‘임대기간요건을 충족하지 못한 때’ 에 해당하므로 구 소득세법 시행령 제155조 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례가 배제된다고 보아, 쟁점 주택 양도에 관하여 소득세법 제104조 제7항에 따라 1세대 3주택 중과세율을 적용을 긍정

사 건 2024구합74403 양도소득세 부과 처분 취소 청구의 소 원 고 박OO 피 고 OOO세무서장 변 론 종 결

2025. 4. 18. 판 결 선 고

2025. 6. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 10. 16. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 1,005,789,820원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 8. 13. 서울 OO구 OO동 O0 OO아파트 제OO동 제OO호(이하‘이 사건 거주주택’이라 한다)를 취득하였고, 2010. 2. 25.부터 2010. 4. 27.까지 XX시 XX구 XX동 소재 XXXXX 3개 호실(B동 607호, A동 913호, A동 903호. 이하 이를 통틀어 ‘이 사건 임대주택들’이라 하고, 그중 B동 607호를 ‘이 사건 쟁점 임대주택’이라 한다)을 취득하였다.
• 나. 원고는 2020. 1. 20. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따라 이 사건 임대주택들을 장기일반민간임대주택으로 등록하고, 그 무렵 임대사업자로 등록하였다.
• 다. 원고는 2021. 6. 15. 임OO에게 이 사건 거주주택을 1,660,000,000원에 양도한 다음, 같은 날 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항, 제21항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 등을 적용하여 양도소득세 24,037,922원을 신고ㆍ납부하였다.
• 라. 원고는 2022. 4. 11. 주OO에게 이 사건 쟁점 임대주택을 매도하는 계약을 체결하면서 주OO가 원고의 주택임대사업자 지위를 포괄승계하기로 약정하였고, 이에 따라 2022. 5. 20. 주OO에게 위 임대주택을 양도하였다.
• 마. 피고는 2023. 8. 11.부터 같은 달 30.까지 양도소득세 조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 거주주택을 양도한 후 이 사건 쟁점 임대주택에 대한 임대기간요건을 충족하지 못한 상태에서 이를 양도한 사실을 확인하고, 이는 ‘임대기간요건을 충족하지 못한 때’에 해당하므로 구 소득세법 시행령 제155조 제2항 에 따라 1세대 1주택 비과세 특례가 배제된다고 보아, 이 사건 거주주택의 양도에 관하여 소득세법 제104조 제7항 에 따라 1세대 3주택 중과세율을 적용하고 2023. 10. 16. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 1,005,789,820원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 임대기간요건을 충족한다는 주장에 관한 판단

1. 원고 주장의 요지 원고로부터 이 사건 쟁점 임대주택을 양수한 주OO가 원고의 임대사업자의 지위를 포괄승계하여 임대사업을 계속하고 있는 이상, 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 에서 규정하는 ‘임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때’에 해당하지 않으므로, 원고에게는 1세대 1주택 비과세 특례조항을 적용하여야 한다.

2. 판단

• 가) 관련 규정 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 은 “제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 ‘장기임대주택’이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 ‘거주주택’이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.”라고 규정하고, 제1호에서 ‘거주주택’에 관하여 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것’, 제2호에서 ‘장기임대주택’에 관하여 ‘양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것’을 요건으로 정하고 있다. 또한 같은 조 제21항은 ‘1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다’고 규정하고, 제22항은 ‘1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다’고 규정하는 한편 ‘이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다’고 규정하고 있다. 즉 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 은 임대주택사업자의 거주용 주택 양도에 대하여 일정 요건 하에 1세대 1주택 비과세 조항을 적용하고, 제21항은 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우라도 일단 해당임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용해 1세대 1주택으로 보아 비과세를 하도록 하는 한편, 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 제22항에 따라 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호 1) 의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하도록 하면서, 다만 그러한 경우에도 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되는 경우 등을 비롯하여 제2호에서 정하는‘임대기간요건 산정특례’ 에 해당하는 경우에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 보도록 하고 있다.
• 나) 구체적 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

(2) 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 과 제21항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)은 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민들의 주거안정을 지원하기 위하여 임대주택사업자의 거주용 주택 양도에 대하여 일정 요건 하에 1세대 1주택 비과세 조항을 적용함으로써 세제상의 혜택을 부여하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제22항 은 이 사건 특례조항에 따라 세제상의 혜택을 받고도 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 경우 이 사건 특례조항의 적용을 배제하도록 하는 한편 다만 그 예외로서 제2호에서 정하는 ‘임대기간요건 산정특례’에 해당하는 경우에는 임대기간요건을 충족한 것으로 보아 다시 1세대 1주택 비과세의 혜택을 부여하고 있다. 위와 같이 이 사건 특례조항과 마찬가지로 구 소득세법 시행령 제22항 제2호 는 1세대 1주택 비과세 특례라는 조세감면의 특혜를 규정한 조항이므로 엄격하게 해석하여야 하는 점, 위 조항에서 ‘임대기간요건 산정특례’ 사유를 상세히 규정함으로써 여기에 해당하지 않는 한 모두 특례조항을 적용하지 않으려는 것이 입법자의 의도라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 가 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다고 정한 사유 외에는 임대기간요건의 예외를 인정하여 이 사건 특례조항을 적용할 수 없다. 그런데 원고가 주장하는 ‘임대주택의 양수인이 양도인의 임대사업자의 지위를 포괄승계하여 임대사업을 계속하고 있다’는 사유는 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 에서 ‘임대기간요건 산정특례’로 규정하고 있는 경우에 해당되지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 한편 원고는 ‘이 사건 특례조항과 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 을 적용함에 있어 임대기간요건의 충족 여부는 해당 임대주택을 기준으로 판단하여야 한다’면서 원고가 이 사건 쟁점 임대주택을 양도한 이후에도 위 임대주택이 계속하여 임대주택으로 이용되고 있는 이상 임대기간요건을 갖추었다고 보아야 하므로 이 사건 특례조항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다고도 주장한다. 그러나 이 사건 특례조항 등은 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 ‘1세대’가 각각의 요건을 충족하고 거주주택을 양도한 경우에 적용된다는 점은 그 문언상 분명하므로, 1세대가 아닌 ‘임대주택’을 기준으로 임대기간요건의 충족 여부를 판단하여야 한다는 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

• 나. 양도소득세 중과가 한시적으로 배제되는 경우에 해당한다는 주장에 관한 판단

1. 원고 주장의 요지 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정된 것, 이하 ‘개정 소득세법 시행령’이라 한다)은 다주택자에 대한 양도소득세 중과를 한시적으로 배제하는 규정들을 두면서 이를 2022. 5. 10. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용하도록 하였다. 원고는 이 사건 쟁점 임대주택을 2022. 5. 20. 양도하여 위 요건을 충족하였음에도 피고가 개정 전 소득세법 시행령을 적용하여 원고에게 1세대 3주택의 중과세율을 부과한 것은 위법하다.

2. 판단

• 가) 개정 소득세법 시행령은 다주택자에 대한 양도소득세 중과를 배제하도록 하는 내용의 제167조의3 제1항 제12호의2, 제167조의4 제3항 제6호의2, 제167조의10 제1항 제12호의2 및 제167조의11 제1항 제12호를 신설하면서 그 부칙 제4조에서 ‘위 규정들은 2022. 5. 10. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다’고 명시하고 있다. 그런데 이 사건 처분은 원고의 이 사건 거주주택 양도에 대한 양도소득세 부과처분이고, 원고는 이 사건 거주주택을 2021. 6. 15. 양도하였으므로 피고가 개정 소득세법 시행령을 적용하지 않은 것에 위법이 있다고 보기 어렵다.
• 나) 원고의 주장은 ‘원고가 이 사건 거주주택을 2021. 6. 15. 양도하였더라도 이 사건 처분은 결국 원고가 사후관리로서 이 사건 쟁점 임대주택을 계속 임대하지 않은 채 이를 양도한 결과에 따라 비로소 이루어진 것이므로 위 임대주택 양도일인 2022. 5. 20.을 기준으로 개정 소득세법 시행령 규정을 적용하여야 한다’는 취지로 보인다. 그러나 세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령의 규정에 따라야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 이 사건 거주주택의 양도로 인한 양도소득세는 과세표준이 되는 금액이 발생한 이 사건 거주주택의 양도일(2021. 6. 15.)이 속하는 달의 말일인 2021. 6. 30. 성립하였다고 보아야 하므로, 개정 소득세법 시행령이 아닌 개정 전 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것)이 적용되어야 하고, 이 사건 거주주택 양도에 대한 양도소득세 납세의무가 성립된 이후 이 사건 쟁점 임대주택을 양도함으로써 결과적으로 양도소득세를 경정하는 이 사건 처분이 이루어졌다는 사정만으로 이와 달리 볼 수는 없다. 개정 소득세법 시행령의 개정이유 역시 “조정대상지역에 있는 주택을 2년 이상 보유한 다주택자가 ‘해당 주택’을 2022. 5. 10.부터 2023. 5. 9.까지 양도하는 경우에는 양도소득세 중과 대상에서 제외하여 다주택자에 대한 세부담을 한시적으로 완화하고 주택매매의 활성화를 유도”하기 위한 것이라고 하여 ‘해당 주택’을 이 기간 내에 양도하여야 함을 명시하고 있다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
• 다. 투기 등의 목적이 없으므로 중과세율을 적용할 수 없다는 주장에 관한 판단

1. 원고 주장의 요지 원고는 장애인으로서 소득이 없어 월세로 생활하고자 2010년경에 아버지로부터 상속받은 재산으로 이 사건 거주주택 및 임대주택들을 취득한 점, 임대사업자등록을 늦게 하였으나 실제로는 12년 동안 임대를 한 후 양도하여 투기 목적이 전혀 없는 점, 세입자가 변경될 때마다 계단으로 되어 있는 고양시청에 신고하러 가는 것에 어려움이 있어 임대사업자 지위를 포괄적으로 양도하게 된 점 등에 비추어 보면, 원고에게 투기의 목적이 있다거나 중과세율을 도입한 입법 취지에 반한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 거주주택 또는 이 사건 쟁점 임대주택의 양도는 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우로서 중과세율을 적용할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조).

2. 판단 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 중과세율의 적용 대상으로 정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다고 규정하고 있다. 이 사건 거주주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호 사유에 해당하지 않으므로, 원고의 이 사건 거주주택 양도는 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 정하는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우로서 중과세율 적용대상이다. 원고는 대법원 2010두27806 판결을 인용하며 중과세율을 적용하여서는 아니 된다고 주장하나, 위 사안은 ‘일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 주거를 이전하기 위하여 다른 대체 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 된 경우로서 대체주택을 취득하고 종전 주택을 양도하기까지 소요된 기간 등에 비추어 대체주택의 취득이 사회통념상 일시적이라고 인정되는 경우’로서 이 사건 거주주택의 양도와 그 사안이 상이할 뿐만 아니라, 원고가 주장하는 사정만으로 원고가 국내에 3개 이상 주택을 소유하게 된 것이 사회통념상 일시적이라고 보기도 어려우므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) ‘거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액’ - ‘거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액’