토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 건물분의 공급가액이 관련 규정에 따라 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 부가가치세 과세는 적법함

사 건 2024구합82343 부가가치세 부과처분취소 원 고 AAA 외 1명 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 25. 판 결 선 고

2025. 9. 26.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20✕✕. ✕. ✕. 원고들에게 한 2019년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)의, 2019년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)의, 2020년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)의, 2020년 2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)의, 2021년 1기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다. 이 유

• 가. 원고들은 2017. ✕. ✕. 상호를 ‘aaaaa’로, 사업장 소재지를 ‘✕✕시 ✕✕구 ✕✕로 ✕✕’으로, 사업의 종류를 ‘건설업, 부동산업 및 임대업’으로 하여 공동으로 사업자등록을 마친 다음, ✕✕시 ✕✕구 ✕✕동 ✕✕ 대 ✕✕✕㎡ 지상에 지하 1층과 지상 1층은 근린생활시설(이하 ‘이 사건 근린생활시설’이라 한다) 등으로, 지상 2층부터 지상 11층까지는 오피스텔(이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 하고, 이 사건 근린생활시설과 통틀어 ‘이 사건 오피스텔 등’이라 한다)로, 지상 12층부터 지상 15층까지는 다세대주택으로 된 지하 2층, 지상 15층 규모의 집합건물(이하 ‘이 사건 집합건물’이라 한다)을 신축하여 공급하고, 2019년 1기부터 2021년 2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 오피스텔 등에 대한 부가가치세를 신고하였다.
• 나. ◯◯지방국세청장은 2023. ✕. ✕.부터 2023. ✕. ✕.까지 피고에 대한 종합감사를 실시하였고, 그 과정에서 이 사건 오피스텔 등에 대한 토지 및 건물의 일괄공급과 관련하여, 원고들이 신고한 이 사건 오피스텔 등의 건물가액이 기준시가로 안분계산된 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것을 확인하고, 원고들이 부가가치세를 과소신고 한 것으로 보아 피고에게 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되고 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 부가가치세법’이라 한다) 제29조 제9항 단서에 따라 기준시가로 안분계산한 금액을 이 사건 오피스텔 등의 공급가액으로 하여 부가가치세를 경정하도록 지시하였다.
• 다. 이에 따라 피고는 2023. ✕. ✕. 원고들에게 아래 표 기재와 같이 2019년 1기부터 2021년 1기까지의 각 부가가치세를 각 경정ㆍ고지하였다. <표 생략> [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고들 주장의 요지

1. 이 사건 오피스텔 등 중 2018. 12. 31.까지 분양계약이 체결된 호실 관련

• 가) 주위적 주장 위 각 호실에 관련하여서는 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 부가가치세법’이라 한다) 제29조 제9항(이하 ‘개정 전조항’이라 한다)이 적용되어야 함에도 피고는 개정 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분에는 법률을 잘못 적용한 위법이 있다.
• 나) 예비적 주장 설령 달리 보더라도, 분양대금을 계약금, 중도금 등으로 3번 이상 분할납부하고 그 기간이 6개월이 넘는 분양계약분에 대하여는 개정 부가가치세법 제29조, 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호 단서에 따라 이 사건 집합건물에 대한 감정평가서(갑 제7호증, 이하 ‘이사건 감정평가서’라 한다)의 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여야 한다.

2. 이 사건 오피스텔 등 중 2019. 1. 1. 이후에 분양계약이 체결된 호실 관련 개정 전 조항이 개정된 것은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위함인데 원고들에게는 이러한 목적이 없었고, 원고들은 개정 전 조항이 적용될 것을 전제하여 분양사업을 추진하였는데 2018년부터 시작한 이 사건 오피스텔 등에 대한 분양이 원활하게 진행되지 않아 2021년까지 계속된 것이므로, 개정 부가가치세법을 적용하는 것은 원고들의 신뢰에 반하는 것으로서 위법하다.

• 나. 판단

1. 부가가치세법상 이 사건 오피스텔 등의 공급시기 등 원고들의 주장은 분양계약을 체결한 시점에 따라 개정 부가가치세법의 적용 여부가 결정된다는 것을 전제하고 있다. 그런데 개정 부가가치세법 부칙 제1조에 따르면 개정 부가가치세법의 시행일은 2019. 1. 1.이고, 위 부칙 제2조는 ‘이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다’고 규정하므로, 결국 이 사건 오피스텔 등의 공급시기를 분양계약을 체결한 시점으로 볼 수 있는지 아니라면 어느 시점으로 보아야 하는지 먼저 살필 필요가 있다. 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 는 ‘재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때를 재화의 공급시기로 본다’고 규정하고 있고, 여기서 ‘재화가 이용가능하게 되는 때’라 함은 재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때를 말하는 것이므로, 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 부동산을 명도받기로 한 때라 할 것이며(대법원 2008 9. 11. 선고 2006두9900 판결 참조), 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하는 것으로 부가가치세의 성질에 비추어 보면 그 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것이라고 할 것이므로, ‘재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때’라 함은 거래상대방으로 하여금 사실상 소유자로서 당해 재화에 대한 배타적인 이용 및 처분을 할 수 있는 지위가 인정되는 때라고 봄이 상당하다. 부동산을 분양받는 경우에는 수분양자가 소유권이전등기를 마치거나 분양자에게 계약상 지급하기로 한 대가를 모두 지급하는 경우에 당해 부동산에 대한 배타적인 이용 등을 주장할 수 있게 되므로, 이 시점이 부가가치세법상 재화가 이용가능하게 되는 때에 해당하여 이 사건 오피스텔 등의 공급시기가 된다. 따라서 이와 달리 분양계약을 체결한 시점으로 보아야 한다는 원고들의 주장은 이유 없다. 나아가 앞서 든 증거, 갑 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 오피스텔 등의 분양계약서상 잔금일은 모두 2019년 이후이거나 입주 시점으로 되어 있는 점, 이 사건 집합건물의 사용승인일은 2019. 6. 5.이므로 이 사건 오피스텔 등의 입주 시점은 그 이후가 될 것인 점이 인정되므로, 이 사건 오피스텔 등이 수분양자들에게 공급된 시기는 모두 2019년 이후가 되어 이 사건 오피스텔 등의 공급가액 산정에 적용되는 법률은 개정 부가가치세법이 된다.

2. 2018. 12. 31.까지 분양계약이 체결된 호실 관련 주장에 관한 판단

• 가) 주위적 주장에 관한 판단 이 사건 오피스텔 등의 공급가액을 산정함에 있어서는 개정 부가가치세법이 적용됨은 앞서 본 것과 같으므로, 개정 전 부가가치세법이 적용된다는 원고들의 주위적 주장은 이유 없다.
• 나) 예비적 주장에 관한 판단 개정 부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서도, 이 사건 조항을 두어 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 는 본문에서 ‘토지와 건물 또는 구축물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액’을 공급가액으로 한다고 규정하면서도, 단서에서 ‘감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액’을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다. 그러므로 이 사건 조항이 적용되는 경우로서 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 단서에 따라 감정평가가액을 기준으로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하기 위해서는, 그 감정평가가액이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지의 기간에 평가된 것이어야 한다. 그런데 앞서 본 사실, 앞서 든 증거들에 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 오피스텔 등의 공급시기는 2019년 1기부터인데 이 사건 감정평가서는 기준시점을 ‘2018. 1. 2.’로, 조사기간을 ‘2018. 1. 2.부터 2018. 1. 3.까지’로 하여 2018. 1. 3. 작성된 사실이 인정되므로, 그 감정평가가액은 2018년 1기에 평가된 것이어서 위조항이 정한 감정평가가액에 해당되지 않는다. 따라서 이 부분 원고들의 주장도 이유없다.

3. 2019. 1. 1.부터 분양계약이 체결된 호실 관련 주장에 관한 판단

• 가) 관련 법리 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과 규정에서 달리 정함이 없는한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에서 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정 법률이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없으며, 그러한 개정 법률의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰보호를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있을 따름이다(대법원 2000. 3. 10.선고 97누13818 판결, 대법원 2020. 4. 29. 선고 2019두32696 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 관련 규정의 문언과 내용 등에다가 아래와 같은 사정들을 더하여 보면, 개정전 조항의 존속에 대한 원고들의 신뢰가 이 사건 조항의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 보기 어렵다. 원고들의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

① 이 사건 오피스텔 등의 공급시기는 수분양자들이 원고들에게 분양대금을 모두 지급하거나 소유권이전등기를 경료한 시점이므로, 개정 부가가치세법이 시행되기 전에 분양계약이 체결되었다고 하더라도 개정 부가가치세법이 시행되기 이전에 기존의 사실 또는 법률관계가 완성 또는 종결된 경우에 해당되지 않는다. 따라서 개정 부가가치세법상의 이 사건 조항을 적용하는 것을 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권침해라고 할 수 없다.

② 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세자로서는 구법 질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 원칙적으로 현재의 세법 체계가 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다. 그런데 원고들이 주장하는 사정들을 모두 고려하더라도 원고들에게 법적으로 보호할 정당한 신뢰가 형성되었다거나 기존의 법에 의하여 이미 형성된 원고들의 법적 지위가 부당하게 박탈되었다고 보기어렵고, 이를 뒷받침할 만한 객관적인 자료도 찾아볼 수 없다.

③ 개정 부가가치세법이 이 사건 조항을 신설하는 것으로 2018. 12. 31. 개정되어 곧바로 그 다음 날인 2019. 1. 1. 시행되었고, 그 신설 취지가 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위함’임을 고려하면, 위 규정이 시행되기 이전의 부가가치세법에 대한 기대 내지 신뢰는 영구적이었던 것이 아니라 법률의 개정에 따라 변할 수 있는 불확실한 것에 불과하였다고 할 것이다.

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.