대한 제65조제1항제3호 단서(제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 그러하지 아니하다. 제61조(청구기간)
① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정하는 날부터 90일 이내에 심사청구를 할 수 있다.
1. 제66조제7항에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우: 그 결정기간이 지난 날
2. 이의신청에 대한 재조사 결정이 있은 후 제66조제6항에 따라 준용되는 제65조제5항 전단에 따른 처분기간 내에 처분 결과의 통지를 받지 못한 경우: 그 처분기간이 지난 날 제68조(청구기간)
① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조제2항을 준용한다. ▣ 부가가치세법 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
제9조(재화의 공급)
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡) 하는 것으로 한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액)
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ▣ 법인세법 제15조(익금의 범위)
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.
③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제28조(지급이자의 손금불산입)
① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정
3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 ▣ 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다
9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 “가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.
① 법 제28조제1항제4호나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다. 제106조(소득처분)
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때에 처분(국제조세조정에 관한 법률 시행령 제49조 에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령으로 정하는 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 한다. 다만, 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지해야 한다.
④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다. 끝.
원고 법인의 피고1에 대한 청구의 경우, 원고 법인대표의 아들에 의해 개업된 개인사업체가 원고 법인의 사업장 내에서 원고법인의 직원들을 동원하여 원고법인과 그 개인사업체 간 수수한 세금계산서는 실물거래 없는 가공 세금계산서로 봄이 타당함