대법원 판례 법인세

비상장 주식의 시가평가 적정여부

사건번호 서울행정법원-2024-구합-71015 선고일 2025.08.22

상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호의 사유가 있어 제1항 가액을 기초로 이 사건 법인의 영업권을 평가할 수 없음에도 피고는 제1항 가액으로 산정한 이 사건 법인의 영업권평가액을 이 사건 법인의 자산가액에 합산하여 이 사건 각 처분에 나아갔으므로 이 사건 각 처분은 위법하다

주 문

1. 피고가 원고에게, 202x. xx. xx. 한 201x 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 x,xxx,xxx원 포함)의 부과처분 및 202x. xx. xx. 한 소득자를 AAA, 소득금액을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 소득금액변동통지를 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

1. 처분의 경위
  • 가. 원고는 199x. x. x. 설립되어 국내외 유가증권에 대한 투자 및 자문 등을 목적으로 하는 주식회사이다.
  • 나. 원고는 201x. x. x. 비상장법인인 aa회사(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)가 발행한 주식 전부인 xx,xxx주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 x,xxx,xxx원(1주당 xxx원)에 취득한 후, 201x. xx. xx. 원고의 최대주주 BBB의 며느리인 특수관계인 AAA에게 이 사건 주식 전부를 위 취득금액과 같은 액수에 양도(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)하였고, 202x. x. xx. 이 사건 주식 관련 양도차익이 없는 것으로 하여 법인세 신고를 하였다.
  • 다. cc지방국세청은 202x. x. xx.부터 202x. x. xx.까지 원고의 201x 사업연도 법인세에 대한 부분조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 주식의 시가를 1주당 xx,xxx원으로 평가하고 이 사건 거래가 특수관계인에게 자산을 저가양도한 경우에 해당한다고 보아 202x. x. xx. 원고에게 부당행위계산부인 규정에 따라 xxx,xxx,xxx원을 익금산입하여 법인세를 xx,xxx,xxx원으로 경정하고, 소득자를 AAA, 소득금액을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 소득금액변동통지를 할 예정이라는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.
  • 라. 이에 따라 피고는 원고에게, 202x. xx. xx.에 201x 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하고, 202x. xx. xx.에 소득자를 AAA, 소득금액을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 소득금액변동통지(이하 위 처분들을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다.
2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

  • 가. 원고 주장의 요지 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호가 정한 사유가 있으므로, 이 사건 주식의 시가를 평가함에 있어서는 구 상증세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제1항을 적용할 수 없다. 그럼에도 피고가 구 상증세법 시행령 제56조 제1항을 적용하여 위 조항이 정한 계산식에 따라 계산한 이 사건 법인의 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기초로 영업권을 평가한 다음 그 평가액을 이 사건 법인의 자산가액에 합산하여 이 사건 주식의 시가를 평가하고 이를 전제로 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하다.
  • 나. 판단

1. 관련 규정 및 쟁점 가) 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제3호는, 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우 시가를 기준으로 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하고, 주식 등의 시가가 불분명한 경우에는 상증세법 등을 준용하여 평가한 가액으로 산정한다고 규정하고 있다. 상증세법 제63조 제1항 제1호 (나)목, 구 상증세법 시행령 제54조는, 비상장주식의 1주당 가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치(1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율)와 1주당 순자산가치(당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수)를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하되, 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 경우 등에는 1주당 순자산가치만에 의하여 평가하도록 규정하고 있다. 그리고 구 상증세법 시행령 제55조 제1항 제1문은 ‘제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다’고 규정하고, 제3항 본문은 ‘이때 제59조 제2항에 따른 영업권 평가액은 해당 법인의 자산가액에 이를 합산한다’고 규정하며, 같은 법 시행령 제59조 제2항 본문은 “영업권의 평가는 [최근 3년간(괄호 생략함)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 - (평가기준일 현재의 자기자본 × 1년만기정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)]에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다.”라고 규정하고, 제3항은 “제2항을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항 및 제2항을 준용하여 평가한다. 이 경우 같은 조 제1항 중 ‘1주당 순손익액’과 같은 조 제2항 중 ‘1주당 추정 이익’은 ‘순손익액’으로 본다.”라고 규정하고 있다. 구 상증세법 시행령 제56조 제1항은 1주당 순손익가치를 산정할 때 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’은 ‘[(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 3) + (평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 2) + (평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 1)] ÷ 6’의 산식에 의하여 계산한 가액(이하 ‘제1항 가액’이라 한다)으로 한다고 규정하고, 같은 조 제2항은 ‘그럼에도 불구하고 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당할 것을 비롯한 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 둘 이상의 신용평가전문기관, 회계법인 또는 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(이하 ’제2항 가액‘이라 한다)으로 할 수 있다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항은 제6호에서 위 ’일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우‘ 중 하나로 ‘기업회계기준상 유가증권.유형자산의 처분손익과 특별손익의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중 평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우’를 들고 있다. 나) 이 사건 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상이므로 이 사건 주식의 시가를 평가함에 있어서는 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제5호에 따라 순자산가치만으로 평가하여야 한다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 다만 이 사건 주식의 순자산가치를 산정함에 있어, 피고는 구 상증세법 시행령 제56조 제1항에서 정한 계산식에 따라 산출한 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기초로 영업권을 평가하여 이를 이 사건 법인의 자산가액에 합산한 후 이 사건 주식의 시가를 평가하여 이 사건 각 처분을 한 것이고, 이에 대하여 원고는 구 상증세법 시행령 제56조 제2항에서 정한 ‘일시적이고 우발적인 사건으로 이 사건 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등의 경우’이므로 구 상증세법 시행령 제56조 제1항에서 정한 계산식을 적용하여 영업권을 평가하고 이를 기초로 이 사건 주식 시가를 평가한 것이 위법하다는 취지이다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 주식 시가를 평가함에 있어 구 상증세법 시행령 제56조 제1항을 적용한 것의 위법 여부이다.

2. 관련 법리 구 상증세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17039호로 개정되기 전의 것) 제56조 제1항 제1문은 ‘제54조 제1항의 규정에 의한 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 다음 각 호의 1에 해당하는 가액으로 한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 ‘[(상속개시 전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 3) + (상속개시 전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 2) + (상속개시 전 3년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액 × 1)] × 1/6’에 의하여 계산한 가액으로 한다고 규정하고, 제2호에서 ‘재정경제부령이 정하는 신용평가전문기관 또는 공인회계사법에 의한 회계법인중 2 이상의 신용평가전문기관 또는 회계법인이 재정경제부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(괄호 생략함)’으로 한다고 규정하였으므로, 순손익가치 평가를 할 때 납세자가 제1호 가액(3년간 순손익액 평균액)과 제2호 가액(추정이익 평균액) 중 하나를 선택하는 것이 가능하였다. 그런데 상증세법 시행령이 2000. 12. 29. 대통령령 제17039호로 개정되면서, 제56조 제1항 제1문은 ‘제54조 제1항의 규정에 의한 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 당해 법인이 사업개시후 3년 미만이거나 일시우발적 사건에 의하여 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등의 사유로 제1호의 가액에 의하는 것이 불합리한 것으로 재정경제부령이 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 한다’고 규정하여, 원칙적으로 제1호 가액에 의하도록 하였고, 다만 제2호 가액으로 평가할 수 있는 요건을 정하면서 그 사유를 시행규칙에 위임하였다. 그 위임을 받아 2001. 4. 3. 신설된 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항은 위 제1호 가액으로 평가하는 것이 불합리한 경우를 구체적으로 규정하고 있다. 이후 상증세법 시행령이 2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되었으나 조항의 위치가 변경되고 일부 문언이 수정되었을 뿐 그 취지는 현행 상증세법 시행령에 이르기까지 대체로 유지되고 있다. 이러한 법령의 문언 내용과 체계, 입법취지 및 개정 경과 등에 비추어 보면, 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호는 최근 3년간의 순손익액을 산정할 수 없거나 최근 3년간의 순손익액이 비정상적이어서 이를 기초로 1주당 순손익가치를 산정하는 것이 불합리하다고 보이는 사유들을 규정한 것이므로, 여기에 규정된 사유가 있다면 특별한 사정이 없는 한 제1항 가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없다고 봄이 타당하고, 이는 제2항 가액이 산정되지 아니하였다거나 제2항 가액이 적용될 수 있는 요건을 갖추지 못하여 제2항 가액을 적용할 수 없는 경우라 하더라도 제1항 가액 에 의하는 것이 불합리한 이상 마찬가지라 할 것이다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결, 대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두31253 판결 등 참조). 3) 구체적 판단 앞서 본 사실, 앞서 든 증거들에 을 제3, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호의 사유가 있어 제1항 가액을 기초로 이 사건 법인의 영업권을 평가할 수 없음에도 피고는 제1항 가액으로 산정한 이 사건 법인의 영업권평가액을 이 사건 법인의 자산가액에 합산하여 이 사건 각 처분에 나아갔으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다. 가) 2019 사업연도 법인세 납세의무 성립 당시 이 사건 법인의 기업회계기준상 유가증권ㆍ유형자산의 처분손익과 자산수증이익등의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 이는 최근 3년간의 순손익액을 산정할 수 없거나 최근 3년간의 순손익액이 비정상적이어서 이를 기초로 1주당 순손익가치를 산정하는 것이 불합리하다고 보이는 사유들을 규정한 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호 중 제6호의 사유에 해당하므로, 특별한 사정이 없는 한 제1항 가액을 기초로 순손익액을 산정할 수 없다고 봄이 타당하다. 나) 그리고 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 제출한 자료들만으로는 제1항 가액을 적용할 특별한 사정이 있다고 보기도 어렵다. (1) 본래 비상장주식의 순손익가치는 그 주식이 갖는 미래의 기대수익을 추정한 다음 그 현재가치를 평가하는 방법으로 산정하는 것이 바람직하지만, 미래의 기대 수익을 정확히 예측하는 것은 매우 어렵다. 이에 구 상증세법 시행령 제54조 제1항, 제56조 제1항은 원칙적으로 과거의 실적인 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 3년 만기 회사채의 유통수익율을 반영한 이자율에 의하여 할인하는 방법으로 1주당 순손익가치를 산정하도록 규정하고 있다. 이처럼 과거의 실적으로 미래의 기대수익을 대신하는 것은 그 과거의 실적이 미래에도 계속되리라는 것을 전제로 하는데, 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각호에서 정한 사유가 존재한다면, 과거손익 가중평균액은 일시 우발적인 것일 가능성이 많아 미래의 기대수익을 대신하기에 적합하지 않게 된다. 따라서 위 각호 사유가 존재하더라도 과거실적이 미래의 기대수익을 적절히 반영하는 경우라고 볼 수 있는 특별한 사정이 있어야 제1항 가액을 적용할 수 있다. (2) 그런데 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 법인의 과거 3년간인 201x 내지 201x 사업연도의 손익이 미래 기대손익을 반영한다고 보기 어렵다.

① 이 사건 법인은 부실채권의 매입 및 추심업, 유가증권 투자업 등을 목적 으로 200x. x. x. 설립된 비상장법인으로, 자본잠식 등으로 201x년부터 채권을 모두 매각하여 채권추심업 사업을 영위하지 않았고, bb회사가 발행한 상장주식(이하 ‘이 사건 상장주식’이라 한다) 외에 별 다른 자산은 없었던 것으로 보인다.

② 아래 표와 같이 201x년부터 202x년까지 이 사건 법인의 자산총액 중 80% 이상은 유가증권이 차지하고 있었고, 유가증권을 처분한 것 외 다른 매출은 없었다.

③ 이 사건 법인은 아래 표와 같이 200x년부터 이 사건 상장주식을 매수 및 매도하였는데, 201x년 이후에는 이 사건 상장주식을 지속적으로 매도하였고 이로써 201x 내지 201x 사업연도 이후에는 x,xxx,xxx주만이 남아 있었다. 이 사건 법인은 202x. x. xx. 폐업하고 202x. x. xx. 청산되었다.

④ 그렇다면 이 사건 법인이 이 사건 거래 이후에도 이 사건 상장주식 등 유가증권을 다수 보유하면서 201x 내지 201x 사업연도와 유사한 규모의 유가증권을 비슷한 시기에 반복적으로 양도함으로써 장래에도 과거 3년간인 201x 내지 201x 사업 연도의 손익과 비슷한 손익을 창출할 가능성이 있다고 보기 어렵다. 다) 한편 피고는, 영업권평가액을 산정함에 있어 제2항 가액을 적용하기 위해서는 ‘일시적이고 우발적인 사건’의 존재가 전제되어야 하는데 이 사건 법인의 유가증권 처분손익은 일시적이고 우발적인 사건으로 인하여 증가된 것이 아니므로 제1항 가액을 적용한 것에 위법이 없다고 주장한다. 그러나 구 상증세법 시행령 제56조 제2항 제1호는 “일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 ‘등’ 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당할 것”이라고 규정하고 있고, 문언상 ‘등’에 해당하는 사항은 그에 준하는 것으로 충분할 뿐 반드시 일시적이고 우발적인 사건을 요건으로 해야 한다고 단정할 수 없는 점, 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각호가 정한 사유에 해당하는 이상 과거의 실적이 미래에도 계속될 것이라는 제1항 가액의 전제가 깨지는 것이어서 과거에 발생한 실적을 기준으로 장래의 기대수익을 추정하는 것은 더 이상 합리적이라고 볼 수 없는 점, 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호가 규정하는 ‘합병, 분할, 주요 업종변경’은 통상적으로 회사가 장기간 계획하여 이루어지는데, 이처럼 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각호가 정한 사유들에는 일시적이고 우발적인 요건을 갖추지 못한 경우가 포함되어 있는 점, 따라서 별도로 ‘일시적이고 우발적인 사건’의 존재를 요구하게 된다면 관련 법령의 문언이나 입법취지에 반하게 되는 점을 종합하면, 피고의 위 주장은 이유 없다. 라) 또한 피고는 신용평가전문기관 등이 산출한 순손익액의 평균가액에 관한 자료가 없으므로 제1항 가액을 적용해야 한다고도 주장하나, 제2항 가액이 산정되지 아니하였다거나 제2항 가액이 적용될 수 있는 요건을 갖추지 못하여 제2항 가액을 적용할 수 없는 경우라 하더라도 제1항 가액에 의하는 것이 불합리한 이상 제1항 가액을 적용할 수 없음은 앞서 본 것과 같으므로, 이 부분 피고의 주장 역시 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)