부가가치세부과처분취소

사 건 2024구합79736 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 12. 판 결 선 고

2025. 8. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 12. 1. 원고에 대하여 한 2017년 제1기분 110,925,240원 및 2018년 제2기분 33,627,320원의 부가가치세 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 유사투자자문업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. 원고는 2017년 제1기부터 2018년 제2기 사이에 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’이라 한다)으로부터 2017년 제1기 공급가액 230,000,000원, 2018년 제2기 공급가액 164,545,455원 합계 394,545,455원의 세금계산서를 발급받은 후, 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하여 신고하였다.
• 다. 역삼세무서장은 AAA에 대한 2017년 제1기 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, AAA이 실제 용역의 제공 없이 원고에게 위 230,000,000원의 세금계산서를 발급하였다고 판단하여, AAA, AAA의 실질 대표자 BBB 및 명의상 대표자 CCC를 조세범처벌법위반 혐의로 고소하고, 이를 피고에게 통보하였다.
• 라. 피고는 원고에 대하여 법인통합조사를 실시하여, 원고가 2017년 제1기부터 2020년 제2기 과세기간 동안 실제 용역을 공급받지 않고 AAA, 주식회사 DD시스템(이하 ‘DD시스템’이라 한다)으로부터 아래와 같이 세금계산서를 수취하였다고 판단하였다(다만 원고는 이 사건에서 AAA으로부터 발급받은 세금계산서에 관한 부분만 다투고 있다).
• 마. 피고는 이에 따라 위 세금계산서상 매입세액을 공제하지 않는 것으로 하여 2022. 12. 1. 원고에 대하여 2017년 제1기분 부가가치세 110,925,240원 및 2018년 제2기분 부가가치세 33,627,320원 합계 144,618,220원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지 피고가 허위의 세금계산서라고 판단한 부분 중 원고가 AAA으로부터 ① 2017. 6. 5.자로 발급받은 공급가액 230,000,000원 세금계산서(이하 ‘제1세금계산서’라한다) 및 ② 2018. 12. 28.자로 발급받은 공급가액 164,545,455원 세금계산서(이하 ‘제2세금계산서’라 한다)는 실제로 AAA으로부터 용역을 공급받고 수수한 것으로 허위의 세금계산서에 해당하지 않는다. 즉, ① 제1세금계산서는 원고가 2017 4. 3. AAA과 용역대금을 230,000,000원으로 정하여 소프트웨어 개발용역을 공급받기로 하는 계약을 체결하고, 2017. 6. 5. 소프트웨어(바스켓매매 프로그램)를 공급받은 후, 2017. 10.부터 2018. 5.까지 4차례에 걸쳐 합계 257,500,000원의 용역대금을 지급하고 발급받은 것이고, ② 제2세금계산서는 원고가 2018. 12.경 AAA으로부터 55,000,000원에 주식 AI 프로그램 서비스를 제공하는 용역을 공급받아 3개월 동안 사용한 후, 2019.9. 30. 위 서비스 사용료 181,000,000원1)을 원고의 AAA에 대한 기존 대여금 채무와 상계하는 방식으로 지급한 데 따른 것이므로, 위 제1, 2세금계산서가 허위의 세금계산서라고 볼 수 없다.
• 나. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 참조).
• 다. 제1세금계산서에 관한 판단 앞서 든 증거들과 갑 제6 내지 12호증, 을 제5 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 제1세금계산서는 재화나 용역의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보는 것이 타당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 그 주장과 같이 AAA으로부터 실제로 용역을 공급받았다는 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

1. 역삼세무서장은 AAA에 대하여 2017년 제1기 부가가치세 세목별조사를 실시하여 매출세금계산서 총 230,000,000원 중 230,000,000원(100%), 매입세금계산서 784,000,000원 중 566,000,000원(72%)을 가공세금계산서로 확정하였는데, AAA은 이에 대해 전부 인정하고 아무런 불복을 하지 않았다. 위 매출세금계산서 230,000,000원은 원고가 발급받은 제1세금계산서 부분이다. 위 AAA에 대한 조사종결보고서에 의하면, ‘원고의 대표자에게 제1세금계산서 관련 계약서 등 소명자료를 요청하였으나 미제출하였고, AAA의 전 대표인 CCC는 위 거래사실이 이해하기 어렵다고 진술하였으며, AAA은 증권 관련 정보를 일반고객들에게 제공하는 업체로서 프로그램 소프트웨어 용역공급은 사업구조상 발생하기 어려운 구조이고, 원고가 AAA에 3,900만 원 지급한 금융내역은 확인되나 위 거래와 무관한 시기에 지급된 금액이다’라는 점 등을 들어 가공거래에 해당한다고 판단하였다.

2. 2017. 2.경부터 2018. 7경까지 AAA의 대표이사로 등기되어 있으면서 원고의 IT 팀장으로도 근무하였던 CCC는 조세범칙혐의자 심문에서 ① 본인이 원고와 AAA을 위하여 IT 관리업무를 수행하였음에도, 2017년 당시 AAA이 원고에게 공급하였다는 소프트웨어 개발용역에 대해 전혀 아는 바가 없고, ② 원고의 IT팀은 인력이 충분하여 소프트웨어 개발용역 관련 거래가 이루어졌을 것 같지 않다고 진술하였다. 원고는 CCC가 소프트웨어 개발업무가 아닌 IT 관리업무만을 수행하였을 뿐이어서 원고와 AAA 사이 위 계약에 대하여는 알지 못하는 것이라고 주장하나, CCC는 당시 AAA 대표이사로 등기되어 있었던 데다가 원고와 AAA 구분 없이 IT 관리업무를 수행하였다는 것이므로, CCC가 원고와 AAA 사이에 230,000,0000원의 소프트웨어 개발용역 계약 체결 및 이에 따른 소프트웨어 공급을 알지 못하였다는 것은 납득하기 어렵다.

3. 원고는 제1세금계산서 관련하여 실제로 용역을 지급받았다는 근거로 ‘소프트웨어 개발 위탁계약서’(갑 제6호증)를 제출하였는데, 위 계약서에 의하면 AAA이 원고로부터 수탁받은 소프트웨어 개발 용역을 수행하고 원고는 그 대가로 230,000,000원을 지급할 것을 정하고 있기는 하나, ① 위 계약서에는 ‘소프트웨어의 개발 업무를 위탁한다’, ‘별지 목록 기재의 스케줄에 따라 성실하게 실시한다’2)고 기재되어 있을 뿐, 구체적인 용역의 범위 및 내용, 수행기간, 용역대금의 구체적인 지급방법 및 지급기한 등에 대하여 전혀 정하고 있지 않고, 추상적이고 일반적인 내용만 정하고 있어 형식적으로 작성된 것에 불과하다고 보이는 점, ② 앞서 본 AAA에 대한 조사종결보고서에 의하면 당시 원고의 대표자에게 제1세금계산서 관련 계약서 등 소명자료를 요청하였으나 원고는 계약서를 미제출하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 위 계약서가 실제로 원고와 AAA 사이에 소프트웨어 개발 용역 계약이 체결되었고, AAA이 그에 따라 소프트웨어를 개발하여 공급하였음을 뒷받침한다고 보기 어렵다.

4. 원고는 2017. 6. 5. AAA으로부터 위 계약에 따라 실제로 소프트웨어(바스켓매매 프로그램)를 공급받았고, 이후 2017. 10. 13. 11,500,000원, 2017. 10. 31. 14,000,000원, 2017. 11. 3. 35,000,000원, 2018. 5. 28. 197,000,000원 등 합계 257,500,000원을 용역대금으로 지급하였다고 주장한다. 그러나 ① 원고가 주장하는 위 대금 합계는 257,500,000원으로 원고가 주장하는 용역의 대가(230,000,000원)보다 오히려 그 금액이 더 많을 뿐 아니라, 그 지급시기 역시 원고가 주장하는 용역 완료일인 2017. 6. 5.과 사이에 상당한 간격이 있는 점, ② 원고가 AAA 명의 계좌로 위와 같이 금원을 이체한 것으로 보이기는 하나, 원고의 계정별 원장에는 위 금원의 지급이 AAA에 대한 단기대여금으로 계상되어 있을 뿐인 점3) 등에 비추어 볼 때, 원고의 주장과 같은 사정만으로 원고가 AAA에 실제로 용역대금을 지급한 것이라고 인정하기는 어렵다.

5. 원고는 AAA으로부터 실제로 소프트웨어(바스켓매매 프로그램) 개발 용역을 공급받았다고 주장하면서, 위 프로그램 관련 기사 등을 그 근거로 제시하고 있다. 그러나 위 기사에 의하더라도 ‘여의도 tv4)는 지난 4월(2017. 4.) AAA 시스템이 구현된 태블릿 pc를 출시해 초도물량 완판이라는 기록을 달성하였다’는 것인데, 이는 2017. 4. 3. AAA과 소프트웨어 개발 용역계약을 체결하여 2017. 6. 5.경 위 계약에 따라 바스켓매매 프로그램 개발용역을 공급받았다는 원고의 주장에 시기상 부합하지 않는다.

6. AAA의 실질적 대표자인 BBB, 명의상 대표자인 CCC가 제1세금계산서 발급 등과 관련하여 조세범처벌법위반 혐의로 수사를 받았으나, 경찰이 증거불충분으로 불송치결정을 한 사실, 위 불송치결정서에서는 ‘AAA이 원고에게 바스켓매매 프로그램을 공급해주어 원고가 진행한 증권방송에서 해당 프로그램을 홍보한 것으로 확인되고, 원고가 대금 지급이 지연하여 2017. 10.부터 2018. 5.까지 2억 5,750원을 지급한 것으로 확인되는 점, 발급된 세금계산서 품목에 맞는 공급계약서가 존재하는 점’ 등을 들어 허위의 세금계산서가 아니라고 판단한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 행정재판은 반드시 수사기관의 불송치 또는 불기소처분에 구속받는 것이 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는 점(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 참조), 위 불송치결정에서 판단 근거로 들고 있는 계약서 및 해당 프로그램에 대한 홍보 등은 앞서 본 바와 같이 원고가 AAA으로부터 해당 프로그램을 실제로 공급받았다는 주장을 뒷받침하기에 부족한 점 등에 비추어 볼 때, 위 불송치결정은 제1세금계산서가 허위의 세금계산서라고 판단하는 데 별다른 장애가 되지 않는다.

• 라. 제2세금계산서 관련 앞서 든 증거, 갑 제13 내지 22호증, 을 제9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 제2세금계산서 역시 재화나 용역의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보는 것이 타당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장과 같이 AAA으로부터 실제로 용역을 공급받았다는 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

1. 원고는 AAA이 주식회사 EEE에셋(이하 ‘EEE에셋’이라고 한다)에 위탁하여 주식 AI 프로그램을 개발하였고, 원고가 2018. 12.경 AAA으로부터 위 주식 AI 프로그램을 이용할 수 있는 서비스를 월 사용료 55,000,000원에 실제로 공급받아 제2세금계산서를 발급받은 것이라고 주장하나, 이를 뒷받침할 계약서 등 객관적 자료를 제출하지 못하고 있다.

2. AAA이 2018. 9. 17. EEE에셋과 사이에 EEE에셋이 소유한 현물주식 AI 프로그램을 AAA이 독점적으로 사용하고 그 대가로 3억 원을 지급하기로 하는 계약을 체결하였던 것으로 보이기는 하나, ① 위 계약에서는 계약 체결 후 1개월이 종료되는 시점에 독점사용권에 대한 사용료에 대해서 협의할 것을 정하고 있는바, 실제로 이후 AAA이 위 계약에 따라 위 프로그램의 독점 사용권을 갖게 되었다고 단정하기 어려운 점, ② 위 계약에 의하더라도 AAA의 사용 범위는 ‘인공지능 AI를 통한 AAA의 사용자에게 증권종목 매수/매도 추천’에 한정되므로(위 계약 제3조), AAA에게 원고가 이를 이용하는 서비스를 제공하고 사용료를 받을 권리가 있다고 보이지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 위 계약서가 원고가 AAA과 사이에 EEE에셋이 개발한 주식 AI 프로그램을 이용할 수 있는 서비스 이용 계약을 체결하였다는 원고의 주장을 뒷받침한다고 보기 어렵다.

3. 원고는 원고의 직원으로 근무하였다는 FFF의 이메일 내용을 들어 원고가 실제로 위 주식 AI 프로그램을 이용하였다고 주장하는데, 위 이메일은 FFF이 주식 AI프로그램에 대하여 EEE에셋의 대표 GGG 등에게 질의를 하는 내용으로 2019. 3.경 작성된 것인바, 2018. 12.경 AAA으로부터 주식 AI 프로그램을 월 사용료 55,000,000원에 공급받았다는 원고의 주장과 부합하지 않는다(원고는 이에 대하여 일단 주식 AI 프로그램을 월 55,000,000원에 공급받아 3개월만 사용해보기로 하였는데 위 프로그램의 수익률이 기대이하로 보여 2019. 3.경부터 AAA과 EEE에셋에 프로그램 사용료가 적정한지 여부 등을 확인하기 위하여 이메일을 받았고, 그 결과 사용료가 과다하다는 것을 알게 되어 2019. 3.을 끝으로 주식 AI 프로그램 사용을 중단한 것이라고 주장하나, 위 이메일은 HHH이 2019. 3.경 EEE에셋의 대표 GGG 등에게 ‘이 자료로 거액의 계약이 오고가기에는 무리가 있다. 유지보수비용이 구체적으로 어떻게 매월 5천만 원이 소요되는지 구체적인 자료가 필요하다. 법인 사업자 등록증 사본도 이메일로 보내달라’는 등의 내용으로, EEE에셋과 사이에 계약 체결 전 계약 조건 등을 논의하는 내용으로 보일 뿐이다).

• 마. 소결 따라서 제1, 2세금계산서가 허위 세금계산서가 아니므로 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.