등기부등본상 거래가액보다 실제 분양가액이 낮더라도 실제 거래가액으로 입증되는 분양가액을 기준으로 과세되어야 함

사 건 2024구합76119 부가가치세세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 24. 판 결 선 고

2025. 9. 11.

1. 피고가 20✕✕. ✕. ✕✕. 원고에게 한 2019년 귀속 종합소득세 ✕✕✕원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문 기재와 같다. 이 유

• 가. 원고는 2017. 4. 25. ✕✕시 ✕✕읍 ✕✕로 ✕✕✕ 토지 외 7필지의 토지를 BBB, CCC, DDD(이하 원고와 통칭하여 ‘원고 등’이라 한다)과 각각 구분하여 매수한 후 2017. 6. 13. 주택신축판매업을 개시하였다. 원고 등은 위 토지상에 7개동 56세대의 다세대주택 aaaaa(이하 ‘aaaaa’이라 한다)을 신축하여 분양하였는데, 그중 aaaaa 101동은 지상 1층부터 4층까지 층별로 2세대씩 총 8세대로 구성되어 있는 다세대주택으로 2018. 7. 13. 원고 명의로 소유권보존등기를 마친 뒤 분양이 이루어졌다.
• 나. 원고는 2018년에 aaaaa 101동 중 402호를 분양하였으나 2018년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 그 수입금액을 누락하였고, 2019년에 나머지 7세대(이하 ‘이 사건 7세대’라 한다)를 분양한 후 aaaaa 101동의 각 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 보고, 2021. 11. 3.경 2018년 귀속 종합소득세에 대한 수정신고 및 2019년 귀속 종합소득세에 대한 기한 후 신고를 하였다.
• 다. 피고는 2018년 귀속 종합소득세에 대한 수정신고는 그대로 받아들인 반면 2019년 귀속 종합소득세에 대한 기한 후 신고에 대해서는 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액을 등기부등본상 거래가액인 195,000,000원으로 보고 원고가 수입금액을 420,000,000원[= 7세대 × 60,000,000원(195,000,000원 –135,000,000원)] 과소신고하였다는 이유로 2023. 12. 11. 원고에게 2019년 귀속 종합소득세 199,033,430원을 경정고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 25 내지 28호증, 을 제1, 2, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 이 사건 7세대를 매수한 사람들의 신속하고 원활한 대출을 위하여 매매계약서 및 등기부등본상 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액을 195,000,000원으로 과다하게 기재하였으나 실제 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액은 135,000,000원이므로 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액이 195,000,000원임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 인정사실

1. 원고 등은 2018. 10. 31. 분양대행자 EEE과 aaaaa 50세대(56세대 중 101동 402호 등 6세대 제외)의 분양대행계약(이하 ‘이 사건 분양대행계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약서 제2조에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

2. 원고 등은 이 사건 분양대행계약 제2조 제5호에 따라 2018. 10. 31. 분양대행자로부터 공통계좌로 매매계약금 100,000,000원(= aaaaa 세대당 2,000,000원 × 50세대)을 수령하였고, 각 매수인으로부터는 별도로 계약금을 수령하지 않았다.

3. 원고는 이 사건 7세대에 관하여 각 매수인과 사이에 분양가액을 각 195,000,000원으로 기재한 분양계약서를 작성하였고, 이후 위 계약서를 근거로 각 세대에 대한 소유권이전등기절차 및 취득세 신고․납부절차가 마쳐졌다.

4. 이 사건 7세대에 관한 각 분양계약서의 기재내용 및 원고의 분양대금 수수내역은 다음과 같다.

5. 이 사건 7세대 중 201호 매수인 FFF는 201호의 실거래금액을 확인하여 달라는 피고의 요청에 2021. 12. 24.경 201호의 실취득금액은 195,000,000원이고 201호 매수와 관련하여 이면계약서를 작성하지 않았다고 회신하였으나, 한편으로 2023. 12. 31. 201호를 매수하면서 분양대금을 건축주 계좌에 송금한 것 외에 계약금이나 현금을 지급한 사실이 없다는 내용의 거래사실확인서를 작성하였다.

6. 등기부등본에 의하면 이 사건 7세대 중 101호 매수인 GGG은 2022. 1. 6. 101호를 PPP에게 195,000,000원에 매도하였다고 기재되어 있고, 이 사건 7세대 중 202호 매수인 HHH은 2019. 9. 5. 202호를 JJJ에게 195,000,000원에 매도하였다고 기재되어 있다. 위 HHH은 2019. 9. 30. 양도소득세 예정신고 시 202호의 취득가액을 195,000,000원으로 기재하였다.

7. BBB은 2021년에 ◯◯세무서장에게 aaaaa의 각 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 하여 2018년 내지 2020년 귀속 각 종합소득세를 신고하였고, CCC은 2021년에 ✕✕세무서장에게 aaaaa의 각 세대별 분양가액을 135,000,000원으로 하여 2018년 내지 2020년 귀속 각 종합소득세를 신고하였는데, 각 세무서장으로부터 별다른 부과처분을 받지않았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 24, 29 내지 34호증, 을 제3 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 구체적 판단 위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 7세대의 각 세대별 분양가액이 실제 195,000,000원임을 인정하기 어려우므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 종합소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

2. 종합소득세의 과세표준은 실질과세의 원칙에 따라 실거래가액을 기준으로 산정하는 것이 원칙이다. 이 사건 분양대행계약 제2조 제1호는 aaaaa의 매매대금 신고금액을 세대당 195,000,000원으로 정하고 있고, 같은 조 제2호는 aaaaa의 매매대금 매매대금을 세대당 135,000,000원으로 정하고 있는바, 위 계약의 내용상 이 사건 7세대는 매매대금의 신고는 세대당 195,000,000원으로 하되 실제 대금은 세대당 135,000,000원을 수령하기로 약정한 것으로 보인다. 이 사건 7세대에 관한 부동산 매매계약서의 각 세대별 분양가액이 195,000,000원으로 기재되어 있고, 부동산거래신고, 취득세 신고․납부 모두 위 금액으로 이루어진 것은 이 사건 분양대행계약의 내용에 따른 것으로 볼 수도 있으므로 이를 근거로 이 사건 7세대의 각 세대별 실제 분양가액이 195,000,000원이라고 단정할 수 없다.

3. 원고는 이 사건 7세대와 관련하여 각 세대별로 분양대행자로부터 계약금 2,000,000원을 수령한 것 외에 매수인으로부터 원고의 계좌로 130,000,000원에서 140,000,000원 사이의 금액합계 965,800,000원을 수령하여, 총 979,800,000원을 수령하였다[총 979,800,000원(= 2,000,000원 × 7세대 + 965,800,000원)]. 원고가 세대별로 수령한 금액이 이 사건 분양대행계약 제2조 제2호에서 정한 135,000,000원과 정확히 일치하지는 않으나 크게 차이나지 않고(분양대행계약과 달리 실제 매수인들과의 분양계약 금액은 다소간 차이가 있을 수 있다고 보인다), 위 금액 외에 별도의 금원을 받았다는 증거는 제출되지 않았다.

4. 이 사건 7세대 중 201호 매수인 KKK는 201호의 실거래금액을 확인하여 달라는 피고의 요청에 201호의 실취득금액은 195,000,000원이고 이면계약서를 작성하지 않았다고 진술하였으나, 이 사건 7세대의 매수인의 입장에서는 분양가액이 195,000,000원으로 작성된 매매계약서가 존재하고 소유권이전등기절차와 취득세 신고․납부도 위 금액으로 이루어진 이상 위와 같이 진술하는 것이 자연스러운 점, 향후 201호를 매도하여 양도차익을 신고할 때 취득가액이 높을수록 양도차익이 적게 발생하므로 위와 같이 진술하는 것이 매수인에게 유리한 점 등을 고려하면, 매수인 KKK의 위와 같은 진술은 이를 그대로 신빙하기 어렵다. 더구나 KKK는 201호를 매수하면서 분양대금을 건축주 계좌에 송금한 것 외에 별도의 돈을 지급하지 않았다고 진술하였는데, 원고 계좌로 송금된 140,000,000원 외의 돈이 원고에게 지급되었다고 볼 자료가 없다.

5. 이 사건 7세대 중 101호 매수인과 202호 매수인은 각 세대를 다시 195,000,000원에 매도한 것으로 보인다. 이 사건 7세대의 실제 분양가액을 195,000,000원으로 보는 경우 위 매수인들이 취득가액 그대로 매도하였다는 것인데, 취득세를 고려하면 취득가액 그대로 매도하는 경우 매수인들에게 손해가 발생하게 되므로 특별한 사정이 없는 경우 이는 부자연스럽다.

6. 원고와 함께 aaaaa을 신축하고 이 사건 분양대행계약을 체결하여 분양한 BBB과 CCC의 경우에는 종합소득세 신고 시 aaaaa의 각 세대별 분양가액이 135,000,000원으로 인정되었다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.