이 사건 주택은 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하지 않음

사 건 2024구합75741 종합부동산세등부과처분취소 원 고 주식회사 도ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 5. 16. 판 결 선 고

2025. 7. 18.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에게, 2023. 12. 1.에 한 2022년 귀속 종합부동산세 ××,422,520원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ×,103,490원(가산세 포함)의, 2023. 12. 7.에 한 2023년 귀속 종합부동산세 ××,082,550원 및 농어촌특별세 ×,216,510원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 건설업 등을 영위하는 법인으로 ○○ ○구 ○○로번길 (○○동) 소재 4층 단독주택(다가구주택 12가구, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 건설하고 2021. 8. 19. 그 소유권보존등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2019. 8. 9. 이 사건 주택에 관하여 구 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제5조에 따라 주택구분을 ‘건설’로, 주택종류를 ‘단기민간임대주택’으로 하여 임대사업자 등록을 하였다.
• 다. 피고가 2022. 11. 20. 원고에게 이 사건 주택에 관하여 2022년 귀속 종합부동산세 ××,050,570원 및 농어촌특별세 ×,810,110원을 결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다)하자, 원고는 이 사건 주택이 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제7호의 ‘장기일반민간임대주택’에 해당한다면서 2022. 12. 15. 피고에게 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였고, 이에 피고는 이 사건 당초처분을 취소하였다.
• 라. 피고는 원고에 대한 2022년 귀속 및 2023년 귀속 종합부동산세를 산정함에 있어 이 사건 주택이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 의 합산배제 기준을 충족하지 못하였다고 보아, 원고에게 2023. 12. 7. 2022년 귀속 종합부동산세 ××,422,520원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ×,103,490원(가산세 포함)의 합계 ××,526,010원을 경정ㆍ고지하고, 2023. 12. 12. 2023년 귀속 종합부동산세 ××,082,550원 및 농어촌특별세 ×,216,510원의 합계 ××,299,060원을 결정ㆍ고지하였다(이하 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 각 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 이 사건 주택은 구 민간임대주택법 부칙 제5조 제1항에 따라 장기일반민간임대주택으로 보아야 하고, 원고가 이 사건 주택을 실질적으로 장기일반민간임대주택으로 관리함으로써 종합부동산세 과세표준 합산배제 요건을 충족한 이상 실질과세의 원칙에 따라 이를 과세표준 합산배제 임대주택으로 보아야 함에도, 피고는 이 사건 주택을 합산배제 임대주택에 포함시키지 않고 이 사건 각 처분을 하였다.

2. 원고가 이 사건 주택에 관하여 장기일반민간임대주택에 해당한다는 이유에서 피고에게 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였고, 이에 피고가 이 사건 당초처분을 취소함으로써 이 사건 주택이 장기일반민간임대주택에 해당한다는 공적 견해를 표명하였으므로, 이 사건 각 처분은 신뢰보호의 원칙에도 반한다.

• 나. 이 사건 주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

1. 구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제2항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.”라고 규정하면서 제1호로 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’이라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 “법 제8조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 ‘합산배제 임대주택이라 한다)을 말한다.”라고 규정하면서 제7호에서 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 ’장기일반민간임대주택‘이 합산배제 임대주택으로 인정되기 위한 요건을 규정하고 있다. [한편 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 는 민간임대주택법 제2조 제2호 에 따른 ’민간건설임대주택‘이 합산배제 임대주택으로 인정되기 위한 요건을 규정하고 있고, 이 사건 주택은 원고가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택으로서 민간건설임대주택에 해당한다고 보이나, 위 시행령 제3조 제1항 제1호는 그 단서에서 ’ 민간임대주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018. 3. 31. 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정한다‘고 규정하고 있는데, 원고는 2019. 8. 9.에서야 이 사건 주택에 관하여 단기민간임대주택으로 임대사업자 등록을 마쳤으므로, 위 규정에 따른 합산배제 임대주택 대상이 될 수 없다. 원고 역시 위 규정에 따른 합산배제를 주장하지는 않고 앞서 본 주장과 같은 사유로 제7호에서 정한 ’장기일반민간임대주택‘으로서의 합산배제를 주장하고 있다]

2. 구 민간임대주택법 제2조 제5호 는 ’장기일반민간임대주택이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 임대하는 민간임대주택을 말한다’고 규정하고, 같은 조 제7호는 ‘단기민간임대주택이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다’고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제5조 제2항은 임대사업자로 등록하는 경우 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택에 따라 구분하여야 한다고 규정하고 있다. 이에 따라 원고는 주택종류를 ‘단기민간임대주택’으로 하여 임대사업자 등록을 하였다. 그런데 구 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 장기일반민간임대주택에서 ‘아파트를 임대하는 민간매입주택’은 제외되고(제2조 제5호), 민간임대주택법의 정의 규정(제2조 제6호) 및 임대사업자 등록 구분 규정(제5조 제2항)에서 ‘단기민간임대주택’이 각 삭제되었다. 다만 그 부칙(2020. 8. 18. 법률 제17482호) 제5조 제1항은 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다’고 규정하였다. 원고의 주장은, 단기민간임대주택으로 임대사업자 등록을 마쳤더라도 위 부칙 조항에 근거하여 이 사건 주택을 장기일반민간임대주택으로 보아 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호 의 합산배제 임대주택으로 보아야 한다는 취지이다. 그러나 위 부칙 조항은 문언 그대로 구 민간임대주택법이 개정되어 단기민간임대주택 등록이 폐지됨에 따라 ‘종전의 규정에 따라 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 민간임대주택법을 적용하겠다’는 취지일 뿐, 기존의 단기민간임대주택이 장기일반민간임대주택으로 변경된다거나 또는 다른 법령에서 정하고 있는 장기일반민간임대주택에 관한 규정을 단기민간임대주택에도 당연히 적용하겠다는 취지가 아니다. 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호 는 2017. 12. 13. 정부에서 발표한 임대주택등록 활성화 방안에 따라 종합부동산세 합산이 배제되는 임대주택의 임대기간 및 임대요건을 강화하기 위한 목적 등에서 종합부동산세법 시행령이 2018. 2. 13. 대통령령 제28645호로 개정되며 신설된 것으로, 위 개정 이후 단기민간임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에 포함되지 않았으며, 이는 원고가 2019. 8. 9. 이 사건 주택에 관하여 임대사업자 등록을 한 때부터 2022년 및 2023년 과세기준일에 이르기까지 계속되었다. 따라서 민간임대주택법이 단기민간임대주택을 폐지하면서 규정한 위 부칙 제5조 제1항으로 인하여, 종합부동산세 합산배제 임대주택에서 제외되어 있던 단기민간임대주택이 합산배제 임대주택에 포함된다고 해석하는 것은 이러한 연혁과 개정 취지, 법령의 체계와 문언에 부합하지도 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 원고는, 이 사건 주택은 단기민간임대주택 제도가 이미 폐지된 이후에 신축된 것으로 사실상 장기일반민간임대주택과 같이 운영되어 왔으므로 실질과세원칙에 따라 이 사건 주택을 장기일반민간임대주택으로 보아 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호 를 적용하여야 한다는 취지로 주장한다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조). 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 종합부동산세 합산배제 특례를 규정한 특혜조항이므로 이를 엄격히 해석하여 한다. 그런데 위 조항은 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택’을 합산배제 임대주택으로 규정하고 있고, 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자란 같은 법 제5조에 따라 주택 유형별로 구분하여 등록한 사람이어야 하는데, 원고는 2022년 및 2023년 과세기준일을 기준으로 이 사건 주택에 관하여 ‘단기민간임대주택’으로 임대사업자 등록을 마쳤을 뿐이고, 원고 주장과 같은 사정만으로 원고를 ‘장기일반민간임대주택’으로 임대사업자 등록을 한 것이라고 볼 수는 없으므로 장기일반민간임대주택에 관한 종합부동산세 과세표준 합산배제 요건을 실질적으로 충족하였다고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

• 다. 신뢰보호의 원칙 위반 여부 피고가 이 사건 당초처분을 하자 원고가 피고에게 이 사건 주택을 장기일반민간임대주택에 해당한다고 하면서 합산배제 신고서를 제출하였고 이에 피고가 이 사건 당초 처분을 취소한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 구 종합부동산세법 제16조 제1항 은 ‘관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 해당 연도 12. 1.부터 12. 15.까지 부과ㆍ징수한다’고 규정하고, 같은 조 제3항은 ‘위와 같은 부과납세방식이 아니라 신고납부방식으로 납부하고자하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 해당 연도 12. 1.부터 12. 15.까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 하고, 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다’고 규정하고 있으므로, 원고가 피고에게 임대주택 합산배제 신고서를 제출함에 따라 이 사건 당초처분이 없었던 것으로 되어 피고가 이를 취소한 것으로 보일 뿐이다. 따라서 원고가 주장하는 사정만으로 피고가 원고를 상대로 이 사건 주택이 장기일반민간임대주택에 해당한다는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.