종합부동산세 임대주택 합산배제 여부

사 건 2024구합77952 종합부동산세등부과처분취소 원 고 김ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 09. 11. 판 결 선 고

2025. 11. 06.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2023. 9. 1. 원고에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 59,385,260원(농어촌특별세 9,897,540원 포함) 및 2022년 귀속 종합부동산세 29,876,370원(농어촌특별세4,979,390 원 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 5. 11. 서울 ㅇ구 ㅇㅇ동*가 1-1 연립주택 6호(이하‘이 사건 임대주택’이라 한다)에 관하여 매입임대주택으로 임대사업자등록을 하였다. 원고가 등록하였던 위 주택들은 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다) 상 단기민간임대주택이었는데, 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 단기민간임대주택의 유형을 삭제하고 해당 주택의 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 것으로 개정되면서 서울특별시 ㅇㅇㅇ청장(이하 ‘ㅇㅇㅇ청장’이라 한다)은 2020. 10. 20. 원고에게 민간 임대주택법에 따라 이 사건 임대주택의 임대의무기간 경과로 원고의 임대사업자등록이 말소되었다는 통지를 하였다. 원고는 2022. 10. 14. 이 사건 임대주택에 대하여 장기일반민간임대주택으로 다시 임대사업자등록을 하였다.
• 나. 피고는 이 사건 임대주택이 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항 제2호(이하 ‘합산배제 규정’이라 한다)에서 정한 과세 표준 합산의 대상에서 배제되는 주택에 해당하지 않는 것으로 보아 2023. 9. 1. 원고 에게 2021년 귀속 종합부동산세 59,385,260원(농어촌특별세 9,897,540원 포함) 및 2022년 귀속 종합부동산세 29,876,370원(농어촌특별세 4,979,390원 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 각 처분은 ㅇㅇㅇ청장의 위법한 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자 등록 말소 처분에 근거한 것이므로 위법하다. ㅇㅇㅇ청장의 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자등록 말소 처분이 위법한 이유는 아래와 같다.

• 가) 이 사건 임대주택은 장기매입임대주택 및 단기매입임대주택의 구분이 없던 구 임대주택법(2009. 3. 25. 법률 제9541호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 임대주택법 ’이라 한다)에 따라 임대사업자등록을 한 것으로 임대주택법이 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 민간임대주택법으로 전부개정 되면서 부칙 제3조 제2항으로 종전의 임대주 택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법이 적용되도록 하였기 때문에 ㅇㅇㅇ 청 장이 종전의 임대주택법이 아닌 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 (이하‘2020년 개정 민간임대주택법’이라 한다)에 도입된 단기민간임대주택에 관한 임대사업자등록 말소 규정(제6조 제5항)을 이 사건 임대주택에 적용하여 임대사업자등록을 말소한 것은 법률에 근거가 없다.
• 나) ㅇㅇㅇ청장이 2018. 5. 9. 원고에게 이 사건 임대주택에 대하여 임대사업자등록을 재발급해주면서 2006. 5. 11. 최초 등록된 ‘매입임대주택’으로만 기재하여 발급하였는바, 이 사건 임대주택에 종전의 임대주택법이 적용된다는 것을 인지하고 있었던 것이고 그럼에도 불구하고 2020년 개정 민간임대주택법을 적용하여 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자등록을 말소한 것은 신뢰보호원칙에 반한다.
• 다) ㅇㅇㅇ청장은 원고에게 불이익한 처분을 하면서 행정절차법 제21조 에 따른 사전 통지, 같은 법 제22조에 따른 청문, 같은 법 제23조의 이유 제시를 하지 않았고, 같은 법 제14조에 따른 적법한 송달도 하지 않았다.

2. 이 사건 각 처분은 이미 완성된 과세요건 사실을 사후 입법으로 납세자에게 불리 하게 적용한 진정소급입법에 의한 과세이다.

3. 원고와 같이 장기임대사업자로서의 실질을 보유한 자들에게 종합부동산세 합산배제 요건을 적용하지 않는 것은 실질과세원칙에 위배된다.

4. 원고와 같이 임대주택법이 2015. 8. 28. 민간임대주택법으로 전부개정되기 전에 임대주택에 대해 장·단기의 구분 없이 임대사업자로 등록한 사람들의 입장에서는 관할 지방자치단체장의 자동말소 통지를 기다렸다가 임대사업자로 신규 등록함으로써 종합 부동산세 합산과세를 벗어날 수 있는바, 이는 관할 지방자치단체장이 임대사업자등록 자동말소 통지를 적법하게 송달하였는지에 따라 과세요건 즉, 종합부동산세 합산배제 요건의 충족여부가 결정되는 것이므로 이를 전제로 하여 이루어진 이 사건 각 처분은 조세법률주의에 위반된다.

5. 이 사건 각 처분은 실제로 임대사업을 하지 않으면서 종합부동산세 합산배제 혜택을 누린 임대사업자들과 본질적인 차이가 있는 원고를 같게 취급함으로써 조세평등원칙에 위반된다.

• 나. 판단

1. ㅇㅇㅇ청장의 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자등록 말소 통지 관련 위 인정사실, 변론 전체의 취지에 의하면, ㅇㅇㅇ청장의 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자등록 말소 통지는 처분이라고 볼 수 없으므로 이와 반대되는 사실을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 항고소송의 대상인 처분은, 행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 뜻한다(행정소송법 제2조 제1항 제1호).
• 나) 구 임대 주택법 제16조 제1항 제4호, 구 임대 주택법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제20947호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항은 임대주택의 의무임대기간을 5년으로 정하고 있었다. 임대주택법이 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 민간임대주택법으로 전부 개정되면서 민간매입임대주택은 8년 이상 임대할 목적인 경우 장기로(제2조 제5호), 4년 이상 임대할 목적인 경우 단기(제2조 제6호)로 구분하되 부칙<법률 제13499호, 2015.

8. 28.> 제3조 제2항으로 종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택 법을 적용하도록 경과규정을 두었으나, 위 부칙<법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제2항은 2020. 6. 9. 법률 제17452호로 개정된 민간임대주택법에서 삭제되었고, 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법에서 부칙<법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제3항이 신설되었다. 신설된 부칙<법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제3항의 내용은 종전의 임대 주택법 제16조 제1항 제4호 에 따른 매입임대주택은 이 법 제2조 제6호에 따른 단기임대주택으로 본다는 것이다. 2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정된 민간임대주택법 제2조 제6호 에서 기존의 단기임대주택의 명칭을 단기민간임대주 택으로 변경하여 규정하였고, 2020. 8. 18. 제17482호로 개정된 2020년 개정 민간임대 주택법은 기존에 민간임대주택 유형에 속한 ‘단기민간임대주택’을 삭제하고(제2조 제6호), 종전에 민간주택임대법 제2조 제6호에 규정한 단기민간임대주택은 임대의무 기간이 종료한 날 등록이 말소된다고 규정하였으며(제6조 제5항), 부칙<법률 제17482호, 2

020. 8. 18.> 제7조로 ‘제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우 에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.’라는 내용의 경과규정을 두었다.

• 다) 이 사건 임대주택은 2006. 5. 11. 구 임대주택법에 따라 장․단기 구분이 없는 매입임대주택으로서 임대사업자등록이 되었으나 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법 부칙<법률 제13499호, 2015. 8. 28.> 제3조 제3항에 따라 민간임대주택법상 단기임대 주택으로 간주되므로 2020년 개정 민간임대주택법 제6조 제5항 및 부칙<법률 제17482호,

2020. 8. 18.> 제7조에 따라 개정법 시행일인 2020. 8. 18. 임대사업자등록이 자동으로 말소된 것으로 간주되는 것으로, 거기에 공권력이 행사되었다고 할 만한 부분이 없다.

• 라) 행정절차법은 처분, 신고, 확약, 위반사실 등의 공표, 행정계획, 행정상 입법 예고, 행정예고 및 행정지도의 절차에 관하여 적용되는데(제3조 제1항), 앞서 본 바와 같이 ㅇㅇㅇ청장의 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자등록 말소 통지는 임대주택법령에 따라 임대사업자등록이 말소되었음을 사후적으로 알려주는 관념의 통지에 불과할 뿐 처분이라고 할 수 없고, 그 외에 신고, 확약, 위반사실 등의 공표, 행정계획, 행정상 입법예고, 행정예고 및 행정지도의 절차에도 해당하지 않으므로, 위 통지에 행정절차법 이 적용된다고 할 수 없다.

2. 이 사건 각 처분이 진정소급입법에 의한 과세인지 여부

• 가) 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고 특별한 예외규정이 없는한 그 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건사실에 소급하여 적용하는 것은 허용될 수 없지만(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 헌법 제13조 제2항 내지 국세기본법 제18조 제2항 에서 말하는 소급입법은 이미 과거에 완성된 사실․법률관계를 규율의 대상으로 하는 이른바 진정소급효를 가지는 입법만을 말하는 것이 므로(대법원 2001. 9. 14. 선고 2000두406 판결, 헌법재판소 2003. 6. 26. 선고2000헌바82 결정 등 참조), 개정 법률 시행 당시 사실관계가 진행 중이거나 부과제척기간이 진행 중에 있는 것에 관하여는 이른바 부진정소급효의 입법에 불과하여 원칙적으로 새로운 법령의 적용이 가능하다(헌법재판소 1997. 6. 26. 선고 96헌바94 결정 등 참조). 나) 종합부동산세법 제8조 제1항 은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세 의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액을 기준으로 정하도록 정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택 등으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’을 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에서 제외하고 있다. 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자 로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택’을 합산배제 임대주택으로 정하면서, 제2호에서 ‘ 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택(다만 2018. 3. 31. 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정)으로서 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택’을 규정하고 있다. 따라서, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 의 ‘합산배제 임대주택’이 되기 위한 임대사업자 요건은 민간임대주택법에 따른 ‘임대사업자등록’을 할 것 뿐만 아니라 ‘임대사업자등록을 유효하게 유지’하고 있을 것을 포함하는 것으로 봄이 타당하며, 민간 임대 주택법 제6조 제5항 에 따라 ‘임대사업자등록’이 말소되게 되면, 합산배제 임대주택 의 범위에서 제외되고 비과세 범위가 축소되므로, 민간임대주택법 제6조 제5항 은 종합 부동산세법과 결합하여 종합부동산세의 비과세요건을 구성한다고 볼 수 있다.
• 다) 이 사건에서 보건대, 이 사건 각 처분이 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인

2021. 6. 1.과 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1. 기준으로 위 규정에 따라 이 사건 임대주택이 2020. 8. 18. 합산배제 임대주택에 해당하지 않게 되었음을 전제로 하여 이루어졌음은 앞서 본 바와 같고, 이에 의하면 민간임대주택법 제6조 제5항 은 비과세요건이 이미 충족된 과거의 사실 또는 법률관계에 소급 적용된 것이 아니라, 그 시행일 이후로서 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1.과 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1.을 기준으로 당시 진행 중인 비과세요건의 충족 여부와 관련된 사실 또는 법률관계에 적용된 것임을 알 수 있다. 따라서 이 사건 각 처분은 진정소급입법에 의한 과세라고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 각 처분이 실질과세원칙에 위배되는지 여부 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 그런데 이 사건 임대주택은 ‘단기민간임대주택’에 해당하고 민간임대주택법 제6조 제5항에 따라 2020. 8. 18. 원고의 임대사업자등록이 말소되었다. 따라서 원고가 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1.과 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인

2022. 6. 1. 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있지 않았 음이 명백하므로, 원고가 계속해서 이 사건 임대주택으로 계속 임대사업을 영위하고 있었다는 사정만으로 이 사건 임대주택을 합산배제 임대주택으로 보지 아니하고, 종합부동산세법 제8조 제1항 에 따른 규정을 적용하는 것이 실질과세의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다.

4. 이 사건 각 처분이 조세법률주의에 위배되는지 여부 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자등록이 2020년 개정 민간임대주택법 제6조 제5항 및 부칙<법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 제7조에 따라 개정법 시행일인 2020. 8. 1

8. 임대사업자등록이 자동으로 말소된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 관할지방 자치단체장인 ㅇㅇㅇ청장의 자동말소 통지를 기다릴 필요 없이 이 사건 임대주택에 관하여 민간임대주택법상 임대사업자로 등록하는 것이 가능하였다. 그러므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 이 사건 각 처분이 조세평등주의에 위배되는지 여부 원고는 이 사건 각 처분과 관련하여 민간임대주택법상 민간임대주택으로 사업자등록을 하고서도 실제로 임대사업을 하지 않은 사람들과 원고와 같이 실제로 임대사업을 한 사람들을 구분하지 않고 민간임대주택법 제6조 제5항 을 일률적으로 적용하여 임대사업자 등록이 말소함으로써 종합부동산세 합산배제 규정이 적용되지 않도록 한 것은 조세평등 원칙에 반한다는 취지로 주장한다. 그러나 민간임대주택법 제6조 제5항 은 월세상한제, 계약갱신요구권이 일반적으로 도입됨에 따라 단기민간임대주택과 일반 임대주택과 차별 성이 희박해졌다는 입법자의 정책적 판단에 따라 단기민간임대주택의 유형을 삭제한 규정으로 위와 같은 취지에서 보면 임대의무기간이 8년 미만인 민간임대주택의 경우 실제 임대사업 여부에 따라 달리 취급하여야 할 합리적인 이유는 없다. 따라서 실제 임대사업 여부에 관계없이 일률적으로 민간임대주택법 제6조 제5항 을 적용함으로써 이 사건 임대주택을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외하였다고 하여 조세평등원칙을 위반한 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.