흡수합병시 피합병법인의 주식 취득가액에서 합병으로 승계한 피합병법인의 순자산가액을 차감한 금액이 손금에 해당하는지

사 건 2024구합72360 법인세 경정거부처분 취소청구 원 고

○○ 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 09. 25. 판 결 선 고

2025. 11. 13.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 4. 6. 원고에게 한 2018 사업연도 법인세 117,539,705,868원 및 농어촌특별세 280,723,634원, 2019 사업연도 법인세 1,578,962,543원 및 농어촌특별세 1,045,298원, 2020 사업연도 법인세 17,438,840,372원의 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. ★★★★의 물적분할

1. **해운 주식회사는 1982. 1.경 설립되어 해운사업 등을 영위하여 오다가1997. 10.경 상호를 ‘@@@@해운 주식회사’로 변경하였다(이하 ’구 @@@@해운‘이라한다).

2. 구 @@@@해운은 2011년경부터 벌크(Bulk) 부문 사업의 실적 부진 등으로2016 사업연도에 473,982,184,632원의 당기순손실이 발생하는 등 재무상황이 악화되었고, 이에 2017. 4.경 해운사업 부문을 물적분할하여 ‘@@@@해운 주식회사’(이하 ‘@@@@해운’이라 한다)를 설립하고(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다), 상호를 ‘@@@@★★★★ 주식회사’로 변경하였다(이하 구 @@@@해운과 @@@@★★★★ 주식회사를 통틀어 ’★★★★‘이라 한다).

3. 이 사건 분할은, @@@@해운은 해운사업 및 이와 관련된 일체의 사업을 ★★★★으로부터 승계하고, ★★★★은 @@@@해운의 발행주식 100%를 취득하되 @@@@해운에게 이전되는 사업을 제외한 나머지 사업을 영위하는 한편 분할 이전의 누적결손금을 보유하는 것을 내용으로 하였다.

• 나. 원고의 ★★★★ 흡수합병

1. 원고는 ♣♣그룹의 지주회사로서, 1998년부터 아래와 같이 ★★★★의 주식을 취득하여 2010년경 ★★★★의 주식 83.08%를 보유하였고, 2017. 5.경 ★★★★의 유상감자에 따라 ★★★★의 주식 99.9%를 보유하게 되었으며, 2017. 10.경 ★★★★의 다른 주주로부터 나머지 주식을 증여받음으로써 ★★★★의 주식 100%를 보유하게 되었다.

2. 원고는 2018. 3. 1. 합병대가를 교부하지 않는 무증자합병의 방식으로 ★★★★을 흡수합병하였다(이하 ’이 사건 합병‘이라 한다).

• 다. 피고의 경정거부처분 원고는 2024. 2. 5. 피고에게 ’★★★★ 주식의 취득가액 560,446,715,830원에서 이 사건 합병으로 승계한 ★★★★의 순자산 가액 21,796,846,436원을 차감한 538,649,869,394원의 투자손실을 2018 사업연도 손금에 산입하여 달라‘는 취지의 경정청구를 하였나, 피고는 그로부터 2개월이 되는 2024. 4. 5.까지 아무런 통지를 하지 않았다(이하 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 2024. 4. 6. 피고의 경정거부처분이 있는 것으로 보고, 이를 ’이 사건 거부처분‘이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10 내지 13, 15, 18호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다

3. 이 사건 거부처분의 위법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 지주회사로서 부실 자회사의 경영 효율화 및 사업구조 개선을 위해 ★★★★을 물적분할한 뒤 존속법인인 ★★★★을 흡수합병하는 이 사건 합병을 하였고, 그 결과 원고가 보유하던 ★★★★ 주식의 취득가액 560,446,715,830원과 원고가 ★★★★으로부터 승계한 순자산의 장부가액 21,796,846,436원의 차액인 538,649,869,394원의 투자손실(이하 ’이 사건 투자손실‘이라 한다)이 발생하였다. 이 사건 투자손실은 원고가 ★★★★의 주주로서 보유하고 있던 기존 주식이 모두 소멸됨으로써 발생한 순자산의 감소로서, 원고의 사업과 밀접한 관련성이 있는 통상적인 구조조정 과정에서 발생한 손실이자 향후 이익을 극대화하기 위한 것으로서 원고의 수익과 직접 관련된 손실이므로, 법인세법 제19조 에 따라 손금에 산입하여야 한다. 따라서 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관련 규정

1. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조는 제1항에서 ’손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다‘고 규정하고, 제2항에서 ’제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다‘고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려해서 객관적으로 판단해야 한다(대법원2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).

2. 구 법인세법 제44조 는 제1항에서 ‘피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다’고 규정하되, 제2항에서 ‘각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이른바 적격합병)의 경우에는 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 자산의 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다’고 규정하고, 제3항에서 ‘제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다’고 규정하면서 ‘내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는경우(제1호)’, ‘동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우(제2호)’를 들고 있다. 한편 법인세법 제44조의3 제1항 은제44조 제2항 또는 제3항의 적격합병의 경우 ‘합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다’고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제2항 제3호 가목은 합병법인이적격합병에 따라 취득한 자산의 취득가액을 제80조의4 제1항에 따른 장부가액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호 는 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인으로부터 양수한 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하고, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하며, 이렇게 계상된 자산조정계정 중 감가상각자산 외의 자산에 설정된 것은 해당자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸한다고 규정하고 있다.

• 다. 구체적 판단 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 투자손실은 원고의 2018 사업연도 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하므로, 이 사건 거부처분은 위법하지 않다.

1. 구 법인세법은 제19조 제1항에서 ‘자본 또는 출자의 환급’ 등으로 발생하는 손비는 손금에 산입하지 않는다고 규정하면서, 제20조에서 ‘자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입’이라는 표제를 사용하고 있으나, 자본거래의 의미를 규정하고 있지는 않다. 자본거래는 재무회계에서 유래한 개념으로, 한국채택국제회계기준에 의하면 ‘자본의 증 감을 초래하는 경제적 효익의 증감으로서 지분참여자에 의한 출연 및 지분참여자에 대한 분배’를 의미하고, 자본거래 이외의 거래는 손익거래에 해당한다. 그런데 구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호 는 적격합병에서 자기주식을 소각하는 경우에는 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는 점, 합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지는 자본거래로 봄이 상당한 점, 이 사건 합병과 같이 모회사가 완전자회사를 흡수합병하면서 모회사가 보유하는 완전자회사의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 않은 것은 결국 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 다르지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 합병은 자본거래의 성격을 갖는다고 보인다.

2. 구 법인세법은 제44조 이하에서 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우 그 자산을 피합병법인으로부터 양도받은 것으로 규정하고 있고, 이에 근거하여 원고는 이 사건 합병은 원고의 순자산을 감소시키는 손익거래에 해당한다고 주장하는 것으로 보인다. 그러나 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 합병의 목적은 지주회사가 내부 관계에서 결손금이 누적된 ★★★★을 인수하여 잔존사업을 폐지하는 것에 불과하여 원고의 영업활동이나 성과와 관련된 것이 아니므로, 이 사건 투자손실을 원고의 사업과 관련하여 발생된 손실로서 동종의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황에서 지출하였을 것으로 인정되는 비용이라 보기 어렵고, 원고의 수익과 직접 관련된다고 보기도 어렵다. 따라서 설령 이 사건 합병이 손익거래에 해당한다고 보더라도, 이 사건 투자손실은 법인세법 제19조 의 손금으로 인정될 수 없다.

3. 나아가 이 사건 합병으로 원고에게 투자손실이 발생하였다고 하더라도, 그 손금산입이 인정되기 위해서는 원고가 보유한 ★★★★ 주식에 대한 정당한 평가가 선행되어야 한다. 그러나 구 법인세법 제44조의3 에서 이 사건 합병과 같은 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받는다고 규정한 것은 피합병법인의 자산을 시가로 평가하는 경우 발생하는 과세를 이연하기 위한 것이지, 합병 당시 피합병법인의 자산을 장부가액으로 평가한다는 내용으로 볼 수 없다. 따라서 원고가 주장하는 ★★★★의 장부상 순자산 가액과 원고의 ★★★★ 주식 취득가액을 비교하는 것은 법인세법상 허용되는 평가 방법이라고 볼 수 없고, 달리 원고가 보유하는 ★★★★ 주식에 대하여 손익 실현의 계기가 되는 거래가 있었다고 보기 어렵다. 이러한 사정에 비추어 보면, 원고의 주장과 같이 2018 사업연도에 ★★★★의 장부상 순자산가액과 ★★★★ 주식의 취득가액의 차액인 538,649,869,394원 상당의 손실이 실현되었다고 볼 수도 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.